genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8764944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1915038--1915104	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1915562--1915587	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1915542--1915605	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
1917878--1917922	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1919726--1919756	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1922821--1922877	19	2.9	19	84	2	69	33	19	14	33	1.91
1924566--1924600	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
1935068--1935188	51	2.3	52	80	6	131	33	14	24	28	1.94
1935222--1935429	39	4.9	39	70	15	128	28	19	25	26	1.99
1935173--1935429	87	2.9	87	92	0	442	28	19	25	26	1.99
1935456--1935723	28	9.5	28	82	9	289	23	17	27	31	1.97
1936081--1936164	37	2.3	37	95	2	152	42	14	15	27	1.85
1944255--1944280	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1948379--1948418	21	2.0	20	90	9	64	30	10	15	45	1.78
1949933--1950101	52	3.3	50	80	9	180	30	12	26	30	1.93
1949967--1950101	50	2.6	51	79	11	150	31	13	26	28	1.94
1949827--1950209	210	1.8	210	89	2	608	29	14	27	28	1.95
1949817--1950317	108	4.7	107	77	9	463	30	13	27	27	1.95
1950274--1950374	52	1.9	53	88	6	152	35	9	23	30	1.88
1952921--1952993	21	3.5	21	88	3	103	35	16	13	34	1.88
1957005--1957038	3	11.3	3	87	0	50	29	38	0	32	1.58
1958705--1958762	20	3.0	20	79	5	73	31	13	17	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1958748--1958772	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1973051--1973162	44	2.5	44	88	0	161	30	11	33	24	1.91
1978289--1978444	71	2.2	71	90	0	249	37	13	18	30	1.89
1978318--1978467	71	2.1	71	83	0	183	37	15	18	29	1.91
1978467--1978498	13	2.5	13	94	0	55	31	15	12	40	1.85
1979104--1979712	166	3.7	161	80	8	582	49	10	11	28	1.72
1979235--1979729	166	3.0	167	85	3	674	50	9	11	27	1.70
1979188--1979825	334	1.9	333	80	6	729	50	9	12	28	1.70
1984164--1984315	16	8.9	17	70	17	77	71	7	1	19	1.19
1984239--1984339	25	4.1	24	74	16	91	72	4	3	18	1.19
1984213--1984314	49	2.1	48	83	5	125	75	5	2	15	1.12
1984239--1984324	23	3.6	23	76	17	77	73	5	3	17	1.18
1985044--1985403	143	2.5	143	80	3	361	31	36	18	14	1.90
1985044--1985385	72	4.8	72	79	3	354	31	36	18	14	1.90
1987597--1987725	52	2.5	52	90	0	204	30	18	14	36	1.91
1987597--1987745	52	2.9	52	87	2	165	31	18	15	34	1.92
1987734--1987758	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1987803--1987886	13	5.5	13	71	28	60	35	17	13	33	1.89
1987811--1987873	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
1987803--1987888	32	2.7	32	96	0	163	37	17	12	32	1.88
1991485--1991510	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1991465--1991528	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1992805--1992853	23	2.1	23	92	0	80	30	14	28	26	1.95
1996534--1997349	42	19.4	42	71	8	489	18	29	18	33	1.95
1996521--1996974	169	2.7	167	80	4	446	18	28	18	33	1.95
1996534--1997348	379	2.2	378	83	4	1027	18	29	19	33	1.95
1997120--1997349	127	1.8	127	83	5	313	19	31	17	32	1.95
1997840--1997873	17	1.9	18	94	5	61	76	8	0	14	1.01
1997835--1997895	21	3.1	20	77	20	74	72	8	1	18	1.18
1997826--1997953	36	3.5	35	74	19	102	73	6	0	19	1.09
1997856--1998001	55	2.7	53	81	8	170	71	6	2	19	1.18
1997879--1998003	47	2.7	46	79	11	137	72	5	2	19	1.15
1997879--1998032	16	9.9	15	73	18	93	71	5	3	19	1.21
1997879--1997983	31	3.4	31	82	12	101	74	4	2	18	1.12
1997962--1998025	24	2.6	25	82	9	78	68	6	4	20	1.30
1998829--1998938	31	3.2	31	73	22	103	32	35	15	16	1.90
1998829--1998961	72	1.9	71	88	4	205	32	36	16	15	1.90
1999564--1999589	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1999543--1999609	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84
1999629--1999696	19	3.9	18	73	23	74	38	16	10	35	1.82
1999632--1999694	32	2.0	32	93	0	108	36	17	11	34	1.85
1999732--1999808	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
2000641--2000776	58	2.3	58	83	5	177	26	10	14	48	1.76
2000121--2001143	511	2.0	504	97	1	1929	32	12	14	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2006974--2007326	153	2.3	152	89	3	539	31	7	9	52	1.61
2007493--2007525	15	2.3	15	89	5	50	30	15	3	51	1.58
2009482--2009508	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2009465--2009527	32	1.9	33	87	9	94	28	15	14	41	1.87
2009492--2009548	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
2009577--2009627	20	2.5	21	81	15	63	33	7	19	39	1.81
2016505--2016629	52	2.4	52	91	0	205	28	18	16	36	1.93
2016505--2016649	52	2.8	52	85	4	177	29	17	17	35	1.93
2016638--2016662	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2016728--2016752	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2019344--2019395	20	2.6	20	100	0	104	30	19	11	38	1.87
2019383--2019409	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2021604--2021628	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2021583--2021647	32	2.0	32	85	8	87	32	15	13	38	1.87
2021613--2021668	19	2.9	20	84	7	80	35	16	14	33	1.88
2021698--2021748	20	2.5	20	84	6	68	33	11	19	35	1.88
2023662--2023687	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2023644--2023707	33	2.0	33	87	9	96	40	17	14	28	1.88
2023741--2023784	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
2025677--2025938	54	4.9	54	76	8	214	31	24	15	29	1.95
2025741--2026014	108	2.6	106	84	3	309	31	24	14	29	1.95
2025741--2026047	106	2.9	107	84	3	334	31	23	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2026143--2026347	108	1.9	107	79	5	227	32	23	15	28	1.95
2026094--2026367	107	2.6	106	76	6	259	31	23	16	28	1.96
2027922--2028045	20	5.8	20	72	19	88	32	16	11	39	1.85
2027972--2028047	20	3.8	20	80	3	100	32	17	11	38	1.86
2027924--2028095	90	1.9	89	92	1	290	30	18	11	40	1.85
2029676--2030004	79	4.2	79	83	1	383	34	12	24	28	1.92
2032352--2032483	50	2.7	47	84	5	156	43	12	15	28	1.83
2036123--2036148	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2036105--2036168	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2041707--2041732	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2041689--2041752	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2047081--2047226	29	5.2	29	64	15	101	27	33	19	19	1.96
2047108--2047250	26	5.3	26	64	15	83	27	32	20	19	1.97
2047051--2047535	55	8.4	55	84	9	537	26	28	20	24	1.99
2047577--2047874	60	4.9	59	79	7	296	24	28	20	26	1.99
2047228--2047871	336	1.9	330	84	7	865	25	27	20	27	1.99
2047361--2047753	214	1.8	216	86	4	580	24	28	19	27	1.98
2047579--2047874	61	4.9	61	80	8	327	24	28	20	26	1.99
2048830--2048903	20	3.7	19	87	7	103	28	16	13	41	1.86
2051167--2051404	51	4.6	52	80	9	274	29	25	11	32	1.91
2051167--2051404	101	2.3	102	88	6	349	29	25	11	32	1.91
2051384--2051459	27	2.8	25	88	9	98	23	34	19	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2051411--2051668	79	3.3	79	84	6	328	26	25	15	32	1.95
2057783--2058092	169	1.8	170	86	2	453	50	8	11	29	1.67
2058703--2058760	30	2.0	29	86	3	80	46	13	17	22	1.83
2058884--2058965	30	2.7	29	75	7	83	53	12	15	18	1.72
2059448--2059699	55	4.6	55	72	2	182	37	18	12	31	1.88
2060197--2060238	14	2.9	14	86	10	57	47	11	21	19	1.81
2061355--2061396	19	2.2	20	83	12	52	2	26	0	71	0.98
2065475--2065928	79	5.7	78	85	5	531	33	15	25	26	1.95
2065475--2065928	237	1.9	237	87	3	664	33	15	25	26	1.95
2065880--2065952	27	2.7	27	84	2	92	20	21	34	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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