genome.fa.s332.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold332
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744988

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136048--136096	16	2.9	16	77	17	55	75	8	2	14	1.12
136048--136117	21	3.4	21	73	15	56	70	11	1	17	1.24
138489--138701	98	2.2	98	89	5	317	30	25	13	31	1.93
138619--138774	70	2.2	70	89	4	235	30	22	11	35	1.90
138690--138968	97	2.9	97	90	1	427	28	24	12	34	1.92
138522--138872	167	2.1	168	89	2	537	29	23	11	34	1.90
138883--139036	69	2.2	70	91	3	258	28	21	12	37	1.91
141702--141726	8	3.1	8	100	0	50	24	36	0	40	1.55
142174--142244	22	3.1	23	81	6	72	76	5	12	5	1.15
142179--142240	16	3.6	17	76	14	56	75	6	12	4	1.15
142194--142244	24	2.2	24	85	3	68	80	3	9	5	1.01
143442--143524	28	3.0	28	82	8	116	28	32	15	22	1.95
143531--147582	28	137.3	29	71	11	1445	29	29	17	23	1.97
143644--143811	63	2.7	64	83	4	198	32	30	17	19	1.95
143642--143794	32	4.8	32	82	3	168	31	30	18	19	1.96
143526--147582	57	68.8	56	71	13	1218	29	29	17	23	1.97
144087--144271	95	2.0	94	82	3	228	29	29	17	22	1.97
144323--144462	31	4.6	31	78	11	130	32	34	15	17	1.91
144418--144544	66	1.9	65	93	1	218	29	34	13	22	1.92
144615--144796	32	5.9	31	78	6	165	29	32	20	17	1.95
144615--144761	63	2.4	63	80	8	160	29	32	21	17	1.95
145374--145536	29	5.7	29	81	5	100	31	30	17	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145975--146086	31	3.6	32	79	6	104	31	34	17	16	1.92
146975--147144	63	2.7	64	81	4	220	31	34	16	17	1.92
147132--147316	66	2.9	66	76	13	192	31	31	15	22	1.94
147524--147705	32	5.9	32	78	5	171	27	29	20	22	1.99
147549--147705	63	2.5	62	80	10	192	28	29	19	22	1.98
148096--148251	50	3.1	50	83	2	172	30	13	11	44	1.79
148121--148254	50	2.6	51	86	1	189	29	14	12	43	1.83
162101--162186	21	4.1	21	80	8	104	84	10	4	0	0.75
162108--162190	39	2.1	41	84	8	109	84	12	3	0	0.75
162105--162197	19	5.1	19	75	10	95	84	11	3	0	0.72
162105--162197	1	93.0	1	71	0	60	84	11	3	0	0.72
163543--163613	28	2.6	28	82	10	85	26	26	19	26	1.99
163785--164072	32	9.0	32	81	9	295	28	30	19	21	1.97
163792--164072	64	4.4	62	86	5	350	28	30	19	20	1.98
163795--164086	159	1.8	159	88	4	419	28	30	19	21	1.98
164248--164425	52	3.4	50	76	6	158	25	24	15	33	1.95
164199--164415	104	2.1	101	81	4	238	25	25	15	33	1.95
165156--165269	51	2.3	50	84	1	147	28	16	13	41	1.86
168398--168716	174	1.8	174	88	2	489	25	24	11	39	1.88
169405--169491	22	4.1	20	72	23	63	73	9	0	17	1.08
169441--169493	13	3.9	14	80	9	56	75	7	0	16	1.02
169427--169485	19	3.1	18	76	23	59	74	8	0	16	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170018--170086	18	3.6	18	80	14	84	44	18	30	5	1.73
170018--170085	20	3.3	22	70	16	72	44	19	30	5	1.74
170012--170105	40	2.3	40	96	0	170	46	19	27	6	1.74
170040--170103	18	3.3	18	70	16	56	48	18	28	4	1.68
170232--170305	34	2.2	34	87	0	103	37	18	33	9	1.84
170232--170335	34	3.1	34	81	0	100	38	20	30	10	1.86
175962--176035	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
175980--176055	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
175962--176055	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
176094--176119	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
176577--176643	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
179754--179778	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
181512--181585	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
181530--181605	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
181512--181605	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
181644--181669	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
182127--182193	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
183153--183206	20	2.6	21	88	2	74	31	14	11	42	1.81
188216--188969	61	12.0	61	76	10	664	26	25	16	31	1.97
188216--188969	123	6.0	121	79	9	687	26	25	16	31	1.97
189457--189510	20	2.6	21	91	2	83	40	11	16	31	1.84
191530--191560	9	3.3	9	91	8	53	19	9	9	61	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191530--191560	10	3.2	10	95	4	55	19	9	9	61	1.54
192069--192815	79	9.5	79	81	2	741	28	25	11	34	1.91
193510--193603	45	2.1	45	93	0	161	26	11	25	36	1.90
194851--194889	20	1.9	21	94	5	71	35	23	15	25	1.94
195464--195556	36	2.8	33	79	12	100	31	15	25	27	1.95
197095--197153	21	2.8	21	86	0	73	61	0	22	16	1.35
200261--200304	22	2.1	21	87	8	63	45	9	6	38	1.63
200353--200391	20	1.9	21	94	5	71	35	23	15	25	1.94
200401--200425	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
200380--200443	33	2.0	32	87	3	92	29	14	18	37	1.90
203089--203285	67	2.9	68	73	12	183	29	24	12	33	1.92
208116--208163	17	2.7	18	90	6	71	43	0	8	47	1.33
209921--209978	20	3.0	20	84	2	73	29	10	13	46	1.77
210017--210041	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
213626--213750	1	125.0	1	75	0	61	83	10	4	2	0.88
213629--213750	15	7.7	15	76	9	118	82	10	4	2	0.89
213629--213737	29	3.7	30	84	6	134	82	10	4	2	0.91
213626--213726	46	2.3	45	82	16	122	83	9	4	1	0.88
213690--213748	22	2.7	22	82	7	68	84	10	3	1	0.80
215219--215304	27	3.1	27	83	6	82	30	29	17	23	1.97
215189--215657	58	8.0	59	76	10	342	29	28	17	24	1.97
215402--215657	88	3.0	86	89	5	374	31	29	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215193--215661	30	16.0	30	78	9	344	29	29	17	24	1.97
215648--215859	52	4.2	52	75	13	199	24	25	16	33	1.96
215663--215752	43	2.1	43	91	0	144	26	25	17	30	1.98
216648--216672	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
216628--216694	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
216735--216759	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
221934--222236	96	3.1	94	84	6	385	41	12	19	27	1.86
224135--224168	13	2.8	12	86	8	50	26	8	38	26	1.85
224503--224623	52	2.3	52	87	1	163	42	14	16	26	1.86
224676--224726	20	2.5	21	90	3	77	29	19	9	41	1.84
227430--227467	20	1.9	19	94	5	67	36	13	18	31	1.89
227496--227548	20	2.7	20	88	5	72	32	15	20	32	1.93
232789--232830	19	2.2	19	87	8	59	28	2	19	50	1.60
235485--235511	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
235497--235552	19	2.9	19	89	5	85	33	12	17	35	1.88
235497--235551	20	2.8	20	91	2	85	32	12	18	36	1.88
235601--235626	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
235607--235646	20	2.0	20	90	0	62	37	10	15	37	1.80
238798--238834	17	2.2	17	95	0	65	59	0	0	40	0.97
238798--238846	17	2.9	17	81	6	55	53	2	2	42	1.24
239725--239755	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
239755--239783	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246082--246135	20	2.7	20	85	2	72	35	7	18	38	1.79
246201--246257	20	2.8	20	80	12	64	35	19	10	35	1.86
251096--251386	78	3.7	79	79	8	288	35	10	24	29	1.89
251347--251410	28	2.3	28	83	0	83	25	15	31	28	1.96
251365--251684	79	4.0	79	78	4	331	36	10	23	30	1.88
251178--251572	187	2.1	186	84	6	503	33	11	24	29	1.91
251376--251683	159	1.9	158	86	3	440	36	10	22	30	1.88
252156--253831	122	13.3	122	77	8	1272	32	16	23	26	1.96
252268--253831	61	25.0	60	75	9	999	32	17	23	26	1.96
255433--255480	20	2.5	20	82	3	62	31	12	22	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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