genome.fa.s332.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold332
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744988

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
715723--716674	184	5.1	183	84	5	1080	25	26	18	29	1.98
716606--716825	105	2.1	105	92	1	361	24	30	16	28	1.97
716811--716908	41	2.3	41	77	10	99	24	24	14	36	1.93
716962--717301	105	3.2	105	92	1	547	23	29	16	30	1.96
717241--717758	43	11.7	43	78	9	386	19	26	13	41	1.88
717241--717698	89	5.2	89	82	6	482	20	27	12	39	1.89
717266--717758	176	2.8	174	84	5	591	18	26	12	41	1.87
717241--717758	89	5.9	86	79	10	428	19	26	13	41	1.88
717789--717890	41	2.5	39	78	13	100	18	26	10	44	1.83
718476--718505	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
720910--721072	51	3.3	51	81	4	163	30	23	10	36	1.88
721073--721189	51	2.3	51	89	0	180	29	23	12	34	1.92
720944--721198	130	2.0	131	84	3	336	28	23	12	35	1.91
721174--721247	28	2.6	28	80	4	87	24	29	20	25	1.99
721230--721349	51	2.4	51	83	7	154	28	29	13	29	1.94
721328--721512	79	2.3	80	78	6	207	27	26	14	31	1.94
723209--723264	20	2.8	19	83	5	67	37	16	16	30	1.90
723290--723315	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
725532--725576	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
727382--727410	15	1.9	15	100	0	58	55	6	20	17	1.65
729466--729504	20	2.0	20	89	0	60	23	12	10	53	1.69
729490--729528	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729649--729695	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
729651--729693	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
732077--732102	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
734827--734879	10	4.3	13	80	20	53	71	1	0	26	0.96
740167--740337	61	2.9	57	77	8	171	37	12	25	24	1.91
740352--740700	52	6.5	52	70	14	219	34	14	26	25	1.94
740450--740657	113	1.8	113	93	0	362	34	13	26	25	1.94
740698--740805	32	3.4	32	79	6	114	23	14	30	31	1.94
740714--740801	32	2.7	33	84	3	117	20	17	28	34	1.95
740998--741100	53	2.0	52	83	9	129	35	16	26	21	1.94
742336--742405	23	3.2	22	76	13	65	7	2	7	82	0.92
742335--742397	8	7.5	8	76	16	56	6	3	7	82	0.93
742333--742406	13	5.5	13	75	19	53	8	2	6	82	0.93
743424--743487	20	3.5	20	72	27	79	29	17	12	40	1.86
743444--743507	13	5.4	13	73	17	59	34	14	14	37	1.86
743424--743504	33	2.5	33	97	0	153	32	16	12	39	1.85
743532--743587	19	2.8	21	81	10	71	33	19	14	32	1.92
743573--743598	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
744138--744209	37	1.9	37	88	2	108	36	26	1	36	1.65
746056--746093	13	2.9	13	100	0	76	39	15	15	28	1.89
752293--752348	19	2.8	21	78	10	71	35	17	12	33	1.88
752334--752360	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757805--757831	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
757817--757871	19	2.8	20	88	2	85	30	16	14	38	1.89
764380--764467	41	2.1	43	91	4	144	28	19	14	37	1.91
766749--766856	50	2.2	51	81	5	130	24	21	12	42	1.86
766858--767109	79	3.2	77	76	9	258	27	24	13	34	1.93
770423--770546	51	2.4	52	83	1	151	35	13	26	24	1.93
770555--770901	31	11.0	31	86	3	453	21	18	29	29	1.97
770569--770903	126	2.7	126	90	2	494	20	18	30	30	1.97
770998--771087	31	2.9	31	73	5	92	21	24	26	27	1.99
771061--771755	62	11.5	62	78	7	689	29	19	23	27	1.98
771061--771754	58	11.5	58	78	7	593	29	19	23	27	1.98
770939--771752	364	2.2	362	85	2	1119	28	20	23	27	1.99
773054--773126	22	3.5	21	76	14	62	6	15	8	69	1.33
779797--779826	12	2.6	12	94	5	53	0	13	0	86	0.57
783569--783643	30	2.5	31	84	2	89	24	26	18	30	1.98
783620--784272	61	10.0	62	86	7	697	20	33	13	32	1.91
783592--784325	34	22.3	34	77	14	695	21	33	13	31	1.91
783778--783829	27	1.9	27	92	0	86	23	36	19	21	1.95
783618--784325	202	3.6	202	89	6	996	20	34	12	31	1.91
784310--784374	33	1.9	34	93	3	114	27	35	18	18	1.94
784377--785221	49	17.8	48	84	8	1083	24	26	18	31	1.98
784520--785177	92	7.0	92	91	4	923	24	26	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786077--786143	33	2.0	33	85	0	89	34	10	13	41	1.79
786184--786208	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
786217--786340	52	2.4	52	87	4	180	34	16	18	30	1.93
789934--789959	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
789998--790073	20	3.8	20	79	8	73	28	15	14	40	1.87
790658--790701	21	2.1	21	83	8	54	27	31	2	38	1.69
792340--792386	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
792509--792545	13	2.8	13	91	0	56	37	13	18	29	1.90
792531--792609	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
794613--794643	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
796447--796491	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
796761--796832	36	2.0	36	100	0	144	27	22	11	38	1.88
798755--798780	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
798818--798893	20	3.8	20	79	8	73	28	15	14	40	1.87
802206--802230	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
802186--802252	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
802293--802352	13	5.1	13	69	22	60	30	13	16	40	1.87
802272--802371	33	3.0	33	88	4	148	34	14	14	38	1.85
802339--802487	52	2.9	51	93	6	246	35	16	16	31	1.91
806969--806994	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
807061--807106	21	2.2	21	88	7	67	32	19	15	32	1.93
815462--815492	15	2.1	15	100	0	62	6	32	6	54	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818712--818753	20	2.1	20	100	0	84	23	0	19	57	1.41
824458--824493	16	2.2	16	100	0	72	22	8	33	36	1.84
825071--825107	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
825124--825153	2	15.0	2	92	0	51	50	0	3	46	1.18
826944--826976	15	2.3	15	89	5	50	27	9	9	54	1.62
827357--827486	36	3.6	36	66	17	108	35	2	6	56	1.37
827695--827731	11	3.4	11	92	0	65	40	0	0	59	0.97
827408--828261	298	2.9	296	91	1	1379	35	9	8	46	1.67
828262--828298	11	3.4	11	92	0	65	40	0	0	59	0.97
828251--828399	22	6.8	22	67	16	87	40	2	1	55	1.19
828255--828399	43	3.3	43	69	14	134	41	2	1	55	1.20
828301--828434	43	3.0	47	67	22	140	39	2	2	54	1.31
828260--828434	89	2.0	89	98	0	341	40	2	2	55	1.25
828351--828387	11	3.4	11	92	0	65	40	0	0	59	0.97
828259--828461	89	2.3	86	89	6	243	40	2	2	54	1.29
830785--830847	19	3.6	19	72	24	75	34	12	14	38	1.84
830783--830977	32	6.0	32	77	11	150	33	14	15	35	1.89
830917--830979	20	3.5	20	72	28	77	26	20	14	38	1.91
830932--830958	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
830900--830978	33	2.4	33	93	0	131	27	16	15	40	1.88
833311--833613	51	5.8	51	68	12	186	28	27	12	31	1.93
833427--833503	28	2.8	28	81	0	91	23	31	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834565--834748	91	2.0	92	82	3	228	31	15	10	42	1.81
834753--835361	92	6.7	93	80	8	688	33	13	8	44	1.74
834753--835361	186	3.4	186	80	8	749	33	13	8	44	1.74
835359--835393	18	1.9	18	100	0	70	42	11	0	45	1.40
840628--840652	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
840695--840792	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
840714--840770	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
840693--840790	32	3.0	32	96	1	178	35	17	12	34	1.87
844062--844183	52	2.3	52	97	0	226	28	18	18	34	1.95
844062--844203	52	2.7	51	90	4	214	30	18	18	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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