genome.fa.s72.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold72
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5928628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1283933--1284477	49	10.8	53	85	3	432	25	26	16	31	1.97
1284431--1284556	67	1.9	67	85	3	173	24	25	11	38	1.90
1285307--1285373	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1285327--1285351	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1285447--1285566	52	2.3	52	97	0	222	35	18	17	29	1.94
1287563--1287587	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1287680--1287776	22	4.5	22	77	6	108	27	21	12	38	1.89
1287833--1287897	22	3.0	22	97	0	121	30	23	10	35	1.89
1294440--1294660	100	2.2	100	82	7	261	34	22	11	31	1.90
1294740--1295006	56	4.7	56	69	10	171	24	22	13	39	1.90
1300899--1300949	26	1.9	27	84	11	70	11	13	0	74	1.07
1300919--1300961	9	4.7	9	80	5	50	13	9	0	76	1.01
1302838--1303119	76	3.7	75	75	3	226	32	20	14	32	1.93
1304266--1304316	26	2.0	26	100	0	102	37	23	7	31	1.83
1305790--1305814	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1305881--1305909	13	2.2	13	100	0	58	34	17	13	34	1.89
1305864--1305930	33	2.0	32	83	11	82	31	16	16	35	1.91
1305896--1305950	20	2.8	20	94	0	92	32	12	18	36	1.88
1307533--1307566	3	11.3	3	93	0	59	35	0	35	29	1.58
1314313--1314337	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1314328--1314378	20	2.6	20	87	3	68	33	15	15	35	1.90
1314322--1314378	19	3.0	20	79	7	73	35	15	15	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1315527--1315617	29	3.2	28	70	13	78	49	13	7	29	1.69
1315506--1315629	57	2.2	58	85	4	162	50	15	8	26	1.72
1316195--1316219	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1316320--1316345	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1316333--1316398	20	3.7	20	69	26	74	36	22	10	30	1.88
1316300--1316400	33	3.1	33	91	1	159	34	20	11	32	1.89
1317563--1317600	16	2.4	16	90	0	58	0	15	0	84	0.63
1319815--1319841	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
1321063--1321216	70	2.2	69	83	6	186	34	9	24	31	1.87
1324434--1324722	52	5.5	51	77	6	249	35	16	22	25	1.94
1324478--1324722	106	2.3	104	83	1	292	36	15	21	25	1.93
1324774--1324881	32	3.4	32	77	9	114	25	14	28	30	1.95
1324819--1325139	31	10.3	31	77	5	265	23	17	28	30	1.97
1324792--1325139	62	5.6	62	80	3	299	23	17	28	30	1.97
1324862--1325103	93	2.6	93	88	0	331	24	17	27	30	1.97
1324829--1325131	93	3.2	94	83	4	308	23	16	28	31	1.96
1325126--1325885	59	12.6	60	75	9	462	33	11	30	25	1.91
1325128--1325790	118	5.5	120	78	9	527	32	11	30	25	1.91
1325116--1325913	29	26.3	30	76	8	478	32	11	29	25	1.91
1325796--1325913	32	3.7	32	86	1	155	38	12	23	25	1.90
1328390--1328427	20	1.9	20	88	0	58	50	10	13	26	1.73
1328364--1328470	51	2.1	52	85	1	144	43	12	14	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1328539--1328587	20	2.4	21	86	10	66	28	22	10	38	1.87
1333362--1333492	58	2.3	58	76	10	142	29	8	14	47	1.74
1333380--1333599	106	2.1	107	81	3	264	30	7	14	47	1.72
1333498--1333646	58	2.6	58	80	2	165	30	8	12	47	1.72
1336711--1336755	20	2.2	20	84	7	56	60	2	4	33	1.29
1336722--1336780	9	6.2	9	75	9	55	61	1	3	33	1.23
1336734--1336800	27	2.4	28	87	5	91	55	1	2	40	1.24
1337421--1337472	23	2.4	22	75	15	54	44	5	0	50	1.26
1337724--1337781	24	2.4	25	74	11	66	37	6	5	50	1.52
1339217--1339255	20	2.0	21	85	10	55	48	2	2	46	1.29
1339433--1339462	15	2.1	15	93	6	53	60	0	0	40	0.97
1339382--1339469	35	2.6	34	80	7	97	54	1	0	44	1.07
1339490--1339518	14	2.1	14	100	0	58	34	6	17	41	1.76
1340087--1340160	28	2.7	26	78	10	69	55	0	4	40	1.19
1340825--1340868	12	3.1	15	79	20	51	40	0	0	59	0.98
1340842--1340872	12	2.5	12	94	5	53	35	0	0	64	0.94
1340828--1340878	20	2.5	20	81	12	68	35	0	0	64	0.94
1340844--1340903	13	5.1	11	82	11	50	33	0	0	66	0.92
1340856--1340904	23	2.0	26	88	11	77	34	0	0	65	0.93
1343000--1343053	16	3.5	15	76	5	54	37	0	1	61	1.07
1343186--1343234	18	2.7	18	81	15	57	67	0	0	32	0.91
1343186--1343234	17	2.8	18	81	15	57	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1343186--1343219	16	2.0	16	88	11	50	70	0	0	29	0.87
1343532--1343587	25	2.1	28	81	15	75	39	0	1	58	1.08
1343534--1343587	27	2.1	25	86	10	74	38	0	1	59	1.08
1343517--1343654	72	1.9	72	82	5	172	36	2	3	57	1.28
1343856--1344078	67	3.2	70	75	16	210	31	1	12	55	1.45
1343857--1344099	73	3.4	71	73	17	234	31	1	11	55	1.45
1343856--1344126	73	3.8	71	75	14	197	30	1	11	55	1.45
1343747--1344524	400	1.9	400	81	7	915	32	1	12	53	1.49
1344308--1344404	32	3.4	31	68	26	95	31	0	10	57	1.32
1344293--1344406	54	2.1	54	93	3	194	30	0	10	58	1.32
1344319--1344408	27	3.3	28	67	30	77	31	0	10	58	1.31
1344328--1344509	73	2.4	74	82	6	224	31	1	9	57	1.37
1344368--1344430	22	2.7	23	74	16	67	30	0	7	61	1.24
1344463--1344508	22	2.0	24	83	12	60	34	0	10	54	1.36
1344437--1344497	32	1.9	32	83	6	79	29	1	11	57	1.44
1345577--1345641	33	2.0	33	87	0	94	33	20	13	32	1.91
1353181--1353234	20	2.7	20	85	0	72	33	16	18	31	1.93
1353267--1353335	20	3.5	19	86	7	77	39	17	14	28	1.89
1362410--1362477	23	3.0	22	81	14	75	14	13	0	72	1.13
1362414--1362464	10	4.8	10	78	19	50	13	11	0	74	1.07
1365427--1365485	3	19.7	3	100	0	118	32	0	0	67	0.91
1374313--1374355	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1374403--1374436	7	4.9	7	100	0	68	14	0	11	73	1.10
1380358--1380429	16	4.4	17	76	13	71	43	1	2	52	1.24
1380366--1380436	16	4.4	16	79	10	90	38	1	1	59	1.15
1380527--1380585	17	3.4	17	76	4	64	49	0	1	49	1.11
1380536--1380589	17	3.1	17	77	15	65	46	0	0	53	1.00
1380549--1380599	23	2.0	24	82	14	59	43	0	0	56	0.99
1384221--1384273	18	2.9	18	85	0	70	33	22	1	41	1.65
1386785--1386827	16	2.7	15	82	10	50	53	0	0	46	1.00
1386785--1386830	15	3.0	16	84	6	51	52	0	0	47	1.00
1386801--1386842	17	2.4	19	76	19	54	57	2	0	40	1.12
1386932--1386968	8	4.5	8	89	3	56	72	0	0	27	0.84
1386930--1387010	9	8.7	9	71	20	51	62	2	1	33	1.16
1387294--1387334	21	2.0	21	95	0	73	19	17	19	43	1.88
1389053--1389078	5	5.2	5	100	0	52	0	61	19	19	1.35
1389179--1389255	40	2.0	40	87	7	113	53	0	0	46	1.00
1389439--1389481	13	3.1	13	81	18	59	44	0	0	55	0.99
1389579--1389634	9	5.9	9	82	12	67	23	1	0	75	0.90
1389578--1389640	10	6.3	10	81	5	74	23	1	0	74	0.90
1389588--1389690	31	3.5	30	78	15	124	30	1	0	66	1.08
1389594--1389671	11	7.0	11	75	17	72	34	0	0	65	0.93
1389917--1389955	19	2.1	19	85	0	51	15	0	2	82	0.79
1390012--1390050	16	2.5	16	87	4	53	17	2	12	66	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1390104--1390149	18	2.5	20	82	13	62	10	8	4	76	1.15
1391142--1391270	50	2.5	51	77	6	138	37	6	24	31	1.80
1391334--1391407	28	2.6	28	85	4	96	35	21	20	22	1.96
1391320--1391588	107	2.5	106	84	3	342	37	14	21	26	1.92
1391443--1391513	28	2.5	28	83	0	88	29	18	26	25	1.98
1395363--1395423	26	2.3	26	97	0	113	26	24	4	44	1.74
1396179--1396245	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1396703--1396728	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1398520--1398544	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1401479--1401545	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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