genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8764944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   

This is table  11  of  52  ( 6211 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1785534--1785567	10	3.5	10	96	4	61	0	0	14	85	0.60
1800952--1801032	1	81.0	1	72	0	63	86	11	2	0	0.67
1800953--1801053	12	8.4	12	75	14	75	83	14	1	0	0.74
1800952--1801041	22	4.0	22	74	18	85	84	13	2	0	0.72
1800955--1801041	28	3.1	27	82	9	102	83	13	2	0	0.73
1800953--1801053	41	2.4	40	82	8	121	83	14	1	0	0.74
1801657--1801681	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1801757--1801905	52	2.9	50	83	6	190	35	17	14	32	1.90
1809150--1809175	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1809737--1809803	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1810261--1810286	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1810241--1810304	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
1812070--1812094	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1812678--1812725	23	2.0	24	84	11	64	62	18	4	14	1.47
1815295--1815361	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1815819--1815844	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1815799--1815862	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
1818137--1818181	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1819985--1820015	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1822028--1822107	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
1822093--1822131	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1822252--1822298	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1822254--1822296	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
1824673--1824698	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1825768--1825802	12	3.0	12	87	4	54	82	14	2	0	0.77
1825772--1825811	19	2.1	19	90	9	64	85	12	2	0	0.71
1825768--1825813	24	1.9	24	86	8	67	82	13	4	0	0.81
1826748--1826958	31	6.8	30	80	7	226	24	30	15	29	1.96
1826756--1826934	32	5.7	32	79	8	190	24	29	17	29	1.97
1826747--1826970	93	2.4	94	82	7	303	24	30	15	29	1.96
1826751--1826958	63	3.3	62	81	7	244	24	30	15	29	1.96
1826977--1827423	34	13.8	33	75	16	368	21	34	12	32	1.90
1827006--1827390	61	6.1	60	82	11	402	21	34	12	31	1.90
1827103--1827158	27	2.1	26	83	3	67	23	32	12	32	1.92
1826976--1827443	104	4.8	101	77	16	425	21	35	12	31	1.90
1827432--1827569	33	4.3	32	86	8	192	29	36	18	15	1.92
1827432--1827562	66	2.0	66	91	5	212	29	35	18	16	1.93
1827562--1828557	49	20.7	49	85	4	1300	25	27	17	30	1.97
1827562--1828557	97	10.4	98	89	1	1300	25	27	17	30	1.97
1827562--1828557	195	5.2	193	90	2	1392	25	27	17	30	1.97
1828096--1828557	92	4.9	92	89	2	640	25	25	17	31	1.97
1828467--1828603	52	2.6	52	82	2	166	26	24	15	34	1.95
1829281--1829305	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1829401--1829529	52	2.5	52	90	0	204	34	17	17	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1833457--1833543	30	3.0	28	74	12	95	33	31	16	19	1.94
1833528--1833612	32	2.7	32	86	0	116	18	32	14	34	1.91
1833646--1833742	35	2.9	35	87	4	137	18	29	12	39	1.87
1833679--1833759	34	2.3	35	87	2	110	18	30	13	37	1.90
1833733--1833812	30	2.7	28	80	7	79	32	30	18	18	1.95
1833808--1834105	49	6.1	49	80	7	331	23	25	17	33	1.96
1833808--1834388	101	6.1	97	78	11	529	25	25	16	32	1.96
1833988--1834237	129	1.9	130	83	7	326	24	26	18	30	1.98
1834118--1834387	49	5.4	49	82	7	276	26	25	16	31	1.97
1837483--1837508	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1837463--1837526	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
1838137--1838222	38	2.3	37	82	15	97	31	23	5	39	1.78
1839547--1839571	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1841645--1841686	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
1843305--1843330	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1843285--1843348	33	2.0	33	87	9	96	28	14	14	43	1.83
1850898--1851026	52	2.5	52	96	0	231	27	18	18	34	1.95
1850898--1851046	52	2.9	51	85	9	203	30	18	18	33	1.94
1851035--1851059	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1851100--1851197	19	5.8	18	71	28	90	36	16	13	33	1.87
1851119--1851175	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
1851098--1851195	32	3.0	32	95	1	169	35	16	13	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1852001--1852565	43	12.1	50	74	14	465	30	17	26	25	1.97
1852062--1852570	43	11.1	44	78	12	497	30	17	26	25	1.97
1852010--1852570	92	6.0	92	91	1	843	30	17	26	24	1.97
1852339--1852406	21	3.2	21	63	19	50	29	17	26	26	1.98
1852606--1853193	34	17.8	34	77	12	405	35	12	31	20	1.90
1852605--1853194	65	8.9	65	77	12	406	35	12	31	20	1.90
1852611--1852796	60	3.0	61	85	7	236	31	13	34	20	1.92
1852640--1853193	99	5.6	99	78	9	499	34	12	31	20	1.90
1852733--1853126	207	1.9	208	88	3	596	36	11	31	20	1.88
1853105--1853225	31	3.9	31	86	4	154	29	15	30	23	1.96
1853105--1853225	63	1.9	62	85	5	163	29	15	30	23	1.96
1854533--1854585	11	5.0	11	79	11	58	1	0	13	84	0.69
1854533--1854585	21	2.5	21	90	6	81	1	0	13	84	0.69
1854540--1854584	10	4.7	9	84	10	54	0	0	13	86	0.57
1861448--1861500	20	2.7	20	93	0	97	30	13	16	39	1.87
1861573--1861656	19	4.7	19	76	18	90	36	17	11	33	1.87
1863761--1864038	130	2.1	130	83	4	328	33	11	26	28	1.92
1863788--1863908	51	2.3	52	83	4	147	31	14	27	27	1.94
1863920--1864246	51	6.3	51	74	8	257	32	11	26	29	1.92
1863715--1864038	131	2.5	131	79	5	361	33	11	25	29	1.91
1863788--1864114	181	1.8	182	92	0	557	33	11	26	28	1.92
1864072--1864144	27	2.6	29	82	10	98	24	20	32	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1863972--1864272	157	1.9	157	90	0	476	31	12	27	27	1.93
1864182--1864403	78	2.8	78	85	4	311	32	14	24	27	1.94
1866605--1866672	33	2.1	33	88	0	100	44	11	16	27	1.82
1868446--1868480	4	8.8	4	93	0	61	22	2	0	74	0.95
1874125--1874172	15	3.1	16	79	11	55	50	4	16	29	1.64
1878892--1878927	13	2.8	13	86	0	54	36	19	11	33	1.87
1879026--1879064	21	1.9	20	89	5	60	30	15	0	53	1.42
1879022--1879072	21	2.4	21	77	6	59	35	17	0	47	1.48
1882000--1882024	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1889206--1889247	20	2.1	20	86	0	57	80	11	7	0	0.88
1890267--1890454	31	5.9	31	82	6	225	21	29	15	33	1.94
1890429--1890554	35	3.7	34	80	5	103	19	28	13	38	1.90
1890448--1890548	35	2.9	35	85	1	114	19	25	12	41	1.87
1890522--1890574	27	2.0	27	88	0	79	24	32	13	30	1.93
1890711--1890821	21	5.2	21	63	26	63	26	28	17	27	1.97
1890645--1890950	86	3.4	88	89	5	454	26	25	18	29	1.98
1890645--1890950	135	2.3	132	86	6	420	26	25	18	29	1.98
1890879--1890947	22	3.2	22	65	19	63	26	24	20	28	1.99
1890645--1890950	43	6.9	43	87	6	405	26	25	18	29	1.98
1890915--1891078	61	2.9	55	77	14	160	23	23	18	34	1.97
1891039--1891212	53	3.2	52	77	8	145	24	25	16	33	1.96
1891856--1891880	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1891952--1891978	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1891931--1891997	34	2.0	33	88	2	98	32	16	11	38	1.85
1894078--1894150	27	2.7	27	95	0	128	23	36	17	21	1.94
1904982--1905038	20	2.8	21	89	5	82	40	14	14	31	1.85
1908892--1908917	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1909479--1909545	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1910003--1910028	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1909983--1910046	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
1911813--1911837	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1912422--1912468	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52