genome.fa.s72.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold72
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5928628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1785066--1785090	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1787547--1787582	13	2.8	13	86	0	54	36	11	19	33	1.87
1792134--1792164	9	3.4	9	95	0	53	25	35	0	38	1.56
1793774--1793798	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1793751--1793818	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
1793850--1793902	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
1793890--1793914	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1795436--1795495	26	2.3	26	91	0	93	18	20	13	48	1.81
1796754--1796778	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1796809--1796863	19	2.8	19	75	2	56	38	10	14	36	1.81
1803179--1803213	3	11.7	3	93	0	61	28	34	0	37	1.58
1804817--1804841	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1806131--1806179	26	1.9	25	84	12	64	69	4	2	24	1.17
1807975--1808020	24	2.0	23	83	12	58	56	6	0	36	1.25
1808052--1808115	26	2.4	26	82	10	67	59	0	1	39	1.07
1815228--1815267	20	2.0	21	90	9	66	32	2	0	65	1.06
1815229--1815378	9	17.1	8	73	20	56	41	1	0	57	1.07
1815254--1815374	49	2.6	46	75	14	115	43	0	0	55	1.05
1818387--1818456	31	2.3	31	100	0	140	38	8	17	35	1.80
1818437--1818511	38	2.0	38	100	0	150	29	14	16	40	1.88
1820272--1820310	18	2.2	18	90	0	60	58	0	0	41	0.98
1820261--1820309	24	1.9	25	88	12	73	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1821406--1821438	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
1821505--1821617	24	4.7	24	74	19	76	43	0	0	54	1.12
1821505--1821560	22	2.5	23	83	11	71	39	0	0	60	0.97
1821553--1821594	15	2.8	15	80	20	52	45	0	2	52	1.13
1821534--1821601	13	5.1	13	71	16	50	45	0	1	52	1.09
1823201--1823252	2	26.5	2	96	3	97	50	0	0	50	1.00
1824364--1824446	34	2.4	34	84	7	98	38	0	1	60	1.05
1824369--1824470	29	3.4	29	72	18	84	40	0	0	58	1.04
1827133--1827839	350	2.0	351	98	0	1382	36	11	9	42	1.74
1828107--1828772	153	4.3	154	81	4	713	34	8	6	50	1.60
1828107--1828765	305	2.2	307	82	4	778	34	8	6	50	1.60
1829286--1829663	201	1.9	201	99	0	747	25	11	16	46	1.79
1830137--1830802	331	2.0	331	97	0	1260	30	12	17	39	1.87
1831550--1831596	21	2.1	21	84	7	58	34	17	0	48	1.47
1833815--1833851	9	4.2	9	93	6	67	35	10	18	35	1.86
1833815--1833851	17	2.1	18	95	5	67	35	10	18	35	1.86
1833847--1833885	18	2.2	18	100	0	78	43	23	10	23	1.84
1835481--1835505	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1835605--1835630	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1835587--1835650	33	2.0	32	87	9	94	37	20	14	28	1.91
1839403--1839427	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1839468--1839601	32	4.0	33	85	6	182	35	17	12	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1839521--1839546	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1839470--1839602	68	2.0	65	89	7	205	36	17	12	33	1.88
1839557--1839581	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1840312--1840445	48	2.8	48	81	1	169	30	16	26	26	1.97
1840475--1840632	28	5.6	28	83	7	187	20	15	28	35	1.93
1840475--1840632	56	2.8	57	86	7	207	20	15	28	35	1.93
1840617--1840691	35	2.2	35	85	2	107	34	9	33	22	1.86
1840667--1840748	29	2.8	29	90	1	119	30	17	29	23	1.97
1856073--1856097	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1856142--1856203	33	1.9	33	93	3	108	38	17	9	33	1.83
1856229--1856284	21	2.7	21	100	0	112	35	17	10	35	1.85
1862020--1862057	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1863873--1864001	54	2.3	55	92	4	206	36	1	27	34	1.67
1864575--1864625	21	2.5	21	81	9	61	39	17	15	27	1.90
1864685--1864743	13	4.0	13	73	26	55	37	18	13	30	1.90
1864699--1864764	20	3.7	20	71	26	74	34	22	12	30	1.91
1864686--1864763	33	2.4	33	97	0	147	35	21	12	29	1.91
1868183--1868722	267	2.0	267	98	0	1044	22	22	13	41	1.88
1870391--1870420	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
1870465--1870515	20	2.6	20	93	3	86	41	13	15	29	1.86
1875541--1875596	19	3.3	18	72	27	59	37	17	10	33	1.85
1875521--1875598	32	2.4	32	91	0	120	34	15	12	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1875553--1875577	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1878951--1879320	155	2.4	154	81	7	426	23	17	20	39	1.92
1883073--1883105	17	1.9	17	93	0	57	72	0	21	6	1.05
1883421--1883677	112	2.3	110	79	10	263	27	17	15	39	1.90
1884014--1884228	89	2.4	86	75	7	200	24	20	11	43	1.85
1885105--1885438	44	7.7	44	72	11	206	20	25	15	38	1.92
1885317--1885420	40	2.5	41	76	16	106	22	20	18	39	1.92
1894095--1894288	69	2.8	69	84	6	257	46	6	9	37	1.62
1898231--1898480	121	2.1	121	89	0	383	54	11	4	30	1.56
1906041--1906073	16	2.1	16	100	0	66	24	0	18	57	1.40
1906550--1906581	15	2.1	15	94	0	55	9	18	0	71	1.12
1907657--1907683	14	1.9	14	100	0	54	44	0	3	51	1.19
1908863--1908909	21	2.2	22	84	3	60	74	6	6	12	1.20
1909325--1909375	26	2.0	26	84	3	68	60	0	1	37	1.08
1909722--1909781	10	5.5	12	84	15	62	5	45	0	50	1.23
1909738--1909779	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
1912031--1912137	41	2.7	41	82	5	132	31	11	16	40	1.84
1914141--1914174	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
1914762--1914819	20	2.8	20	84	10	73	36	0	1	62	1.06
1914799--1914856	25	2.4	25	76	23	61	34	0	1	63	1.04
1915315--1915389	25	2.8	27	82	10	91	52	0	1	46	1.09
1915992--1916032	7	5.7	7	88	11	57	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1919016--1919277	72	3.6	72	77	12	268	35	0	7	56	1.33
1919017--1919288	147	1.9	144	83	6	361	34	0	7	56	1.32
1919259--1919316	25	2.4	24	80	5	64	27	1	8	62	1.35
1919340--1919418	39	2.0	39	97	0	149	54	0	6	39	1.26
1919353--1919420	20	3.5	20	70	25	72	50	0	7	42	1.30
1919353--1919443	21	4.5	21	69	14	66	43	1	6	48	1.36
1920732--1920780	26	1.9	25	84	12	64	32	20	18	28	1.96
1930148--1930219	36	2.0	36	97	0	135	41	12	13	31	1.82
2147846--2148048	79	2.6	79	81	3	221	30	16	29	24	1.97
2148004--2148071	28	2.4	28	87	0	91	25	19	32	23	1.97
2148060--2148393	52	6.3	52	68	17	179	32	12	25	30	1.92
2148207--2148283	27	2.9	27	86	3	93	27	22	29	20	1.98
2148274--2148401	51	2.4	51	79	11	141	33	10	24	32	1.89
2148060--2148396	106	3.2	102	68	17	251	32	12	25	30	1.92
2147993--2148398	212	1.9	212	87	4	604	31	13	26	28	1.94
2150751--2150776	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2150730--2150796	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2150816--2150883	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2150838--2150862	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2150819--2150881	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2150939--2150995	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2151004--2151037	17	2.0	17	100	0	68	11	5	0	82	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2154869--2154922	10	5.8	10	85	10	71	85	9	0	5	0.75
2154870--2154922	19	2.9	18	86	5	72	84	9	0	5	0.76
2156110--2156182	13	5.6	12	73	20	58	32	13	15	38	1.86
2156279--2156683	202	2.0	205	82	5	498	29	30	17	22	1.97
2156188--2156667	84	5.6	84	78	8	378	29	31	16	22	1.96
2156190--2156667	28	16.6	28	79	8	340	29	30	16	23	1.96
2162879--2163066	97	1.9	97	90	0	295	40	11	20	27	1.87
2165383--2165505	51	2.4	52	79	4	124	45	11	13	30	1.78
2169042--2169067	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2169024--2169087	33	2.0	33	87	9	96	40	17	14	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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