genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8764944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   

This is table  17  of  52  ( 6211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2642760--2642797	3	12.7	3	88	0	58	65	5	0	28	1.14
2646752--2646777	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2647801--2647834	17	2.0	17	88	11	52	29	2	8	58	1.43
2650615--2650660	19	2.4	19	85	3	56	41	2	4	52	1.33
2652582--2652645	33	1.9	32	84	12	85	31	20	14	34	1.92
2652697--2652761	32	2.0	33	84	3	87	43	12	13	30	1.81
2653640--2653706	33	2.0	33	86	11	93	28	19	29	22	1.98
2654270--2654361	20	4.6	20	86	5	141	31	16	13	39	1.86
2655372--2655878	122	3.9	127	78	10	421	33	13	25	27	1.93
2655532--2655651	51	2.4	51	82	2	170	30	13	27	29	1.94
2655594--2655758	79	2.1	79	89	0	249	29	16	26	27	1.97
2655713--2655814	28	3.6	28	94	0	168	22	21	34	21	1.97
2655799--2655929	51	2.6	50	83	4	156	32	13	25	27	1.94
2658701--2658846	42	3.4	42	79	10	127	39	13	25	21	1.89
2658718--2658896	42	4.1	42	78	9	166	39	12	29	18	1.88
2658879--2660135	61	20.8	61	84	5	1461	26	19	27	25	1.99
2659237--2659325	26	3.3	26	66	14	72	24	16	29	29	1.97
2659264--2659352	29	3.2	29	64	20	80	23	17	30	28	1.97
2666436--2666509	28	2.6	28	97	0	139	22	22	32	21	1.98
2666546--2666645	28	3.7	27	81	11	116	27	17	30	26	1.97
2666438--2666686	134	1.9	134	88	3	376	30	14	28	27	1.95
2670708--2670733	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2674095--2674164	16	4.3	16	73	8	61	65	1	20	12	1.33
2674686--2674901	112	1.9	112	83	1	281	34	13	14	37	1.86
2675402--2675713	44	7.1	43	66	17	115	23	18	14	42	1.88
2675404--2675713	88	3.5	87	80	6	340	23	18	14	42	1.87
2676520--2676575	19	2.8	20	89	5	87	32	16	16	35	1.90
2676599--2676636	20	1.9	20	94	0	67	34	15	13	36	1.87
2677253--2677319	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2677273--2677297	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2677360--2677384	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2677393--2677516	52	2.4	52	94	1	214	35	18	17	28	1.94
2681913--2681938	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2682636--2682679	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2687656--2687738	1	83.0	1	73	0	67	86	9	0	3	0.68
2687658--2687738	8	9.9	8	78	15	76	86	9	0	3	0.69
2687654--2687738	26	3.4	25	80	6	109	85	10	0	3	0.70
2689175--2689454	28	9.6	29	81	8	268	32	27	16	23	1.96
2689502--2689691	52	3.9	50	79	12	223	22	27	20	30	1.98
2689554--2689690	43	3.0	44	75	16	141	22	28	19	29	1.98
2689503--2689690	95	2.0	95	91	4	308	22	27	20	29	1.98
2690523--2690547	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2690610--2690634	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2690643--2690771	52	2.5	52	94	0	222	34	18	17	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2694576--2694606	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2696410--2696454	21	2.1	21	88	8	65	22	17	4	55	1.60
2698671--2698696	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2699692--2699722	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
2704204--2704337	50	2.7	50	88	3	182	27	14	15	41	1.87
2706626--2706697	20	3.6	20	86	0	108	26	11	13	48	1.76
2706686--2706710	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
2709124--2709237	51	2.2	52	83	10	146	35	22	9	32	1.87
2709141--2709238	51	1.9	51	89	8	155	34	22	7	35	1.82
2709225--2709297	28	2.6	27	85	10	103	24	31	17	26	1.97
2709285--2709397	51	2.2	51	84	3	138	31	29	8	30	1.88
2709098--2709406	158	2.0	158	80	5	347	29	25	11	33	1.91
2709334--2709559	79	2.9	78	81	4	267	28	25	12	33	1.93
2712218--2712387	79	2.2	79	85	0	223	32	14	24	28	1.94
2712344--2712415	28	2.6	29	86	6	103	26	18	30	25	1.98
2712265--2712465	107	1.9	107	81	6	246	32	13	25	27	1.94
2712398--2712497	51	2.0	51	95	0	182	33	12	28	27	1.92
2712449--2712676	79	2.9	79	89	0	339	31	14	27	26	1.95
2712608--2712726	51	2.3	51	91	0	175	31	13	26	28	1.94
2712531--2712804	130	2.1	130	91	2	435	32	13	25	27	1.94
2712659--2712833	79	2.2	79	90	2	289	31	15	26	26	1.96
2712789--2712858	26	2.6	25	82	10	77	24	17	34	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2712843--2713081	51	4.6	51	81	1	262	33	12	24	29	1.92
2712843--2713081	102	2.3	103	86	1	327	33	12	24	29	1.92
2715368--2715461	20	4.7	20	85	5	102	41	14	18	25	1.88
2717989--2718042	20	2.8	20	88	2	74	29	14	16	38	1.89
2718069--2718124	20	2.8	20	86	5	78	32	12	16	39	1.85
2719135--2719160	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2719141--2719181	20	2.0	21	95	4	75	34	12	19	34	1.89
2719226--2719255	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
2719211--2719275	33	2.0	33	81	6	78	36	13	16	32	1.89
2720257--2720401	76	1.9	76	87	2	211	28	17	11	42	1.84
2720946--2721298	120	2.9	120	83	2	413	21	20	11	46	1.83
2720921--2721293	40	9.3	40	82	2	340	20	20	12	46	1.83
2720946--2721340	80	4.9	80	80	3	364	21	20	11	46	1.82
2721450--2721585	65	2.1	66	91	4	222	20	20	14	44	1.87
2721663--2721874	66	3.3	66	80	10	240	16	17	14	50	1.78
2721324--2722019	237	3.0	232	81	5	722	19	21	13	45	1.84
2721769--2722355	172	3.4	171	78	3	504	19	22	13	44	1.85
2723226--2723258	17	1.9	17	88	11	50	24	3	12	60	1.46
2723492--2723821	166	2.0	165	83	5	416	29	7	17	46	1.75
2723696--2723949	137	1.9	137	81	0	312	29	5	14	49	1.68
2725596--2725648	19	2.7	20	82	2	72	32	16	13	37	1.88
2728479--2728607	64	2.0	64	100	0	258	37	10	21	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2730689--2730727	17	2.3	17	100	0	78	35	12	33	17	1.88
2733814--2733842	14	2.1	14	100	0	58	24	6	20	48	1.74
2734541--2734611	20	3.6	19	74	11	63	35	22	11	30	1.89
2737819--2737843	10	2.5	10	100	0	50	32	32	8	28	1.86
2739308--2739342	18	1.9	18	88	0	52	68	2	0	28	1.04
2741659--2741705	20	2.3	20	85	0	67	38	4	46	10	1.58
2741782--2741852	27	2.6	28	88	6	101	46	25	5	22	1.73
2744064--2744101	11	3.5	11	78	7	51	34	7	0	57	1.28
2744057--2744105	21	2.3	22	92	3	82	34	6	0	59	1.22
2744049--2744160	58	2.0	55	81	11	129	33	5	2	58	1.34
2744096--2744148	21	2.6	21	85	8	65	32	3	3	60	1.32
2746092--2746180	45	2.0	45	93	0	151	28	17	17	35	1.94
2746625--2746649	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2748583--2748615	1	33.0	1	100	0	66	100	0	0	0	0.00
2750032--2750067	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
2753560--2753588	14	2.0	15	93	6	51	65	0	0	34	0.93
2753839--2753883	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
2755350--2755863	166	3.1	163	76	6	468	32	10	8	48	1.68
2762016--2762041	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2763344--2763386	13	3.5	13	75	18	56	51	2	13	32	1.54
2763339--2763385	23	2.0	23	100	0	94	46	4	17	31	1.67
2765962--2765987	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2765993--2766069	21	3.7	21	98	0	145	41	10	16	31	1.82
2766111--2766162	20	2.7	20	90	3	79	38	23	11	26	1.89
2772439--2772479	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
2772722--2772764	20	2.1	21	86	4	61	18	44	27	9	1.80
2774699--2774748	20	2.5	20	86	0	64	30	16	16	38	1.90
2775363--2775784	222	1.9	222	95	0	765	28	20	17	34	1.95
2777621--2777663	19	2.1	21	83	12	54	46	0	23	30	1.52
2778155--2778205	21	2.4	21	100	0	102	41	0	13	45	1.44
2778310--2778350	20	2.0	21	85	9	57	41	21	17	19	1.90
2780630--2780683	20	2.7	20	91	0	90	31	16	18	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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