genome.fa.s382.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold382
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2572505

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1549362--1549424	32	1.9	32	87	9	92	36	17	17	28	1.93
1550803--1550827	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58
1557618--1557713	48	2.0	48	100	0	192	29	18	20	31	1.97
1561581--1561635	19	2.8	20	80	5	76	27	10	18	43	1.83
1566021--1566497	159	3.0	157	83	4	595	30	14	15	39	1.88
1567437--1567469	9	3.8	9	88	4	50	72	0	15	12	1.12
1567430--1567482	18	2.9	19	83	13	67	73	3	11	11	1.22
1570268--1570439	89	1.9	90	82	3	213	31	21	8	38	1.83
1574181--1574229	20	2.4	21	86	3	64	46	0	0	53	1.00
1575363--1575593	72	3.2	72	85	3	252	29	22	21	26	1.99
1577882--1577939	24	2.5	22	76	13	53	29	5	6	58	1.46
1578105--1578212	53	2.0	54	82	8	132	31	6	3	58	1.41
1578214--1578254	21	2.0	20	86	13	57	60	0	0	39	0.96
1583632--1583664	15	2.2	16	89	10	52	24	0	9	66	1.20
1584300--1584338	19	2.1	19	85	9	53	66	2	0	30	1.05
1587214--1587281	35	1.9	35	96	0	127	47	14	20	17	1.83
1591258--1591305	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
1592399--1592444	14	3.4	14	82	14	60	45	0	0	54	0.99
1594180--1594238	29	2.0	29	83	0	73	35	5	10	49	1.59
1594392--1594430	18	2.0	20	85	9	55	58	2	0	38	1.12
1594930--1594963	17	2.0	17	94	0	59	44	5	2	47	1.42
1598638--1598673	18	1.9	18	94	5	63	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1599886--1599916	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
1599931--1600064	66	2.0	66	98	0	259	48	15	7	28	1.72
1600090--1600153	2	32.5	2	90	3	103	51	1	0	46	1.10
1600506--1600540	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
1603110--1603552	220	2.0	220	82	4	536	40	14	19	25	1.89
1608353--1608497	73	2.0	73	98	0	281	43	6	11	38	1.66
1608833--1608907	29	2.6	28	78	16	73	38	1	17	42	1.58
1607990--1608942	517	1.8	516	89	3	1506	43	5	8	42	1.57
1608426--1609822	444	3.2	436	80	8	1469	42	4	8	44	1.55
1609116--1609157	22	2.0	21	90	4	66	42	0	2	54	1.13
1609352--1609409	20	2.8	21	76	10	66	51	5	3	39	1.41
1609540--1609602	21	3.0	21	81	4	56	41	0	1	57	1.08
1612805--1612834	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
1615417--1615456	21	2.0	20	85	9	55	45	25	10	20	1.81
1616955--1617158	79	2.6	79	86	1	266	27	17	30	24	1.97
1617113--1617189	28	2.8	28	83	0	82	22	20	33	23	1.97
1617173--1617295	52	2.4	53	87	2	169	30	11	26	31	1.91
1624492--1624847	130	2.7	130	86	3	513	29	25	12	33	1.92
1624492--1624899	130	3.1	129	83	4	500	28	25	12	33	1.92
1637304--1637362	1	59.0	1	75	0	55	88	6	1	3	0.69
1637303--1637362	17	3.5	17	86	11	77	86	6	1	5	0.75
1637305--1637362	8	6.9	8	83	11	62	87	6	1	3	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1637305--1637374	8	8.5	8	81	9	52	85	5	5	2	0.81
1637304--1637377	9	8.2	9	79	8	62	85	5	6	2	0.83
1638462--1638887	121	3.5	121	80	8	460	24	25	19	30	1.98
1638442--1638887	61	7.5	61	81	8	476	24	25	20	29	1.99
1638462--1638887	185	2.4	182	82	8	496	24	25	19	30	1.98
1638918--1639165	41	5.9	42	76	8	191	20	24	12	41	1.87
1639707--1639736	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
1642114--1642335	51	4.4	51	79	1	239	30	26	10	31	1.90
1642272--1642415	78	1.8	78	89	0	225	29	29	9	31	1.89
1645188--1645222	13	2.7	13	86	0	52	40	14	11	34	1.82
1645254--1645292	20	1.9	21	89	5	62	33	15	12	38	1.85
1645729--1646068	167	2.0	167	91	0	554	30	14	17	37	1.89
1651654--1651717	33	2.0	32	84	3	83	35	14	17	32	1.89
1651797--1651869	24	3.0	24	100	0	146	20	8	16	54	1.67
1653716--1653768	20	2.7	20	85	8	72	33	11	13	41	1.80
1655445--1655488	21	2.1	21	82	0	52	36	9	13	40	1.76
1657018--1657171	58	2.6	57	81	8	177	25	9	15	48	1.76
1657169--1657287	58	2.1	58	85	3	159	26	15	15	42	1.86
1657184--1657350	58	2.9	58	79	4	151	26	13	13	45	1.81
1658334--1658382	17	3.2	17	71	28	56	38	0	0	61	0.96
1659318--1659547	29	7.8	29	79	2	192	25	16	20	37	1.93
1659323--1659547	44	5.1	44	79	5	195	25	16	20	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1659318--1659530	15	14.5	15	78	4	166	25	16	19	38	1.92
1659451--1659545	15	6.4	14	76	3	55	25	16	20	37	1.93
1661481--1661506	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1661463--1661527	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
1663375--1663425	19	2.7	19	96	0	93	31	11	17	39	1.86
1663467--1663491	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1663500--1663680	52	3.5	52	98	0	353	35	18	17	28	1.94
1670281--1670347	18	3.9	18	76	18	63	74	16	5	2	1.14
1670597--1670639	20	2.1	21	86	4	61	83	9	4	2	0.87
1671643--1671725	31	2.7	31	84	0	94	25	32	18	24	1.97
1671674--1672402	100	7.3	101	81	9	616	19	34	14	32	1.91
1671639--1672419	231	3.3	230	86	6	954	19	34	13	32	1.91
1671674--1672364	131	5.2	132	82	8	665	18	34	14	32	1.91
1672402--1672675	33	8.5	32	91	5	428	28	35	17	18	1.94
1672663--1673603	43	20.1	43	75	14	707	24	25	18	31	1.97
1672663--1673603	92	10.0	92	85	8	626	24	25	18	31	1.97
1673058--1673121	21	3.0	22	63	21	53	23	28	21	26	1.99
1672898--1673612	184	3.8	184	90	3	1045	24	26	18	31	1.97
1674406--1674430	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1674386--1674454	32	2.1	33	94	2	122	34	11	17	36	1.86
1674491--1674515	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1674524--1674652	52	2.5	52	98	0	249	34	18	18	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1677899--1678203	67	4.6	68	76	10	240	25	22	16	35	1.95
1677846--1678121	67	4.1	66	79	6	236	26	23	16	33	1.96
1678701--1678754	15	3.6	15	92	0	90	24	20	22	33	1.97
1679317--1679361	21	2.2	21	84	11	58	42	6	20	31	1.77
1679437--1679484	20	2.4	20	89	0	78	22	16	8	52	1.71
1680421--1680456	18	2.0	18	89	10	56	22	27	5	44	1.75
1680877--1680927	20	2.5	21	87	3	68	43	3	17	35	1.68
1688751--1688789	17	2.4	17	87	12	55	38	5	15	41	1.69
1688763--1688870	17	6.1	17	73	16	60	39	10	7	42	1.67
1688802--1688870	17	4.1	17	81	7	70	39	10	7	43	1.66
1692140--1692169	8	3.8	8	95	0	51	76	13	6	3	1.11
1695217--1695270	17	3.4	17	73	16	53	53	3	3	38	1.36
1697171--1697208	20	1.9	19	85	15	51	36	7	0	55	1.29
1697197--1697246	18	2.7	19	74	20	52	38	0	2	60	1.09
1697232--1697307	2	39.0	2	73	15	52	50	3	2	43	1.34
1698945--1698987	15	2.7	16	85	10	61	46	9	0	44	1.35
1698944--1698994	15	3.4	15	75	20	52	45	7	0	47	1.32
1702441--1702507	18	3.6	18	78	11	73	32	0	0	67	0.91
1702810--1702883	24	3.1	23	70	16	62	58	1	1	39	1.15
1703055--1703116	27	2.2	28	88	5	99	56	0	0	43	0.99
1703068--1703145	33	2.3	34	86	2	104	55	0	0	44	0.99
1703093--1703142	22	2.2	23	89	3	75	56	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1704824--1704873	16	3.1	17	76	23	54	56	0	0	44	0.99
1706522--1706848	97	3.4	97	88	2	462	29	11	29	30	1.91
1708882--1708907	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1708861--1708925	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
1708861--1708925	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
1709552--1709632	39	2.0	40	85	2	110	32	24	7	35	1.83
1709671--1709734	29	2.2	29	94	0	110	43	20	3	32	1.67
1711499--1711536	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1717694--1717719	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1717673--1717737	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16