genome.fa.s72.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold72
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5928628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3397--3741	55	6.3	55	91	2	480	28	30	20	20	1.98
3589--3669	26	2.9	29	66	17	71	27	33	18	20	1.96
3387--3741	165	2.2	165	89	3	536	28	30	19	21	1.98
4284--4356	21	3.5	21	88	7	105	36	16	13	32	1.88
4392--4459	19	3.9	19	74	21	76	33	11	16	38	1.85
4394--4456	32	2.0	32	93	0	108	33	12	17	36	1.88
4499--4525	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
14154--14185	12	2.7	12	100	0	64	87	0	12	0	0.54
14152--14222	34	2.0	37	81	13	87	81	5	12	0	0.85
15238--15327	26	3.3	26	67	24	69	30	31	18	20	1.96
15191--15923	55	13.3	55	90	3	1086	29	30	20	20	1.97
15771--15852	29	2.9	29	67	17	73	28	32	18	20	1.96
15800--15884	26	3.2	26	65	21	66	31	32	18	16	1.94
16462--16538	21	3.8	20	89	5	109	38	15	12	32	1.86
16574--16641	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
16576--16638	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
16595--16619	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
16681--16706	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
16663--16727	33	2.0	33	87	0	94	26	15	15	43	1.86
19072--19413	52	6.5	53	70	17	214	29	26	12	31	1.93
19189--19257	27	2.5	27	88	2	93	24	31	21	21	1.98
19135--19527	107	3.7	105	73	11	341	27	27	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19077--19412	104	3.2	103	71	13	306	29	25	12	31	1.93
19397--19473	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
19075--19480	212	1.9	212	90	3	647	27	27	13	31	1.94
19427--19630	80	2.6	79	81	3	214	24	29	16	29	1.96
25615--25670	17	3.3	17	74	0	58	1	19	0	78	0.84
26780--26884	45	2.2	45	78	6	111	30	20	29	19	1.97
26906--27475	32	17.8	32	94	0	928	16	18	33	31	1.93
27454--28161	27	26.2	27	87	5	929	29	13	33	23	1.93
27454--28161	218	3.3	215	87	5	963	29	13	33	23	1.93
28089--28131	22	2.0	22	90	9	70	27	16	37	18	1.92
28091--28148	23	2.6	21	83	10	62	31	17	32	18	1.94
35949--36004	17	3.3	17	74	0	58	1	19	0	78	0.84
41604--41635	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
42334--42837	228	2.2	229	80	8	566	51	7	6	33	1.58
46013--46054	21	2.0	21	95	0	75	42	2	19	35	1.64
48219--48269	26	2.0	26	92	0	84	35	1	11	50	1.50
48220--48275	26	2.2	26	86	0	76	39	1	8	50	1.44
54121--54155	18	1.9	18	94	0	61	51	8	8	31	1.63
54521--54993	236	2.0	241	91	4	767	50	9	5	34	1.59
55005--55050	22	2.1	22	88	4	67	69	0	4	26	1.07
55193--55258	18	3.7	19	69	22	54	1	45	0	53	1.09
58503--58588	42	2.0	43	97	2	165	55	9	11	23	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60987--61021	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
61837--61884	25	1.9	25	100	0	96	56	12	4	27	1.54
63002--63052	21	2.5	20	87	9	68	37	9	21	31	1.86
63002--63052	20	2.5	21	87	9	70	37	9	21	31	1.86
63131--63162	12	2.7	12	95	0	55	40	9	15	34	1.80
67636--67698	32	2.0	31	90	3	99	50	3	7	38	1.47
72005--72209	29	7.1	29	78	7	150	37	3	22	37	1.71
72015--72209	58	3.4	58	82	2	232	36	3	22	37	1.70
72046--72226	87	2.1	86	83	5	231	36	2	21	39	1.66
72304--72662	155	2.3	154	78	7	381	27	15	17	39	1.90
72387--72716	152	2.1	155	79	6	341	27	14	17	40	1.88
74442--74469	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
75499--75842	58	6.0	57	87	4	385	31	31	16	20	1.94
75499--75842	88	4.0	85	86	8	455	31	31	16	20	1.94
75823--75961	35	4.1	34	81	6	158	18	31	13	35	1.90
75823--75961	32	4.1	34	81	8	160	18	31	13	35	1.90
75827--75959	67	2.0	67	83	5	171	18	30	13	37	1.89
75964--76026	28	2.2	28	86	11	83	36	28	17	17	1.93
76038--76817	49	15.8	49	80	5	831	24	25	17	33	1.96
76038--76773	98	7.5	98	86	4	921	23	25	17	33	1.97
76033--76817	148	5.3	153	80	8	732	24	25	17	33	1.96
77535--77559	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77625--77727	52	2.0	52	86	3	145	32	17	17	33	1.93
82672--82696	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
82759--82783	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
82772--82920	52	2.9	51	86	4	208	32	16	17	32	1.93
96674--96754	1	81.0	1	77	0	81	88	9	0	1	0.56
96677--96754	10	7.8	10	84	8	97	88	10	0	1	0.57
96672--96753	40	2.0	41	90	2	130	87	10	0	1	0.59
98136--98329	29	6.7	29	80	7	198	28	30	17	22	1.97
98132--98336	57	3.5	58	81	5	236	28	30	16	24	1.97
98127--98336	87	2.4	88	80	3	255	28	31	16	24	1.96
98253--98404	33	4.8	31	77	13	89	23	33	14	28	1.94
98276--98740	34	14.5	33	74	16	274	22	33	11	32	1.90
98253--98461	67	3.3	65	78	12	184	22	34	14	29	1.93
98275--98471	67	3.0	66	80	9	199	21	35	12	31	1.90
98409--98498	27	3.2	27	72	10	81	21	33	13	32	1.92
98449--98725	61	4.4	61	82	8	286	22	32	10	33	1.89
98344--98740	95	4.1	96	73	17	256	22	33	11	32	1.89
98564--98620	27	2.1	27	83	6	71	22	31	12	33	1.91
98730--98827	33	3.0	33	90	0	169	27	33	19	19	1.96
98827--99186	49	7.8	48	80	10	385	26	24	18	31	1.97
99004--99195	92	2.1	92	92	1	312	26	23	16	33	1.96
100202--100330	52	2.5	52	89	0	195	34	17	17	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111027--111067	7	6.0	7	86	11	50	73	0	0	26	0.84
111017--111058	15	2.9	15	77	22	54	78	0	0	21	0.75
111017--111066	24	2.1	24	85	14	68	76	0	0	24	0.80
113818--113856	20	2.0	20	89	0	60	25	10	17	46	1.80
115284--115332	25	2.0	25	91	0	80	22	14	20	42	1.88
117251--117280	15	2.0	15	93	0	51	53	6	3	36	1.44
119105--119146	20	2.1	20	83	16	52	50	11	9	28	1.70
119930--119955	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
120320--120386	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
120340--120364	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
120431--120455	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
120464--120582	52	2.3	52	97	0	220	34	18	17	29	1.94
127763--127803	15	2.9	15	82	10	50	85	4	7	2	0.81
128810--128894	30	2.8	31	83	3	109	25	25	16	31	1.96
128864--130007	34	34.1	34	80	13	1209	20	33	12	32	1.91
128941--128992	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
128871--130007	98	11.3	98	83	11	1058	20	33	12	32	1.91
128865--130028	169	6.9	170	85	9	1362	20	34	12	32	1.90
129001--129973	267	3.6	263	91	6	1434	20	34	13	32	1.91
130013--130116	33	3.1	33	92	1	172	27	32	17	22	1.96
130116--130929	49	16.7	49	89	2	1232	24	27	18	29	1.98
130748--130885	43	3.1	43	91	5	204	25	26	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130839--130977	52	2.6	52	82	4	161	25	25	15	33	1.95
131807--131873	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
131827--131851	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
131918--131942	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
131951--132069	52	2.3	52	97	0	220	34	18	17	29	1.94
136830--136854	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
137394--137440	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
139937--139994	13	4.0	13	76	23	62	29	15	15	39	1.88
139950--140012	19	3.6	19	76	24	84	28	15	15	39	1.89
139933--140012	32	2.5	32	100	0	160	27	15	16	41	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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