genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8764944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   

This is table  1  of  52  ( 6211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817--841	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
4228--4261	16	2.1	16	100	0	68	11	5	17	64	1.45
7644--7708	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
7665--7689	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
7646--7716	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
7761--7785	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
16077--16151	30	2.5	31	88	2	116	26	29	16	28	1.96
16139--16388	27	9.0	27	86	6	347	22	35	14	28	1.93
16362--16438	34	2.3	34	80	8	86	23	36	10	29	1.88
16422--16775	32	10.9	32	89	4	480	28	32	18	20	1.96
16421--16775	97	3.7	98	87	5	490	28	32	18	20	1.97
16428--16783	130	2.7	130	87	4	506	28	32	18	21	1.97
16782--17878	49	21.9	49	82	6	1306	23	25	17	33	1.96
16782--17878	101	11.0	99	90	2	1345	23	25	17	33	1.96
16782--17878	454	2.4	453	92	2	1820	23	25	17	33	1.96
18690--18818	52	2.5	52	92	0	213	37	16	18	27	1.92
28432--28539	56	1.9	56	83	3	137	31	14	25	28	1.95
28592--28623	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
30990--31028	19	2.1	19	85	0	51	51	0	2	46	1.14
35244--35277	16	2.1	16	100	0	68	50	5	0	44	1.26
35939--35966	13	2.2	13	100	0	56	21	10	21	46	1.81
37567--37610	16	2.7	16	92	3	70	11	6	18	63	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40543--40714	50	3.3	50	75	10	166	26	11	28	34	1.90
40505--40726	105	2.1	106	89	3	340	27	9	27	34	1.89
40505--40662	50	3.0	55	73	14	177	27	9	29	33	1.88
44069--44107	19	2.1	19	85	0	51	51	0	2	46	1.14
47570--47618	24	2.0	24	84	0	62	30	10	6	53	1.59
50102--50154	17	3.2	18	82	15	69	54	0	0	45	0.99
50246--50289	20	2.2	20	83	0	52	27	4	9	59	1.48
50720--50832	33	3.5	33	67	21	96	38	5	3	52	1.41
51209--51257	24	2.0	24	84	0	62	63	0	4	32	1.13
51581--51652	23	3.0	25	76	15	87	33	0	8	58	1.28
58757--58791	14	2.3	16	90	9	56	22	0	8	68	1.16
58816--58850	17	2.1	17	88	0	52	22	2	0	74	0.95
59422--59984	43	13.0	43	78	5	490	39	18	25	16	1.91
59424--59994	87	6.6	88	80	5	558	40	18	25	16	1.90
59431--59994	175	3.3	173	83	5	597	39	18	25	16	1.91
61143--61178	11	3.3	11	88	0	54	2	8	0	88	0.59
61143--61176	14	2.5	13	86	13	50	2	8	0	88	0.62
71678--71718	21	2.0	21	90	0	64	39	17	12	31	1.86
71823--71856	17	1.9	18	88	5	52	35	0	0	64	0.94
71852--71895	23	1.9	23	86	9	63	18	0	4	77	0.94
72212--72402	92	2.1	92	81	9	221	32	18	8	40	1.80
73360--73406	20	2.4	19	86	13	69	36	14	17	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75118--75243	20	5.8	20	72	18	99	30	15	11	42	1.83
75111--75290	51	3.7	51	75	15	220	29	17	11	41	1.84
75118--75290	91	1.9	91	96	0	319	29	16	11	42	1.83
80035--80098	32	2.0	33	93	3	112	35	12	17	34	1.87
80034--80117	19	4.7	19	78	18	108	34	11	17	35	1.87
80170--80194	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
90659--90717	30	1.9	30	86	6	82	84	10	3	1	0.80
90671--90717	17	2.8	17	83	3	69	91	6	0	2	0.49
90671--90740	27	2.6	27	81	0	86	85	8	2	2	0.79
90671--90717	1	47.0	1	86	0	58	91	6	0	2	0.49
90671--90718	9	5.6	9	87	2	64	89	8	0	2	0.56
91960--92677	89	8.0	89	82	5	867	28	30	17	23	1.97
91960--92677	28	24.1	29	81	8	716	28	30	17	23	1.97
91987--92666	29	22.8	32	80	8	239	28	29	17	23	1.97
92677--92796	49	2.6	46	80	7	125	23	27	18	30	1.97
96477--96565	16	5.6	16	70	4	54	32	10	5	51	1.59
97295--97340	23	2.0	23	91	0	74	45	10	10	32	1.74
97506--97540	18	1.9	18	88	0	52	40	0	2	57	1.14
97757--97813	19	3.1	19	82	7	64	45	3	0	50	1.18
100842--100877	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
113251--113298	25	1.9	25	87	8	71	64	0	0	35	0.94
123224--123301	24	3.0	26	81	9	88	21	8	21	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124122--124193	35	2.1	35	94	0	126	1	18	12	68	1.28
124931--125021	41	2.2	41	81	14	107	47	2	1	49	1.21
125267--125314	11	4.3	12	76	23	52	58	0	0	41	0.98
125273--125312	20	2.0	20	85	14	55	60	0	0	40	0.97
124884--125388	274	1.8	279	88	5	783	44	4	5	44	1.48
125788--125861	24	3.1	24	75	11	71	56	2	0	40	1.13
128224--128406	34	5.4	34	84	2	188	27	6	24	42	1.78
131080--131168	34	2.6	34	84	8	112	24	10	25	39	1.87
132351--132379	13	2.3	13	94	5	51	82	3	6	6	0.93
133076--133142	28	2.4	28	81	13	77	28	1	4	65	1.21
133102--133161	22	2.6	22	84	5	66	21	5	8	65	1.40
133248--133289	20	2.2	20	86	4	59	40	4	2	52	1.35
133347--133425	5	16.0	5	76	16	51	34	2	1	62	1.17
133340--133403	23	2.6	25	82	9	78	32	0	1	65	1.02
133786--133865	13	6.1	13	77	5	63	53	0	0	46	1.00
134104--134197	40	2.3	41	83	12	113	42	2	0	55	1.12
135272--135326	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
136336--136395	27	2.2	28	88	8	88	68	3	1	26	1.15
136440--136494	10	5.7	10	77	16	53	63	0	0	36	0.95
136434--136487	17	3.1	17	81	7	56	66	0	0	33	0.92
136466--136509	19	2.2	21	76	16	56	72	2	0	25	0.96
136378--136542	64	2.6	61	76	17	149	64	3	0	31	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136536--136603	19	3.7	18	84	7	84	26	0	5	67	1.13
136540--136609	9	7.7	9	81	9	70	28	0	5	65	1.15
138568--138596	14	2.1	14	93	6	51	44	17	0	37	1.49
143084--143115	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
144454--144518	28	2.4	26	78	12	78	44	3	1	50	1.26
145629--145665	19	1.9	19	88	0	56	35	0	8	56	1.29
147682--147733	20	2.7	20	81	3	70	28	5	3	61	1.37
147580--147889	165	1.9	165	81	11	377	31	7	7	53	1.57
147616--147976	164	2.2	164	79	4	397	33	8	6	51	1.58
148500--148532	12	3.0	11	87	12	50	69	9	0	21	1.15
150082--150504	148	2.9	147	81	3	485	23	15	19	42	1.89
152515--152602	39	2.3	39	90	3	126	17	13	12	56	1.67
152527--152602	39	2.0	38	94	2	134	18	13	13	55	1.69
153011--153037	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
155129--155182	19	3.1	19	70	25	64	40	11	0	48	1.39
155119--155182	33	1.9	33	100	0	128	37	12	0	50	1.41
155119--155170	14	3.4	14	72	23	50	38	13	0	48	1.43
156929--156977	20	2.5	19	84	12	64	42	16	12	28	1.84
163101--163134	3	11.3	3	87	0	50	29	32	0	38	1.58
167306--167426	52	2.3	52	94	2	208	30	17	19	33	1.94
167306--167446	52	2.7	50	87	8	185	31	17	19	31	1.94
167435--167459	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168243--168280	20	1.9	19	89	5	58	26	18	18	36	1.94
168816--169360	149	3.7	146	79	5	540	42	18	13	25	1.87
169641--169683	21	2.0	21	86	8	61	23	4	2	69	1.18
170427--170483	22	2.4	25	80	13	68	64	15	1	17	1.37
170846--170895	22	2.1	23	85	10	66	34	2	10	54	1.45
171386--171707	164	2.0	166	79	7	361	49	7	11	30	1.67
173442--173490	20	2.5	20	86	6	64	42	12	0	44	1.41
174704--174739	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
177851--177886	18	1.9	18	88	5	54	47	0	0	52	1.00
177885--177926	21	2.0	22	90	9	70	59	0	0	40	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52