genome.fa.s332.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold332
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744988

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2443821--2444012	53	3.6	51	79	7	179	33	15	17	33	1.91
2443816--2444012	106	1.9	107	81	3	245	32	15	16	34	1.91
2444263--2444397	64	2.1	64	82	8	159	32	12	15	39	1.85
2444263--2444612	129	2.7	128	77	8	338	33	15	16	35	1.89
2449959--2450000	22	1.9	22	85	0	57	45	4	2	47	1.36
2453907--2453967	30	2.0	29	81	12	70	49	1	0	49	1.10
2454462--2454487	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2455972--2456019	20	2.3	23	79	17	59	35	4	0	60	1.16
2456409--2456434	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2457582--2457615	17	1.9	18	94	5	61	64	0	0	35	0.94
2464845--2464876	12	2.7	12	95	0	55	46	12	15	25	1.81
2466778--2466808	2	15.5	2	93	0	53	0	45	0	54	0.99
2466835--2466881	24	2.0	23	91	4	76	51	0	0	48	1.00
2466841--2466892	24	2.2	24	82	0	59	48	0	5	46	1.26
2470727--2470819	19	5.6	18	70	27	80	35	12	16	35	1.87
2470744--2470800	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
2470727--2470821	32	3.0	32	96	0	172	35	12	15	35	1.86
2470862--2470886	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2471816--2471856	21	1.9	22	90	5	66	26	17	12	43	1.84
2480836--2480946	54	2.1	54	98	0	213	36	15	12	36	1.85
2481743--2481778	5	7.2	5	100	0	72	38	22	19	19	1.93
2483620--2483726	56	1.9	55	90	5	171	38	19	18	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2484854--2484883	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2485147--2485229	21	4.1	20	76	13	80	55	2	2	39	1.26
2485126--2485240	41	2.8	41	77	7	108	56	2	2	38	1.27
2485222--2485310	20	4.4	20	76	19	87	50	7	3	38	1.48
2485279--2485449	42	4.2	43	72	15	114	48	6	6	38	1.55
2485246--2485411	80	2.1	80	83	6	203	48	6	6	39	1.52
2485386--2485468	41	2.0	41	83	0	103	50	6	6	37	1.52
2485221--2485511	21	14.3	21	69	12	97	50	7	4	36	1.52
2485680--2485716	19	1.9	19	94	0	65	56	8	5	29	1.51
2485689--2485747	21	2.9	21	80	5	59	50	5	8	35	1.55
2485760--2485820	21	2.9	22	78	14	65	50	11	4	32	1.60
2485902--2485958	22	2.8	19	75	14	60	56	10	5	28	1.55
2485968--2486018	20	2.5	21	83	6	68	54	5	3	35	1.43
2486005--2486073	21	3.3	20	72	9	59	53	14	4	27	1.59
2490626--2490747	21	5.9	20	71	11	77	50	9	4	35	1.55
2490679--2490747	11	6.6	11	70	17	58	52	8	2	36	1.47
2490687--2490744	31	1.9	29	83	13	73	51	8	3	36	1.49
2490680--2490851	41	4.2	41	82	5	186	49	8	5	37	1.55
2490679--2490851	21	8.4	20	77	8	134	49	8	5	36	1.56
2490773--2490864	42	2.2	42	80	3	105	46	9	9	33	1.70
2491242--2491322	21	3.9	21	70	6	58	48	7	4	39	1.53
2491304--2491343	21	1.9	21	89	0	62	40	5	5	50	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2491362--2491447	21	4.2	20	76	5	91	59	15	1	24	1.43
2491372--2491453	42	2.0	41	90	2	128	56	14	1	28	1.47
2497895--2497945	26	1.9	27	96	4	95	58	0	1	39	1.09
2497895--2497951	26	2.1	27	90	3	89	57	0	1	40	1.09
2498038--2498143	50	2.2	49	88	5	160	35	23	5	34	1.79
2498549--2498607	24	2.5	23	76	13	57	30	11	1	55	1.46
2498914--2498959	19	2.4	18	85	7	56	52	6	0	41	1.27
2499715--2499750	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2500288--2500332	2	22.5	2	95	0	81	48	2	0	48	1.13
2503858--2503983	51	2.5	51	89	1	189	52	15	6	25	1.66
2503993--2504035	12	3.5	12	77	3	50	74	4	9	11	1.20
2507314--2507385	20	3.6	21	69	16	71	36	0	9	54	1.34
2507318--2507398	40	2.0	40	100	0	162	39	0	7	53	1.29
2509951--2510069	34	3.5	33	78	11	107	53	8	26	11	1.65
2513470--2513507	20	1.9	20	94	0	67	42	10	7	39	1.69
2513417--2513525	52	2.1	52	87	0	164	36	16	15	31	1.90
2515078--2515108	3	10.3	3	92	0	53	38	0	32	29	1.57
2515556--2515596	20	2.0	21	86	13	59	63	0	14	21	1.30
2522078--2522102	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2522167--2522275	52	2.1	52	87	0	164	33	15	18	32	1.92
2525758--2525807	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
2525903--2525955	21	2.6	19	81	18	63	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2526051--2526097	19	2.7	16	84	15	58	42	0	0	57	0.98
2526934--2526973	13	3.1	13	92	0	71	35	15	10	40	1.80
2531338--2531372	18	1.9	18	88	11	54	37	8	0	54	1.31
2531483--2531529	19	2.7	16	84	15	58	42	0	0	57	0.98
2532419--2532454	3	11.7	3	94	5	63	63	0	0	36	0.94
2534331--2534357	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2536690--2536716	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2538040--2538766	364	2.0	364	94	1	1269	35	14	22	27	1.93
2548099--2548128	15	2.1	15	93	6	53	0	10	0	90	0.47
2550224--2550249	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2550715--2550761	14	3.3	14	75	13	51	70	2	0	27	0.99
2550701--2550780	30	2.9	28	75	17	87	68	1	0	30	0.97
2550701--2550780	28	2.9	29	82	14	91	68	1	0	30	0.97
2550722--2550779	22	2.5	22	80	8	53	68	1	0	29	0.99
2551950--2551974	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2552024--2552091	32	2.1	32	88	0	100	27	23	11	36	1.90
2552514--2552585	36	2.0	36	94	2	128	33	11	29	26	1.91
2552516--2552606	35	2.8	31	75	16	94	30	13	25	30	1.93
2553647--2553685	20	1.9	20	84	5	51	10	28	43	17	1.82
2554131--2554169	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
2558705--2558739	12	2.9	12	86	0	52	22	40	0	37	1.55
2562282--2562324	20	2.2	20	91	0	68	27	27	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2562287--2562333	20	2.3	20	92	0	76	31	23	10	34	1.89
2562363--2562415	19	2.7	20	85	2	72	37	13	16	32	1.88
2562404--2562428	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2562385--2562449	32	2.0	32	84	3	85	36	13	16	32	1.89
2563535--2563559	12	2.1	12	100	0	50	8	24	16	52	1.70
2564984--2565062	20	3.9	20	94	1	140	34	17	10	37	1.84
2570109--2570138	15	2.0	15	100	0	60	26	40	0	33	1.57
2571186--2571242	20	2.8	20	87	7	80	29	21	10	38	1.87
2571274--2571321	19	2.5	20	75	6	53	39	12	18	29	1.88
2571307--2571338	13	2.5	13	94	0	55	40	12	15	31	1.85
2571411--2571462	20	2.6	20	100	0	104	38	15	11	34	1.83
2574840--2574872	13	2.5	13	95	0	57	39	15	12	33	1.84
2575805--2575890	19	4.8	18	68	23	56	36	10	16	37	1.83
2575826--2575903	32	2.4	32	95	0	138	34	11	16	37	1.85
2575922--2575949	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2582579--2582603	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
2582652--2582705	20	2.7	19	88	11	74	37	14	12	35	1.85
2590288--2590353	33	2.0	33	87	0	96	27	27	16	28	1.97
2594614--2594639	13	2.0	13	100	0	52	38	23	30	7	1.83
2595033--2595668	28	21.9	28	81	6	635	24	17	29	29	1.97
2595029--2595668	57	11.0	57	82	7	686	24	17	29	28	1.97
2594986--2595668	145	4.7	145	83	6	790	24	16	29	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2596892--2596953	11	5.5	11	75	22	58	1	3	11	83	0.82
2596892--2596953	10	5.7	10	75	21	54	1	3	11	83	0.82
2596917--2596953	10	3.8	10	85	7	58	0	0	10	89	0.49
2596918--2596954	9	4.0	9	86	6	56	0	0	13	86	0.57
2596912--2596952	19	2.1	20	95	4	75	0	0	14	85	0.60
2596893--2596955	20	3.0	19	84	15	72	1	3	14	80	0.90
2610898--2610955	20	2.9	20	94	0	107	43	10	15	31	1.80
2611754--2612328	28	19.9	28	82	5	592	24	17	29	28	1.97
2611750--2612328	57	10.0	57	84	6	643	24	17	29	28	1.97
2620909--2621296	79	4.9	79	77	3	368	32	15	25	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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