genome.fa.s382.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold382
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2572505

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685939--685992	23	2.4	23	78	6	58	61	0	0	38	0.96
686509--686540	14	2.2	15	94	5	57	40	0	0	59	0.97
686512--686964	125	3.8	124	81	14	549	42	2	1	53	1.24
686644--686882	109	2.2	111	91	4	396	43	2	1	51	1.26
686883--687020	67	2.1	67	82	10	167	44	1	0	52	1.14
686780--687031	125	2.0	124	81	7	287	45	1	1	51	1.18
687100--687563	57	8.0	56	79	8	455	22	17	31	28	1.96
687100--687563	28	16.0	28	80	7	446	22	17	31	28	1.96
688781--688832	11	4.7	11	83	9	61	1	1	11	84	0.78
688774--688827	8	6.8	8	80	14	51	1	1	11	85	0.76
688794--688832	19	2.1	19	90	0	60	0	2	12	84	0.72
689275--689734	59	8.0	59	86	5	581	24	21	28	25	1.99
690712--690771	1	60.0	1	76	0	57	0	1	10	88	0.59
690712--690771	27	2.3	25	91	5	93	0	1	10	88	0.59
690722--690769	11	4.4	11	92	7	80	0	0	10	89	0.48
690722--690768	21	2.2	22	96	3	87	0	0	10	89	0.49
690712--690770	12	4.8	12	81	8	73	0	1	10	88	0.60
701846--701884	19	2.1	19	100	0	78	20	23	30	25	1.98
703193--703274	28	2.9	28	83	7	96	25	17	32	24	1.96
703257--703426	52	3.3	50	80	6	196	32	11	25	31	1.91
703468--703598	51	2.5	51	80	9	147	32	9	25	32	1.89
703201--703590	211	1.8	211	87	3	588	30	12	26	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
705957--705982	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
705936--706002	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
706044--706068	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
706106--706182	21	3.7	21	85	3	102	32	16	15	35	1.91
707099--707223	20	5.7	20	70	20	81	40	12	16	30	1.85
707099--707273	90	1.9	90	90	3	280	41	12	16	29	1.85
708595--708724	65	2.0	67	83	6	167	51	0	1	46	1.15
708669--708938	34	7.0	39	65	20	113	52	1	1	44	1.17
708651--709038	111	3.4	115	83	8	467	52	1	2	43	1.23
708989--709065	23	3.3	22	80	8	82	62	1	3	32	1.22
708985--709086	47	2.2	46	83	10	127	60	2	2	33	1.26
709364--709395	14	2.2	15	94	5	57	40	0	0	59	0.97
709367--709735	107	3.1	123	82	14	504	42	3	2	52	1.29
709382--709796	107	3.7	111	84	10	464	42	2	2	52	1.28
709731--709857	66	1.9	67	84	7	170	45	1	0	51	1.16
709943--710367	28	14.6	28	79	8	404	21	17	32	28	1.96
709943--710370	57	7.4	56	78	8	410	21	17	32	28	1.96
711580--711630	11	4.6	11	83	7	59	1	1	11	84	0.79
711573--711629	14	4.3	13	76	14	55	1	1	10	85	0.73
726601--726669	20	3.5	19	86	7	77	39	15	14	30	1.88
726962--727075	35	3.3	35	76	4	131	21	23	11	42	1.85
727102--727810	44	16.2	43	68	10	294	20	23	15	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727081--727756	132	5.2	131	77	9	470	20	23	15	40	1.91
727133--727840	132	5.4	132	76	7	469	20	23	15	40	1.90
731416--731611	94	2.1	94	82	3	229	32	13	10	44	1.77
735034--735117	32	2.5	33	81	14	102	55	1	4	38	1.28
737978--738018	21	2.0	21	85	0	55	34	0	4	60	1.18
739390--739473	32	2.5	33	81	14	102	55	1	4	38	1.28
742617--742687	27	2.6	27	88	6	99	22	7	23	46	1.76
747185--747255	27	2.6	27	88	6	99	22	7	23	46	1.76
751880--751906	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
754551--754612	31	2.1	29	87	6	88	53	24	1	20	1.55
760684--760710	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
765950--765999	16	3.4	16	68	21	54	30	24	0	46	1.53
765950--766018	28	2.5	28	97	0	129	31	21	0	46	1.52
768233--768329	33	3.0	33	95	1	178	30	15	11	42	1.82
768289--768510	108	2.1	108	82	1	266	31	11	13	44	1.78
771669--771845	90	2.0	91	89	1	275	35	13	9	41	1.77
775394--775526	58	2.4	57	92	3	216	44	17	5	33	1.71
775570--775610	17	2.4	17	87	0	55	36	24	0	39	1.56
777166--777207	15	2.6	16	82	14	50	57	4	0	38	1.20
777327--777376	3	16.7	3	95	0	91	68	2	0	30	1.01
778877--778929	15	3.7	15	72	18	51	56	0	0	43	0.99
779281--779338	22	2.7	21	84	10	73	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779273--779349	22	3.6	22	70	16	63	54	0	0	45	0.99
780463--780501	16	2.4	16	78	0	51	58	0	0	41	0.98
783235--783533	122	2.5	122	82	3	327	38	13	10	37	1.79
787491--787518	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
788163--788237	20	3.8	20	77	7	80	37	13	8	41	1.74
795248--795317	22	3.3	21	76	17	65	72	10	11	5	1.26
795248--795315	21	3.2	21	78	19	63	73	10	10	5	1.24
795305--795343	19	2.0	19	85	5	51	76	5	10	7	1.13
796676--797040	82	4.4	82	87	4	450	24	30	14	30	1.94
796681--796967	27	10.5	27	88	3	423	24	29	13	32	1.94
796979--797719	28	25.6	28	83	7	781	28	30	18	22	1.97
796982--797733	56	13.0	56	83	7	862	28	30	18	22	1.97
796972--797719	144	5.2	143	86	5	1006	28	30	18	22	1.97
798643--798700	20	2.9	20	81	0	80	31	13	12	43	1.81
798635--798709	20	3.8	20	78	0	78	33	14	10	41	1.81
798732--798780	20	2.5	20	86	0	62	34	14	12	38	1.83
802528--802600	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
802546--802621	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
802528--802621	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
802660--802685	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
805166--805478	79	4.0	79	79	5	330	35	9	24	30	1.87
805170--805478	158	2.0	158	82	6	385	35	9	23	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805444--805719	78	3.4	79	78	10	251	36	12	22	28	1.90
805694--805747	28	1.9	28	92	0	90	29	16	27	25	1.97
805706--805916	79	2.7	80	80	6	216	33	10	24	30	1.90
807822--807878	13	3.9	13	72	24	51	35	12	17	35	1.87
807821--807905	32	2.7	32	96	0	152	32	11	17	37	1.86
807835--807897	19	3.7	18	74	24	64	33	11	17	38	1.85
814961--815004	15	2.8	16	86	3	63	79	20	0	0	0.73
816234--816345	30	3.7	30	85	1	152	25	29	17	26	1.98
816330--817182	34	26.6	34	77	13	806	19	32	11	35	1.88
816330--817183	95	8.9	96	83	7	839	19	32	11	35	1.88
816330--817183	129	6.7	130	80	11	755	19	32	11	35	1.88
816544--817182	61	9.9	64	76	13	543	19	32	11	36	1.88
817026--817142	60	1.9	60	82	5	146	21	34	11	33	1.89
817182--817259	33	2.5	31	86	10	113	28	37	16	17	1.92
817186--817252	33	2.0	33	94	0	116	28	34	17	19	1.95
817252--817816	49	11.7	49	77	9	473	24	26	16	32	1.96
817347--817576	43	5.1	43	78	12	237	23	27	17	30	1.97
817269--817675	139	2.9	139	88	5	577	24	27	16	31	1.96
817529--817719	101	1.9	101	87	0	283	24	26	16	32	1.96
817532--817772	101	2.4	101	79	4	279	24	26	17	31	1.97
818586--818640	13	3.8	13	75	25	56	38	9	18	34	1.82
818585--818669	32	2.7	32	96	0	152	35	10	17	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818599--818661	19	3.7	18	76	24	73	34	11	17	36	1.85
822859--822903	20	2.2	20	88	7	65	31	13	8	46	1.74
828151--828579	158	2.7	160	78	10	435	40	11	11	36	1.77
828366--829069	235	3.0	235	97	0	1320	40	11	9	38	1.75
829682--829706	11	2.3	11	100	0	50	48	16	20	16	1.82
829996--830043	22	2.2	21	79	13	53	12	18	4	64	1.43
835782--835806	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
836211--836267	30	1.9	30	89	7	89	47	8	1	42	1.45
836270--836304	13	2.7	13	86	0	52	51	11	0	37	1.38
843634--843668	17	2.1	17	88	0	52	71	0	0	28	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16