genome.fa.s72.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold72
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5928628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2328897--2328985	38	2.3	38	80	5	99	46	15	8	29	1.77
2333162--2333669	50	10.1	50	67	14	157	40	16	17	24	1.90
2333308--2333584	101	2.8	101	77	3	263	42	14	17	25	1.87
2338164--2338201	18	2.2	18	85	4	51	63	0	23	13	1.30
2341120--2341150	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2343496--2343523	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2343779--2343820	19	2.0	22	86	13	63	59	0	0	40	0.97
2343972--2344026	15	3.7	15	81	16	60	47	0	1	50	1.11
2343975--2344044	15	4.8	15	69	23	51	45	0	1	52	1.09
2348835--2348911	38	2.0	38	100	0	154	50	7	15	25	1.71
2350474--2350507	11	3.2	10	91	8	50	41	0	0	58	0.98
2350550--2350609	21	3.0	21	85	9	63	51	0	11	36	1.38
2352502--2352615	51	2.2	52	82	4	142	31	9	26	32	1.88
2352552--2353088	79	6.8	78	82	4	598	33	13	24	29	1.93
2352552--2353087	157	3.4	157	83	3	666	33	13	24	29	1.93
2352552--2353090	236	2.3	235	85	2	751	33	13	24	29	1.93
2355482--2355534	20	2.7	20	97	2	99	45	15	13	26	1.82
2355432--2355585	69	2.2	70	89	1	229	44	15	14	25	1.84
2356334--2356543	105	2.0	105	91	1	341	38	14	18	29	1.90
2359285--2359316	1	32.0	1	100	0	64	0	0	0	100	0.00
2363408--2363511	27	3.9	27	76	7	81	45	21	10	23	1.82
2365377--2365422	21	2.1	22	84	4	58	19	26	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2374117--2374167	23	2.2	23	79	6	59	39	9	5	45	1.62
2376260--2376297	19	2.0	20	94	5	69	44	2	15	36	1.61
2379586--2379625	20	2.0	20	95	0	71	47	10	10	32	1.70
2384083--2384129	23	2.0	23	87	0	67	23	2	29	44	1.65
2386742--2386767	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2386722--2386788	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2389230--2389305	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
2389121--2389509	51	7.4	51	73	13	299	30	26	11	31	1.92
2389492--2389568	28	2.8	28	82	4	84	23	33	19	23	1.97
2389119--2389619	263	1.9	262	90	2	790	28	27	12	30	1.93
2402122--2402173	1	52.0	1	76	0	50	88	7	3	0	0.62
2402121--2402172	9	6.0	9	82	8	63	86	9	3	0	0.69
2402122--2402173	17	2.9	18	85	8	79	88	7	3	0	0.62
2403141--2403976	59	14.3	59	89	3	1117	25	27	20	25	1.99
2403141--2403976	178	4.8	176	88	4	1115	25	27	20	25	1.99
2404068--2404159	42	2.2	43	82	9	109	17	28	10	43	1.82
2404757--2404824	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2404759--2404821	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2404778--2404802	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2407354--2407429	27	2.8	27	90	6	109	23	32	21	22	1.98
2407412--2407633	51	4.3	52	81	4	243	30	25	10	32	1.90
2407414--2407633	104	2.1	103	82	5	273	30	25	10	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2407245--2407633	51	7.4	51	72	11	241	30	25	11	31	1.92
2407616--2407692	28	2.8	28	86	4	93	23	35	19	22	1.96
2407243--2407743	263	1.9	262	89	2	772	28	27	12	30	1.93
2407646--2407850	79	2.6	79	81	3	216	23	30	16	29	1.96
2408878--2409314	212	2.1	211	92	0	712	41	7	8	43	1.63
2409357--2409406	25	1.9	27	84	8	68	66	0	8	26	1.19
2410038--2410072	17	2.1	17	94	0	61	54	2	17	25	1.57
2415704--2415756	19	2.7	20	80	11	56	35	0	3	60	1.15
2415975--2416046	21	3.5	20	81	7	83	36	4	4	55	1.38
2415975--2416049	20	3.7	21	82	10	93	37	4	4	54	1.38
2415975--2416058	21	4.0	21	80	10	68	34	7	4	53	1.49
2416224--2416352	41	3.1	42	82	3	154	31	6	10	52	1.59
2416302--2416472	9	16.9	9	66	21	56	36	5	5	52	1.48
2416300--2416575	21	13.6	20	68	15	106	35	5	5	52	1.48
2416224--2416403	42	4.3	40	78	5	128	33	6	9	51	1.59
2416344--2416447	51	2.0	51	88	0	154	37	5	6	50	1.53
2416365--2416433	30	2.3	30	82	7	77	36	7	4	52	1.49
2416864--2416919	22	2.7	22	78	8	64	55	0	0	44	0.99
2418198--2418233	5	7.2	5	87	0	54	41	0	2	55	1.14
2418199--2418233	15	2.3	15	95	0	61	42	0	2	54	1.15
2418221--2418295	31	2.4	30	80	10	89	56	0	0	44	0.99
2418208--2418309	47	2.1	47	81	15	113	50	0	0	49	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2418227--2418291	30	2.1	30	86	8	87	55	0	0	44	0.99
2418284--2418344	28	2.1	28	82	11	70	39	0	3	57	1.15
2418838--2418880	23	1.9	22	85	4	59	48	0	0	51	1.00
2419553--2419589	17	2.2	16	90	4	56	72	0	0	27	0.84
2419557--2419607	15	3.4	15	79	15	61	70	0	0	29	0.87
2419567--2419631	5	13.2	5	71	9	53	70	0	0	29	0.87
2419583--2419627	14	3.5	14	77	22	62	71	0	0	28	0.87
2419569--2419631	24	2.6	24	92	2	99	69	0	0	30	0.88
2419557--2419638	14	5.9	13	74	20	53	70	1	0	28	0.95
2419873--2419916	21	2.0	22	82	13	54	50	0	11	38	1.39
2420281--2420329	26	1.9	26	95	4	91	65	0	2	32	1.04
2420312--2420358	17	2.8	17	87	9	69	72	0	0	27	0.85
2420282--2420358	26	3.1	25	83	9	77	70	0	1	28	0.96
2424061--2424115	24	2.3	23	87	9	76	7	9	0	83	0.81
2426868--2426912	22	2.0	23	82	4	56	48	15	17	17	1.81
2427269--2427309	11	3.5	11	81	12	55	78	0	19	2	0.87
2427696--2427728	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
2435127--2436294	27	43.0	27	94	2	1997	22	35	14	27	1.93
2436277--2436654	32	11.8	32	93	0	632	32	33	17	16	1.93
2437481--2437525	22	2.0	23	82	4	56	48	15	17	17	1.81
2437882--2437922	11	3.5	11	81	12	55	78	0	19	2	0.87
2445780--2445855	2	38.0	2	83	0	62	51	11	0	36	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2448677--2448709	14	2.3	15	89	5	50	57	0	3	39	1.14
2453446--2453513	19	3.9	19	78	21	85	33	13	14	38	1.85
2453467--2453491	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2453448--2453510	32	2.0	32	96	0	117	33	14	15	36	1.88
2453553--2453578	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2453533--2453599	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2455914--2456255	52	6.5	53	68	16	174	29	26	12	32	1.93
2456028--2456100	27	2.7	27	89	6	103	24	31	20	23	1.98
2456239--2456315	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
2455917--2456322	212	1.9	212	88	3	611	27	27	13	31	1.94
2468843--2468880	14	2.6	14	91	4	58	86	5	7	0	0.69
2468845--2468887	22	1.9	22	90	4	68	86	6	6	0	0.72
2468845--2468896	22	2.3	23	83	9	63	84	7	7	0	0.77
2469885--2470119	55	4.3	55	88	5	341	28	30	21	20	1.98
2469885--2470119	110	2.1	110	92	1	391	28	30	21	20	1.98
2470956--2471023	19	3.9	19	78	21	85	33	13	14	38	1.85
2470977--2471001	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2470958--2471020	32	2.0	32	96	0	117	33	14	15	36	1.88
2471063--2471088	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2471043--2471109	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2473554--2473637	27	3.0	28	85	3	107	23	32	19	25	1.97
2473445--2473780	51	6.4	51	68	15	202	30	26	12	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2473719--2473968	79	3.2	79	78	6	204	27	28	12	31	1.93
2478347--2478394	22	2.3	20	80	16	53	4	14	18	62	1.47
2478474--2478592	17	6.4	18	77	22	115	21	26	7	44	1.79
2478491--2478624	17	7.4	17	76	14	133	20	25	7	46	1.77
2478447--2478624	37	4.8	37	91	1	257	22	25	7	44	1.78
2478447--2478608	20	8.6	20	74	14	148	22	25	8	44	1.80
2479301--2479483	43	4.3	43	70	13	146	36	14	31	17	1.90
2479729--2480777	84	12.5	83	77	6	717	36	18	25	19	1.95
2479729--2480698	42	23.1	42	74	6	603	35	18	25	20	1.95
2480835--2481033	44	4.5	43	69	7	123	37	13	25	24	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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