genome.fa.s232.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold232
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2516017

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
652118--652142	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
652099--652159	32	1.9	32	100	0	122	34	18	13	34	1.89
655127--655180	20	2.7	20	85	2	63	33	16	11	38	1.84
659436--659523	28	3.2	28	76	7	81	59	6	18	15	1.58
659618--659712	47	2.0	47	83	4	118	32	8	18	40	1.81
662602--662731	64	2.0	64	87	0	188	25	15	13	45	1.83
663076--663109	10	3.8	9	85	14	52	44	0	0	55	0.99
664195--664242	16	3.0	16	100	0	96	31	25	31	12	1.92
664590--664786	30	6.5	30	89	2	295	40	34	19	5	1.75
664590--664786	92	2.2	90	90	1	313	40	34	19	5	1.75
665683--665750	33	2.1	32	86	2	91	32	13	17	36	1.89
665782--665834	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
665822--665850	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
665836--665886	20	2.5	20	83	0	57	35	15	13	35	1.87
667816--667903	20	4.8	20	76	21	93	32	13	12	40	1.82
667838--667864	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
667818--667885	33	2.1	33	97	0	127	32	13	13	41	1.83
670077--670126	27	2.0	26	84	11	68	24	36	18	22	1.95
674938--674990	27	2.0	27	100	0	106	20	7	22	49	1.74
675190--675223	7	4.7	7	89	7	50	11	11	26	50	1.73
675998--676037	19	2.1	19	85	0	53	32	20	10	37	1.85
678131--678355	113	2.0	111	85	1	306	30	24	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
678359--678533	50	3.4	52	80	6	171	25	24	14	35	1.94
678456--678823	52	7.1	51	75	4	227	26	23	13	36	1.92
678451--678638	104	1.8	102	85	4	261	28	22	12	36	1.90
678421--678860	52	8.5	52	72	8	213	26	23	14	35	1.93
678369--678856	156	3.2	154	75	5	400	26	23	14	35	1.93
679509--679649	52	2.7	52	86	1	185	28	14	13	43	1.83
684189--684242	21	2.7	20	77	8	65	35	14	14	35	1.88
688432--688470	18	2.3	18	87	12	57	23	2	5	69	1.21
688432--688476	18	2.7	18	83	12	53	26	4	4	64	1.32
689224--689287	13	5.4	13	75	17	59	39	14	14	32	1.85
689208--689307	33	3.0	32	91	5	139	39	13	16	32	1.86
690667--690692	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
690645--690712	33	2.1	32	91	2	109	35	14	14	35	1.87
690745--690795	19	2.5	20	81	9	59	29	15	15	39	1.89
690784--690834	20	2.5	20	87	0	66	33	15	15	35	1.90
697124--697167	20	2.1	21	84	12	56	18	40	27	13	1.88
698393--698445	19	2.5	22	74	22	60	35	3	37	22	1.72
698995--699021	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
698976--699040	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
699005--699062	19	2.9	19	87	5	80	32	15	17	34	1.91
699092--699144	20	2.7	19	88	11	72	37	13	18	30	1.89
700180--700219	15	2.7	15	84	7	55	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
700319--700356	2	19.0	2	88	0	58	50	0	5	44	1.24
701593--701636	16	2.6	17	83	13	56	61	0	0	38	0.96
701599--701664	30	2.2	31	81	10	75	62	1	0	36	1.05
704044--704079	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
704362--704436	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
704362--704439	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
716241--716288	20	2.3	21	85	3	62	83	8	6	2	0.88
716241--716270	10	3.0	10	100	0	60	90	10	0	0	0.47
717506--720598	29	107.9	29	90	2	4597	28	32	17	21	1.96
717505--720583	258	11.9	258	91	1	4845	28	32	16	21	1.96
717506--720598	229	13.5	231	90	2	4601	28	32	17	21	1.96
721075--721149	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
721075--721152	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
727823--728036	99	2.2	100	83	5	274	52	13	1	31	1.51
728282--728330	16	3.1	16	87	0	71	55	30	8	6	1.54
729584--729614	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
729564--729630	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
729681--729707	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
730232--730269	18	2.1	18	95	0	67	18	18	7	55	1.66
731473--731678	79	2.6	78	76	6	216	33	12	23	29	1.92
731610--731727	48	2.4	49	88	5	175	33	13	23	29	1.93
731661--731802	76	1.9	76	89	2	223	30	14	28	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731532--731815	127	2.2	124	84	5	352	34	13	25	27	1.93
734169--734194	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
734181--734222	21	2.0	21	95	0	75	28	21	9	40	1.84
734239--734290	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
734247--734332	19	4.7	19	71	20	67	36	15	11	37	1.83
734239--734311	32	2.3	32	95	0	128	36	16	10	35	1.84
734369--734407	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86
742541--742596	19	2.8	20	81	8	69	35	17	12	33	1.88
742582--742608	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
742563--742627	33	2.0	32	87	3	94	40	16	15	27	1.89
746639--746680	20	2.1	20	95	0	75	42	4	11	40	1.63
752197--752624	31	13.5	31	74	7	283	29	25	20	25	1.99
752360--752606	129	1.9	126	85	2	341	29	27	21	21	1.98
752602--752679	29	2.7	29	90	2	113	32	28	14	25	1.94
752610--752707	28	3.5	28	85	4	108	28	28	16	26	1.97
753166--753303	65	2.1	65	85	2	179	30	31	19	18	1.96
754219--754274	20	2.8	20	86	5	69	39	12	17	30	1.87
754349--754396	20	2.4	20	86	6	62	31	20	12	35	1.90
754556--754588	13	2.5	14	90	9	52	39	15	9	36	1.79
756562--756612	27	1.9	26	88	4	75	19	35	17	27	1.94
758010--758052	21	2.0	23	86	9	63	46	2	4	46	1.36
758336--758389	16	3.3	16	77	12	56	61	7	1	29	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758807--758841	17	2.0	18	88	5	54	57	0	0	42	0.99
759007--759044	20	1.9	20	84	10	51	42	0	0	57	0.98
761042--761098	29	2.0	29	83	13	73	54	7	0	38	1.28
764356--764731	58	6.5	58	73	12	206	47	13	11	27	1.76
764359--764816	172	2.7	173	75	9	427	47	14	10	27	1.76
765645--765696	15	3.5	15	78	17	56	0	17	3	78	0.89
770515--770560	20	2.3	20	85	7	58	32	17	10	39	1.84
770529--770727	92	2.2	93	83	2	240	32	16	15	36	1.90
771382--771523	48	3.0	46	84	8	176	36	16	14	32	1.89
771492--771563	20	3.6	20	72	7	74	31	18	12	37	1.88
771493--771572	40	2.0	40	97	0	151	33	20	11	35	1.88
777640--777693	20	2.7	20	88	2	81	40	11	16	31	1.84
781267--781340	21	3.5	21	100	0	148	37	17	10	33	1.85
781114--781527	225	1.8	225	95	0	756	31	15	18	34	1.92
781421--781610	93	2.1	92	80	8	208	33	16	15	34	1.91
787292--787361	35	2.0	35	100	0	140	34	17	8	40	1.80
791389--791517	52	2.5	52	98	0	249	27	18	18	34	1.95
791526--791550	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
791612--791636	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
791588--791656	32	2.1	33	94	2	122	36	18	10	34	1.85
792498--792647	52	2.9	52	91	0	246	35	19	24	21	1.96
792601--792689	43	2.1	43	89	0	133	31	20	25	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792719--792907	34	5.6	34	79	7	192	33	14	31	20	1.92
792719--792907	67	2.8	68	80	7	199	33	14	31	20	1.92
794202--794240	14	2.9	14	88	11	55	2	0	15	82	0.79
794201--794246	14	3.4	14	80	14	51	4	4	13	78	1.05
800745--800813	32	2.1	33	94	2	122	36	17	11	34	1.86
800769--800793	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
802531--802563	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
804646--804702	29	1.9	30	89	3	89	47	1	0	50	1.11
804895--804953	20	2.8	21	82	17	86	33	0	10	55	1.33
809673--809713	22	1.9	21	85	5	55	39	9	4	46	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16