genome.fa.s332.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold332
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744988

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8990--9071	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
9054--9225	53	3.3	51	77	4	173	32	11	26	29	1.91
9208--9283	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
11755--11780	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
11734--11800	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
11820--11887	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
11842--11866	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
11823--11885	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
11943--11999	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
12003--12033	16	1.9	16	100	0	62	6	3	0	90	0.55
12004--12036	17	1.9	17	100	0	66	6	6	0	87	0.65
12506--12539	13	2.6	13	95	0	59	41	0	0	58	0.98
12628--12687	31	1.9	31	89	0	93	48	8	6	36	1.60
12731--12772	14	3.1	14	75	6	50	61	4	2	30	1.29
12737--12781	14	3.3	13	81	3	54	57	2	0	40	1.11
12975--13007	3	11.3	3	87	6	50	66	3	0	30	1.06
12975--13008	11	3.0	11	91	4	50	64	2	0	32	1.08
13186--13266	13	5.9	13	79	15	92	40	1	0	58	1.06
13189--13266	26	2.9	26	85	12	113	39	1	0	58	1.06
14233--14284	25	2.1	25	88	0	77	30	13	15	40	1.86
19902--20151	125	2.0	126	90	2	396	32	12	22	32	1.91
20317--21080	79	9.7	78	80	4	703	36	12	24	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20317--21023	157	4.5	157	79	3	760	36	12	24	27	1.91
20317--21105	157	5.0	157	78	5	759	36	11	24	27	1.90
20334--21065	236	3.1	237	81	4	852	36	12	24	27	1.90
21782--21825	22	2.0	22	82	8	54	59	2	2	36	1.23
23276--23330	20	2.7	21	77	5	67	45	12	14	27	1.81
23350--23389	20	2.0	20	100	0	80	45	10	20	25	1.81
29411--29637	78	2.9	79	79	10	200	30	25	11	32	1.90
29411--29704	79	3.7	78	79	8	265	29	24	11	33	1.91
29452--29705	79	3.2	79	79	5	282	29	24	11	35	1.90
31296--31349	20	2.6	21	88	2	74	29	16	11	42	1.83
33277--33348	27	2.7	26	85	8	92	27	33	12	26	1.92
33345--34544	599	2.0	599	93	1	2048	31	16	11	40	1.84
43493--43552	20	3.0	21	78	7	70	63	3	1	31	1.20
45698--45766	25	2.8	23	79	14	75	55	0	2	42	1.15
45702--45800	51	2.0	50	84	13	132	57	0	2	40	1.10
45829--45936	53	2.1	50	81	14	123	50	3	0	45	1.19
46370--46398	11	2.5	12	94	5	51	17	0	3	79	0.87
47595--47729	47	2.9	47	83	5	177	32	23	19	24	1.97
48402--48469	26	2.6	26	72	21	61	57	8	0	33	1.30
49617--49648	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
54910--54937	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
54976--55033	20	3.0	20	84	2	73	46	13	10	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59384--59440	27	2.1	27	83	6	71	28	40	1	29	1.67
59701--59851	75	2.0	75	85	0	203	32	7	20	39	1.82
60611--60648	16	2.4	16	82	8	51	28	0	10	60	1.30
61228--61276	20	2.8	17	79	14	55	40	6	0	53	1.26
61806--61861	25	2.3	24	87	6	78	32	7	12	48	1.68
77048--77128	41	2.1	39	81	6	92	41	13	27	17	1.87
77059--77242	41	4.5	41	77	8	167	41	13	23	21	1.88
77059--77258	82	2.4	81	79	7	215	41	12	24	22	1.88
77086--77270	41	4.5	39	72	14	117	40	11	25	22	1.88
77086--77275	82	2.3	81	80	7	222	40	12	25	22	1.88
77060--77285	123	1.8	123	81	5	278	41	12	23	22	1.88
82965--83004	20	2.0	20	85	4	55	32	12	2	52	1.52
83011--83089	3	26.7	3	94	2	142	67	0	1	31	0.99
87587--87917	67	5.0	67	79	8	327	47	15	20	16	1.82
87621--87917	133	2.2	134	82	7	381	48	15	20	15	1.82
87882--87951	34	2.1	34	84	10	90	52	17	17	12	1.74
87925--88210	67	4.3	67	74	9	237	45	13	23	18	1.85
88059--88245	67	2.8	66	82	8	182	46	12	21	19	1.82
88249--88342	40	2.3	41	83	8	122	45	17	22	14	1.84
88238--88428	41	4.7	40	76	6	136	41	14	26	17	1.88
88289--88445	82	1.9	82	80	5	183	40	12	28	19	1.87
88378--88510	41	3.3	39	80	8	122	43	9	26	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89122--89309	76	2.5	76	77	4	189	43	11	18	26	1.84
89162--89639	76	6.2	76	75	5	363	46	12	15	25	1.81
89201--89635	153	2.9	147	78	8	469	45	12	15	26	1.82
89826--90442	60	10.3	60	74	9	323	49	16	14	18	1.79
89896--90334	120	3.7	120	74	8	410	50	15	14	19	1.77
89871--90442	239	2.4	237	81	3	635	50	16	14	19	1.79
90896--91178	88	3.2	85	77	6	271	43	13	17	26	1.85
90944--91232	88	3.3	88	85	2	366	43	12	17	25	1.85
91506--91560	21	2.7	20	81	10	67	34	12	20	32	1.90
91608--91633	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
91590--91654	32	2.0	32	87	6	94	41	16	13	27	1.87
95701--95739	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
100282--100347	20	3.2	20	71	12	71	34	13	18	33	1.90
100300--100376	21	3.7	21	73	13	79	40	11	16	31	1.85
100282--100377	41	2.3	41	100	0	192	37	12	17	32	1.87
100289--100355	20	3.3	20	72	12	73	35	13	16	34	1.88
100425--100450	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
100407--100471	32	2.0	32	87	6	94	41	16	13	27	1.87
101932--102204	106	2.5	105	79	12	254	36	13	15	34	1.87
102473--102503	8	3.8	8	91	8	53	0	12	0	87	0.55
103714--105147	718	2.0	716	92	1	2417	42	11	13	31	1.80
105196--105374	82	2.2	82	97	0	340	38	11	16	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107455--107511	29	2.0	29	89	0	87	36	26	5	31	1.79
109763--109805	19	2.3	19	92	4	70	53	9	0	37	1.33
114958--115143	95	1.9	96	81	8	227	37	11	21	29	1.89
120292--120347	8	7.7	7	79	16	53	3	16	0	80	0.85
120288--120347	15	4.1	15	79	18	63	5	15	0	80	0.88
120286--120345	28	2.1	28	87	0	84	5	13	0	81	0.84
120279--120336	12	4.7	12	76	6	53	5	13	0	81	0.86
120667--120711	20	2.2	21	84	11	58	73	8	0	17	1.08
123190--123238	14	3.6	13	83	8	53	63	4	2	30	1.24
123203--123239	14	2.7	14	91	4	58	67	0	2	29	1.04
124944--125313	149	2.4	155	84	8	457	39	11	13	35	1.80
126120--126157	14	2.6	14	88	12	51	2	21	0	76	0.91
128124--128724	42	14.3	42	68	9	194	33	18	29	18	1.95
128287--128642	125	2.8	124	78	6	369	32	19	29	18	1.95
128116--128473	170	2.1	170	80	5	370	36	17	27	18	1.93
128292--128686	127	3.1	123	76	8	361	31	20	29	18	1.96
128510--128696	43	4.4	42	76	7	121	29	21	29	18	1.97
128708--128773	34	1.9	34	81	6	80	37	15	25	21	1.92
128753--129187	209	2.1	209	83	3	536	37	17	28	16	1.91
128738--129215	42	11.4	41	76	4	242	38	16	29	15	1.90
128821--129401	209	2.8	209	79	4	526	37	16	29	16	1.91
128966--129258	84	3.5	84	76	6	247	35	15	31	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129207--129312	41	2.5	42	83	3	133	32	11	33	22	1.90
129306--129396	42	2.2	42	84	4	112	40	18	24	16	1.90
129536--129831	44	6.7	43	73	11	224	40	14	22	22	1.90
129539--129833	88	3.3	87	81	7	335	40	14	22	21	1.90
129502--129741	132	1.8	132	83	3	322	38	13	25	22	1.91
129497--129785	132	2.2	132	79	3	314	38	14	24	21	1.92
129971--130052	35	2.3	35	85	0	101	40	13	26	19	1.89
130717--130880	88	1.9	88	84	1	213	44	14	18	22	1.86
132173--132208	9	4.0	9	88	0	54	0	13	2	83	0.76
132173--132211	18	2.2	17	90	4	60	0	15	2	82	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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