genome.fa.s72.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold72
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5928628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2480835--2481041	88	2.4	88	79	0	252	37	14	25	23	1.92
2481401--2481775	90	4.2	90	78	7	354	29	17	25	26	1.97
2481889--2481964	8	8.6	8	76	13	53	6	17	0	76	0.99
2484101--2484144	10	4.1	10	85	11	52	2	15	0	81	0.78
2484469--2484498	15	1.9	16	93	6	53	46	20	16	16	1.84
2490674--2490784	37	3.0	38	90	5	190	19	25	8	46	1.77
2490835--2490885	16	3.0	17	77	8	59	23	0	5	70	1.09
2490836--2490889	25	2.3	23	84	12	65	20	0	5	74	1.02
2495111--2495416	155	2.0	157	85	3	422	25	15	20	39	1.91
2499043--2499449	76	5.3	76	84	4	462	34	15	25	25	1.95
2499070--2499496	152	2.8	150	83	4	489	34	14	25	25	1.94
2499433--2499762	51	6.5	50	79	7	308	33	11	26	28	1.91
2499434--2499754	153	2.1	153	93	1	554	32	11	26	29	1.91
2499433--2499765	102	3.3	101	77	8	345	33	11	26	28	1.91
2506537--2506613	28	2.7	27	82	7	91	24	16	32	25	1.96
2506596--2506779	52	3.6	49	79	8	179	33	11	25	29	1.91
2506689--2506817	51	2.5	52	85	1	161	33	14	24	27	1.94
2506800--2506871	27	2.6	28	84	2	92	19	20	36	23	1.95
2506749--2506950	102	1.9	105	83	4	257	29	15	28	26	1.96
2506934--2507052	51	2.3	51	84	8	161	33	13	24	28	1.93
2509359--2509384	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2509341--2509404	33	1.9	33	87	0	92	42	17	15	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2510268--2510353	27	3.1	28	64	18	72	23	22	29	25	1.99
2510252--2511085	59	14.3	59	94	0	1391	25	20	28	25	1.99
2512067--2512116	16	3.2	16	91	2	75	0	4	8	88	0.64
2512067--2512116	11	4.6	11	80	5	57	0	4	8	88	0.64
2512052--2512116	16	3.9	16	84	9	69	0	9	6	84	0.77
2524354--2524398	20	2.1	22	92	8	76	40	11	15	33	1.83
2525304--2526122	58	14.3	59	88	7	1128	25	20	28	25	1.99
2525304--2526122	115	7.1	116	87	7	1114	25	20	28	25	1.99
2527076--2527123	15	3.5	14	88	8	64	0	2	8	89	0.56
2527085--2527123	1	39.0	1	84	0	51	0	0	7	92	0.39
2527081--2527124	20	2.2	20	91	0	70	0	0	11	88	0.51
2536756--2536827	27	2.6	28	84	2	92	19	20	36	23	1.95
2536703--2536905	102	2.0	104	83	4	259	30	15	28	26	1.96
2536889--2537007	51	2.3	51	84	11	163	35	12	23	28	1.91
2539314--2539339	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2539296--2539359	33	1.9	33	87	0	92	42	17	15	25	1.88
2540221--2540306	27	3.1	28	64	18	72	23	22	29	25	1.99
2540205--2541037	59	14.3	59	94	1	1382	25	20	28	25	1.99
2542018--2542068	16	3.2	16	91	2	77	0	3	7	88	0.63
2542018--2542068	11	4.7	11	80	4	59	0	3	7	88	0.63
2542003--2542068	16	4.0	16	84	9	71	0	9	6	84	0.76
2554544--2554620	28	2.8	28	75	15	79	24	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2554604--2554786	52	3.5	50	79	6	195	33	11	24	30	1.91
2554696--2554824	51	2.5	52	83	1	143	34	13	24	28	1.93
2554810--2554879	27	2.6	27	88	2	95	21	21	32	24	1.98
2554832--2554884	27	2.0	27	96	0	97	28	18	28	24	1.98
2554942--2555062	51	2.4	51	83	8	165	31	12	26	29	1.93
2557653--2558110	88	5.2	86	82	7	397	20	22	15	40	1.91
2557658--2558069	44	9.4	43	67	13	184	21	22	15	40	1.91
2557654--2558102	173	2.6	174	81	6	532	20	22	15	40	1.90
2558234--2558459	43	5.3	41	75	8	177	17	24	15	42	1.87
2558352--2558508	42	3.7	43	81	7	153	18	27	14	39	1.90
2558234--2558461	83	2.7	84	77	4	210	17	24	14	42	1.87
2559570--2560035	167	2.8	164	83	6	537	30	10	7	51	1.64
2560272--2560305	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
2560696--2560738	16	2.9	15	83	12	54	83	0	16	0	0.64
2561474--2561667	97	2.0	97	97	0	370	30	7	14	47	1.71
2563779--2563830	20	2.6	20	84	6	61	30	13	11	44	1.79
2566250--2566376	50	2.6	51	81	6	136	28	25	11	33	1.91
2566377--2566496	51	2.4	51	86	8	172	30	27	11	30	1.92
2566189--2566574	130	3.0	128	83	3	477	28	26	12	32	1.93
2566508--2566611	51	2.0	51	86	0	145	26	25	15	31	1.96
2568931--2568987	13	3.9	13	72	24	51	33	14	19	33	1.91
2568930--2569013	32	2.7	32	92	1	134	30	14	19	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2569035--2569086	20	2.6	20	100	0	104	36	17	11	34	1.86
2578730--2578914	90	2.1	90	96	0	343	34	11	11	42	1.79
2579824--2579857	11	3.0	11	86	4	50	58	2	0	38	1.13
2582469--2582498	15	2.0	15	93	0	51	10	20	36	33	1.86
2582546--2582660	33	3.5	33	70	9	90	22	13	26	36	1.92
2582499--2582669	66	2.6	66	80	6	177	22	16	25	35	1.95
2582638--2582924	33	8.7	33	70	6	125	22	18	26	32	1.97
2582635--2582768	66	2.0	66	81	5	155	22	18	26	32	1.97
2582494--2583035	231	2.3	230	83	2	647	22	17	26	34	1.96
2583123--2583215	33	2.8	34	75	4	82	21	15	24	38	1.92
2583109--2583252	66	2.2	66	78	1	153	20	17	26	35	1.95
2583260--2583323	18	3.8	18	78	8	64	23	23	23	29	1.99
2583376--2583458	33	2.5	33	80	3	87	26	14	27	31	1.95
2583392--2583479	33	2.7	33	80	0	86	25	14	26	34	1.94
2584189--2584376	50	3.8	50	92	0	304	30	18	21	29	1.97
2588730--2588916	50	3.7	50	87	5	270	31	16	22	29	1.96
2600839--2600864	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2601561--2601604	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2602770--2602795	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2605013--2605057	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2606861--2606891	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2608970--2608995	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2611550--2611575	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2613351--2613389	13	3.0	13	96	0	69	41	15	12	30	1.85
2615460--2615490	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2617294--2617338	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2619557--2619582	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2620790--2620843	20	2.7	20	88	5	74	40	18	9	31	1.82
2620875--2620928	19	2.8	19	83	10	65	33	16	18	31	1.93
2621268--2621296	15	2.0	15	93	6	51	34	0	0	65	0.93
2622904--2622963	22	2.9	21	71	16	54	70	8	1	20	1.22
2622908--2622948	17	2.5	17	84	4	57	73	7	0	19	1.07
2623775--2623867	33	2.8	33	78	3	98	21	18	30	30	1.97
2623865--2624076	75	2.8	75	93	1	345	17	17	29	34	1.93
2623903--2624031	42	3.3	42	64	22	116	14	18	29	37	1.91
2624066--2624165	51	2.0	51	81	0	119	27	20	26	27	1.99
2624194--2624478	33	8.6	33	69	8	114	20	18	26	35	1.95
2624444--2624585	15	8.7	15	73	14	86	21	22	28	27	1.99
2624444--2624583	66	2.1	66	89	2	210	22	22	28	27	1.99
2624653--2624721	33	2.1	33	81	10	79	28	18	24	27	1.98
2625641--2625710	32	2.1	35	84	10	94	48	4	1	45	1.30
2625691--2625734	17	2.4	19	85	11	56	40	0	2	56	1.11
2625685--2625779	34	2.6	34	81	11	91	42	0	2	55	1.11
2625712--2625788	34	2.3	35	80	8	88	38	0	2	58	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2626027--2626070	14	3.1	14	87	9	63	31	9	0	59	1.29
2626135--2626193	19	3.1	19	77	18	61	35	1	0	62	1.05
2626142--2626174	11	3.0	11	95	0	57	33	0	0	66	0.92
2626757--2626817	30	2.0	31	84	9	81	54	0	6	39	1.27
2626774--2626822	19	2.4	21	71	28	52	53	0	4	42	1.20
2626925--2627042	39	3.0	39	93	0	200	53	16	4	26	1.61
2627095--2627137	23	1.9	22	85	4	59	69	2	2	25	1.12
2628809--2628847	18	2.2	18	90	0	60	82	5	2	10	0.93
2631978--2632011	13	2.5	13	85	4	50	52	2	0	44	1.16
2632599--2632676	22	3.7	21	67	16	54	42	1	0	56	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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