genome.fa.s382.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold382
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2572505

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2338350--2339121	165	4.7	163	81	8	739	49	7	11	31	1.66
2340962--2341693	74	9.9	74	78	4	676	38	13	21	25	1.91
2340962--2341687	147	4.9	149	81	2	725	38	13	21	26	1.91
2340978--2341687	293	2.4	293	79	5	766	38	13	21	25	1.91
2341595--2341805	113	1.9	114	82	3	273	38	11	21	27	1.89
2341705--2341980	74	3.7	73	82	5	288	39	12	19	28	1.88
2341991--2342279	71	4.0	71	83	2	344	34	15	23	26	1.94
2341739--2342246	270	1.9	264	80	6	585	37	13	21	27	1.91
2341991--2342279	143	2.0	144	85	3	384	34	15	23	26	1.94
2341991--2342279	74	4.0	72	82	3	332	34	15	23	26	1.94
2341989--2342287	145	2.1	147	83	5	392	36	14	23	25	1.93
2343293--2343336	22	2.0	23	86	13	65	2	6	11	79	1.01
2343293--2343335	21	2.0	23	86	9	63	2	6	11	79	1.02
2345173--2345244	20	3.7	19	84	3	72	29	16	16	37	1.91
2345192--2345245	19	2.8	19	85	2	72	31	14	18	35	1.91
2351901--2351943	22	2.0	21	90	4	68	37	4	27	30	1.77
2351906--2351964	22	2.8	22	80	7	61	35	6	32	25	1.82
2352574--2352626	20	2.7	19	79	2	61	30	13	16	39	1.87
2352655--2352723	33	2.1	32	84	10	86	36	13	18	31	1.89
2356390--2356524	52	2.6	52	85	8	186	29	11	12	45	1.78
2357592--2357617	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2357665--2357723	19	3.1	19	87	2	82	32	15	15	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2357707--2357733	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2359727--2359773	20	2.3	20	92	0	76	12	29	38	19	1.89
2360215--2360250	13	2.8	13	91	0	54	38	19	13	27	1.90
2360281--2360312	16	2.0	16	93	0	55	34	25	15	25	1.95
2364258--2364469	104	2.0	105	88	1	318	33	12	15	38	1.84
2371220--2371265	23	2.0	23	100	0	92	21	26	8	43	1.81
2373261--2373287	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2373273--2373327	19	2.8	20	81	10	69	30	14	18	36	1.91
2373356--2373406	25	2.0	25	88	7	77	33	9	19	37	1.85
2381994--2382044	19	2.6	20	87	9	70	41	15	15	27	1.88
2382593--2382627	18	1.9	18	94	0	61	48	11	0	40	1.39
2384534--2384559	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2385720--2385775	20	2.8	19	83	5	67	37	16	16	30	1.90
2385826--2385877	19	2.7	20	84	6	70	42	13	13	30	1.83
2388078--2388127	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2389915--2389945	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2393657--2393699	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
2394585--2394636	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
2399237--2399292	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
2400674--2400741	22	3.1	22	93	0	118	36	13	22	27	1.91
2400790--2400840	20	2.7	19	82	8	68	35	9	15	39	1.81
2405375--2405424	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2407539--2407571	12	2.8	12	90	4	50	57	27	0	15	1.38
2407840--2407908	33	2.1	33	84	10	88	30	14	17	37	1.90
2408646--2408741	32	3.0	31	77	16	97	31	26	11	31	1.91
2408654--2408743	36	2.6	36	84	11	118	32	26	12	28	1.92
2413806--2413881	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
2413827--2413899	20	3.6	20	79	17	96	32	19	13	34	1.91
2413806--2413899	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
2416347--2416384	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2416373--2416449	20	3.6	20	74	19	66	44	15	14	25	1.84
2420299--2420343	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2422557--2422582	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2422621--2422696	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
2422642--2422714	20	3.6	20	79	17	96	32	19	13	34	1.91
2422621--2422714	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
2425371--2425402	13	2.5	13	94	0	55	31	15	12	40	1.85
2425386--2425442	19	2.9	19	89	2	87	31	17	17	33	1.93
2425471--2425539	33	2.1	33	89	5	104	33	11	18	36	1.87
2426573--2426800	93	2.4	93	83	3	305	39	12	21	26	1.89
2429209--2429436	96	2.4	97	87	3	325	38	10	21	28	1.88
2429843--2429869	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2429915--2429971	20	2.9	20	84	7	73	36	14	19	29	1.91
2438605--2438629	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2438584--2438648	33	2.0	32	87	3	94	30	16	15	36	1.90
2438618--2438666	19	2.5	20	93	3	82	28	16	16	38	1.90
2438698--2438769	20	3.6	20	94	3	119	33	13	22	30	1.93
2439068--2439112	21	2.2	20	84	8	54	73	2	0	24	0.95
2439174--2439277	40	2.7	39	81	12	117	25	22	8	44	1.81
2439207--2439375	14	13.0	14	68	21	93	23	20	9	46	1.79
2439211--2439375	89	1.9	89	96	0	303	23	20	9	47	1.78
2439709--2439759	22	2.3	21	80	12	50	27	43	13	15	1.85
2449882--2451296	42	33.6	42	77	6	1005	15	29	18	36	1.92
2449883--2451265	211	6.6	209	80	6	1110	16	29	18	36	1.93
2449880--2451266	169	8.2	168	79	6	936	16	28	18	36	1.92
2451944--2452003	14	4.4	15	74	21	69	25	21	6	46	1.75
2452384--2452451	31	2.2	31	81	2	75	25	42	17	14	1.87
2452466--2452526	31	2.0	31	90	0	95	31	45	8	14	1.74
2459899--2459951	20	2.7	20	88	5	72	39	15	16	28	1.89
2459970--2460047	32	2.4	32	89	0	111	34	17	11	35	1.86
2461169--2461214	20	2.2	21	85	11	60	34	21	8	34	1.84
2462876--2463075	82	2.4	82	94	0	337	35	17	12	34	1.88
2463849--2463983	56	2.4	56	100	0	270	29	8	17	43	1.80
2468012--2468074	19	3.7	18	72	24	64	38	17	11	33	1.85
2468004--2468074	32	2.2	32	94	0	124	38	18	11	32	1.86
2468842--2468924	43	1.9	43	85	4	114	31	19	25	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2468784--2468976	92	2.1	92	88	0	287	34	16	23	25	1.95
2468695--2469025	49	6.8	49	72	10	232	32	17	25	24	1.97
2469023--2469103	33	2.5	33	92	6	130	30	16	35	17	1.92
2469088--2469288	89	2.3	88	87	4	228	23	17	30	28	1.97
2469120--2469288	30	5.7	29	95	2	284	23	18	29	28	1.97
2470718--2470775	4	15.2	4	79	13	61	0	1	18	79	0.82
2470716--2470775	27	2.3	26	88	8	86	0	1	18	80	0.80
2470716--2470763	19	2.5	19	86	0	69	0	2	18	79	0.84
2484305--2484332	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2484385--2484447	19	3.6	19	68	24	57	36	15	14	33	1.88
2484377--2484445	32	2.2	32	89	0	102	36	15	14	33	1.89
2487496--2487530	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
2492012--2492063	20	2.6	20	100	0	104	26	15	15	42	1.87
2492051--2492090	13	3.1	13	77	0	53	32	15	15	37	1.88
2494726--2494775	20	2.5	19	87	12	66	36	14	18	32	1.90
2496862--2496988	66	1.9	66	84	7	170	39	15	13	31	1.86
2509990--2510038	20	2.5	20	93	0	80	42	12	14	30	1.82
2513753--2513777	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2514333--2514377	22	2.0	22	87	8	65	33	28	0	37	1.58
2516445--2516470	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
2522425--2522482	13	4.0	13	76	23	62	27	15	17	39	1.90
2522438--2522500	19	3.6	19	76	24	84	25	15	19	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2522405--2522500	32	3.0	32	95	1	165	26	14	19	39	1.90
2526024--2526048	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2530326--2530564	49	5.2	49	75	13	193	33	15	25	25	1.95
2530382--2530547	42	3.7	43	78	10	136	31	15	25	27	1.96
2530323--2530564	92	2.7	91	85	1	308	33	15	24	26	1.95
2530573--2530815	28	8.5	28	80	4	236	20	17	29	32	1.95
2530598--2530818	57	3.9	57	84	2	273	21	17	28	32	1.96
2530619--2530821	85	2.4	86	87	2	300	21	17	29	31	1.96
2532250--2532324	1	75.0	1	70	0	51	0	1	13	85	0.67
2532238--2532318	12	6.6	12	76	18	78	0	1	16	82	0.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16