genome.fa.s72.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold72
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5928628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1679388--1679596	79	2.6	79	89	6	307	26	27	16	29	1.97
1679548--1679624	28	2.8	28	86	4	102	23	31	19	25	1.98
1679469--1679698	107	2.1	108	84	4	297	26	26	16	31	1.97
1684546--1684582	9	4.3	9	86	13	60	27	0	0	72	0.84
1684542--1684577	16	2.2	16	100	0	72	25	0	0	75	0.81
1685399--1685711	157	2.0	158	90	3	497	46	17	12	23	1.82
1685817--1685861	13	3.3	14	90	6	58	0	24	0	75	0.80
1686300--1687023	166	4.4	163	78	8	683	52	7	9	29	1.62
1689171--1689233	32	2.0	32	87	0	90	31	14	19	34	1.91
1691512--1691552	18	2.2	19	86	8	57	46	4	12	36	1.63
1692288--1692353	20	3.2	20	83	8	80	42	6	16	34	1.73
1692366--1692483	51	2.3	51	98	0	227	38	14	18	27	1.90
1695115--1695401	80	3.6	78	73	15	221	28	26	12	32	1.93
1694997--1695401	159	2.5	157	81	5	438	27	27	11	32	1.91
1697804--1697866	26	2.4	26	94	5	110	36	17	15	30	1.91
1698523--1698659	8	15.6	8	69	19	53	73	5	1	18	1.11
1698514--1698593	16	5.2	16	73	10	53	75	3	1	20	1.03
1698551--1698594	15	2.9	15	82	0	61	75	2	2	20	1.03
1698553--1698597	23	2.0	23	95	0	81	73	4	2	20	1.11
1698547--1698631	38	2.2	37	83	8	100	74	5	2	17	1.13
1698514--1698640	18	6.6	18	72	15	85	74	6	1	18	1.11
1698515--1698640	23	5.9	21	72	19	75	73	6	1	18	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1698628--1698677	18	2.7	19	73	14	50	68	10	0	22	1.19
1698720--1698811	20	4.8	20	73	14	86	43	7	27	21	1.79
1698708--1698811	37	2.8	37	89	2	145	42	6	27	23	1.79
1698708--1698767	17	3.4	17	78	13	75	46	6	25	21	1.75
1698863--1698905	22	2.0	21	82	13	52	67	16	11	4	1.38
1704732--1704784	16	3.3	15	77	12	61	86	3	9	0	0.68
1704733--1704805	23	3.2	22	75	14	58	82	4	12	1	0.88
1704732--1704790	16	3.6	16	78	13	59	84	3	11	0	0.73
1705661--1705711	6	8.2	6	77	16	50	80	17	1	0	0.81
1705663--1705712	15	3.3	15	78	15	57	82	16	2	0	0.77
1709506--1709577	31	2.4	31	95	2	128	51	1	16	30	1.53
1716817--1716944	52	2.5	52	93	3	215	31	17	17	33	1.93
1716953--1716977	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1717018--1717084	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1717040--1717064	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1718917--1718980	20	3.5	20	68	27	70	29	17	18	34	1.94
1718909--1718980	33	2.2	33	97	0	135	30	18	18	33	1.94
1719031--1719056	12	2.2	12	100	0	52	34	19	15	30	1.93
1719011--1719075	31	2.1	31	88	2	94	36	16	15	30	1.90
1719040--1719095	19	2.8	21	81	10	73	44	16	12	26	1.83
1720012--1720096	9	9.4	10	71	21	64	82	0	15	2	0.77
1720006--1720104	17	5.8	17	78	15	98	82	0	15	2	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1720006--1720104	24	3.8	24	72	21	76	82	0	15	2	0.75
1720006--1720104	34	2.9	35	80	12	116	82	0	15	2	0.75
1720456--1720557	36	2.9	37	84	10	133	25	19	6	48	1.74
1720574--1720796	88	2.5	87	78	5	225	22	23	14	39	1.91
1720947--1724101	42	75.1	42	72	8	1046	18	27	18	35	1.94
1720892--1724057	126	25.1	125	78	5	1990	18	27	18	35	1.94
1720877--1724089	84	38.2	84	75	5	1698	18	27	18	35	1.94
1725395--1725611	79	2.7	79	87	1	292	32	15	26	25	1.96
1725478--1725757	143	2.0	144	81	6	336	33	17	23	25	1.96
1725622--1725773	79	1.9	78	82	1	187	35	16	23	25	1.95
1728631--1728766	41	3.2	41	82	8	150	40	15	23	20	1.90
1728752--1729253	61	8.3	60	84	4	573	26	18	26	28	1.98
1728752--1729251	120	4.1	120	85	4	623	26	18	26	28	1.98
1732796--1732871	21	3.7	20	85	5	98	35	14	17	32	1.90
1732907--1732974	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1732928--1732952	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1732909--1732971	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1733014--1733039	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1732994--1733060	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1735791--1735853	9	7.4	9	81	18	82	88	0	11	0	0.50
1735786--1735894	14	7.4	14	75	14	94	83	0	14	1	0.73
1735786--1735879	32	2.8	33	87	7	129	84	0	13	2	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1735786--1735894	8	13.5	8	74	17	84	83	0	14	1	0.73
1735786--1735853	1	68.0	1	76	0	64	88	0	11	0	0.52
1735786--1735894	32	3.4	31	81	9	114	83	0	14	1	0.73
1735785--1735895	33	3.4	32	76	10	111	81	0	15	2	0.79
1735786--1735894	57	1.9	57	84	3	148	83	0	14	1	0.73
1736227--1736311	35	2.4	36	83	11	115	24	20	7	48	1.74
1736704--1739821	42	75.2	42	70	10	266	17	27	18	35	1.94
1736712--1737040	125	2.6	124	78	6	290	17	27	17	36	1.93
1736723--1739658	83	35.4	83	72	9	494	17	27	18	35	1.94
1737019--1739691	42	64.5	42	70	11	439	17	27	18	35	1.94
1737206--1737648	125	3.5	124	79	6	437	18	27	17	37	1.93
1737651--1737752	40	2.5	42	88	6	163	11	24	23	40	1.88
1737987--1739805	84	22.0	83	75	6	524	17	28	18	35	1.94
1736634--1739821	165	19.2	166	71	9	1325	17	27	18	35	1.94
1741092--1741262	78	2.2	77	86	3	236	31	15	25	27	1.96
1741093--1741312	78	2.8	79	80	5	234	32	15	25	27	1.95
1744272--1744407	41	3.2	41	82	8	150	40	15	23	20	1.90
1744393--1744888	59	8.4	60	80	8	465	26	18	26	28	1.98
1744393--1744888	118	4.2	120	81	8	533	26	18	26	28	1.98
1750180--1750284	13	8.9	13	64	27	56	31	19	16	33	1.93
1750207--1750303	20	5.6	20	69	30	96	29	18	18	32	1.95
1750199--1750303	33	3.2	33	100	0	210	30	19	18	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1750354--1750398	12	4.2	12	73	26	55	37	17	15	28	1.91
1750334--1750398	31	2.1	31	91	2	103	35	16	16	30	1.92
1750363--1750418	19	2.8	21	86	10	82	42	16	14	26	1.86
1751329--1751427	17	5.8	17	77	2	99	82	0	15	2	0.75
1751335--1751427	19	4.7	19	79	14	91	82	0	15	2	0.76
1751329--1751427	27	3.8	27	77	10	116	82	0	15	2	0.75
1751329--1751427	9	11.4	9	77	14	84	82	0	15	2	0.75
1751779--1751880	36	2.9	36	84	10	138	25	20	6	47	1.75
1752245--1755423	42	75.7	42	72	7	1309	18	27	18	35	1.94
1752241--1755374	84	37.3	84	74	8	1615	18	27	18	35	1.94
1752235--1752687	127	3.6	125	75	9	333	18	28	18	35	1.94
1752215--1755379	126	25.1	126	77	6	1896	18	27	18	35	1.94
1756717--1756933	79	2.7	80	84	3	287	32	14	25	27	1.94
1756804--1757077	143	1.9	143	82	6	340	33	16	22	26	1.95
1759948--1760068	42	2.9	42	83	4	147	42	12	24	19	1.86
1759950--1760082	41	3.2	41	82	8	144	40	15	22	21	1.90
1760071--1760572	61	8.3	61	85	3	588	26	18	27	27	1.98
1760071--1760578	120	4.2	121	84	4	571	26	18	27	27	1.98
1764759--1765294	266	2.0	266	97	0	1018	20	27	16	35	1.94
1770695--1770778	36	2.3	36	83	6	98	34	0	3	61	1.13
1771453--1771512	30	2.0	31	81	12	72	55	0	0	45	0.99
1774739--1774887	30	5.0	30	70	17	103	53	2	7	37	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1774807--1774861	28	2.0	27	82	10	67	54	1	7	36	1.39
1774858--1774950	43	2.1	44	92	4	152	44	4	1	50	1.28
1775504--1775544	21	2.0	22	90	9	68	46	4	0	48	1.23
1776828--1776860	2	17.0	2	87	6	50	51	0	3	45	1.16
1777546--1777592	22	2.2	21	85	14	69	34	0	10	55	1.35
1777441--1777583	72	2.0	72	81	2	171	41	5	6	45	1.54
1779435--1779465	15	2.1	14	94	5	53	38	6	0	54	1.26
1784950--1784974	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1784927--1784994	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
1785026--1785078	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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