genome.fa.s382.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold382
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2572505

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1431011--1431915	28	31.5	28	84	4	997	22	17	31	27	1.97
1431011--1431880	202	4.3	202	85	5	1113	22	17	31	27	1.97
1430997--1431915	230	4.0	228	83	6	1057	22	17	31	28	1.97
1440289--1440361	20	3.7	20	80	7	76	42	10	13	32	1.79
1447675--1447786	20	5.7	19	75	12	93	81	9	5	3	0.97
1447674--1447782	8	13.0	8	71	17	55	81	10	4	3	0.95
1447676--1447756	36	2.2	36	82	6	101	82	8	4	3	0.92
1447672--1447786	40	2.9	39	79	15	112	80	10	5	3	0.98
1447678--1447788	47	2.3	50	84	9	149	80	9	6	3	1.01
1447674--1447779	19	5.6	18	74	15	81	82	9	4	3	0.94
1448783--1448822	19	2.1	19	90	9	64	42	22	0	35	1.54
1451841--1451865	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1451914--1451969	19	3.0	19	89	2	87	42	17	10	28	1.83
1452811--1453638	102	8.5	102	87	6	1001	32	18	25	23	1.97
1452811--1453692	49	18.3	49	80	11	909	32	18	25	23	1.97
1453178--1453682	43	11.1	43	81	10	533	31	19	25	23	1.98
1453271--1453338	21	3.2	21	68	25	61	30	16	26	26	1.96
1454075--1454100	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1456318--1456362	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1458165--1458195	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1460209--1460288	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
1460274--1460312	13	3.0	13	88	0	60	33	15	15	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1460433--1460479	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
1460435--1460477	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
1462853--1462878	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1463664--1463748	33	2.7	32	87	8	122	16	18	37	27	1.92
1463742--1463964	35	6.6	35	83	7	232	34	13	30	22	1.92
1463742--1463996	35	7.7	33	82	8	193	34	13	30	21	1.92
1463873--1464025	31	4.9	31	80	9	161	32	15	28	23	1.95
1465309--1465348	12	3.2	12	86	13	55	0	0	17	82	0.67
1472213--1472341	52	2.5	52	90	0	222	28	20	17	33	1.95
1472350--1472374	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1472446--1472470	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1474969--1475039	28	2.5	28	81	2	88	70	2	2	23	1.14
1474997--1475041	19	2.3	20	88	11	67	75	4	2	17	1.07
1475006--1475049	19	2.3	19	84	11	54	75	2	4	18	1.09
1475604--1475668	29	2.2	30	86	2	87	35	4	0	60	1.18
1475613--1475702	44	2.0	45	85	6	121	35	7	0	56	1.28
1475604--1475695	15	6.2	14	71	14	60	32	8	0	58	1.28
1478033--1478433	83	4.8	83	82	7	485	44	29	5	21	1.74
1480245--1480283	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
1481378--1481582	111	1.8	111	86	4	297	44	12	10	32	1.75
1481803--1481880	32	2.4	33	87	10	117	26	16	17	38	1.92
1485386--1485513	52	2.5	51	91	3	195	31	15	19	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485386--1485535	52	2.9	52	82	4	153	32	15	19	32	1.93
1485524--1485548	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1485589--1485655	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1485611--1485635	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1488435--1488653	79	2.8	78	84	6	289	34	12	23	30	1.91
1488586--1488705	51	2.4	51	86	8	172	33	11	23	31	1.91
1488496--1488732	130	1.8	127	85	6	334	34	13	22	29	1.92
1488641--1488840	107	1.9	107	88	0	301	32	18	22	27	1.97
1488719--1488891	79	2.2	79	82	6	199	32	17	23	27	1.96
1488825--1488943	50	2.4	50	85	5	159	31	12	27	28	1.93
1491485--1491591	42	2.6	41	86	4	160	44	11	25	18	1.83
1491582--1491701	43	2.8	43	80	6	111	41	15	24	19	1.89
1491825--1492084	61	4.5	60	77	7	222	25	18	30	26	1.98
1492050--1492136	42	2.1	42	95	0	156	20	16	34	28	1.94
1493207--1493276	1	70.0	1	71	0	50	0	4	10	85	0.72
1493207--1493277	15	4.6	15	81	13	74	0	4	11	84	0.75
1493201--1493275	24	3.1	24	79	12	73	0	6	9	84	0.79
1493208--1493276	31	2.2	31	82	12	88	0	4	10	85	0.72
1493210--1493274	8	7.9	8	85	13	78	0	4	10	84	0.75
1493209--1493275	9	7.9	9	81	6	61	0	4	10	85	0.74
1493986--1494011	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1493968--1494031	33	2.0	33	87	9	96	40	17	14	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1494055--1494098	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
1505103--1505127	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
1507207--1507423	78	2.7	78	88	4	319	32	13	25	28	1.94
1507283--1507604	130	2.5	129	84	5	391	32	12	25	29	1.92
1507487--1507604	51	2.3	51	82	5	148	30	11	28	28	1.92
1509921--1509995	20	3.8	20	91	3	116	42	14	18	24	1.88
1512123--1512195	25	2.9	25	100	0	146	36	26	8	28	1.85
1512721--1512746	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1515176--1515239	32	2.0	32	84	6	85	28	17	15	39	1.90
1515204--1515260	19	2.9	19	89	2	87	31	17	17	33	1.93
1516624--1516648	13	1.9	13	100	0	50	24	20	16	40	1.91
1516604--1516667	32	2.0	32	100	0	128	31	18	12	37	1.88
1516605--1516689	19	4.7	19	79	20	103	34	16	12	36	1.87
1516739--1516763	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1516720--1516782	32	1.9	32	87	9	92	33	12	19	34	1.89
1523995--1524022	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1523975--1524040	33	2.0	33	88	5	98	30	15	13	40	1.85
1532230--1532422	64	3.1	62	86	8	275	23	29	15	31	1.95
1532223--1532422	95	2.1	94	89	3	298	22	30	15	32	1.94
1532230--1532494	31	8.4	31	84	9	279	21	31	14	32	1.93
1532223--1532540	95	3.4	95	80	10	289	21	32	14	32	1.93
1532296--1533031	34	22.8	33	79	11	524	21	31	12	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1532487--1532560	27	2.7	27	93	0	121	27	32	16	24	1.96
1532546--1533031	101	4.8	101	86	7	643	20	30	11	37	1.88
1532638--1532932	33	9.2	29	73	18	166	20	30	12	36	1.89
1533028--1533590	49	11.9	49	79	13	631	24	25	18	31	1.98
1533028--1533686	101	6.9	95	83	8	631	23	26	18	31	1.98
1533224--1533387	39	4.0	39	78	13	184	26	25	21	27	1.99
1533031--1533489	227	2.0	229	91	3	744	24	26	18	30	1.98
1533350--1533696	52	6.9	49	80	7	331	23	25	18	33	1.97
1534481--1534518	20	1.9	20	100	0	76	36	13	10	39	1.79
1534505--1534529	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
1534485--1534548	33	1.9	33	87	6	94	32	15	10	40	1.82
1538950--1538989	21	1.9	21	100	0	80	37	22	10	30	1.87
1538809--1539109	155	1.9	155	92	0	503	36	11	17	34	1.86
1539553--1539610	19	3.1	18	85	11	80	36	15	15	32	1.89
1539554--1539609	20	2.8	20	89	7	80	33	16	16	33	1.91
1539658--1539682	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1539639--1539702	33	2.0	32	90	9	103	34	12	18	34	1.89
1540500--1540554	20	2.7	21	91	2	85	30	14	18	36	1.91
1541427--1541499	34	2.1	35	82	7	87	54	10	16	17	1.70
1541680--1541717	20	1.9	20	94	0	67	28	10	15	44	1.80
1541749--1541802	20	2.7	20	82	0	63	35	16	11	37	1.84
1541837--1541901	20	3.3	20	70	20	64	30	20	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1541830--1541920	39	2.3	39	94	0	155	30	18	16	34	1.93
1541853--1541940	19	4.5	19	78	17	83	36	15	15	31	1.90
1541853--1541941	39	2.3	39	86	0	124	35	16	15	31	1.91
1542552--1542617	21	3.4	18	73	17	53	33	24	3	39	1.71
1542561--1542602	21	2.0	22	95	4	77	23	28	0	47	1.52
1547156--1547227	15	4.8	16	81	11	98	30	16	2	50	1.60
1547156--1547227	30	2.4	30	100	0	144	30	16	2	50	1.60
1549258--1549311	20	2.7	20	82	0	63	38	16	7	37	1.77
1549339--1549391	19	2.7	19	81	13	63	32	18	15	33	1.92
1549381--1549405	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16