genome.fa.s382.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold382
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2572505

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  2  of  16  ( 1826 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113851--113889	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
115360--115398	20	2.0	20	89	0	60	30	2	10	56	1.46
116170--116240	16	4.0	16	70	22	61	54	4	1	39	1.28
116566--116613	22	2.2	22	85	7	62	62	0	0	37	0.95
117217--117301	38	2.3	37	78	8	91	58	1	1	38	1.13
117238--117294	23	2.5	22	81	10	62	63	1	0	35	1.05
117292--117337	17	2.7	17	78	18	51	47	10	2	39	1.51
118267--118304	19	2.0	19	100	0	76	15	5	26	52	1.64
118593--118714	16	7.5	16	67	17	56	55	4	0	39	1.21
118572--118622	22	2.3	22	86	0	66	52	1	0	45	1.12
118656--118688	14	2.3	15	89	5	50	60	0	0	39	0.97
121100--121132	15	2.2	15	94	0	57	42	12	18	27	1.85
123417--123458	12	3.2	13	86	6	50	4	47	0	47	1.23
123427--123465	13	3.1	12	88	7	51	0	48	0	51	1.00
133226--133264	13	2.8	14	84	11	53	33	0	2	64	1.08
133612--133807	105	1.9	105	79	0	221	15	30	15	37	1.89
135113--135156	6	7.3	6	100	0	88	84	0	15	0	0.63
135878--135909	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
137337--137384	25	1.9	25	86	0	69	70	4	2	22	1.15
138060--138144	25	3.3	25	73	11	64	54	1	1	43	1.15
138074--138152	27	3.0	27	74	7	72	51	2	2	43	1.28
138770--138806	3	12.3	3	88	0	56	27	0	2	70	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143043--143099	21	2.8	20	78	7	60	36	0	26	36	1.57
147286--147342	22	2.6	22	88	0	87	31	15	14	38	1.87
147286--147362	22	3.6	22	84	3	86	32	15	12	38	1.86
150308--150444	61	2.2	61	90	2	213	39	10	26	23	1.88
152721--152792	20	3.5	20	73	14	65	37	13	13	34	1.85
152819--152844	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
154845--154897	27	2.0	26	89	10	81	26	28	15	30	1.96
159604--159705	16	6.1	18	73	18	71	82	12	3	0	0.86
159616--159688	14	5.2	13	78	18	76	86	10	1	1	0.70
159604--159678	22	3.5	22	80	15	86	84	12	4	0	0.76
159619--159695	25	3.1	25	81	9	86	85	10	2	1	0.75
159620--159704	30	2.7	30	85	10	109	84	11	2	1	0.77
159603--159678	6	13.0	6	78	15	70	82	13	3	0	0.79
159621--159695	36	2.1	37	85	7	100	85	10	2	1	0.76
159616--159705	35	2.6	33	81	11	92	84	12	2	1	0.77
159618--159686	1	69.0	1	76	0	66	88	8	1	1	0.64
164583--164633	20	2.5	20	81	12	61	31	15	15	37	1.89
165044--165083	18	2.4	18	88	12	59	32	0	0	67	0.91
166824--166867	19	2.3	20	84	11	65	20	4	6	68	1.31
167227--167327	51	2.1	48	80	9	107	43	2	1	51	1.28
169239--169288	2	25.0	2	95	0	91	48	0	0	52	1.00
170387--170440	21	2.5	23	82	11	69	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170424--170468	22	2.0	22	83	8	56	60	2	0	37	1.09
172609--172633	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
173081--173113	5	6.6	5	100	0	66	81	18	0	0	0.68
173523--173547	13	1.9	13	100	0	50	40	20	8	32	1.81
174748--174775	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
183453--183490	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
184217--184268	19	2.8	19	88	2	70	84	5	7	1	0.84
184229--184268	11	3.3	13	76	16	50	87	5	5	2	0.73
186504--186693	97	2.0	96	90	1	299	30	27	10	32	1.90
191474--191546	22	3.3	21	77	21	62	75	6	10	6	1.19
192925--193399	28	17.1	27	83	4	421	25	29	14	30	1.95
192924--193404	55	8.6	56	81	4	456	26	29	14	29	1.95
192915--193404	83	5.9	83	81	4	493	26	29	14	29	1.95
193059--193720	56	11.7	56	79	7	423	28	28	14	28	1.96
193194--193681	28	17.2	28	82	4	435	28	28	16	26	1.97
193310--193638	172	1.9	172	88	0	496	30	27	15	26	1.96
193665--193757	32	2.9	33	77	6	102	29	25	18	26	1.98
193635--193757	64	1.9	63	80	12	144	30	26	17	26	1.97
196493--196720	97	2.4	97	90	0	357	29	27	12	30	1.93
199213--199259	21	2.2	21	84	0	58	36	14	0	48	1.44
205225--205263	18	2.1	17	86	13	51	23	2	10	64	1.37
206101--206147	2	24.0	2	86	4	69	53	2	0	44	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206648--206682	11	3.3	11	88	4	54	60	0	2	37	1.12
207153--207193	20	2.0	20	85	0	55	43	2	4	48	1.37
207919--207979	14	4.2	14	74	12	52	34	6	0	59	1.24
208991--209016	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
210122--210173	2	26.0	2	96	0	95	50	1	0	48	1.12
211711--211739	4	7.5	4	92	7	51	79	0	0	20	0.74
211854--211897	23	1.9	23	81	9	54	27	4	4	63	1.33
211907--211989	9	8.9	9	73	21	64	36	1	0	62	1.03
211913--211959	8	5.5	8	79	20	51	38	0	0	61	0.96
211915--211990	19	3.9	19	76	21	70	35	1	0	63	1.03
211843--211995	29	5.0	30	75	15	120	34	3	1	60	1.21
211913--211995	11	7.9	11	74	19	63	36	1	0	62	1.03
211914--211993	20	4.2	20	73	13	78	35	1	0	63	1.02
212412--212454	14	3.0	14	86	3	50	34	2	0	62	1.08
215996--216033	20	1.9	20	88	0	58	47	10	7	34	1.67
216975--217018	17	2.3	20	88	11	67	72	2	0	25	0.96
216977--217018	18	2.2	20	87	8	61	73	2	0	23	0.94
217022--217065	15	3.1	15	77	9	56	56	0	2	40	1.11
217012--217065	28	1.9	28	84	0	72	57	1	1	38	1.20
217032--217082	21	2.5	21	84	9	61	52	3	3	39	1.38
218345--218369	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
219587--219628	22	1.9	22	90	9	68	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220303--220341	16	2.4	16	91	4	60	69	0	2	28	1.02
220278--220361	27	3.3	25	72	6	62	65	4	5	23	1.34
220502--220532	13	2.5	13	94	5	55	0	9	6	83	0.79
220820--220875	29	1.9	29	85	7	78	48	5	0	46	1.25
222118--222144	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
222160--222192	15	2.1	16	94	5	59	30	0	0	69	0.88
222146--222201	28	2.0	28	82	6	69	35	0	0	64	0.94
225644--225683	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
227973--228029	29	2.0	27	83	6	69	40	0	7	52	1.28
229394--229468	32	2.4	31	80	8	80	38	2	8	50	1.46
236225--236257	11	3.1	11	86	4	50	45	0	3	51	1.16
238822--239158	185	1.8	184	85	6	477	36	18	14	30	1.91
239474--239498	13	1.9	13	100	0	50	24	16	20	40	1.91
241951--242535	79	7.4	79	79	4	554	28	25	13	32	1.93
241949--242535	157	3.7	157	81	3	606	28	25	13	32	1.93
241951--242497	236	2.3	237	81	5	642	28	24	13	33	1.93
243547--243793	77	3.2	76	81	7	252	34	19	14	31	1.92
243517--243969	78	5.8	77	71	12	264	35	19	14	30	1.92
246579--246655	40	1.9	40	83	0	100	32	15	9	42	1.78
247965--248089	20	6.7	20	68	19	81	29	20	14	36	1.92
247984--248009	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
247946--248050	53	2.0	53	100	0	210	30	19	15	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254375--254423	21	2.3	20	75	21	55	38	22	0	38	1.54
256579--256633	21	2.6	21	80	13	60	38	5	10	45	1.63
256763--256816	20	2.8	19	77	5	63	33	16	11	38	1.84
264659--264753	28	3.3	30	72	22	78	47	0	1	51	1.07
264679--264724	15	2.9	16	78	9	51	50	0	0	50	1.00
264698--264759	25	2.4	26	84	12	76	43	0	1	54	1.09
264793--264870	39	2.0	39	80	9	88	48	0	2	48	1.15
264908--264997	25	3.7	26	73	16	84	54	0	0	45	0.99
264995--265028	4	8.8	4	93	6	61	26	0	0	73	0.83
266120--266148	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16