genome.fa.s72.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold72
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5928628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

This is table  19  of  39  ( 4596 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2805522--2805722	79	2.5	79	80	6	237	32	14	24	27	1.95
2805674--2805750	28	2.8	28	88	4	111	25	19	33	20	1.96
2805734--2805848	51	2.3	51	84	3	151	34	11	23	30	1.90
2805548--2806015	237	2.0	237	85	2	627	35	13	23	28	1.92
2805789--2805959	79	2.2	79	84	4	211	33	14	22	29	1.93
2805863--2806141	107	2.6	107	82	5	323	32	15	24	27	1.96
2806022--2806091	28	2.5	28	88	0	95	24	21	31	22	1.98
2806082--2806220	51	2.7	50	76	3	152	35	12	20	30	1.91
2808577--2808606	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
2808528--2808650	62	2.0	62	88	3	185	39	13	16	30	1.86
2808548--2808652	29	3.5	29	74	12	104	39	15	17	28	1.90
2808852--2808975	65	1.9	64	95	1	221	25	27	14	33	1.94
2809324--2809855	61	9.0	60	81	8	542	28	19	25	26	1.99
2809677--2809763	28	3.1	28	63	12	70	28	19	25	26	1.99
2809337--2809873	117	4.6	116	82	8	572	27	20	25	26	1.99
2809898--2810069	61	2.9	58	81	9	197	29	20	24	25	1.99
2809740--2810039	156	1.9	155	85	4	356	28	20	27	25	1.99
2811083--2811139	17	3.5	16	80	17	64	0	1	12	85	0.66
2811094--2811139	21	2.2	22	88	7	69	0	0	13	86	0.56
2823702--2823771	28	2.5	28	88	4	97	27	18	32	21	1.97
2823770--2823870	51	2.0	51	84	3	132	37	8	21	31	1.85
2823824--2823985	79	2.1	79	82	4	193	35	11	22	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2823881--2824166	107	2.7	106	79	3	306	34	14	23	27	1.94
2824108--2824247	51	2.7	51	79	0	172	37	12	19	30	1.89
2826621--2826649	12	2.3	13	94	5	51	41	10	17	31	1.83
2826632--2826683	20	2.6	20	84	6	70	44	13	15	26	1.84
2826572--2826768	81	2.4	81	88	5	299	41	15	16	27	1.88
2826713--2826769	20	2.8	20	100	0	114	45	15	14	24	1.83
2826702--2826731	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
2828619--2829042	214	2.0	214	100	0	848	47	15	15	21	1.82
2829762--2829816	20	2.8	20	88	0	83	40	14	12	32	1.84
2829712--2829866	71	2.2	70	89	1	229	43	9	15	31	1.79
2837803--2837866	20	3.2	20	88	0	101	28	17	7	46	1.75
2837838--2837953	51	2.2	52	81	1	126	27	16	15	40	1.89
2841859--2841924	23	2.8	22	77	20	62	12	18	3	66	1.36
2842348--2842397	20	2.5	20	86	3	64	52	8	0	40	1.31
2843524--2843565	18	2.3	18	100	0	84	21	21	16	40	1.91
2844778--2844823	22	2.1	22	95	0	83	73	0	21	4	1.00
2845096--2845134	19	2.2	16	86	13	51	61	2	0	35	1.10
2845144--2845226	25	3.2	25	71	15	78	44	1	1	53	1.16
2845161--2845260	28	3.7	28	77	12	127	45	2	0	53	1.12
2845144--2845254	53	2.1	53	98	0	213	45	1	0	52	1.17
2845161--2845237	19	4.3	19	64	12	63	42	1	0	55	1.07
2845589--2845630	21	2.0	21	86	13	61	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2845701--2845734	7	5.1	7	96	3	54	44	0	0	55	0.99
2845696--2845734	14	3.0	13	88	7	53	48	0	0	51	1.00
2846120--2846174	25	2.2	25	80	6	67	50	1	0	47	1.11
2846126--2846173	19	2.6	19	80	6	55	54	2	0	43	1.12
2846471--2846496	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
2847395--2847447	18	2.7	21	75	24	62	56	0	0	43	0.99
2849963--2849996	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2850733--2850766	17	2.1	16	88	5	50	50	0	0	50	1.00
2850827--2850860	18	2.0	18	88	11	54	64	17	0	17	1.29
2856815--2856842	13	2.2	13	100	0	56	14	7	7	71	1.29
2858655--2858696	16	2.5	17	80	7	50	35	0	2	61	1.09
2859227--2859267	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2864083--2864163	36	2.2	36	91	0	126	35	30	11	22	1.89
2871485--2871613	54	2.4	54	92	2	206	19	10	30	39	1.86
2875830--2875867	3	12.7	3	94	0	58	31	5	0	63	1.17
2876233--2876271	19	2.2	18	90	9	62	56	0	0	43	0.99
2876244--2876288	16	2.9	16	81	18	60	55	0	0	44	0.99
2876244--2876302	31	1.9	31	89	6	93	52	0	1	45	1.10
2878827--2878855	14	2.1	14	93	6	51	65	0	0	34	0.93
2879046--2879079	17	2.0	17	94	0	59	52	0	8	38	1.33
2879114--2879196	10	8.5	10	73	15	50	68	1	1	28	1.04
2879144--2879187	19	2.3	19	92	7	72	68	0	2	29	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2879148--2879213	25	2.5	26	85	11	82	65	0	1	33	1.02
2886984--2887146	20	7.6	20	74	14	110	31	14	11	42	1.81
2886981--2887145	40	3.8	40	75	16	168	32	14	11	41	1.82
2887021--2887193	51	3.6	51	75	16	206	30	16	10	41	1.83
2886970--2887196	91	2.5	91	95	0	400	30	16	11	41	1.83
2898883--2898912	15	1.9	16	93	6	53	10	30	33	26	1.89
2901102--2901156	5	11.6	5	75	11	53	83	10	0	5	0.79
2901102--2901145	10	4.4	10	97	0	79	84	9	0	6	0.79
2901102--2901165	20	3.2	20	86	8	87	84	9	0	6	0.78
2902354--2902735	28	13.5	28	86	3	408	30	30	16	22	1.96
2902354--2902843	56	8.5	56	81	6	502	30	28	16	24	1.97
2902395--2902843	84	5.2	84	83	6	517	29	28	17	24	1.97
2902395--2902882	28	16.8	30	83	6	385	29	28	17	24	1.97
2906090--2906154	27	2.4	27	92	0	112	18	38	23	20	1.93
2906154--2906183	14	2.1	14	100	0	60	70	10	0	20	1.16
2911354--2911397	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
2912915--2912944	16	1.9	15	93	6	51	53	3	16	26	1.59
2913834--2913880	16	3.0	16	78	3	51	46	27	14	10	1.78
2914080--2914139	25	2.3	27	82	5	70	8	15	3	73	1.20
2914105--2914185	30	2.7	29	83	9	92	7	13	1	77	1.03
2914108--2914185	15	5.0	15	73	20	63	7	14	1	76	1.05
2917132--2917178	24	2.0	24	91	0	76	25	6	4	63	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2917123--2917260	24	5.5	24	67	14	73	28	6	5	59	1.46
2919870--2919934	35	1.9	32	84	9	85	67	1	3	27	1.14
2919902--2919956	7	7.3	7	80	15	65	69	1	0	29	0.99
2919900--2919956	15	3.7	15	78	17	64	68	1	0	29	1.00
2919858--2919967	25	4.4	25	71	11	100	66	1	1	30	1.12
2922117--2922154	18	2.1	18	90	0	58	47	13	0	39	1.42
2927109--2927161	21	2.5	21	78	6	63	37	22	3	35	1.72
2927886--2927926	17	2.3	19	87	8	59	58	0	0	41	0.98
2929520--2929551	16	2.0	16	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2930533--2930574	22	1.9	22	90	0	66	64	0	0	35	0.94
2931134--2931182	21	2.3	21	78	3	53	42	0	6	51	1.27
2932734--2932768	16	2.2	16	100	0	70	31	0	17	51	1.45
2932844--2932893	26	1.9	26	95	0	91	46	12	6	36	1.66
2936008--2936046	9	4.2	9	96	3	69	0	12	0	87	0.55
2936008--2936073	18	3.3	19	84	16	80	1	18	0	80	0.79
2937311--2937717	32	12.8	32	91	1	651	17	18	32	30	1.95
2937311--2937717	95	4.3	96	92	1	660	17	18	32	30	1.95
2937743--2938499	27	27.6	27	89	2	1073	29	13	32	23	1.94
2937743--2938499	55	13.8	54	88	2	1073	29	13	32	23	1.94
2937743--2938499	82	9.2	81	87	3	1073	29	13	32	23	1.94
2939507--2939531	9	2.8	9	100	0	50	0	0	16	84	0.63
2939818--2939862	23	1.9	24	86	4	65	4	11	11	73	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2946262--2946291	9	3.2	9	95	4	51	0	13	0	86	0.57
2949697--2949755	29	2.0	29	86	0	82	59	10	3	27	1.46
2951140--2951194	26	2.1	26	93	0	92	40	14	9	36	1.78
2952920--2952944	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2962148--2962196	23	2.1	24	84	3	64	34	4	2	59	1.28
2973252--2973285	2	17.5	2	90	6	52	52	0	0	47	1.00
2973421--2973446	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2973848--2973989	73	2.0	72	97	1	266	52	7	7	31	1.58
2974272--2974299	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2979639--2979710	4	18.0	4	97	0	135	23	26	0	50	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39