genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8764944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   

This is table  13  of  52  ( 6211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2065939--2066117	51	3.6	50	80	4	209	34	10	25	29	1.89
2068407--2068465	20	2.9	21	90	7	95	42	10	16	30	1.82
2068427--2068506	13	7.1	13	68	30	67	42	13	16	27	1.86
2068427--2068526	33	3.0	33	89	2	148	41	14	16	29	1.87
2068407--2068496	20	4.9	19	78	20	93	41	12	17	28	1.86
2068565--2068589	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2068660--2068717	21	2.8	21	84	5	73	31	13	13	41	1.84
2070050--2070125	32	2.4	32	90	0	116	32	11	15	39	1.84
2070069--2070095	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2070199--2070327	52	2.5	52	94	0	231	34	17	18	29	1.94
2073643--2073771	52	2.5	52	93	0	231	28	18	17	35	1.93
2074735--2074914	49	3.8	49	75	11	142	29	20	26	24	1.99
2074877--2074952	38	2.0	38	92	0	125	25	21	27	26	1.99
2074988--2075065	35	2.3	35	93	4	133	47	7	26	17	1.75
2074976--2075836	34	25.4	34	85	5	996	34	11	34	20	1.88
2074976--2075832	133	6.3	136	86	5	1035	34	11	34	20	1.88
2074976--2075832	66	12.6	68	85	5	974	34	11	34	20	1.88
2075807--2075960	31	5.1	30	80	9	161	31	17	28	22	1.96
2075825--2075955	61	2.1	61	86	5	176	29	18	29	23	1.98
2075435--2075955	34	15.9	31	79	11	167	32	13	33	20	1.92
2077252--2077291	13	3.2	13	85	7	55	0	2	15	82	0.77
2083376--2083425	18	2.7	19	77	17	61	44	0	24	32	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2083981--2084043	32	1.9	33	87	9	94	31	19	12	36	1.89
2084534--2084578	23	2.0	23	86	8	65	31	6	22	40	1.80
2087065--2087102	20	1.9	20	84	10	51	10	13	0	76	1.02
2100072--2100125	4	13.5	4	80	0	54	46	20	7	25	1.77
2100794--2100833	2	20.5	2	94	5	73	52	0	47	0	1.00
2101065--2101089	6	4.2	6	100	0	50	32	0	52	16	1.44
2101178--2101207	16	1.9	15	93	6	51	20	0	0	80	0.72
2101226--2101308	16	5.2	17	79	16	72	40	0	4	54	1.22
2101226--2101298	16	4.6	16	80	13	80	38	0	5	56	1.23
2101226--2101298	31	2.3	31	81	11	78	38	0	5	56	1.23
2101256--2101304	15	3.2	15	80	5	53	42	0	2	55	1.11
2101279--2101325	22	2.1	22	92	0	76	46	2	0	51	1.13
2101303--2101334	14	2.2	15	94	5	57	43	3	0	53	1.16
2101301--2101336	15	2.4	16	86	13	58	44	2	0	52	1.15
2101257--2101379	52	2.4	50	82	6	129	46	0	0	52	1.12
2101313--2101383	36	1.9	37	83	8	92	46	0	0	53	1.00
2104947--2104985	12	3.2	12	81	3	51	35	7	33	23	1.83
2105366--2105482	20	5.7	20	79	6	135	39	15	13	31	1.86
2106604--2106682	29	2.7	29	75	21	76	46	12	13	26	1.79
2108874--2108910	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2109842--2109887	20	2.2	20	84	7	56	39	13	4	43	1.63
2110178--2110273	34	3.0	32	86	6	133	29	25	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2110692--2110799	52	2.1	52	83	0	135	30	15	18	35	1.92
2111332--2111365	13	2.4	15	85	14	54	17	5	0	76	0.98
2116466--2116640	49	3.6	49	77	3	172	46	15	10	28	1.78
2116662--2116804	59	2.4	59	79	8	148	44	13	13	29	1.81
2119671--2119714	16	2.8	16	75	0	52	4	9	4	81	0.96
2120244--2120305	23	2.8	22	78	4	72	29	11	19	40	1.86
2121466--2121532	22	3.1	22	75	16	86	35	14	19	29	1.92
2121446--2121532	42	2.1	42	95	0	156	35	13	17	33	1.89
2121444--2121519	20	3.7	20	76	13	82	35	15	14	34	1.88
2121520--2121580	10	6.1	10	94	0	104	40	6	29	22	1.79
2121609--2121633	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2122787--2122833	20	2.3	20	85	10	60	53	17	12	17	1.73
2125066--2125120	21	2.6	21	85	0	65	18	21	0	60	1.37
2125081--2125124	21	2.1	21	91	0	70	20	18	0	61	1.35
2126091--2126227	53	2.6	53	95	1	238	37	18	17	26	1.93
2126251--2126281	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
2126259--2126364	34	3.2	32	76	17	115	30	24	8	36	1.85
2130062--2130086	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2131789--2131845	21	2.8	20	81	5	69	40	15	14	29	1.87
2131833--2131969	53	2.6	53	95	1	238	37	18	17	26	1.93
2131993--2132023	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
2132001--2132106	34	3.2	32	75	17	106	30	25	7	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2137550--2137601	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
2139317--2139434	49	2.3	51	85	4	159	28	13	14	43	1.83
2139317--2139453	52	2.7	51	83	5	163	28	13	14	43	1.84
2141833--2141909	20	3.8	20	81	6	82	35	12	6	45	1.69
2144800--2144845	20	2.2	20	84	3	56	32	17	23	26	1.97
2144809--2144847	20	2.0	20	94	0	69	25	17	25	30	1.97
2145369--2145827	79	5.8	78	78	7	401	28	27	12	32	1.93
2145367--2145807	158	2.8	158	80	5	491	28	26	12	31	1.92
2147069--2147098	14	2.1	14	100	0	60	50	6	0	43	1.28
2147115--2147157	15	2.9	15	80	10	52	39	0	0	60	0.97
2147115--2147160	14	3.1	14	79	11	56	36	0	0	63	0.95
2148266--2148309	15	2.9	15	82	3	52	36	0	2	61	1.09
2148500--2148578	35	2.3	35	90	0	122	20	17	15	46	1.83
2150299--2150364	20	3.3	20	87	4	80	42	13	13	30	1.83
2153291--2153363	20	3.6	20	79	17	96	34	13	19	32	1.91
2153309--2153384	21	3.7	21	76	16	86	40	11	17	30	1.85
2153291--2153384	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
2153423--2153448	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2155665--2155709	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2159603--2159641	13	3.0	13	96	0	69	35	17	15	30	1.91
2162082--2162154	20	3.6	20	79	17	96	34	13	19	32	1.91
2162100--2162175	21	3.7	21	76	16	86	40	11	17	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2162082--2162175	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
2162214--2162239	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2165951--2165990	13	3.1	13	77	0	53	37	15	12	35	1.85
2166010--2166036	14	1.9	14	100	0	54	51	3	14	29	1.60
2166118--2166167	19	2.6	19	83	3	64	42	16	14	28	1.86
2168133--2168187	23	2.4	23	90	0	83	52	10	14	21	1.72
2169200--2169224	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2177518--2177557	20	2.0	20	100	0	80	40	15	20	25	1.90
2183673--2183801	62	2.1	62	89	5	199	31	4	2	61	1.29
2183673--2183754	30	2.6	34	77	16	95	30	4	1	63	1.23
2188563--2188604	12	3.7	12	87	9	61	0	0	19	80	0.70
2188562--2188594	14	2.5	13	95	5	57	0	0	15	84	0.61
2188563--2188603	11	3.6	11	90	9	57	0	0	17	82	0.66
2189135--2189160	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2189114--2189180	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2189200--2189267	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2189222--2189246	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2189203--2189265	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2189322--2189379	21	2.8	21	97	0	107	37	18	10	32	1.85
2189740--2189784	20	2.1	22	88	8	67	48	4	8	37	1.55
2189880--2189943	32	2.0	33	87	3	94	31	14	15	39	1.87
2198214--2198258	20	2.1	22	88	8	67	48	6	8	35	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2198454--2198480	13	2.1	13	100	0	54	29	14	18	37	1.91
2202316--2203054	58	12.9	58	72	10	391	24	9	16	49	1.76
2202383--2202735	174	2.0	174	85	1	474	24	10	15	49	1.77
2202703--2202745	20	2.2	20	83	8	52	18	9	9	62	1.51
2202895--2202983	29	3.1	29	64	13	67	22	11	17	48	1.79
2204787--2204913	59	2.2	58	91	4	202	59	9	14	17	1.61
2204801--2204904	30	3.5	31	73	13	110	59	5	14	20	1.55
2205016--2205086	27	2.7	26	77	16	76	71	5	19	2	1.18
2206759--2206798	20	2.0	20	85	0	53	52	7	15	25	1.68
2207686--2207797	51	2.2	50	82	1	134	44	8	16	30	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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