genome.fa.s332.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold332
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744988

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2030110--2030164	19	2.8	20	83	8	67	32	14	20	32	1.92
2031978--2032004	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
2031988--2032050	19	3.3	18	83	12	81	36	15	14	33	1.88
2043871--2043928	1	58.0	1	78	0	53	87	5	6	0	0.65
2043869--2043926	29	2.0	29	96	0	107	84	5	10	0	0.77
2043879--2043917	21	1.9	20	89	5	60	87	5	7	0	0.68
2051149--2051175	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2051131--2051194	32	2.0	32	90	3	101	29	15	15	39	1.89
2051159--2051216	19	3.1	18	85	11	80	36	17	13	32	1.89
2051274--2051330	20	2.9	20	86	2	71	36	14	15	33	1.88
2051991--2052017	14	1.9	14	100	0	54	37	14	3	44	1.63
2053050--2053096	20	2.3	21	88	3	69	31	17	12	38	1.87
2056345--2056370	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2056322--2056390	33	2.1	33	89	5	104	33	18	13	34	1.90
2056419--2056472	19	2.8	19	74	2	54	37	9	20	33	1.84
2061228--2061368	73	1.9	73	89	2	221	34	9	24	31	1.88
2061334--2061393	22	2.7	22	89	5	86	35	10	23	31	1.88
2065562--2065628	36	1.9	35	88	11	102	32	10	25	31	1.89
2072115--2072175	19	3.5	19	70	25	71	36	18	11	34	1.86
2072109--2072171	32	2.0	32	100	0	126	36	19	9	34	1.84
2072503--2072529	13	2.1	13	100	0	54	29	14	18	37	1.91
2078142--2078177	16	2.2	16	100	0	72	38	8	5	47	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2079486--2079533	19	2.5	20	96	3	89	33	20	10	35	1.87
2079565--2079617	20	2.7	20	75	16	56	35	13	18	32	1.90
2082900--2082938	19	2.1	19	100	0	78	43	15	20	20	1.88
2083913--2083996	43	2.0	43	97	0	159	45	10	17	26	1.81
2089397--2089423	6	4.5	6	100	0	54	0	14	14	70	1.17
2100909--2100973	21	3.2	21	89	8	107	33	21	12	32	1.90
2100912--2100975	19	3.3	19	89	8	101	34	18	12	34	1.89
2101996--2102127	34	3.9	34	88	4	185	24	0	34	40	1.61
2106845--2106963	34	3.5	34	86	2	168	23	0	36	40	1.55
2110388--2110469	41	2.0	41	100	0	164	41	21	9	26	1.84
2115138--2115163	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2115116--2115183	33	2.1	32	88	2	100	33	13	17	35	1.89
2115224--2115276	20	2.6	21	82	8	65	32	15	15	37	1.88
2115264--2115288	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2115843--2115887	22	2.0	22	91	8	74	35	28	0	35	1.58
2117260--2117311	20	2.4	21	84	12	70	3	23	50	23	1.66
2117745--2117781	12	3.0	12	92	7	65	35	16	16	32	1.91
2117745--2117781	13	2.9	13	96	4	67	35	16	16	32	1.91
2117984--2118009	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
2120339--2120363	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2120427--2120451	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2120460--2120583	52	2.4	52	91	1	205	36	18	16	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2123816--2123858	21	2.0	21	100	0	86	27	23	20	27	1.99
2128759--2128934	31	5.7	31	82	7	171	25	28	17	28	1.97
2128756--2129041	93	3.0	93	79	8	254	22	31	15	30	1.95
2128914--2130586	34	50.6	33	75	15	832	20	34	12	31	1.91
2129083--2129351	87	3.0	87	84	5	304	21	33	12	31	1.91
2129573--2129607	17	2.1	17	94	0	61	22	45	17	14	1.84
2129540--2129645	54	2.0	50	91	7	167	20	39	13	26	1.89
2129503--2129678	87	2.0	87	96	0	325	20	36	12	30	1.90
2129178--2130643	132	10.7	132	72	17	474	20	34	12	31	1.91
2128914--2130642	236	7.3	227	87	9	1808	20	34	12	31	1.91
2130596--2130736	32	4.4	32	85	7	189	29	36	17	17	1.92
2130597--2130723	64	2.0	65	92	4	213	29	35	18	16	1.93
2130747--2130813	21	3.1	21	62	26	50	25	29	17	26	1.98
2130724--2131140	43	9.1	44	78	11	428	24	25	18	30	1.98
2130729--2131127	92	4.3	92	94	0	674	25	25	19	30	1.98
2132059--2132125	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2132079--2132103	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2132166--2132289	52	2.4	52	91	1	205	36	18	16	28	1.93
2139243--2139294	20	2.7	20	87	3	70	32	11	17	38	1.85
2139376--2139400	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2140510--2140673	51	3.2	52	84	0	197	39	14	15	29	1.88
2140714--2140785	20	3.5	20	88	5	101	30	19	11	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2147518--2147543	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2149758--2149802	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2151602--2151633	15	2.1	15	94	0	55	46	15	21	15	1.83
2155524--2155567	14	3.4	14	75	18	58	34	4	13	47	1.63
2155516--2155567	25	2.1	25	100	0	104	36	3	11	48	1.58
2156290--2156315	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2159164--2159206	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
2159638--2159674	13	2.8	13	95	0	65	32	18	18	29	1.96
2165824--2165876	20	2.6	21	85	8	74	28	13	16	41	1.86
2165824--2165882	20	3.0	19	85	7	73	25	11	20	42	1.86
2171771--2171881	46	2.5	44	77	2	123	34	25	18	22	1.96
2172897--2172922	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2173607--2173650	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2175453--2175478	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2179392--2179436	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2182513--2182543	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2184347--2184391	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2186605--2186630	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2192592--2192616	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2193772--2193832	32	1.9	32	93	6	106	37	3	21	37	1.70
2194758--2194883	51	2.5	51	84	8	152	57	2	2	37	1.24
2195160--2195369	53	4.0	52	84	8	241	53	5	1	40	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195148--2195358	104	2.0	105	86	4	293	54	4	1	39	1.29
2196137--2196182	22	2.1	22	87	0	65	54	4	4	36	1.40
2196311--2196539	51	4.4	52	83	6	286	38	1	3	55	1.28
2196734--2196764	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
2197218--2197354	55	2.5	53	79	9	168	35	2	8	53	1.44
2199123--2199160	17	2.2	17	100	0	76	55	0	5	39	1.23
2201155--2201310	78	2.0	78	98	0	303	47	8	8	35	1.64
2202035--2202074	5	7.8	5	86	5	53	72	0	5	22	1.04
2202036--2202065	16	1.9	15	93	6	51	73	0	3	23	0.98
2203563--2203593	11	2.8	11	90	0	53	0	9	3	87	0.66
2204109--2204140	16	2.0	16	93	0	55	15	12	21	50	1.77
2204132--2204185	16	3.4	16	77	10	58	18	7	22	51	1.70
2204132--2204174	15	2.8	16	82	10	54	20	6	20	51	1.71
2204725--2204992	62	4.3	62	76	8	242	44	13	14	27	1.82
2204756--2204992	122	1.9	124	80	5	275	43	14	14	27	1.84
2210135--2210264	52	2.5	51	91	3	199	31	16	19	33	1.94
2210135--2210284	52	2.9	50	83	12	171	32	16	19	32	1.93
2210338--2210404	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2210360--2210384	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2211032--2211093	31	2.0	31	100	0	124	61	12	9	16	1.56
2212983--2213021	19	2.1	19	100	0	78	10	0	46	43	1.37
2221251--2221610	79	4.6	79	82	5	415	26	23	14	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2221251--2222107	158	5.3	155	76	10	739	26	23	14	35	1.93
2221531--2221670	41	3.0	45	65	21	101	25	27	12	34	1.92
2221525--2221702	92	1.9	92	90	0	284	26	26	12	34	1.93
2221617--2222107	79	6.2	78	79	6	481	27	23	13	36	1.92
2221451--2221778	171	1.9	171	86	3	464	26	25	14	34	1.94
2221617--2222107	157	3.1	155	81	7	512	27	23	13	36	1.92
2237819--2238186	79	4.7	79	82	2	382	27	23	13	35	1.92
2238171--2238200	14	2.1	14	93	0	51	23	43	6	26	1.78
2238258--2238554	79	3.8	78	80	8	343	29	23	13	33	1.93
2238270--2238554	158	1.8	157	84	6	398	28	23	13	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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