genome.fa.s332.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold332
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744988

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844192--844216	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
844259--844323	19	3.7	19	73	23	70	40	15	12	32	1.84
844278--844302	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
844257--844321	32	2.0	32	93	0	112	38	15	12	33	1.85
847606--847730	52	2.4	52	95	0	223	28	18	17	35	1.94
847606--847750	52	2.8	52	89	4	204	31	17	17	33	1.93
847825--847849	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
847804--847869	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
848077--848262	93	2.0	93	90	0	291	30	27	19	23	1.98
851434--851625	88	2.2	87	85	7	264	29	27	11	32	1.91
860038--860111	20	3.7	20	83	0	94	31	12	13	43	1.81
863896--864286	79	4.9	79	80	4	385	33	11	25	28	1.91
863918--864281	158	2.3	157	83	2	442	33	11	26	28	1.92
865028--865053	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
865007--865073	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
865096--865158	32	2.0	32	93	0	108	38	15	11	34	1.83
865093--865160	19	3.9	19	74	21	76	39	14	10	35	1.80
865215--865272	21	2.8	21	91	0	89	39	17	8	34	1.80
866144--866225	26	2.9	29	65	23	75	20	20	29	29	1.98
866010--866839	59	14.4	59	88	5	1018	24	20	28	25	1.99
866033--866804	343	2.2	342	92	3	1307	24	20	28	26	1.99
867813--867864	17	3.0	18	80	8	54	0	5	13	80	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867821--867861	13	3.2	12	89	6	55	0	2	14	82	0.76
867821--867864	18	2.5	19	82	14	58	0	2	15	81	0.78
880400--880737	52	6.4	51	69	17	185	31	12	26	30	1.92
880402--880737	104	3.2	103	71	14	299	31	12	26	30	1.92
880553--880628	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
880335--880739	213	1.9	212	88	3	618	31	12	26	28	1.93
883086--883111	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
883065--883131	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
883151--883218	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
883173--883197	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
883154--883216	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
883254--883332	21	3.8	20	85	5	95	34	15	13	36	1.87
884225--884312	26	3.3	26	67	25	74	19	15	35	29	1.93
884067--884608	59	9.4	59	86	6	640	24	20	28	26	1.99
885582--885615	18	1.9	18	88	5	52	0	8	11	79	0.94
885590--885628	11	3.2	12	89	7	53	0	2	15	82	0.79
898146--898316	52	3.3	50	78	8	146	32	11	25	30	1.91
900336--900390	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
900410--900477	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
900432--900456	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
900413--900475	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
900513--900570	21	2.7	22	81	7	75	34	12	15	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901305--902189	55	15.5	55	88	5	974	24	20	28	25	1.99
901463--901550	26	3.3	26	68	20	81	19	18	35	27	1.95
901353--902189	59	14.5	59	89	4	1068	24	20	29	25	1.99
901353--902156	343	2.3	342	92	2	1358	24	20	29	25	1.99
903163--903196	18	1.9	18	88	5	52	0	8	11	79	0.94
903171--903214	11	3.8	12	90	6	56	0	2	15	81	0.78
906558--907055	237	2.1	236	84	3	633	34	13	23	28	1.93
906566--907055	79	6.2	79	79	1	471	34	13	23	28	1.93
909343--909412	30	2.3	30	82	4	79	37	15	15	31	1.89
909923--910420	61	8.1	61	81	8	493	26	17	27	28	1.97
909921--910430	121	4.2	121	84	7	606	27	17	27	28	1.97
911405--911431	12	2.2	12	100	0	54	0	14	0	85	0.61
917880--917993	50	2.3	50	85	0	165	41	16	17	24	1.90
922259--922351	44	2.0	46	82	10	111	72	6	13	7	1.27
923673--924055	32	11.9	32	75	17	278	22	30	12	34	1.90
923714--924060	66	5.4	66	82	6	369	22	31	11	34	1.90
923673--923901	98	2.3	99	84	3	291	23	30	11	34	1.90
923677--923934	98	2.6	98	82	3	268	22	31	12	33	1.91
924002--924062	27	2.3	27	94	0	104	24	31	13	31	1.93
924082--924172	32	2.9	30	79	9	94	28	34	18	18	1.95
924077--924604	28	17.8	28	75	12	348	28	32	17	22	1.96
924087--924699	28	20.4	30	71	16	298	29	32	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
924491--924794	63	4.9	63	77	9	279	28	32	16	22	1.96
924550--924663	31	3.6	31	77	14	117	28	33	16	21	1.95
924488--924787	32	9.6	32	74	9	146	28	32	17	22	1.96
924805--925066	113	2.3	113	81	5	307	24	23	12	38	1.90
930188--930244	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
930230--930258	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
936952--937003	20	2.5	20	81	9	59	19	48	26	5	1.71
937881--937927	23	2.0	23	95	0	85	23	40	27	8	1.83
938385--938428	21	2.0	21	86	4	61	36	2	29	31	1.70
938938--938970	17	1.9	17	100	0	66	42	12	18	27	1.85
938999--939025	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
939013--939065	20	2.6	21	78	3	63	39	16	15	28	1.89
943482--943537	20	2.8	20	89	5	78	35	7	17	39	1.78
943615--943667	20	2.7	20	78	0	61	33	20	9	35	1.85
944303--945100	31	24.3	31	66	13	215	18	22	29	30	1.97
944291--944795	99	5.1	97	75	9	396	17	23	29	29	1.97
944302--944761	191	2.4	194	81	4	509	18	23	29	29	1.97
944652--945065	37	12.0	37	66	16	158	19	21	28	31	1.97
944644--945065	68	6.2	67	77	4	366	18	20	28	31	1.97
944644--945074	203	2.1	204	80	3	474	18	21	29	31	1.97
945132--945246	36	3.2	36	85	3	135	40	13	26	20	1.89
945148--945249	36	2.9	36	88	1	143	37	15	24	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
945306--945631	156	2.1	157	82	4	399	42	15	22	19	1.88
963732--964153	28	15.0	28	77	6	255	23	19	29	27	1.98
963733--964819	56	19.2	56	78	6	915	23	20	29	27	1.99
963732--964819	84	12.8	84	79	7	1013	23	20	29	27	1.99
964181--964788	28	21.8	28	84	2	668	22	20	29	27	1.98
966079--966131	18	3.1	17	84	10	63	5	1	13	79	0.99
966079--966129	9	6.0	8	82	11	57	5	1	11	80	0.97
969549--969574	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
969634--969690	20	2.8	21	84	7	73	26	15	17	40	1.90
969656--969713	20	3.0	20	84	2	64	31	12	20	36	1.89
970199--970266	20	3.1	23	77	16	81	33	30	0	35	1.58
970199--970261	19	3.0	20	84	11	74	33	31	0	34	1.58
972125--972174	13	3.8	13	91	2	82	38	18	14	30	1.89
978313--978377	32	2.0	32	88	11	96	29	15	16	38	1.90
978334--978359	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
981011--981085	38	2.0	38	92	2	125	16	25	6	52	1.68
984571--984637	33	2.0	33	85	0	89	34	10	13	41	1.79
984660--984684	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
984693--984816	52	2.4	51	89	5	196	34	17	17	29	1.94
992001--992053	20	2.7	20	90	0	79	43	15	7	33	1.74
995947--996825	155	5.8	154	73	8	478	27	14	17	40	1.88
996156--996908	155	4.9	154	74	8	502	27	15	17	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1000914--1000939	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1001646--1001689	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1003494--1003532	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
1007400--1007444	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1010541--1010566	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1010523--1010586	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
1012786--1012835	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
1016730--1016767	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
1016876--1016921	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1019312--1019363	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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