genome.fa.s72.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold72
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5928628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

This is table  2  of  39  ( 4596 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140932--140979	23	2.1	23	88	7	71	77	0	0	22	0.78
140927--140973	15	2.9	16	87	9	69	76	0	0	23	0.78
140931--140979	16	3.1	16	85	8	64	77	0	0	22	0.77
143489--143556	33	2.1	32	91	2	109	33	13	16	36	1.87
143511--143536	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
143589--143641	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
143629--143653	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
144717--144742	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
145398--145561	70	2.3	70	97	0	310	26	29	6	37	1.82
145449--145491	21	2.0	21	82	8	52	25	30	4	39	1.76
147369--147394	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
149472--149502	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
152532--152646	52	2.2	50	88	7	176	29	9	30	30	1.89
152458--152717	131	2.0	131	83	4	328	34	11	25	28	1.90
152586--152804	79	2.8	78	77	7	228	33	9	26	30	1.88
152662--152985	130	2.5	130	86	6	435	33	9	25	30	1.88
152458--152918	209	2.2	210	80	6	481	35	11	24	29	1.90
152879--152991	51	2.2	52	84	9	151	30	10	24	33	1.89
155374--155429	20	2.8	20	94	0	103	48	10	14	26	1.76
155326--155480	70	2.2	70	90	0	238	45	13	14	27	1.82
160282--160371	20	4.6	20	78	15	82	31	16	14	37	1.89
160404--160454	20	2.5	20	84	6	59	35	11	21	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162715--162748	17	2.1	17	88	5	52	11	8	29	50	1.69
164366--164464	51	1.9	51	83	0	126	32	9	27	31	1.88
164367--164481	51	2.3	51	81	0	122	32	9	26	31	1.88
164417--164862	79	5.6	78	79	2	417	34	13	24	27	1.92
164418--164861	158	2.8	156	79	5	491	34	13	24	27	1.92
164421--164861	237	1.9	238	83	3	575	34	13	23	28	1.92
167567--167736	75	2.3	74	77	7	180	44	12	24	17	1.84
167717--168243	44	12.4	42	72	14	237	42	11	26	19	1.85
167700--168245	129	4.3	129	75	12	393	41	10	26	20	1.86
167775--168242	43	11.1	39	72	15	208	41	11	27	20	1.86
167833--168242	82	4.9	82	84	5	482	41	11	27	19	1.86
167805--168242	168	2.6	167	82	7	528	42	10	27	19	1.85
167994--168270	45	6.5	42	75	11	251	37	13	28	20	1.91
168167--168488	152	2.1	152	85	3	434	36	15	24	22	1.93
168420--168912	62	8.0	62	84	4	579	32	18	24	24	1.97
169440--169503	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
169458--169483	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
169440--169503	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
172938--172968	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
175113--175138	12	2.2	12	100	0	52	53	7	7	30	1.57
175271--175324	20	2.7	20	88	5	74	42	12	16	27	1.85
175995--176189	43	4.4	44	73	11	166	37	12	27	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175878--176068	78	2.4	78	77	15	203	36	14	28	20	1.92
176172--176374	62	3.3	61	83	6	252	25	22	29	23	1.99
176287--176479	100	1.9	101	85	3	264	26	18	31	23	1.97
176418--177083	61	10.9	61	83	5	803	27	19	27	25	1.99
176418--176987	303	1.9	297	87	3	829	26	20	28	25	1.99
176687--177083	62	6.4	62	83	4	480	29	19	26	24	1.98
180175--180303	52	2.5	52	90	0	213	26	17	19	36	1.94
180175--180323	52	2.9	51	85	4	199	28	17	19	34	1.94
180312--180336	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
180374--180538	32	5.1	32	96	0	285	37	18	11	32	1.86
180398--180518	13	7.9	13	71	28	80	36	18	13	32	1.89
181493--181664	49	3.6	49	83	9	248	32	17	23	26	1.97
181493--181667	92	1.9	92	96	0	323	32	17	24	26	1.97
181748--182028	49	5.8	49	85	6	376	32	17	24	24	1.97
181748--182041	92	3.1	92	92	4	453	31	18	24	25	1.97
183008--183089	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
183072--183242	51	3.3	51	78	4	189	32	11	26	28	1.92
183225--183300	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
185766--185791	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
185745--185811	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
185831--185898	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
185853--185877	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185834--185896	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
185954--186010	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
186592--187401	55	14.7	54	92	3	1173	21	20	29	28	1.98
186862--186947	26	3.2	26	66	26	70	18	18	33	29	1.95
187023--187167	26	5.3	26	65	15	87	20	18	32	28	1.96
187904--188548	55	11.7	55	91	3	907	21	20	29	28	1.98
188174--188314	26	5.2	26	65	21	92	17	19	34	29	1.95
188391--188531	27	5.1	27	59	16	65	22	19	29	28	1.98
189051--189860	55	14.7	54	91	3	1155	21	20	29	29	1.98
190363--191211	55	15.4	55	91	3	1247	21	19	30	28	1.98
192189--192242	15	4.0	13	85	11	56	0	5	9	85	0.75
192188--192241	17	3.1	17	86	5	63	0	5	7	87	0.68
204634--204715	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
204698--204868	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
204851--204926	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
207392--207417	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
207371--207437	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
207457--207524	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
207479--207503	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
207460--207522	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
208125--208933	55	14.7	54	91	3	1162	21	20	29	28	1.98
208395--208480	26	3.2	26	67	20	77	17	18	34	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208614--208699	26	3.2	26	65	20	68	18	18	33	29	1.95
208776--208916	27	5.1	27	59	16	65	22	19	29	28	1.98
209035--209193	49	3.4	48	82	10	229	31	19	24	24	1.98
209206--209598	33	11.9	33	88	1	565	20	18	33	27	1.96
209669--210041	30	12.5	30	85	8	135	25	16	30	26	1.97
209669--210061	148	2.6	147	87	4	547	25	16	30	27	1.96
209669--210061	29	13.2	29	88	5	484	25	16	30	27	1.96
210033--210194	35	4.8	33	75	13	125	33	12	32	21	1.91
210187--210255	34	2.1	32	84	7	86	34	13	28	23	1.92
210233--210278	23	2.0	23	91	0	74	19	21	30	28	1.98
211325--211349	13	1.9	13	100	0	50	0	0	16	84	0.63
217912--218040	52	2.5	52	94	0	231	27	18	18	34	1.95
218135--218223	13	5.9	13	72	27	70	33	17	13	34	1.89
218111--218242	32	4.1	32	97	1	237	35	18	11	34	1.86
218534--218606	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
218552--218627	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
218534--218627	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
218666--218691	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
222706--222736	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
224750--224828	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
224815--224853	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
226638--226684	23	2.0	23	100	0	94	31	4	12	51	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227321--227393	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
227339--227414	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
227321--227414	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
227453--227478	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
229183--229356	49	3.7	49	83	9	243	33	17	24	24	1.97
229183--229359	92	1.9	92	95	0	318	32	17	24	24	1.97
229447--230130	49	14.3	49	80	9	745	31	17	25	25	1.97
229440--230132	92	7.3	91	85	9	663	31	17	25	25	1.97
229440--230148	141	5.0	141	81	10	781	31	17	25	25	1.97
230009--230076	21	3.2	20	66	25	50	29	16	27	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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