genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8764944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   

This is table  2  of  52  ( 6211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178216--178259	12	3.8	12	79	11	56	38	0	0	61	0.96
182894--183158	29	9.3	29	78	2	243	38	4	20	35	1.73
183078--183171	27	3.4	27	86	5	116	38	6	20	35	1.78
183361--183753	156	2.5	155	79	6	406	25	15	17	41	1.88
185537--185704	80	2.1	78	80	3	185	33	8	26	32	1.86
190446--190584	69	2.0	69	97	0	260	33	21	7	37	1.81
191054--191082	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
192057--192133	20	3.8	20	89	3	118	38	16	12	31	1.87
192057--192133	41	1.9	40	89	2	118	38	16	12	31	1.87
192169--192236	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
192171--192233	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
192190--192214	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
192276--192301	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
192256--192322	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
194821--194993	52	3.4	51	80	5	204	30	25	12	32	1.92
194646--194990	51	6.6	52	72	11	211	31	26	11	31	1.91
194973--195054	28	2.9	28	83	7	96	24	32	17	25	1.96
194657--195046	211	1.8	211	86	3	570	30	26	12	31	1.93
196023--196056	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
198475--198627	81	1.9	81	86	2	218	31	8	25	34	1.86
202167--202228	32	1.9	33	86	3	90	32	16	12	38	1.86
204498--204909	79	5.2	79	91	1	621	33	14	24	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204501--204908	157	2.6	157	91	1	638	33	14	24	27	1.94
206182--206289	14	7.7	14	69	24	68	20	34	7	37	1.81
206153--206275	35	3.6	34	95	3	219	19	33	7	39	1.79
206217--206324	49	2.2	49	98	0	207	20	34	6	38	1.78
206182--206337	84	1.9	83	94	1	276	19	30	6	42	1.76
206266--206337	35	2.1	34	92	2	117	19	27	5	47	1.72
206345--206372	6	4.7	6	100	0	56	28	0	0	71	0.86
206803--206906	40	2.5	41	80	9	113	43	11	28	16	1.83
206799--207014	119	1.8	117	80	11	262	40	14	24	20	1.90
206956--207096	40	3.3	40	81	11	147	38	12	26	21	1.90
207085--207328	61	4.2	59	81	8	247	26	20	26	26	1.99
207085--207303	122	1.8	115	83	6	285	27	20	26	25	1.99
207133--207333	54	3.6	55	83	6	235	27	19	26	25	1.99
207254--207428	94	1.9	94	86	4	255	22	19	30	26	1.98
207349--207537	55	3.3	55	83	10	238	23	20	28	28	1.99
207138--208946	209	8.7	209	80	11	1690	25	18	28	26	1.98
207466--207637	94	1.8	94	92	5	294	22	19	31	26	1.98
207558--207744	55	3.3	54	82	12	241	24	20	27	27	1.99
207613--208044	155	2.8	148	84	7	551	25	19	28	26	1.99
207660--207838	94	1.9	93	87	3	261	27	17	27	26	1.98
207767--207877	55	2.0	55	89	3	170	24	18	27	28	1.98
207923--208169	54	4.4	54	79	8	271	26	21	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207920--208169	115	2.2	108	82	6	311	26	21	25	27	1.99
208089--208264	94	1.9	94	88	7	268	27	19	27	26	1.99
208186--208316	55	2.4	54	88	3	190	22	20	26	29	1.99
208334--208499	55	3.0	55	96	1	298	24	18	28	28	1.98
208383--208468	26	3.2	26	63	15	66	25	16	30	27	1.97
208544--208786	54	4.3	55	79	8	258	23	18	27	30	1.98
207349--210734	622	5.3	624	76	15	2452	25	18	28	26	1.98
208545--208764	55	3.9	57	83	8	238	24	19	26	30	1.98
208808--208914	55	1.9	54	90	7	171	26	20	25	28	1.99
208713--208886	94	1.9	94	85	4	244	25	18	28	26	1.98
208862--209113	100	2.5	100	94	2	427	26	17	30	25	1.97
208444--209482	518	2.0	522	84	8	1350	25	18	28	27	1.98
209060--209517	55	8.0	55	80	10	508	24	20	26	27	1.99
209060--209543	116	4.2	116	85	5	624	23	20	27	27	1.99
209060--210702	171	9.7	170	69	18	673	24	19	28	27	1.99
209588--209780	54	3.4	54	79	8	190	23	18	26	31	1.97
209353--210592	209	5.8	208	70	18	646	25	18	29	27	1.98
209562--209801	115	2.1	109	84	6	302	22	18	27	30	1.98
209828--209934	55	1.9	54	90	7	171	26	20	25	28	1.99
209674--210066	155	2.5	150	85	9	488	27	18	28	25	1.98
209882--210133	100	2.5	100	94	2	427	26	17	30	25	1.97
209462--210476	518	1.9	522	84	9	1102	25	18	29	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210080--210731	55	11.4	55	83	9	785	24	20	27	27	1.99
210080--210731	116	5.7	116	85	8	848	24	20	27	27	1.99
210080--210731	171	3.8	170	88	4	944	24	20	27	27	1.99
213126--213151	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
215166--215217	20	2.4	21	81	12	61	3	25	50	21	1.65
215654--215692	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
220715--220790	20	3.8	20	75	0	71	34	10	13	42	1.78
220715--220793	40	2.0	39	82	2	95	34	10	13	41	1.79
225143--225168	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
225123--225186	33	2.0	32	90	3	101	29	14	17	39	1.88
230034--230154	51	2.3	52	81	4	138	33	14	23	28	1.94
230087--230499	79	5.2	78	88	3	630	32	15	24	27	1.95
230088--230499	159	2.6	157	89	4	650	32	15	24	27	1.95
231726--231841	35	3.7	28	84	14	106	18	30	6	45	1.73
231743--232053	35	8.9	35	95	0	554	20	30	5	43	1.75
234380--234414	16	2.2	16	94	0	61	54	8	17	20	1.68
236442--236494	22	2.4	22	96	0	97	24	9	13	52	1.69
239402--239426	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
240264--240316	22	2.4	22	83	0	70	52	3	5	37	1.43
240412--240467	22	2.5	22	82	5	69	57	0	8	33	1.30
242857--242897	17	2.3	18	80	16	50	29	4	4	60	1.38
243520--243562	2	21.5	2	85	0	59	46	2	4	46	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248064--248106	16	2.7	15	82	10	50	51	6	6	34	1.56
248403--248452	16	3.2	16	77	8	59	52	2	0	46	1.12
249298--249331	17	2.0	17	88	0	50	32	2	14	50	1.58
250779--250830	26	2.1	25	89	7	79	50	19	21	9	1.76
254268--254488	109	2.0	109	88	0	325	19	16	16	47	1.83
261147--261186	2	20.0	2	89	0	62	0	47	5	47	1.24
261417--261823	203	2.0	203	97	0	769	27	17	21	33	1.96
262754--262811	21	2.8	21	89	0	71	56	1	5	36	1.32
262987--263029	23	1.9	23	85	4	61	55	0	16	27	1.41
264159--264198	2	20.0	2	89	0	62	45	0	5	50	1.23
264303--264335	12	2.5	13	90	9	50	24	0	3	72	0.98
264777--264802	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
268223--268253	14	2.2	14	100	0	62	41	12	12	32	1.81
269541--269603	30	2.1	30	90	0	99	20	12	11	55	1.67
269826--269858	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
281877--281913	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
282286--282325	18	2.2	18	90	0	62	40	5	5	50	1.46
282317--282352	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
291172--291210	14	2.7	15	88	11	64	30	0	0	69	0.89
291172--291215	14	3.1	14	86	0	61	34	0	0	65	0.93
293532--293571	16	2.4	16	83	4	53	42	0	0	57	0.98
293876--293905	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295879--295913	6	6.0	6	90	3	54	82	0	17	0	0.66
296546--296577	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
300666--300707	17	2.4	18	84	11	61	50	2	0	47	1.14
301360--301401	13	2.9	15	75	17	52	54	0	2	42	1.13
301349--301389	19	2.2	19	86	8	57	56	0	0	43	0.99
301930--301983	5	10.8	5	95	0	81	59	5	0	35	1.21
304791--304856	26	2.5	26	75	7	62	65	7	0	27	1.20
304841--304927	17	5.4	16	70	18	65	67	3	1	27	1.13
304833--304899	24	2.8	25	80	10	70	67	2	0	29	1.06
304876--304939	27	2.3	27	84	13	76	67	3	3	26	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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