genome.fa.s232.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold232
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2516017

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  9  of  16  ( 1878 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1371049--1371792	317	2.3	315	84	2	929	38	15	16	29	1.90
1371178--1371915	317	2.3	316	83	4	835	38	15	15	30	1.89
1374264--1378209	948	4.2	949	87	3	4986	36	14	18	30	1.91
1374264--1378209	482	8.3	476	82	6	4421	36	14	18	30	1.91
1378499--1378571	20	3.7	19	83	8	85	32	15	16	35	1.90
1385517--1385589	20	3.7	19	85	8	85	31	15	16	36	1.90
1385617--1385670	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
1386419--1389473	159	19.3	160	66	12	944	36	13	18	31	1.90
1386418--1390307	474	8.2	473	82	5	4390	36	13	18	31	1.90
1391053--1391118	20	3.7	20	69	26	74	31	12	19	36	1.89
1391051--1391151	33	3.1	33	95	1	177	31	12	18	36	1.89
1391106--1391131	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1391191--1391243	20	2.6	21	78	3	63	28	15	15	41	1.87
1391231--1391255	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1391566--1395106	475	7.5	475	85	3	4538	37	13	18	30	1.90
1391590--1395092	159	22.2	155	67	13	1091	36	13	18	30	1.90
1391566--1395036	158	22.0	158	67	13	1105	36	13	18	30	1.90
1396994--1397233	43	5.5	43	77	15	226	38	14	26	20	1.91
1396994--1397274	130	2.2	127	82	10	322	37	14	28	19	1.91
1397244--1397361	61	1.9	61	91	0	191	24	20	28	26	1.99
1397637--1397693	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
1397617--1397717	32	3.1	32	97	1	184	34	11	17	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1397615--1397712	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
1397755--1397779	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1397788--1397968	52	3.5	52	97	0	335	35	19	17	27	1.94
1414844--1414912	9	7.4	9	81	12	50	79	11	8	0	0.93
1414839--1414930	10	9.2	10	73	17	66	82	9	7	0	0.84
1414881--1414937	30	1.9	30	82	7	71	80	14	5	0	0.87
1416347--1416766	30	14.6	30	83	10	506	32	33	14	18	1.92
1416355--1416766	57	7.2	57	88	4	598	33	33	15	18	1.92
1416355--1416766	172	2.4	170	86	8	607	33	33	15	18	1.92
1416750--1416880	34	3.8	34	84	7	124	19	30	12	37	1.89
1416777--1416887	34	3.2	34	85	5	143	17	29	10	42	1.83
1416888--1416992	29	3.5	31	77	14	107	32	30	19	18	1.95
1417003--1417502	102	4.9	102	91	0	777	22	25	17	33	1.96
1417003--1417456	49	8.9	49	82	6	521	22	25	17	34	1.96
1418188--1418233	19	2.4	19	92	0	74	32	10	19	36	1.87
1419809--1419842	16	2.1	16	100	0	68	35	29	11	23	1.90
1421499--1421772	43	6.4	43	74	16	205	38	14	28	18	1.90
1421499--1421773	130	2.1	127	82	9	319	38	14	28	18	1.90
1421745--1421968	61	3.7	60	84	5	281	31	20	25	22	1.98
1422393--1422697	42	7.3	41	71	13	178	40	14	26	19	1.89
1422459--1422705	129	1.9	130	88	2	372	38	14	28	19	1.90
1422459--1422697	42	5.5	45	77	12	248	38	14	27	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1422461--1422733	42	6.4	43	75	14	158	37	14	28	19	1.91
1422845--1423149	42	7.3	41	71	13	178	40	14	26	19	1.89
1422911--1423157	129	1.9	130	88	2	372	38	14	28	19	1.90
1422911--1423149	42	5.5	45	77	12	248	38	14	27	19	1.91
1422368--1423706	452	3.0	452	98	0	2588	37	15	27	20	1.92
1423297--1423414	35	3.0	40	72	16	120	40	14	24	20	1.90
1423363--1423637	42	6.4	45	78	10	251	36	14	30	19	1.91
1423363--1423609	129	1.9	130	85	4	347	37	13	29	19	1.90
1423613--1423836	61	3.7	61	86	3	299	29	20	25	23	1.99
1423613--1423836	122	1.8	122	87	1	333	29	20	25	23	1.99
1424328--1424567	43	5.5	43	74	12	204	38	15	26	19	1.91
1424330--1424609	130	2.2	126	84	8	352	38	14	27	19	1.91
1424578--1424799	61	3.6	61	83	4	252	30	21	25	22	1.99
1423272--1425496	966	2.3	970	92	1	3691	33	17	25	24	1.96
1425303--1425497	87	2.2	89	86	7	265	39	15	25	19	1.91
1425366--1425533	42	4.0	43	78	11	179	37	14	30	17	1.90
1425517--1425737	61	3.6	62	84	4	297	28	20	25	24	1.99
1426123--1426224	41	2.5	41	84	4	118	43	12	26	17	1.85
1426228--1426467	43	5.5	43	74	13	195	39	14	25	20	1.90
1426486--1426702	61	3.6	61	84	6	269	28	22	24	23	1.99
1432323--1432370	21	2.3	20	80	13	53	47	0	18	33	1.49
1432330--1432371	21	2.0	22	85	4	59	52	0	19	28	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1432679--1433763	475	2.3	473	83	2	1320	32	19	12	35	1.89
1433436--1434092	352	1.9	351	83	2	861	29	20	12	37	1.89
1433780--1448543	475	30.6	475	76	10	10187	30	19	13	36	1.90
1440731--1440839	55	2.0	55	98	0	209	33	21	9	36	1.85
1442212--1442320	55	2.0	55	96	0	200	33	22	9	35	1.86
1443693--1443801	55	2.0	55	96	0	200	33	22	9	35	1.86
1445173--1445281	55	2.0	55	96	0	200	32	21	9	37	1.85
1446654--1446762	55	2.0	55	100	0	218	33	22	9	35	1.86
1449507--1451746	476	4.9	445	79	8	1566	30	19	13	36	1.91
1450125--1450798	159	4.2	160	68	11	409	31	20	12	35	1.89
1449877--1451768	476	4.0	474	83	4	2216	30	19	13	35	1.91
1449902--1451773	939	2.0	941	83	4	2329	30	19	13	35	1.91
1452523--1453138	79	7.8	79	79	7	538	29	24	12	33	1.92
1452523--1453100	158	3.7	155	82	4	622	28	24	13	33	1.93
1452525--1453121	237	2.5	238	81	3	659	28	24	13	33	1.93
1454060--1467604	475	28.6	474	82	4	14039	31	19	13	36	1.90
1468703--1468728	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1468788--1468860	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1468767--1468860	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
1468767--1468842	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
1470567--1470597	1	31.0	1	100	0	62	100	0	0	0	0.00
1474435--1474460	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1474520--1474592	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1474499--1474592	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
1474499--1474574	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
1475857--1476993	476	2.4	475	82	4	1328	30	18	13	37	1.89
1477060--1487307	475	21.9	476	79	5	9472	30	18	14	36	1.90
1480968--1487307	476	13.5	475	79	6	6043	30	18	13	37	1.90
1486680--1487896	613	2.0	613	87	1	1769	31	18	14	36	1.90
1487679--1493667	474	12.6	474	80	5	6087	30	18	13	36	1.90
1495660--1496431	159	4.9	156	69	10	433	31	20	13	34	1.91
1494492--1497334	475	6.0	473	82	3	3068	31	18	13	36	1.90
1498778--1498829	22	2.4	22	90	3	79	34	21	9	34	1.86
1500650--1500758	41	2.7	41	98	0	209	39	13	19	27	1.89
1506966--1507013	20	2.5	20	86	3	62	35	18	16	29	1.93
1506966--1507019	19	2.8	20	82	2	65	37	18	14	29	1.91
1507328--1511075	475	7.9	476	80	5	3800	31	17	13	36	1.89
1512502--1512555	20	2.7	19	83	11	65	37	18	12	31	1.89
1512584--1512638	19	2.9	19	86	5	67	34	14	16	34	1.89
1512623--1512651	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
1512604--1512668	32	2.0	33	85	8	89	40	15	13	30	1.86
1512967--1516436	475	7.3	474	81	4	3651	31	18	13	36	1.89
1522245--1528573	157	40.2	154	65	13	2148	31	18	14	35	1.91
1522099--1529336	472	15.3	472	96	0	12620	31	18	14	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1529641--1529696	19	2.9	19	89	5	85	30	16	16	37	1.90
1529642--1529696	20	2.8	19	89	5	83	30	14	16	38	1.89
1529741--1529770	13	2.3	13	94	0	51	33	13	13	40	1.83
1529982--1530016	11	3.2	11	84	15	54	54	17	17	11	1.71
1530544--1532615	475	4.4	474	82	3	2402	31	18	13	36	1.90
1532665--1537307	475	9.8	474	81	4	4749	30	17	14	38	1.89
1538791--1538840	15	3.3	15	80	11	57	54	6	16	24	1.64
1543059--1544468	476	3.0	468	80	5	1574	31	19	13	36	1.90
1544055--1544871	430	1.9	421	81	3	965	31	16	14	38	1.88
1544476--1546021	476	3.2	473	84	2	1875	31	17	13	37	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16