genome.fa.s72.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold72
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5928628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2632993--2633029	18	2.1	18	90	10	58	59	0	0	40	0.97
2637254--2637672	216	1.9	217	90	1	662	31	25	13	30	1.93
2642112--2642153	15	2.8	15	82	7	50	40	2	7	50	1.43
2642389--2642413	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2648995--2649128	58	2.3	58	80	8	157	43	19	10	26	1.83
2651370--2651436	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2651390--2651414	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2651484--2651508	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2651517--2651644	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
2658911--2658947	1	37.0	1	88	0	56	94	2	2	0	0.36
2658910--2658940	16	1.9	16	100	0	62	93	6	0	0	0.35
2658912--2658947	15	2.4	15	95	0	63	94	2	2	0	0.37
2659894--2660717	34	24.6	33	78	12	608	20	33	12	33	1.91
2659947--2660073	62	2.0	62	98	0	245	22	30	12	34	1.91
2659886--2660712	96	8.2	97	80	12	623	21	32	12	33	1.91
2660758--2661479	49	14.8	49	83	5	865	25	25	17	32	1.97
2660753--2661483	98	7.5	98	91	3	1054	24	25	16	32	1.96
2661147--2661417	92	2.9	92	96	1	479	25	24	18	32	1.97
2661331--2661706	55	6.7	55	74	12	302	24	23	14	36	1.93
2661427--2661549	66	1.9	62	86	6	174	24	25	12	38	1.90
2661331--2661717	170	2.3	164	92	4	648	24	24	14	36	1.93
2661599--2661718	60	2.0	61	85	1	161	24	24	13	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2662506--2662572	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2662526--2662550	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2662620--2662644	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2662653--2662780	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
2666780--2667108	163	2.0	164	92	1	545	40	9	9	40	1.70
2667298--2667339	22	2.1	19	86	13	57	42	4	0	52	1.22
2669234--2669517	150	1.9	150	79	7	324	31	15	13	39	1.87
2671331--2671533	79	2.6	79	82	3	221	30	16	28	25	1.96
2671485--2671556	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
2671438--2671782	160	2.2	159	85	4	469	31	14	26	27	1.95
2671545--2671826	52	5.4	51	69	14	171	32	12	24	30	1.92
2671490--2671822	160	2.1	160	89	2	499	31	14	25	28	1.94
2671650--2671719	27	2.6	27	83	2	86	22	21	30	25	1.99
2671708--2671834	51	2.4	53	83	10	161	34	11	23	30	1.90
2674192--2674217	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2674171--2674237	33	2.0	33	85	0	89	43	17	13	25	1.86
2674257--2674324	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2674279--2674303	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2674260--2674322	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2674380--2674436	21	2.7	21	91	0	96	36	17	10	35	1.84
2677030--2678290	419	3.0	419	97	0	2333	43	13	13	28	1.82
2680478--2680992	40	12.9	39	74	4	233	20	18	13	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2680488--2681014	80	6.6	80	72	6	377	20	18	13	47	1.82
2680480--2680894	120	3.5	118	75	7	325	20	17	13	48	1.80
2681067--2681480	65	6.5	64	76	7	322	19	19	14	46	1.84
2681149--2681483	130	2.6	128	81	6	388	20	19	14	46	1.84
2681131--2681546	193	2.2	193	79	4	435	20	20	13	45	1.84
2682843--2682876	12	2.8	12	90	4	50	64	8	11	14	1.49
2682848--2682876	12	2.3	13	94	5	51	65	6	13	13	1.45
2686947--2686999	20	2.7	20	85	5	72	33	15	11	39	1.83
2687491--2688096	155	3.9	155	79	6	561	29	15	15	39	1.88
2687487--2688096	308	2.0	309	81	6	709	29	15	16	39	1.88
2697856--2697911	22	2.6	21	77	5	58	23	3	1	71	1.11
2699724--2699799	22	3.7	21	72	20	72	36	0	0	63	0.95
2699723--2699802	40	2.1	37	88	6	115	36	0	0	63	0.94
2699701--2699805	40	2.7	39	78	12	108	37	0	0	61	1.02
2699756--2699820	33	1.9	33	81	9	78	43	1	0	55	1.09
2700546--2700588	22	2.0	22	81	9	52	62	0	0	37	0.95
2700495--2700799	108	2.8	108	87	6	393	56	0	2	40	1.20
2700611--2700658	21	2.3	22	82	10	64	54	0	0	45	0.99
2700631--2700797	53	3.1	53	66	16	137	58	1	2	37	1.24
2700495--2700799	107	2.8	109	87	7	404	56	0	2	40	1.20
2702382--2702443	28	2.3	27	78	13	65	51	3	0	45	1.17
2702370--2702450	34	2.5	33	76	6	85	49	2	0	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2702435--2702477	13	3.3	13	80	9	52	41	0	0	58	0.98
2708033--2708090	2	29.0	2	89	0	89	46	1	3	48	1.29
2710382--2710406	13	1.9	13	100	0	50	72	4	8	16	1.24
2715561--2715646	35	2.5	35	74	9	95	51	2	1	45	1.21
2715712--2715749	15	2.6	14	88	8	58	2	10	0	86	0.66
2720395--2720446	20	2.5	21	87	3	79	40	13	17	28	1.87
2720488--2720625	52	2.7	51	83	6	170	28	10	10	50	1.69
2721711--2721743	14	2.4	14	94	0	57	33	15	15	36	1.88
2723433--2723476	18	2.3	20	81	14	58	15	9	11	63	1.51
2730838--2730892	27	2.0	27	82	6	67	32	0	27	40	1.57
2733306--2733428	51	2.4	51	82	9	169	39	11	16	32	1.84
2733493--2733537	20	2.2	20	85	14	58	33	13	8	44	1.75
2737823--2737881	27	2.0	28	84	12	75	28	22	8	40	1.83
2737810--2737881	31	2.5	31	80	13	82	31	22	9	36	1.87
2738204--2738316	52	2.2	52	85	0	154	28	22	10	38	1.87
2744623--2744647	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2744888--2744917	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2750900--2751404	73	7.0	73	78	10	422	54	13	2	29	1.54
2750966--2751017	25	2.0	26	85	3	70	63	5	0	30	1.18
2750901--2751404	72	7.0	72	78	10	460	54	13	2	29	1.54
2750900--2751381	216	2.2	216	84	4	605	54	13	2	28	1.54
2751299--2751526	120	1.9	120	84	3	307	53	15	2	28	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2751419--2751999	73	7.9	73	78	5	548	53	12	2	32	1.49
2752137--2752170	13	2.7	13	95	4	61	58	5	0	35	1.22
2752419--2752448	13	2.2	14	94	5	53	26	0	0	73	0.84
2753292--2753323	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2758531--2758567	7	5.3	7	86	0	56	18	27	24	29	1.98
2758586--2758624	3	12.7	3	94	5	69	33	0	0	66	0.92
2761764--2761843	39	2.1	39	83	6	101	13	3	8	73	1.20
2762254--2762293	16	2.6	15	92	4	62	80	2	0	17	0.83
2763378--2763412	18	1.9	18	88	11	54	42	2	0	54	1.15
2763616--2763647	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2764571--2764606	18	1.9	19	88	5	56	58	2	0	38	1.13
2764991--2765035	24	1.9	23	82	13	56	51	6	13	28	1.66
2766306--2766538	50	4.6	50	90	4	344	29	18	20	31	1.96
2766306--2766538	100	2.3	101	92	2	380	29	18	20	31	1.96
2770961--2771193	50	4.6	50	92	1	376	28	21	20	30	1.98
2773345--2773369	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2779230--2779273	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
2780823--2780870	24	2.0	23	96	4	87	29	20	14	35	1.93
2783215--2783252	17	2.2	17	86	9	51	47	0	0	52	1.00
2783294--2783332	14	2.8	13	85	11	51	69	0	0	30	0.89
2783294--2783331	13	2.7	14	88	8	51	71	0	0	28	0.87
2783393--2783461	21	3.3	21	75	18	56	46	0	1	52	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2783420--2783462	21	2.0	20	86	8	59	44	0	0	55	0.99
2783854--2783890	17	2.2	18	86	13	53	59	0	0	40	0.97
2784552--2784589	13	2.8	14	96	4	69	39	0	21	39	1.53
2785077--2785136	12	5.1	12	78	9	61	16	11	5	66	1.40
2785077--2785125	18	2.7	18	83	0	62	18	14	4	63	1.46
2788518--2788577	20	2.7	21	76	16	59	58	1	0	40	1.08
2791799--2792349	73	7.6	72	81	4	563	54	12	2	30	1.51
2791806--2792347	145	3.7	145	79	7	534	54	12	2	30	1.52
2792629--2792771	77	1.9	73	87	5	205	41	0	1	56	1.13
2792731--2792805	18	4.1	17	74	17	53	37	1	0	61	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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