genome.fa.s332.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold332
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744988

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2243111--2243153	21	2.0	21	86	4	59	67	11	9	11	1.42
2243803--2243875	29	2.7	26	78	16	67	52	5	5	36	1.48
2244124--2244159	18	1.9	19	88	5	56	47	5	0	47	1.25
2246791--2246837	24	2.0	24	83	8	60	53	2	0	44	1.12
2248266--2248312	21	2.2	21	92	0	76	40	8	12	38	1.74
2248855--2248917	32	2.0	31	84	12	83	66	1	20	11	1.31
2248889--2248922	18	2.0	16	88	11	50	76	0	17	5	0.98
2253364--2253436	20	3.7	20	69	7	67	30	17	13	38	1.89
2253348--2253435	40	2.2	40	89	0	140	31	19	13	35	1.91
2253537--2253574	17	2.2	17	95	0	67	26	26	7	39	1.83
2253554--2253603	24	2.1	24	88	0	73	24	26	10	40	1.86
2253598--2253626	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
2255714--2255772	21	2.8	21	86	0	73	61	0	22	16	1.35
2256410--2256441	11	2.9	11	100	0	64	34	9	9	46	1.68
2259234--2259288	13	4.2	13	85	0	74	34	14	16	34	1.89
2262636--2263016	65	5.9	63	72	10	229	35	13	18	31	1.90
2262836--2263135	129	2.3	128	79	6	295	37	13	18	32	1.88
2265958--2266020	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
2265944--2266026	32	2.6	32	96	0	148	33	10	16	38	1.84
2265945--2266001	13	3.9	13	74	24	51	35	12	17	35	1.87
2266085--2266209	52	2.4	52	93	0	223	33	20	19	26	1.96
2268817--2268982	88	1.9	88	98	0	323	45	14	15	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2271448--2271488	18	2.2	18	86	4	55	21	0	2	75	0.92
2275805--2275837	11	2.8	12	86	9	50	75	0	12	12	1.04
2276426--2276450	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2276407--2276468	32	1.9	33	90	3	99	29	16	14	40	1.88
2276526--2276634	52	2.1	52	85	0	155	33	14	18	33	1.91
2277057--2277122	35	1.9	34	87	3	96	33	10	22	33	1.89
2279092--2279365	34	8.3	34	66	12	122	28	12	16	43	1.84
2279150--2279354	66	3.1	67	74	2	189	27	12	17	43	1.84
2279659--2279751	44	2.1	44	83	2	114	36	12	21	29	1.91
2281061--2281100	20	1.9	22	90	10	66	10	20	0	70	1.16
2295619--2295664	21	2.2	21	96	0	83	32	28	10	28	1.91
2298921--2298962	17	2.4	18	80	8	50	69	9	2	19	1.28
2299393--2299460	34	2.0	34	85	5	93	48	7	19	25	1.74
2299912--2299967	25	2.2	25	87	6	78	48	14	17	19	1.81
2301641--2301675	13	2.6	13	90	4	52	54	2	0	42	1.15
2301677--2301718	21	2.0	20	86	13	59	33	4	7	54	1.49
2303461--2303502	15	2.9	14	80	19	50	38	0	0	61	0.96
2303461--2303502	16	2.8	15	83	16	52	38	0	0	61	0.96
2309416--2309488	36	2.0	36	89	0	110	30	12	28	28	1.93
2320722--2320801	20	3.8	20	74	18	72	28	13	15	42	1.85
2320787--2320825	13	3.0	13	88	0	60	30	15	15	38	1.88
2323327--2323352	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2323309--2323372	33	2.0	32	87	3	92	40	17	15	26	1.89
2328651--2329356	162	4.3	162	79	6	457	31	12	7	48	1.70
2328726--2329231	162	3.1	164	84	7	631	29	11	8	50	1.68
2338764--2338882	52	2.3	52	95	0	211	29	16	18	35	1.93
2338764--2338902	52	2.7	52	86	4	183	30	16	19	33	1.94
2338891--2338915	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2338958--2338982	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2349040--2349235	86	2.2	85	79	5	212	36	14	15	33	1.88
2352944--2353525	146	4.0	146	97	0	1101	31	15	15	36	1.89
2353975--2354081	52	2.1	52	100	0	214	18	5	39	36	1.75
2354608--2354645	20	1.9	20	100	0	76	39	5	18	36	1.73
2354655--2354692	20	1.9	20	100	0	76	47	10	13	28	1.76
2354610--2354706	48	2.1	44	86	7	131	40	8	18	32	1.80
2358332--2358370	20	1.9	21	89	5	62	35	10	10	43	1.73
2359147--2359224	42	1.9	41	86	5	113	46	15	19	19	1.85
2359373--2359532	68	2.3	68	89	1	239	38	17	22	21	1.93
2359150--2359532	179	2.1	175	81	6	446	38	15	23	22	1.92
2359508--2359595	31	2.8	30	84	3	104	27	19	21	31	1.97
2359591--2359661	34	2.1	33	86	2	97	43	11	28	16	1.83
2359603--2359718	29	3.9	29	81	6	126	32	11	31	25	1.91
2360883--2360908	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2360947--2361022	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2360968--2361040	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2360947--2361040	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2363483--2363521	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2363507--2363585	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
2365600--2365630	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2369691--2369716	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2369755--2369830	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
2369776--2369848	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2369755--2369848	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2379418--2379443	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2379400--2379463	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
2381657--2381701	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2383490--2383520	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2385746--2385791	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2388158--2388183	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2388140--2388203	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
2389494--2389628	51	2.6	51	84	5	175	43	14	14	28	1.83
2389695--2389746	20	2.5	20	84	3	68	34	13	9	42	1.77
2389707--2389748	21	2.0	20	90	4	66	33	19	7	40	1.78
2395792--2395889	37	2.6	37	85	3	124	25	16	22	35	1.94
2398278--2398320	22	2.0	20	86	8	59	32	9	2	55	1.44
2401244--2401271	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2405355--2405427	28	2.5	29	77	18	80	54	5	6	32	1.50
2405416--2405442	14	1.9	14	100	0	54	62	7	0	29	1.22
2409081--2409121	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2409161--2409231	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
2409201--2409337	53	2.6	53	95	1	238	36	18	17	27	1.93
2409399--2409424	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
2412877--2413665	55	14.3	55	88	5	1109	28	31	20	20	1.97
2412866--2413665	110	7.3	110	94	1	1338	27	31	20	20	1.98
2414342--2414418	21	3.7	21	80	3	93	36	12	15	35	1.86
2414454--2414521	19	3.9	19	76	21	76	33	11	14	39	1.83
2414475--2414499	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2414456--2414518	32	2.0	32	93	0	108	33	12	15	38	1.86
2414561--2414586	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2414541--2414607	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2416891--2417022	51	2.5	54	80	7	153	31	25	9	33	1.88
2417009--2417081	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
2417035--2417239	79	2.6	79	82	4	236	23	30	17	28	1.97
2418816--2418856	13	3.2	13	89	0	64	39	14	14	31	1.87
2418912--2418964	20	2.7	20	96	0	97	33	7	15	43	1.74
2419341--2419431	32	2.7	32	79	17	103	30	13	20	35	1.91
2420929--2421089	84	1.9	84	81	7	193	53	3	17	25	1.60
2424359--2424399	13	3.2	13	89	0	64	39	14	14	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2424869--2424956	32	2.6	33	80	16	99	30	13	20	35	1.91
2428610--2428668	20	2.8	21	87	12	86	37	10	13	38	1.79
2430527--2430583	20	2.8	20	82	7	62	38	8	15	36	1.79
2430662--2430736	21	3.6	21	94	0	132	33	16	10	40	1.82
2433414--2433704	80	3.6	81	76	7	254	30	13	29	26	1.93
2433659--2433732	28	2.6	28	82	0	76	25	20	28	25	1.99
2433603--2433811	108	1.9	108	87	1	303	31	12	27	28	1.93
2440353--2440390	20	1.9	20	88	0	58	34	18	7	39	1.80
2441103--2441158	21	2.7	21	97	0	103	32	17	26	23	1.97
2443730--2443903	53	3.3	53	75	7	129	32	14	17	35	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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