genome.fa.s72.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold72
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5928628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2169121--2169164	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
2177400--2177445	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2179875--2179900	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2179857--2179920	33	2.0	33	87	9	96	40	17	14	28	1.88
2179954--2179997	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
2183223--2183877	80	8.1	80	76	5	552	35	10	24	30	1.89
2183223--2183878	81	8.1	81	76	9	434	35	10	24	30	1.89
2183249--2183905	161	4.1	161	82	4	725	35	10	24	29	1.89
2183249--2183915	241	2.8	237	78	7	709	35	10	24	29	1.89
2185266--2185299	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2185522--2185576	18	3.1	17	75	12	56	0	20	1	78	0.85
2194502--2194539	13	2.8	14	84	15	53	42	0	0	57	0.98
2194465--2194578	45	2.6	44	78	10	110	48	0	0	50	1.06
2195793--2195827	14	2.4	15	95	4	63	20	0	0	80	0.72
2196044--2196076	16	2.0	17	88	5	50	39	0	3	57	1.14
2197883--2197935	25	2.1	25	82	6	63	43	0	3	52	1.19
2198484--2198531	24	2.0	24	87	0	69	54	2	4	39	1.32
2198593--2198650	32	1.9	29	83	13	73	39	1	5	53	1.33
2199922--2199976	27	2.0	29	82	13	71	34	0	0	65	0.93
2202713--2202751	17	2.3	17	86	8	53	20	0	2	76	0.90
2204545--2204592	3	16.0	3	95	0	78	62	0	4	33	1.14
2208673--2208706	15	2.2	16	90	10	54	23	0	17	58	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2209026--2209055	8	3.8	8	100	0	60	60	0	0	40	0.97
2210986--2211021	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2211341--2211403	27	2.4	27	81	7	67	55	0	3	41	1.16
2211767--2211834	28	2.4	29	83	9	79	38	1	1	58	1.16
2211797--2211886	26	3.7	26	73	14	66	38	0	1	60	1.04
2211796--2211886	25	3.6	25	78	11	89	38	0	1	60	1.04
2211822--2211887	27	2.5	26	85	4	80	37	0	0	62	0.96
2212088--2212146	21	3.4	17	76	21	59	55	0	0	44	0.99
2212113--2212146	15	2.2	16	94	5	61	61	0	0	38	0.96
2212088--2212141	19	2.9	19	76	17	60	55	0	0	44	0.99
2212094--2212178	40	2.2	38	85	8	109	55	1	1	42	1.15
2212165--2212217	16	3.3	15	74	10	52	56	9	1	32	1.42
2212276--2212341	25	2.6	25	74	9	71	45	0	0	54	0.99
2212343--2212393	24	2.2	25	79	13	63	45	3	1	49	1.32
2212353--2212397	24	1.9	23	95	4	81	40	4	2	53	1.33
2212699--2212807	7	15.6	7	70	16	66	65	0	1	33	1.04
2212714--2212793	23	3.5	23	81	3	90	67	0	1	31	0.99
2212700--2212774	39	1.9	39	86	7	109	69	0	2	28	1.02
2212763--2212831	32	2.2	32	84	5	95	56	0	0	43	0.99
2214019--2214066	24	2.0	24	84	8	62	66	2	4	27	1.21
2214047--2214092	14	3.1	15	79	20	60	60	0	0	39	0.97
2214047--2214107	15	3.8	16	83	16	74	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2214046--2214088	22	1.9	23	81	13	54	62	0	0	37	0.95
2214751--2214797	15	3.0	16	81	6	51	55	0	2	42	1.12
2216031--2216059	2	15.0	2	92	7	51	0	0	51	48	1.00
2216709--2216776	34	2.0	34	85	8	93	48	0	0	51	1.00
2216709--2216795	34	2.6	33	79	13	88	50	1	1	47	1.16
2216821--2216852	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
2217629--2217662	17	2.1	16	89	10	52	44	11	11	32	1.77
2219105--2219145	2	20.5	2	94	0	73	48	0	0	51	1.00
2222573--2222621	21	2.5	19	78	15	64	67	0	2	30	1.02
2222573--2222624	14	3.9	14	73	14	56	65	0	1	32	1.04
2222689--2222738	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2229515--2229548	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2229577--2229883	147	2.1	147	81	4	359	24	19	13	42	1.87
2229659--2229922	76	3.6	75	75	14	223	22	19	14	43	1.87
2230324--2230368	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
2232344--2232449	51	2.1	51	100	0	212	19	18	25	35	1.95
2233458--2233577	52	2.3	52	80	12	131	29	29	10	30	1.91
2238707--2238754	13	4.1	13	72	25	52	35	16	12	35	1.87
2238805--2238861	19	3.0	20	84	7	82	31	17	17	33	1.93
2241414--2241441	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
2243647--2243677	15	2.1	15	100	0	62	61	19	6	12	1.53
2247613--2247708	13	8.2	13	70	23	79	35	17	12	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2247736--2247788	20	2.7	20	85	2	72	35	16	15	32	1.90
2250904--2251084	34	5.4	33	84	12	221	18	0	39	41	1.51
2250938--2251032	43	2.2	43	100	0	190	15	0	42	42	1.47
2250972--2251054	9	8.0	9	71	25	58	16	0	42	40	1.49
2250957--2251055	22	4.5	22	79	16	125	18	0	41	40	1.50
2255756--2255876	34	3.6	34	98	0	233	18	0	40	41	1.50
2255843--2255898	22	2.5	22	97	0	103	19	0	41	39	1.52
2255756--2255927	56	2.7	66	87	10	238	19	0	39	41	1.51
2256864--2256911	19	2.5	19	79	3	60	41	0	0	58	0.98
2257262--2257316	19	3.0	18	78	19	60	40	0	0	60	0.97
2259290--2259322	10	3.4	10	87	8	50	39	6	0	54	1.25
2262204--2262247	2	23.0	2	86	9	65	52	0	0	47	1.00
2262706--2262774	26	2.6	27	73	13	72	53	0	0	46	1.00
2263429--2263492	31	2.1	31	100	0	128	25	15	12	46	1.81
2264622--2264666	16	2.7	17	82	6	65	71	0	0	28	0.87
2265845--2265895	13	4.0	13	80	12	61	56	1	0	41	1.10
2265831--2265869	19	2.1	19	100	0	78	58	0	0	41	0.98
2273499--2273596	49	2.0	49	100	0	196	32	2	18	46	1.60
2273949--2273996	19	2.5	19	82	3	69	43	0	0	56	0.99
2274064--2274105	21	2.0	20	86	4	57	73	0	2	23	0.94
2275769--2275793	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2275784--2275827	21	2.0	22	86	4	63	40	2	0	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2275851--2275890	20	2.0	20	85	0	53	50	2	7	40	1.44
2276700--2276737	19	2.0	20	89	5	60	39	0	0	60	0.97
2276829--2276872	22	2.0	21	82	4	52	43	4	4	47	1.44
2282894--2282951	21	2.8	21	78	5	64	34	24	1	39	1.65
2288121--2288156	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
2290832--2290899	2	34.0	2	91	5	111	47	2	0	50	1.16
2291388--2291425	19	2.0	19	90	10	60	47	0	0	52	1.00
2291390--2291431	19	2.2	19	83	8	50	52	0	0	47	1.00
2291850--2291892	19	2.2	20	87	4	61	41	2	13	41	1.57
2292153--2292218	27	2.4	28	82	5	89	63	1	4	30	1.23
2292404--2292441	18	2.2	17	90	4	58	55	2	2	39	1.28
2297862--2297913	24	2.2	24	83	6	63	51	5	1	40	1.37
2298434--2298469	17	2.1	17	89	0	54	0	16	0	83	0.65
2299583--2299687	45	2.2	45	78	6	111	30	20	29	19	1.97
2299709--2300055	32	10.8	32	93	1	552	16	18	33	31	1.93
2300041--2300832	27	28.9	27	89	2	1154	29	14	33	23	1.93
2300041--2300832	55	14.5	54	89	2	1154	29	14	33	23	1.93
2300041--2300832	82	9.6	81	90	2	1172	29	14	33	23	1.93
2311841--2311897	25	2.3	25	87	0	87	26	3	8	61	1.42
2312449--2312496	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
2319571--2319630	15	3.9	15	78	21	70	35	13	15	36	1.86
2319550--2319648	19	5.7	19	72	25	85	34	12	16	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2319605--2319629	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2319551--2319656	32	3.2	31	90	6	149	33	12	16	36	1.87
2319700--2319828	52	2.5	52	93	0	222	35	18	17	27	1.94
2324449--2324523	13	5.9	13	79	6	91	30	16	14	38	1.88
2324463--2324507	12	3.7	12	82	5	63	33	13	11	42	1.79
2324450--2324520	25	2.8	25	95	0	124	30	15	14	39	1.87
2326375--2326406	13	2.5	13	89	0	55	43	0	6	50	1.27
2327169--2327198	15	2.0	15	93	0	51	43	6	20	30	1.77
2327213--2327287	33	2.3	32	86	2	96	29	12	17	41	1.85
2327338--2327379	13	3.2	13	90	10	68	38	14	16	30	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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