genome.fa.s382.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold382
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2572505

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2197148--2197178	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2199190--2199269	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
2199255--2199293	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2199414--2199460	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
2199416--2199458	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
2201841--2201866	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2206591--2206639	21	2.3	22	82	3	55	22	16	4	57	1.56
2208860--2208885	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2208840--2208903	32	2.0	33	87	3	94	29	14	14	42	1.84
2211716--2212055	78	4.3	78	78	3	315	34	13	25	27	1.93
2211708--2212056	158	2.2	157	83	7	422	33	13	25	27	1.93
2214369--2214398	13	2.3	13	100	0	60	40	6	16	36	1.75
2214382--2214436	20	2.8	20	86	10	85	45	10	14	29	1.79
2225799--2225854	22	2.6	22	97	2	105	51	12	14	21	1.74
2226753--2226806	20	2.7	20	88	0	90	38	11	14	35	1.82
2230467--2230504	20	2.0	20	84	5	51	47	0	0	52	1.00
2230855--2230896	17	2.5	17	88	7	59	23	0	4	71	1.05
2230928--2231032	31	3.3	31	68	18	72	43	0	0	55	1.06
2230888--2231029	63	2.2	65	79	10	143	46	0	0	52	1.10
2230982--2231048	15	4.5	14	73	12	53	44	1	1	52	1.19
2230987--2231053	23	2.9	22	78	13	64	47	1	0	50	1.10
2231775--2231830	19	2.9	19	76	10	60	8	14	3	73	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2231779--2231825	16	2.9	16	81	12	60	8	14	4	72	1.24
2231775--2231819	17	2.5	19	85	7	58	11	13	4	71	1.29
2239545--2239620	20	3.8	20	69	19	68	31	19	14	34	1.92
2239530--2239616	40	2.2	40	85	0	111	32	24	16	27	1.96
2239621--2239670	20	2.5	20	83	3	66	32	20	14	34	1.92
2239610--2239856	111	2.2	112	91	2	388	33	16	17	31	1.93
2239727--2239781	19	2.8	20	88	2	85	29	14	16	40	1.88
2239826--2239855	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
2239810--2239876	33	2.0	33	85	5	91	34	13	16	35	1.88
2244352--2244407	21	2.7	21	94	0	94	35	10	19	33	1.87
2244444--2244507	19	3.7	19	74	23	77	34	12	15	37	1.85
2244445--2244515	32	2.2	32	97	0	133	33	12	16	36	1.87
2244464--2244488	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2244559--2244584	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2244539--2244605	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2246938--2247422	51	9.3	52	73	9	312	29	25	11	32	1.91
2247138--2247423	52	5.5	52	83	4	355	30	25	10	33	1.90
2247146--2247423	103	2.7	103	96	1	495	30	25	10	33	1.90
2247516--2247570	28	1.9	29	88	3	85	23	23	18	34	1.96
2247516--2247670	80	1.9	80	81	5	188	28	26	12	32	1.93
2251041--2251117	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
2251101--2251274	52	3.3	52	78	10	201	32	11	25	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2251307--2251380	27	2.7	28	89	2	105	21	20	33	24	1.97
2251364--2251490	51	2.4	51	84	10	148	33	11	22	33	1.89
2253815--2253840	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2253798--2253860	33	1.9	33	86	0	90	42	17	14	25	1.87
2253880--2253985	19	5.9	19	86	12	152	39	14	11	34	1.81
2253902--2253926	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2254041--2254097	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2254108--2254151	21	2.2	21	92	8	74	18	0	0	81	0.68
2263880--2263924	22	2.0	24	86	8	67	55	2	4	37	1.32
2264237--2264295	20	3.1	18	76	13	55	44	6	1	47	1.39
2269576--2269633	1	58.0	1	77	0	53	87	8	3	0	0.64
2269575--2269633	8	7.6	8	77	11	61	86	10	3	0	0.68
2269576--2269661	13	6.2	13	73	14	55	82	6	10	0	0.84
2269575--2269633	21	2.9	21	80	14	70	86	10	3	0	0.68
2269576--2269637	17	3.6	17	83	12	83	87	9	3	0	0.66
2269576--2269643	18	4.0	17	81	9	77	85	8	5	0	0.75
2270627--2271384	55	13.2	57	88	5	802	27	28	20	24	1.99
2271156--2271240	26	3.2	26	65	15	73	31	34	18	15	1.92
2272089--2272130	21	2.0	21	95	0	75	40	16	9	33	1.81
2272167--2272217	19	2.7	19	96	0	93	33	11	15	39	1.84
2272269--2272294	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2272249--2272315	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2274660--2275144	51	9.3	52	73	11	277	29	24	11	34	1.91
2274861--2275145	51	5.5	51	84	4	342	29	23	10	35	1.89
2274869--2275145	103	2.7	103	92	2	459	29	23	10	35	1.89
2275128--2275204	28	2.8	28	83	0	82	23	33	19	23	1.97
2275158--2275381	80	2.8	80	81	2	256	26	29	15	29	1.96
2277648--2277686	20	1.9	21	94	5	71	35	12	17	33	1.88
2277715--2277741	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2277982--2278025	22	2.0	21	82	4	52	15	9	18	56	1.65
2279592--2279656	34	1.9	34	84	3	87	40	0	18	41	1.51
2280236--2280308	20	3.7	20	71	14	78	31	20	15	32	1.93
2280217--2280306	40	2.2	40	92	0	144	34	21	13	31	1.92
2280305--2280359	19	2.8	19	88	2	74	30	20	10	38	1.87
2280297--2280565	111	2.4	112	88	2	387	33	15	17	33	1.92
2280416--2280471	19	2.8	20	89	5	96	32	17	14	35	1.90
2280516--2280545	13	2.3	13	94	0	51	30	16	16	36	1.91
2282449--2283003	277	2.0	277	95	1	997	40	14	18	27	1.89
2284805--2285211	153	2.7	150	75	11	373	37	18	18	25	1.94
2287111--2287709	164	3.6	164	81	5	638	50	8	10	30	1.66
2287111--2287709	330	1.8	330	81	6	764	50	8	10	30	1.66
2288851--2288972	44	2.8	43	83	4	138	40	16	21	21	1.91
2288867--2289122	44	5.8	44	77	6	151	39	16	24	19	1.92
2288938--2289102	89	1.9	88	79	6	190	36	18	25	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2289023--2289147	44	2.8	43	82	2	151	38	18	24	18	1.93
2289132--2289706	44	13.1	44	75	9	388	37	16	25	21	1.93
2289080--2289706	132	4.8	131	85	4	665	37	16	25	21	1.93
2290457--2290482	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2290521--2290596	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
2290542--2290614	20	3.6	20	79	17	96	32	19	13	34	1.91
2290521--2290614	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
2293064--2293101	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2293090--2293166	20	3.6	20	77	16	73	42	15	15	25	1.86
2295181--2295211	15	2.1	15	93	0	53	16	25	16	41	1.88
2297015--2297059	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2299276--2299301	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2299340--2299415	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
2299361--2299433	20	3.6	20	79	17	96	32	19	13	34	1.91
2299340--2299433	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
2299783--2299904	47	2.6	47	86	2	156	36	12	28	22	1.90
2300709--2300803	19	5.6	19	72	27	106	33	12	18	34	1.89
2300728--2300784	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
2300709--2300811	32	3.2	32	98	0	197	32	13	19	34	1.91
2300835--2300862	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2306233--2306276	23	1.9	23	86	9	63	0	11	4	84	0.77
2306246--2306275	16	1.9	16	93	6	53	0	10	3	86	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2308055--2308086	14	2.3	14	94	0	55	50	9	21	18	1.75
2309517--2309898	194	2.0	192	83	8	479	35	21	18	24	1.95
2324351--2324425	19	4.0	17	70	17	51	80	10	4	5	1.01
2325644--2325959	29	10.9	29	83	6	365	28	25	18	27	1.98
2325644--2325959	85	3.6	86	85	5	388	28	25	18	27	1.98
2326806--2326863	20	2.9	20	84	5	73	32	13	15	37	1.87
2334715--2334823	48	2.2	49	85	1	139	32	18	15	33	1.92
2335629--2335659	16	1.9	16	93	0	53	29	6	16	48	1.70
2338447--2339043	165	3.6	164	86	5	785	50	7	10	31	1.65
2338350--2339164	330	2.5	329	80	6	891	50	7	10	31	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16