genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8764944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2357217--2357701	42	11.4	43	69	7	238	20	29	18	31	1.96
2358874--2358941	28	2.4	28	82	0	73	26	16	32	25	1.96
2358944--2359046	51	2.0	51	86	0	143	31	11	26	31	1.92
2358982--2359157	80	2.2	80	89	1	273	31	14	25	28	1.95
2358766--2359284	237	2.2	239	84	2	679	33	12	25	27	1.93
2359164--2359401	102	2.3	103	89	2	372	33	11	26	29	1.91
2359168--2359400	51	4.5	51	83	4	283	33	11	24	30	1.90
2361820--2361871	21	2.6	21	87	6	72	32	13	13	40	1.83
2362592--2362696	42	2.5	41	82	4	120	44	13	24	17	1.84
2362718--2362944	122	1.8	123	85	3	323	25	20	28	25	1.99
2362718--2362949	61	3.8	61	84	5	290	26	20	28	25	1.99
2362992--2363304	61	5.3	60	87	6	416	26	20	26	26	1.99
2362992--2363279	121	2.4	117	89	5	438	27	20	25	26	1.99
2362714--2363406	331	2.1	336	88	5	1010	27	20	27	24	1.99
2364390--2364445	1	56.0	1	80	0	58	0	1	8	89	0.56
2364379--2364436	26	2.1	28	87	6	84	0	5	10	84	0.77
2364393--2364443	18	2.9	17	86	13	68	0	1	9	88	0.60
2364386--2364445	26	2.3	26	88	8	88	0	1	10	88	0.59
2371674--2371802	52	2.5	52	94	0	231	30	17	16	35	1.92
2371811--2371835	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2371878--2371935	19	3.3	19	71	28	65	32	18	12	36	1.88
2371873--2371935	32	1.9	33	96	3	119	33	19	11	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2371897--2371921	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2375005--2375071	34	2.0	34	91	2	109	35	11	17	34	1.87
2375026--2375050	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2375091--2375157	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2375113--2375137	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2376193--2376572	52	7.7	50	78	10	360	32	16	25	24	1.96
2376353--2376584	43	5.1	44	80	11	279	30	18	27	24	1.97
2376300--2376584	92	3.1	92	94	3	482	31	17	27	24	1.97
2376577--2376664	33	2.8	30	83	8	113	19	17	31	31	1.94
2376579--2376645	33	2.0	33	94	0	116	20	17	32	28	1.96
2376660--2376741	35	2.3	35	76	2	83	35	9	28	26	1.88
2376714--2376921	57	3.6	58	80	7	222	25	15	29	28	1.96
2376713--2376917	30	7.0	29	82	6	207	25	16	29	28	1.96
2378373--2378471	1	99.0	1	79	0	108	1	3	6	89	0.60
2378370--2378468	22	4.6	21	83	14	121	1	3	7	88	0.64
2378370--2378471	18	5.9	17	82	8	125	0	2	6	89	0.63
2378373--2378471	41	2.4	41	88	5	137	1	3	6	89	0.60
2378373--2378471	30	3.3	29	90	5	153	1	3	6	89	0.60
2383123--2383245	49	2.5	49	93	0	210	33	15	27	23	1.95
2383144--2383589	171	2.6	171	92	1	732	35	14	26	23	1.93
2383323--2383416	49	1.9	49	87	8	138	35	15	24	24	1.95
2383538--2384284	92	8.1	92	88	4	1058	30	17	26	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2383484--2384283	43	17.0	49	80	11	725	31	17	26	25	1.97
2384006--2384193	104	1.8	104	95	0	340	31	17	25	25	1.97
2384289--2384509	32	6.8	31	82	7	253	20	18	31	29	1.96
2384289--2384515	65	3.5	64	94	2	373	21	18	31	29	1.97
2384553--2384964	31	12.8	31	72	14	212	30	14	32	21	1.94
2384524--2384803	64	4.3	62	77	11	247	31	13	34	20	1.92
2384519--2384904	31	11.8	34	76	14	282	32	14	32	20	1.93
2384536--2384838	100	3.1	100	88	3	438	31	13	33	20	1.92
2384519--2384814	131	2.2	128	82	9	355	32	13	33	19	1.91
2384779--2384965	30	6.0	29	75	12	140	31	15	29	23	1.95
2384800--2384965	64	2.7	61	86	5	233	30	15	29	24	1.96
2384587--2384970	100	3.9	96	84	3	283	31	14	32	21	1.93
2385913--2385945	17	1.9	17	93	0	57	0	3	6	90	0.52
2393160--2393288	52	2.5	52	100	0	258	27	17	18	35	1.94
2393297--2393321	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2401766--2402130	182	2.0	182	98	0	712	36	13	24	25	1.92
2404126--2404166	21	2.0	21	90	4	66	39	12	9	39	1.76
2404707--2405067	170	2.1	170	84	3	458	19	29	18	32	1.96
2404689--2405067	85	4.5	85	80	2	404	19	29	18	32	1.96
2404943--2405201	127	2.0	127	82	1	313	19	31	17	31	1.95
2405066--2405603	85	6.4	84	75	6	210	18	26	19	35	1.95
2404869--2405266	212	1.9	211	82	2	503	19	30	17	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2404760--2405937	42	27.9	42	69	6	410	18	27	18	34	1.95
2404938--2405769	338	2.5	337	80	4	863	18	27	18	34	1.95
2405461--2405954	85	5.9	84	76	4	307	18	26	18	36	1.94
2405578--2405854	127	2.2	127	81	3	317	18	26	19	35	1.95
2405649--2405954	170	1.8	168	80	4	373	18	27	17	35	1.94
2405319--2405937	253	2.4	253	79	5	649	18	27	19	35	1.95
2405972--2406262	84	3.5	83	89	2	397	19	33	14	32	1.92
2406034--2406255	41	5.4	41	69	17	145	18	33	15	31	1.92
2406420--2406717	84	3.6	82	69	9	226	17	27	13	42	1.86
2406374--2406809	167	2.6	168	84	3	576	16	27	12	43	1.85
2406602--2407063	252	1.8	253	87	2	696	17	24	12	44	1.85
2406374--2406886	167	3.1	166	79	5	548	17	25	12	44	1.84
2406757--2406924	85	2.0	85	81	4	196	19	20	12	47	1.81
2406932--2407189	84	3.1	83	73	4	257	16	27	13	42	1.86
2406833--2407276	168	2.6	167	82	4	518	17	25	13	43	1.86
2406606--2407131	252	2.1	252	81	3	621	17	25	13	43	1.86
2406438--2407259	420	2.0	419	86	2	1148	17	26	13	42	1.86
2408362--2408470	51	2.1	51	91	3	175	33	10	23	33	1.88
2408446--2408788	79	4.3	79	80	2	366	32	13	25	28	1.94
2408493--2408790	158	1.9	158	85	0	416	31	13	26	28	1.94
2411163--2411235	30	2.4	30	100	0	146	34	17	19	28	1.95
2412796--2413234	168	2.6	166	84	5	553	27	12	7	51	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2414311--2414384	21	3.6	21	79	3	96	41	12	17	28	1.85
2414291--2414383	41	2.3	41	88	3	134	43	13	16	26	1.85
2414423--2414448	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2418510--2418540	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2420554--2420632	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
2420619--2420657	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2422464--2422509	16	2.8	16	93	6	74	28	2	39	30	1.69
2422549--2422662	50	2.3	50	95	3	203	49	1	15	33	1.55
2423164--2423237	21	3.6	21	79	3	96	41	12	17	28	1.85
2423144--2423236	41	2.3	41	88	3	134	43	13	16	26	1.85
2423276--2423301	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2425455--2426261	156	5.2	153	76	7	603	22	17	21	37	1.94
2425673--2426268	154	3.8	153	77	5	482	22	16	21	38	1.93
2425665--2426268	311	1.9	312	81	4	736	22	17	21	38	1.93
2427695--2427878	75	2.4	74	92	1	296	28	14	27	29	1.95
2429000--2429146	61	2.4	61	90	0	231	34	23	18	23	1.96
2434033--2434109	20	3.8	20	83	6	102	40	14	15	29	1.87
2434990--2435550	28	19.5	28	83	4	611	23	18	29	29	1.97
2434990--2435550	57	9.7	58	85	5	624	23	18	29	29	1.97
2435050--2435556	141	3.6	140	88	2	726	23	17	29	28	1.97
2450226--2450293	9	6.9	10	77	14	61	35	1	0	63	1.04
2450248--2450289	22	1.9	22	85	0	57	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451489--2451632	51	2.9	50	78	11	159	34	9	23	31	1.87
2451569--2451768	107	1.9	107	86	2	285	30	17	25	27	1.97
2451669--2451819	79	1.9	79	82	5	189	31	15	25	27	1.95
2451753--2451972	51	4.3	50	75	4	215	32	12	25	29	1.92
2451785--2451973	102	1.9	102	91	0	315	32	12	25	29	1.92
2454271--2454377	53	2.0	53	84	10	139	42	14	15	28	1.86
2454291--2454360	33	2.1	33	97	0	131	40	12	18	28	1.88
2454271--2454377	20	5.7	19	75	20	93	42	14	15	28	1.86
2454310--2454340	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
2454393--2454422	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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