genome.fa.s232.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold232
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2516017

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1229333--1229878	230	2.4	221	84	9	633	19	34	14	30	1.92
1229885--1230092	32	6.5	32	88	2	276	28	35	16	18	1.93
1229885--1230083	64	3.1	64	92	2	319	28	35	17	18	1.93
1229885--1230083	96	2.1	97	91	2	321	28	35	17	18	1.93
1230083--1230609	43	11.1	49	78	12	564	25	26	17	30	1.97
1230083--1230609	92	5.6	92	88	3	730	25	26	17	30	1.97
1230451--1230600	52	2.9	52	92	0	255	22	26	18	33	1.96
1231442--1231530	13	5.9	13	70	27	61	35	12	16	34	1.87
1231419--1231549	19	7.8	18	66	29	85	35	11	16	36	1.85
1231422--1231554	32	4.1	32	95	0	221	35	11	17	36	1.85
1231538--1231615	33	2.4	33	100	0	156	41	17	15	25	1.89
1231709--1231785	32	2.4	32	97	0	145	33	20	19	25	1.96
1231658--1231818	84	1.9	84	94	0	286	36	19	17	27	1.94
1239323--1239441	51	2.3	51	84	5	159	31	23	10	33	1.89
1239460--1239630	79	2.2	79	82	6	195	28	26	12	31	1.93
1239567--1239732	51	3.3	50	83	5	199	29	25	12	32	1.92
1239790--1239866	27	2.8	28	88	2	102	23	36	19	20	1.95
1239716--1239913	103	1.9	105	85	3	274	26	28	16	28	1.97
1239850--1240070	51	4.3	51	80	8	198	30	23	11	33	1.90
1239889--1240070	52	3.5	50	78	9	170	30	23	10	35	1.89
1240053--1240133	28	2.8	30	83	7	98	25	33	16	24	1.96
1244775--1244799	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1244755--1244819	33	2.0	33	87	0	94	33	12	13	40	1.82
1244895--1245019	52	2.4	52	94	0	205	36	18	16	28	1.93
1252166--1252222	1	57.0	1	78	0	51	87	1	10	0	0.61
1252166--1252217	11	4.5	11	88	9	77	88	0	11	0	0.52
1252166--1252217	23	2.2	23	93	3	86	88	0	11	0	0.52
1252176--1252229	20	2.8	18	86	10	72	87	3	9	0	0.67
1252166--1252222	13	4.7	12	91	6	80	87	1	10	0	0.61
1253269--1253412	33	4.4	32	89	5	209	27	36	18	18	1.94
1253269--1253412	65	2.2	67	91	6	233	27	36	18	18	1.94
1253413--1253999	49	11.8	49	84	2	728	25	25	17	31	1.97
1253413--1253940	98	5.4	98	93	2	871	25	25	17	31	1.97
1254878--1254902	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1254858--1254922	33	2.0	33	87	0	94	33	12	13	40	1.82
1254965--1254992	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1254998--1255122	52	2.4	52	93	0	196	36	18	16	28	1.92
1259514--1259763	131	1.9	131	100	0	500	33	32	16	18	1.93
1267399--1267708	61	5.5	54	81	9	336	26	27	20	25	1.99
1267424--1267705	116	2.5	113	87	2	386	26	27	20	25	1.99
1267729--1267971	55	4.3	55	82	10	310	27	27	21	23	1.99
1267564--1267860	155	1.9	155	91	0	486	25	28	19	27	1.98
1267729--1267976	116	2.2	112	82	9	317	27	27	21	23	1.99
1267453--1268127	265	2.5	265	84	4	890	25	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1268110--1268264	42	3.6	42	80	11	163	19	29	15	36	1.92
1268450--1268645	46	4.4	46	78	10	212	21	27	12	38	1.90
1267898--1268600	342	2.1	340	89	3	1074	23	28	17	30	1.97
1268450--1268688	89	2.7	88	87	5	340	20	26	13	39	1.90
1268452--1268721	131	2.1	129	81	7	305	20	26	12	40	1.88
1269270--1269325	21	2.7	21	85	0	85	33	8	16	41	1.79
1269353--1269396	21	2.0	22	91	4	72	38	13	9	38	1.77
1269384--1269446	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
1269403--1269427	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1269382--1269454	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
1269471--1269512	21	2.0	21	95	0	75	45	9	16	28	1.79
1269499--1269524	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1271888--1272012	51	2.4	52	86	6	182	32	24	11	31	1.90
1271947--1272170	79	2.8	77	78	8	234	28	27	13	31	1.94
1272106--1272272	51	3.3	51	82	5	178	29	27	11	31	1.92
1272208--1272431	76	2.9	76	79	4	214	25	29	16	29	1.96
1272364--1272585	51	4.3	51	81	6	232	30	26	11	31	1.92
1271891--1272530	257	2.5	259	86	3	858	28	26	13	31	1.93
1272364--1272585	103	2.2	103	83	3	268	30	26	11	31	1.92
1272571--1272646	28	2.7	28	80	8	84	25	32	15	26	1.95
1273609--1273833	79	2.8	79	83	0	252	29	25	13	31	1.94
1273770--1273885	51	2.3	51	88	7	173	30	29	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1273690--1274089	130	3.1	125	78	7	399	27	26	14	32	1.94
1273817--1273967	79	1.9	79	90	0	239	26	29	15	28	1.96
1273896--1274017	51	2.4	51	91	0	199	27	27	15	30	1.96
1276159--1276183	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
1277857--1277881	12	2.1	12	100	0	50	44	8	32	16	1.76
1287485--1288294	55	14.4	54	85	7	888	26	27	21	24	2.00
1287485--1288294	165	4.8	164	87	4	1023	26	27	21	24	2.00
1288929--1289001	32	2.3	32	85	0	110	36	9	15	38	1.80
1291853--1291879	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1291863--1291919	19	2.9	19	86	2	78	31	15	15	36	1.90
1293608--1293641	15	2.3	15	89	0	50	47	0	23	29	1.52
1300677--1300730	20	2.8	20	82	2	65	31	12	16	38	1.87
1301524--1304580	476	6.4	476	85	1	3717	37	13	18	30	1.89
1301524--1304503	159	18.8	155	65	13	645	37	13	18	30	1.89
1304763--1305468	158	4.5	155	69	11	414	37	13	17	30	1.88
1304579--1308393	948	4.1	951	85	4	4731	36	13	18	31	1.89
1305718--1308393	473	5.7	473	84	3	3286	36	12	18	31	1.89
1308051--1308720	314	2.1	315	83	4	866	37	13	18	30	1.89
1308402--1312509	476	8.7	474	84	3	4919	36	13	18	31	1.89
1305731--1312313	159	41.7	158	66	12	1568	36	13	18	31	1.89
1315067--1315129	33	1.9	33	84	12	85	38	17	9	34	1.82
1315160--1315226	19	3.8	19	77	22	92	40	11	16	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1315179--1315237	13	5.1	13	71	26	60	40	11	15	32	1.83
1315160--1315256	32	3.0	32	93	1	158	41	12	15	30	1.84
1315816--1315857	22	1.9	22	95	0	75	23	38	2	35	1.68
1323905--1323957	13	4.5	13	69	26	55	35	16	13	33	1.88
1323908--1323972	33	2.0	33	88	11	98	33	16	13	35	1.89
1337052--1337132	40	2.0	40	100	0	162	38	17	14	29	1.90
1335068--1342744	475	16.1	475	83	4	8367	36	13	18	31	1.89
1339572--1340284	158	4.5	158	68	12	399	37	12	17	31	1.88
1343946--1343971	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1344010--1344085	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
1344031--1344103	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1344010--1344103	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
1346989--1347019	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1348823--1348867	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1351080--1351105	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1351144--1351219	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
1351165--1351237	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1351144--1351237	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
1352591--1352616	12	2.2	12	100	0	52	57	0	34	7	1.27
1352682--1353363	317	2.2	318	84	3	885	38	13	16	31	1.88
1352703--1353457	317	2.4	316	81	5	812	37	13	16	32	1.88
1351528--1358357	474	14.3	474	78	7	4989	37	13	17	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1352986--1361851	159	56.0	157	67	13	2162	36	13	18	31	1.89
1358341--1361851	474	7.4	472	85	3	4649	35	13	18	32	1.90
1358341--1361847	949	3.7	948	91	1	5234	35	13	18	32	1.90
1362755--1362985	97	2.4	97	89	3	340	29	10	29	31	1.90
1364690--1364746	14	4.3	12	81	14	60	1	19	1	77	0.95
1364714--1364746	15	2.3	15	94	5	59	0	15	0	84	0.61
1367523--1373894	159	40.1	156	66	13	1728	37	14	17	30	1.90
1367895--1368242	157	2.2	159	86	4	463	36	13	16	33	1.88
1365957--1371472	476	11.6	475	80	5	5441	37	13	17	31	1.89
1365957--1378209	475	25.4	475	75	10	6119	36	14	18	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16