genome.fa.s382.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold382
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2572505

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2036266--2036315	19	2.6	19	80	3	64	28	16	20	36	1.93
2042076--2042121	21	2.2	21	84	3	58	43	13	15	28	1.83
2045431--2045474	23	1.9	24	90	9	74	38	25	6	29	1.81
2045872--2045922	20	2.5	20	77	0	57	35	13	9	41	1.78
2045988--2046049	33	1.9	33	86	3	90	40	14	12	32	1.84
2054457--2054511	20	2.8	20	91	0	83	34	18	10	36	1.86
2054497--2054521	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2064187--2064239	21	2.5	21	81	6	63	35	11	18	33	1.87
2064586--2064734	75	2.0	75	83	7	187	40	16	14	28	1.87
2076569--2076621	13	4.5	13	69	26	55	35	16	13	33	1.88
2076572--2076636	33	2.0	33	87	6	96	35	15	13	35	1.87
2076837--2076902	19	3.8	18	74	24	70	34	12	15	37	1.84
2076859--2076883	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2076840--2076907	32	2.1	32	94	0	118	35	11	16	36	1.85
2089471--2089517	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
2089638--2089676	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2089662--2089740	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
2091756--2091786	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2095316--2095341	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2099507--2099566	11	5.6	10	81	16	68	86	10	1	1	0.71
2099520--2099566	16	2.9	16	87	12	69	87	10	0	2	0.63
2099507--2099566	24	2.6	23	84	7	77	86	10	1	1	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2100998--2101172	30	6.0	30	78	6	180	30	31	15	22	1.95
2100992--2101163	28	6.0	28	79	11	177	31	31	15	20	1.94
2100998--2101156	58	2.7	58	88	2	221	33	31	15	20	1.93
2101144--2101233	32	2.8	32	77	1	99	21	34	12	32	1.90
2101557--2101789	55	4.4	54	68	10	169	24	27	15	33	1.95
2101444--2101797	154	2.3	149	94	2	600	23	26	15	34	1.95
2102329--2102353	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2102310--2102377	32	2.1	32	91	0	109	35	11	17	35	1.87
2102308--2102368	19	3.5	19	70	25	62	32	9	18	39	1.83
2102425--2102449	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2102458--2102583	52	2.4	52	98	0	243	35	19	19	26	1.95
2105722--2105748	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2106902--2106968	15	4.7	15	73	15	70	74	7	0	17	1.04
2106911--2106964	28	2.0	27	88	3	81	72	9	0	18	1.11
2106902--2106976	7	10.4	7	70	11	53	74	6	0	18	1.03
2107755--2107937	56	3.3	56	80	0	206	48	25	17	8	1.76
2118381--2118452	20	3.5	20	81	3	99	36	13	19	30	1.91
2118399--2118474	21	3.7	21	76	3	91	43	11	17	27	1.84
2118381--2118474	41	2.3	41	96	0	170	40	12	18	28	1.87
2118513--2118538	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2122600--2122630	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2124644--2124721	20	3.6	21	74	15	70	26	14	15	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2126504--2126575	36	2.0	36	97	0	135	33	2	23	40	1.69
2127199--2127270	20	3.5	20	81	3	99	36	13	19	30	1.91
2127217--2127292	21	3.7	21	76	3	91	43	11	17	27	1.84
2127199--2127292	41	2.3	41	96	0	170	40	12	18	28	1.87
2127331--2127356	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2131812--2131837	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2131876--2131951	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
2131897--2131969	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2131876--2131969	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2132593--2132664	36	2.0	36	97	0	135	40	23	2	33	1.69
2134418--2134456	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2134442--2134520	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
2136535--2136565	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2140694--2140769	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
2140715--2140787	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2140694--2140787	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2141570--2141636	7	9.9	7	75	18	70	85	11	1	1	0.75
2141571--2141636	35	1.9	33	90	6	105	84	12	1	1	0.75
2142938--2143005	28	2.5	28	83	7	77	26	30	19	23	1.98
2143187--2143261	32	2.3	33	81	6	91	30	29	17	22	1.97
2143291--2143817	52	9.8	52	74	12	442	25	25	14	33	1.95
2143274--2143815	104	5.1	104	81	7	500	24	26	14	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2143499--2143709	110	1.9	111	85	2	289	26	24	15	33	1.95
2143445--2143860	162	2.6	161	84	4	513	24	26	16	32	1.96
2143770--2143860	43	2.1	43	89	0	137	25	25	18	30	1.98
2144640--2144679	19	2.2	18	86	4	53	22	20	10	47	1.79
2145367--2145552	56	3.4	54	79	5	194	44	27	19	8	1.79
2149741--2149875	69	2.0	69	80	0	153	11	31	11	46	1.74
2155094--2155141	21	2.3	21	85	0	69	4	33	25	37	1.75
2155295--2155341	14	3.4	14	80	11	53	61	0	0	38	0.96
2155415--2155465	23	2.3	23	80	12	61	41	0	0	58	0.98
2155555--2155600	24	2.0	24	86	4	67	63	2	0	34	1.07
2156079--2156113	15	2.3	15	90	9	54	51	0	2	45	1.16
2156255--2156281	12	2.2	12	100	0	54	70	0	0	29	0.88
2156646--2156704	22	2.4	26	78	13	72	57	1	5	35	1.31
2157112--2157147	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2157628--2157671	19	2.3	19	80	7	54	50	0	2	47	1.13
2161228--2161453	80	2.8	78	76	11	208	28	15	29	25	1.96
2161405--2161476	28	2.6	28	86	0	90	22	19	36	22	1.95
2161326--2161530	107	1.9	108	85	5	281	28	15	28	27	1.96
2161464--2161849	52	7.4	51	73	13	266	31	11	26	30	1.92
2161354--2161854	263	1.9	263	89	3	785	30	12	27	29	1.93
2161668--2161740	27	2.6	28	85	12	98	20	20	34	24	1.97
2163556--2163590	12	2.8	13	86	4	54	5	0	42	51	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2164187--2164212	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2164166--2164232	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2164252--2164321	19	4.1	18	77	22	87	37	15	11	35	1.84
2164274--2164298	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2164255--2164317	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2164919--2165130	119	1.8	116	81	11	261	39	15	25	20	1.91
2165114--2165688	55	10.0	55	88	6	620	25	20	27	26	1.99
2166685--2166746	26	2.3	27	80	2	63	0	9	8	82	0.85
2179160--2179344	78	2.3	78	81	1	208	29	16	30	24	1.96
2179218--2179421	106	1.9	108	82	4	261	27	14	29	27	1.95
2179296--2179367	28	2.6	28	86	0	90	22	19	36	22	1.95
2179355--2179740	52	7.4	51	72	12	255	31	11	25	30	1.92
2179559--2179631	27	2.6	28	87	8	105	21	20	32	24	1.97
2179246--2179745	263	1.9	262	88	3	747	30	12	27	29	1.93
2182109--2182134	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2182088--2182154	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2182624--2182660	13	2.8	13	84	15	58	32	18	13	35	1.90
2182726--2182755	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
2182711--2182775	33	2.0	33	87	6	96	33	12	18	35	1.88
2183215--2183312	36	3.0	33	78	16	98	30	12	27	29	1.93
2183253--2183312	31	2.0	31	83	9	79	28	11	28	31	1.92
2184868--2184952	21	4.0	21	73	21	54	55	1	23	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2187879--2187945	32	2.1	32	91	0	107	37	7	25	29	1.83
2187982--2188006	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2189480--2189506	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2189490--2189542	19	2.7	19	85	2	61	33	15	15	35	1.88
2189591--2189620	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
2190080--2190172	36	2.8	33	78	18	104	31	12	25	30	1.93
2190941--2190966	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2190921--2190984	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
2193058--2193083	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2195301--2195345	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16