genome.fa.s332.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold332
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744988

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1362049--1362115	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1362071--1362095	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1367760--1367827	33	2.1	32	86	8	93	33	11	17	36	1.86
1367861--1367910	20	2.5	20	90	0	73	28	16	16	40	1.89
1376684--1376868	51	3.6	51	94	0	309	27	15	15	42	1.87
1377761--1377801	21	2.0	21	90	4	66	19	12	17	51	1.76
1390676--1390748	1	73.0	1	72	0	56	86	13	0	0	0.58
1390675--1390746	7	10.0	7	80	16	85	84	15	0	0	0.62
1390676--1390747	9	8.6	8	81	15	76	86	13	0	0	0.58
1390679--1390748	19	3.8	18	82	14	90	85	14	0	0	0.59
1392103--1392174	28	2.6	28	80	2	92	26	29	19	25	1.99
1392350--1392458	32	3.5	31	84	12	141	34	33	16	15	1.91
1392349--1392490	32	4.6	29	79	14	131	32	34	16	16	1.92
1392349--1392490	63	2.3	62	87	2	194	32	34	16	16	1.92
1392522--1392867	52	6.7	52	78	7	371	23	25	15	35	1.94
1392518--1392867	104	3.4	104	88	2	517	23	25	15	35	1.94
1392813--1392949	61	2.2	61	77	0	157	23	29	13	32	1.93
1393651--1393781	50	2.6	51	87	1	192	29	15	13	41	1.85
1394543--1394583	21	2.0	21	90	4	66	19	12	17	51	1.76
1396345--1396399	20	2.8	20	88	0	83	27	12	12	47	1.78
1398817--1399194	79	4.8	79	74	4	305	27	24	13	34	1.93
1398816--1399199	158	2.4	157	82	4	432	27	24	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1403593--1404452	27	32.1	26	78	8	378	25	29	13	31	1.94
1403618--1404336	27	27.1	27	78	5	646	25	29	13	32	1.93
1403618--1404449	53	15.6	53	81	5	741	25	29	13	31	1.94
1404271--1404663	29	13.8	28	85	2	439	29	27	17	25	1.97
1410260--1410297	10	3.9	10	80	19	53	73	0	26	0	0.83
1410270--1410330	23	2.5	25	81	5	72	75	0	22	1	0.89
1410247--1410330	34	2.5	35	84	11	104	75	1	22	1	0.95
1413951--1413993	23	1.9	22	90	4	68	62	0	0	37	0.95
1413932--1413966	5	7.0	5	93	0	52	65	0	0	34	0.93
1413932--1414003	22	3.3	21	75	12	65	62	2	0	34	1.10
1414864--1414962	30	3.0	34	77	12	118	33	12	27	27	1.92
1416750--1416775	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1416727--1416796	33	2.1	33	89	7	106	32	20	12	34	1.90
1416865--1416891	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1425482--1425507	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1425459--1425528	33	2.1	33	89	7	106	32	20	12	34	1.90
1430464--1430513	19	2.6	20	84	6	68	38	12	16	34	1.85
1433359--1433394	11	3.2	11	96	4	63	25	11	8	55	1.62
1433607--1433662	29	1.9	29	92	0	94	32	12	25	30	1.92
1434751--1434798	12	4.0	12	73	10	53	25	14	0	60	1.34
1435549--1435767	104	2.1	104	84	5	284	46	12	21	20	1.82
1436803--1436934	55	2.5	52	80	8	131	40	9	22	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1439162--1439191	15	2.0	15	93	0	51	36	26	10	26	1.88
1439583--1439710	51	2.5	50	86	5	159	42	14	14	28	1.85
1440422--1440458	18	2.1	18	100	0	74	32	0	27	40	1.57
1440784--1441323	40	13.6	40	68	9	158	43	10	21	23	1.84
1440755--1441323	80	7.1	78	68	10	188	44	10	21	23	1.84
1441128--1441394	80	3.4	79	77	5	279	45	10	20	22	1.82
1442123--1442309	60	3.1	60	82	1	214	49	18	13	18	1.79
1442729--1443057	175	1.9	175	80	2	392	43	13	18	23	1.86
1442729--1443057	88	3.8	88	81	1	331	43	13	18	23	1.86
1442864--1443008	44	3.3	44	67	11	107	42	16	20	20	1.90
1443112--1443177	32	2.1	32	97	0	123	43	16	0	39	1.48
1444823--1444889	33	2.0	32	86	11	91	34	16	13	35	1.88
1444918--1444991	19	3.7	20	82	8	71	32	20	17	29	1.95
1444939--1444992	19	2.8	20	85	2	74	35	18	18	27	1.94
1453657--1453712	19	2.8	21	83	10	80	33	17	14	33	1.90
1453698--1453723	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1458871--1458917	20	2.4	20	82	3	60	34	21	12	31	1.91
1458946--1459014	33	2.1	33	86	5	95	36	11	17	34	1.86
1459399--1459489	45	2.0	45	97	0	173	28	15	23	32	1.95
1465846--1465876	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
1465961--1465987	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1466533--1466604	21	3.4	22	75	7	76	27	26	2	43	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1468490--1468530	13	3.2	13	92	0	73	39	14	17	29	1.89
1468680--1468739	30	2.0	30	83	9	77	56	23	1	18	1.50
1470612--1470643	16	2.0	17	88	11	50	9	21	18	50	1.75
1472303--1472377	20	3.8	20	78	0	78	34	12	12	41	1.79
1473283--1473337	22	2.5	22	96	0	101	18	9	9	63	1.49
1481763--1481792	15	2.0	15	100	0	60	26	33	13	26	1.93
1482341--1482394	22	2.5	22	93	3	92	18	9	9	62	1.51
1486150--1486377	114	2.0	114	93	0	393	21	18	23	36	1.95
1487401--1487453	13	4.5	13	71	26	55	35	16	13	33	1.88
1487401--1487469	33	2.1	33	89	5	104	36	18	13	31	1.89
1487498--1487552	19	2.8	20	80	5	67	40	20	9	30	1.83
1487538--1487564	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1490446--1490516	20	3.6	20	77	7	74	33	22	12	30	1.91
1492183--1492236	20	2.8	20	94	2	92	31	11	18	38	1.86
1495009--1495121	51	2.2	51	85	3	147	31	12	24	30	1.92
1506165--1506277	51	2.2	51	83	9	133	31	15	25	27	1.95
1506293--1506408	51	2.3	51	85	5	146	30	12	26	30	1.93
1506505--1506578	28	2.6	28	89	0	103	24	20	31	24	1.98
1506560--1506781	51	4.4	50	74	5	194	32	12	26	28	1.92
1506595--1506780	102	1.8	102	92	0	318	33	12	26	27	1.92
1507973--1508026	20	2.7	19	83	13	65	40	18	14	25	1.89
1508140--1508165	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1514006--1514031	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
1515416--1515459	22	2.0	22	86	8	63	36	0	22	40	1.54
1516017--1516097	33	2.5	33	95	2	146	35	17	14	32	1.90
1516017--1516074	13	4.9	13	74	20	56	36	17	13	32	1.89
1516029--1516114	20	4.6	19	71	22	67	38	16	15	30	1.89
1516174--1516199	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1516156--1516219	33	2.0	32	90	3	101	39	20	12	28	1.89
1520910--1520964	20	2.8	20	88	2	76	30	14	18	36	1.91
1521009--1521039	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
1520993--1521059	33	2.0	33	88	5	100	34	14	14	35	1.88
1521099--1521151	20	2.7	20	93	0	88	33	13	16	35	1.88
1521025--1521224	92	2.2	92	92	1	330	36	14	15	34	1.87
1523272--1523297	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1523251--1523317	33	2.1	32	88	8	100	34	11	17	35	1.87
1523351--1523401	20	2.5	21	87	3	68	29	17	13	39	1.88
1523389--1523413	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1525394--1525438	20	2.1	22	88	8	67	4	28	48	17	1.66
1525404--1525445	20	2.0	20	86	4	57	7	28	45	19	1.76
1525707--1525747	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
1531963--1532014	20	2.7	20	88	8	72	30	11	19	38	1.87
1532047--1532099	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
1532087--1532111	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1533508--1533689	29	6.1	30	77	5	156	28	29	10	31	1.90
1533579--1533654	32	2.4	32	86	4	111	28	35	7	27	1.85
1533514--1533712	61	3.3	61	79	2	159	29	27	9	34	1.88
1533662--1533746	32	2.6	33	81	9	104	29	17	8	44	1.78
1536256--1536281	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
1536261--1536326	31	2.1	32	82	5	80	37	0	0	62	0.96
1536272--1536316	19	2.4	19	80	0	54	35	0	0	64	0.94
1536305--1536351	18	2.6	19	83	10	62	51	2	0	46	1.13
1536355--1536390	9	3.6	10	88	11	56	27	0	0	72	0.85
1536357--1536422	24	2.8	25	75	9	66	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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