genome.fa.s72.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold72
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5928628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
688903--688955	16	3.4	15	84	7	70	5	15	32	47	1.68
688986--689026	16	2.6	16	88	0	55	17	14	26	41	1.88
689827--689867	21	2.0	21	85	9	57	43	14	7	34	1.73
689947--689972	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
690001--690063	32	2.0	32	87	6	92	25	15	12	46	1.82
690122--690168	20	2.3	21	73	23	55	34	12	21	31	1.91
692133--692191	32	1.9	30	83	13	75	61	10	8	20	1.54
692472--692497	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
692451--692515	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
692451--692515	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
694548--694590	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
695021--695058	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
697140--697170	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
698974--699018	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
700898--700956	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
701216--701280	32	2.0	33	87	6	96	29	10	13	46	1.77
702105--702163	21	2.8	21	86	0	73	61	0	22	16	1.35
702914--702953	15	2.7	15	96	0	71	22	7	17	52	1.69
708866--708902	19	1.9	19	94	0	65	89	0	10	0	0.49
708861--708904	22	2.0	22	91	8	72	86	0	11	2	0.66
708866--708904	13	3.1	13	85	3	53	89	0	10	0	0.48
709710--710027	87	3.6	87	73	9	254	26	17	12	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710306--710762	181	2.5	182	84	5	547	29	24	14	31	1.95
710310--710834	90	5.8	91	79	6	502	29	24	14	32	1.95
710378--710877	271	1.8	271	80	7	604	29	23	14	32	1.94
711018--711310	30	9.7	30	68	10	112	23	20	12	43	1.85
711050--711274	61	3.7	61	86	1	299	23	22	12	42	1.86
711011--711266	122	2.1	121	84	5	329	22	21	12	44	1.85
711050--711359	91	3.4	90	78	7	281	23	22	11	42	1.86
711172--711396	91	2.5	89	74	8	229	22	22	12	42	1.87
711456--711992	47	11.6	47	79	5	466	21	25	15	36	1.94
711456--711992	141	3.9	138	80	4	521	21	25	15	36	1.94
712085--712165	41	2.0	42	82	7	103	19	32	13	34	1.91
712298--712501	37	5.3	37	67	10	104	13	22	19	45	1.85
712232--712525	78	3.7	78	83	2	374	13	21	19	46	1.83
713874--714042	79	2.1	79	83	5	216	27	24	14	33	1.95
713978--714093	51	2.3	51	89	4	173	31	30	9	29	1.89
714028--714403	79	4.8	78	79	7	397	29	26	11	31	1.92
713874--714251	209	1.8	209	81	3	474	29	26	12	32	1.92
714028--714403	157	2.4	158	82	3	470	29	26	11	31	1.92
714346--714466	51	2.4	50	77	4	134	29	27	7	35	1.84
726707--726756	13	3.9	12	80	12	55	86	6	4	4	0.80
726707--726763	15	3.8	15	79	6	53	85	5	5	3	0.80
726706--726768	13	4.9	13	79	11	51	85	4	6	3	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727739--728187	61	7.3	61	82	6	485	25	23	18	32	1.97
727741--728203	124	3.8	123	84	3	583	25	22	18	32	1.97
731236--731812	79	7.3	79	80	5	578	28	24	12	34	1.92
731236--731812	237	2.4	232	82	4	638	28	24	12	34	1.92
732945--733233	41	7.3	41	68	13	156	14	23	16	44	1.85
732965--733237	79	3.5	79	78	7	288	14	23	16	45	1.84
732934--733421	157	3.1	155	80	9	517	14	22	17	45	1.84
732934--733421	78	6.2	78	78	9	483	14	22	17	45	1.84
733129--733409	41	7.1	41	66	15	128	14	21	17	46	1.83
734569--734637	33	2.1	33	83	5	86	33	11	15	39	1.84
736841--736883	21	2.1	20	83	12	52	53	6	13	25	1.65
736841--736883	20	2.1	21	83	12	54	53	6	13	25	1.65
742682--742732	22	2.3	22	82	3	57	37	3	29	29	1.75
743319--743375	19	2.9	19	81	2	69	33	14	15	36	1.88
748228--748255	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
751219--752001	28	27.5	28	85	4	969	28	30	17	22	1.97
756154--756312	72	2.2	72	86	5	225	38	16	26	18	1.91
756335--756517	83	2.2	82	88	0	258	44	13	21	20	1.85
756526--756611	36	2.4	36	78	0	91	54	16	20	8	1.67
758155--759030	153	5.7	152	79	5	813	25	17	18	39	1.92
758155--759032	458	1.9	459	82	3	1106	25	17	18	38	1.92
758155--759032	306	2.9	304	82	3	985	25	17	18	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765361--765514	52	3.0	52	84	0	209	22	26	16	35	1.95
765368--765557	104	1.8	104	82	2	247	21	23	17	37	1.94
766161--766355	52	3.8	52	80	0	210	24	27	13	34	1.93
766161--766351	104	1.8	104	85	2	267	24	26	13	35	1.93
766161--766378	104	2.1	104	81	3	251	23	27	13	35	1.93
766982--767035	20	2.7	20	79	2	63	44	9	12	33	1.75
770486--770510	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
773790--773954	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
775480--775546	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
776017--776041	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
780867--781012	50	2.9	51	89	2	231	42	12	17	28	1.85
783651--783757	49	2.3	45	83	6	133	30	18	28	22	1.97
783790--783925	65	2.1	64	84	1	173	28	16	26	28	1.97
783790--783925	32	4.2	32	80	4	157	28	16	26	28	1.97
783912--784211	28	10.6	28	82	5	336	24	15	28	31	1.96
783829--784209	85	4.4	85	77	10	360	25	16	27	30	1.96
783848--784209	113	3.1	115	81	6	421	24	16	28	30	1.96
790916--791116	79	2.5	79	81	5	210	29	16	28	24	1.97
791073--791142	28	2.5	28	83	0	86	27	18	31	22	1.97
791130--791520	52	7.5	52	67	15	196	32	12	25	28	1.93
791394--791523	51	2.5	51	82	9	163	32	11	25	30	1.91
791047--791520	263	1.8	262	88	4	731	32	13	25	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793881--793906	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
793860--793926	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
793946--794013	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
793968--793992	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
793949--794011	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
801114--801186	20	3.6	20	79	17	96	34	13	19	32	1.91
801132--801207	21	3.7	21	76	16	86	40	11	17	30	1.85
801114--801207	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
801246--801271	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
803477--803521	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
807370--807447	20	3.6	21	74	15	70	26	14	15	43	1.85
807436--807473	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
809925--809997	20	3.6	20	79	17	96	34	13	19	32	1.91
809943--810018	21	3.7	21	76	16	86	40	11	17	30	1.85
809925--810018	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
810057--810082	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
813717--813791	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
813717--813794	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
814702--814759	23	2.5	24	94	5	109	17	10	8	63	1.49
814711--814766	23	2.6	21	86	8	51	19	8	8	62	1.51
819331--819407	22	3.4	23	75	8	68	20	0	6	72	1.06
819362--819397	14	2.5	14	90	4	54	16	0	2	80	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819330--819396	32	2.2	31	82	10	84	17	0	5	76	0.99
825351--825376	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
830381--830425	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
832229--832259	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
834273--834352	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
834338--834376	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
834497--834543	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
834499--834541	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
836260--836306	24	2.0	24	100	0	94	34	8	29	27	1.87
836948--836973	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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