genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8764944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2780733--2780757	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2780713--2780777	33	2.0	32	88	11	96	33	15	18	32	1.92
2788049--2788074	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2788029--2788092	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
2794182--2794232	20	2.5	20	83	0	57	37	13	13	35	1.85
2794308--2794357	20	2.5	20	87	3	66	40	18	12	30	1.86
2798079--2798232	19	9.4	18	64	30	69	36	20	12	30	1.90
2798061--2798247	32	5.8	32	93	0	320	36	18	13	31	1.90
2798189--2798245	13	3.9	13	72	24	51	33	19	14	33	1.91
2798772--2799005	97	2.4	97	89	1	337	29	11	28	30	1.92
2799716--2799790	20	3.8	20	83	0	105	32	13	13	41	1.83
2799670--2799840	91	1.9	90	86	3	245	30	14	11	43	1.80
2813317--2813341	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2813382--2813448	33	2.0	33	85	0	89	38	11	13	35	1.82
2815438--2815468	16	2.0	15	93	6	53	19	22	12	45	1.84
2816009--2816075	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2819790--2820261	28	16.2	29	77	11	368	28	28	18	24	1.98
2820074--2820247	32	5.6	32	74	13	148	30	28	16	24	1.96
2820050--2820224	91	1.9	92	90	5	284	30	29	18	22	1.97
2821163--2821288	20	5.8	20	69	17	90	30	13	12	42	1.82
2822200--2822239	19	2.1	19	85	4	53	20	20	10	50	1.76
2823205--2823665	228	2.0	228	100	0	922	26	20	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2833924--2833962	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2834083--2834128	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2836520--2836545	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2836501--2836565	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
2845180--2845246	33	2.0	33	82	5	82	31	16	14	37	1.89
2845380--2845409	15	1.9	16	93	6	53	30	20	13	36	1.90
2846765--2846823	31	1.9	31	83	10	77	30	25	13	30	1.94
2847254--2847305	20	2.6	20	87	0	77	32	19	13	34	1.90
2851402--2852309	43	20.2	44	77	10	551	32	17	24	25	1.97
2851309--2851497	103	1.9	101	81	6	229	35	15	22	25	1.94
2851408--2852304	269	3.3	270	89	1	1327	32	17	24	25	1.97
2851458--2852247	312	2.5	304	80	8	820	31	17	24	25	1.97
2852302--2852381	32	2.5	31	84	7	99	22	18	28	30	1.98
2852305--2852403	31	3.2	30	82	7	101	20	19	31	29	1.97
2852389--2853048	61	10.8	62	74	10	430	36	10	29	23	1.89
2852552--2852658	34	3.2	32	77	9	106	36	8	34	20	1.83
2852576--2852686	34	3.3	34	80	2	125	38	8	30	22	1.83
2852717--2852777	27	2.3	27	85	5	79	32	9	32	24	1.88
2852734--2852901	54	2.9	55	71	13	149	36	9	29	25	1.87
2852981--2853752	27	24.8	33	72	17	332	35	11	30	22	1.90
2852859--2853201	155	2.2	156	85	4	442	35	11	29	23	1.90
2852949--2853725	94	8.4	92	69	20	371	36	11	29	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2853015--2853263	62	4.1	60	79	7	261	34	12	30	22	1.91
2853334--2853419	34	2.6	33	87	3	118	39	11	29	19	1.87
2853541--2853696	61	2.5	61	84	5	190	35	11	32	21	1.89
2853292--2853763	155	3.0	151	75	12	452	37	11	29	21	1.89
2853577--2853752	30	5.6	32	74	12	105	35	13	28	22	1.91
2855013--2855051	20	2.0	20	85	10	53	2	5	12	79	1.00
2862657--2862700	22	2.1	21	91	8	72	38	9	6	45	1.63
2867211--2867235	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2868786--2868852	36	1.9	35	85	11	93	31	25	11	31	1.92
2869470--2869526	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2869582--2869649	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2869603--2869627	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2869584--2869646	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2869689--2869714	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2869669--2869735	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2872180--2872252	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
2872235--2872406	51	3.3	51	78	5	191	29	26	11	32	1.91
2872389--2872470	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
2873504--2873529	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2873484--2873547	32	2.0	33	84	3	85	29	14	15	40	1.86
2875550--2875574	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2877167--2878487	414	3.2	414	99	0	2597	33	17	14	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2881517--2881720	74	2.7	74	80	8	243	34	14	15	35	1.88
2881514--2881714	73	2.7	74	81	8	246	34	13	15	35	1.87
2882138--2882343	58	3.6	56	75	8	139	46	10	11	32	1.73
2882416--2882500	20	4.4	19	69	19	59	61	9	5	23	1.49
2886358--2886417	28	2.1	28	100	0	120	35	6	28	30	1.83
2887387--2887416	16	1.9	16	93	6	53	0	6	6	86	0.70
2887387--2887428	17	2.3	18	84	8	50	2	7	7	83	0.89
2894899--2894967	37	1.9	35	88	5	102	31	13	17	37	1.88
2894899--2894966	18	3.7	18	84	7	84	30	13	17	38	1.88
2899400--2899466	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2899907--2899936	10	3.0	10	95	0	51	40	3	30	26	1.72
2900123--2900163	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
2903014--2903063	21	2.3	22	83	10	68	48	14	8	30	1.72
2903118--2903157	21	2.0	21	85	14	57	22	15	12	50	1.77
2907564--2907601	20	1.9	20	100	0	76	21	13	15	50	1.78
2907585--2907612	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
2910025--2910141	51	2.3	51	86	0	153	29	26	11	32	1.91
2910156--2910265	51	2.2	51	86	0	148	30	27	9	32	1.88
2910284--2910401	51	2.3	52	82	5	152	32	22	10	34	1.88
2909964--2910431	260	1.8	260	85	3	665	29	25	10	34	1.90
2909964--2910431	130	3.6	129	85	5	595	29	25	10	34	1.90
2910389--2910459	28	2.5	28	86	8	92	25	32	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2910463--2910558	50	1.9	50	87	4	140	28	23	12	35	1.91
2913120--2913160	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2913200--2913270	20	3.6	19	75	7	61	42	16	11	29	1.83
2913240--2913376	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
2913411--2913466	21	2.6	22	94	5	105	26	25	10	37	1.88
2913458--2913503	23	2.0	23	86	0	65	26	23	8	41	1.83
2913556--2913581	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
2918803--2919188	51	7.3	52	68	14	157	30	25	12	31	1.92
2918911--2918986	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
2918969--2919192	52	4.3	52	78	4	202	30	25	11	32	1.91
2919176--2919251	28	2.7	29	86	6	95	25	32	18	23	1.97
2919205--2919409	79	2.6	79	82	1	241	24	30	16	28	1.97
2931715--2931747	10	3.4	10	83	8	50	90	6	0	3	0.52
2931713--2931757	17	2.6	17	89	10	65	86	6	0	6	0.70
2931715--2931756	9	4.7	9	80	11	50	88	7	0	4	0.64
2931715--2931757	18	2.3	18	92	4	68	88	6	0	4	0.63
2932839--2933075	55	4.2	55	84	5	253	28	28	20	23	1.99
2932836--2933075	110	2.1	110	84	6	302	28	27	20	23	1.99
2932894--2933285	210	1.9	207	84	7	524	26	26	20	27	1.99
2933101--2933588	116	4.1	115	84	5	561	25	23	21	29	1.99
2932739--2933354	271	2.3	265	84	5	722	25	27	20	26	1.99
2933183--2933588	177	2.3	170	79	11	424	24	24	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2933122--2933603	61	8.1	60	79	9	495	24	24	20	30	1.98
2933594--2933714	45	2.8	42	76	13	120	19	25	10	43	1.83
2933763--2934023	41	6.5	40	70	16	148	19	25	11	43	1.84
2933813--2933918	40	2.5	43	80	8	112	20	21	16	41	1.90
2933848--2933936	43	2.1	42	83	6	108	17	19	13	49	1.79
2933687--2934024	159	2.1	159	91	0	532	19	24	12	43	1.85
2933766--2934050	83	3.5	82	71	11	255	20	25	11	42	1.86
2934624--2934677	20	2.7	20	94	0	90	25	14	14	44	1.84
2937161--2937258	51	1.9	51	83	4	126	31	21	10	36	1.87
2937273--2937388	50	2.3	50	83	1	151	30	23	11	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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