genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8764944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   

This is table  35  of  52  ( 6211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5856270--5856385	46	2.5	46	85	1	144	21	25	20	31	1.98
5856270--5856429	46	3.5	46	80	2	142	19	25	21	34	1.96
5857125--5857249	20	5.7	20	68	18	88	30	16	12	40	1.85
5861460--5861539	29	2.8	29	80	12	69	47	0	6	46	1.27
5866163--5866201	18	2.2	19	90	9	64	25	5	5	64	1.35
5867136--5867180	23	2.0	23	86	0	63	48	2	2	46	1.26
5867162--5867212	25	2.0	25	81	7	59	62	3	0	33	1.13
5867242--5867328	43	2.0	43	84	0	111	40	3	3	52	1.35
5868365--5868494	67	1.9	68	88	1	199	29	16	19	35	1.93
5870815--5870866	17	2.8	18	77	13	52	51	0	1	46	1.12
5870831--5870885	9	6.4	9	77	8	53	54	0	1	43	1.10
5871191--5871236	23	2.0	23	82	0	56	54	2	4	39	1.32
5884697--5884725	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
5886759--5886806	22	2.1	23	81	11	55	39	8	2	50	1.44
5888287--5888328	22	2.0	22	90	4	68	52	0	11	35	1.38
5893260--5893304	23	2.0	23	95	0	81	31	4	24	40	1.75
5893677--5893721	19	2.4	19	82	10	56	46	0	6	46	1.29
5894512--5894566	8	6.5	8	78	12	56	80	0	18	1	0.81
5894587--5894647	23	2.7	23	76	20	58	34	0	4	60	1.18
5894670--5894719	25	2.0	26	84	11	68	42	0	0	58	0.98
5894670--5894712	12	3.4	12	80	6	50	41	0	0	58	0.98
5895038--5895073	10	3.5	10	85	7	54	22	0	2	75	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5895740--5895815	14	5.4	14	76	16	68	43	0	0	56	0.99
5895988--5896040	24	2.2	24	82	0	61	26	7	1	64	1.31
5896472--5896525	26	2.0	27	82	10	67	33	0	5	61	1.19
5896734--5896768	18	2.0	18	94	5	63	40	8	0	51	1.33
5896734--5896768	17	2.0	18	88	5	54	40	8	0	51	1.33
5897375--5897436	27	2.3	27	75	8	65	67	1	29	1	1.09
5897576--5897627	23	2.3	23	82	0	59	21	3	11	63	1.43
5897909--5897979	28	2.6	28	80	10	76	39	0	1	59	1.06
5897944--5897987	20	2.2	20	84	8	54	38	2	0	59	1.10
5897996--5898052	22	2.5	22	83	8	62	35	0	3	61	1.13
5898017--5898066	26	1.9	26	84	15	68	40	0	2	58	1.10
5898468--5898576	31	3.5	31	74	9	82	44	0	2	53	1.15
5898483--5898527	22	2.1	22	87	4	65	51	0	2	46	1.13
5903033--5903062	9	3.3	9	95	0	51	36	3	0	60	1.14
5903266--5903305	15	2.5	17	80	19	50	37	12	0	50	1.41
5903539--5903572	10	3.6	9	88	11	50	67	0	2	29	1.05
5903857--5903915	25	2.4	25	75	16	59	67	5	3	23	1.26
5905749--5905782	3	11.0	3	93	6	59	35	0	0	64	0.94
5905749--5905779	16	1.9	16	100	0	62	35	0	0	64	0.94
5906685--5906751	21	3.2	20	69	10	55	34	1	0	64	1.03
5906917--5906988	30	2.4	30	79	6	83	50	1	1	47	1.18
5906921--5906979	30	1.9	31	86	3	84	49	1	1	47	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5907211--5907257	12	3.7	13	80	13	62	44	0	0	55	0.99
5908046--5908085	21	1.9	21	85	10	55	57	0	0	42	0.98
5908879--5908945	28	2.6	26	70	15	68	34	4	1	59	1.26
5909188--5909246	30	2.0	30	82	0	73	54	25	3	16	1.58
5911631--5911705	2	37.5	2	85	5	98	48	5	1	45	1.33
5911620--5911703	42	2.0	42	100	0	168	45	9	2	42	1.49
5912759--5912788	13	2.2	14	94	5	53	63	0	0	36	0.95
5912865--5912907	7	6.3	7	83	5	52	41	0	0	58	0.98
5912991--5913047	14	3.9	14	77	9	60	66	0	0	33	0.92
5913853--5913890	15	2.5	15	87	8	51	78	0	10	10	0.95
5913949--5913979	7	4.6	7	92	8	55	83	0	0	16	0.64
5913949--5913976	13	2.2	13	100	0	56	85	0	0	14	0.59
5914475--5914519	11	4.0	11	80	5	54	28	0	2	68	1.01
5914475--5914518	23	1.9	23	90	0	70	27	0	2	70	0.99
5914463--5914532	23	3.0	23	72	19	63	27	5	1	65	1.23
5914495--5914547	28	1.9	27	84	3	70	26	5	1	66	1.25
5917258--5917294	14	2.6	14	91	0	56	37	0	2	59	1.12
5917976--5918229	89	2.9	87	84	4	325	40	7	16	35	1.75
5918087--5918384	158	1.9	156	82	4	375	40	7	16	35	1.77
5920210--5920255	13	3.2	16	66	33	50	52	0	0	47	1.00
5920190--5920255	26	2.5	26	95	0	114	53	0	0	46	1.00
5921623--5921689	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5921643--5921667	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5921730--5921754	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
5927044--5927223	67	2.6	68	78	13	170	56	11	1	30	1.42
5927594--5927624	7	4.3	7	95	4	53	38	0	0	61	0.96
5927603--5927643	21	2.0	20	85	9	55	41	0	0	58	0.98
5929166--5929212	21	2.2	22	84	3	60	31	12	12	42	1.81
5929865--5929915	14	3.6	13	82	17	50	80	1	15	1	0.89
5929859--5929917	15	4.0	15	77	18	61	79	1	16	1	0.89
5930271--5930318	20	2.4	20	89	0	78	22	18	12	45	1.83
5930714--5930794	29	2.8	30	68	19	71	27	9	11	51	1.68
5931083--5931240	57	2.8	56	80	5	183	27	10	15	46	1.78
5934409--5934453	16	2.8	16	82	0	54	53	13	4	28	1.59
5944158--5944213	20	2.8	20	100	0	112	39	10	14	35	1.81
5944229--5944286	13	4.0	13	76	23	62	32	15	13	37	1.87
5944243--5944327	19	4.7	18	74	22	72	32	14	12	40	1.84
5944230--5944307	32	2.4	32	97	0	147	32	15	14	38	1.87
5947261--5947323	19	3.7	18	74	24	64	33	9	17	39	1.82
5947259--5947331	32	2.3	32	92	0	119	34	9	17	38	1.83
5949714--5949844	51	2.6	50	82	3	163	28	25	12	33	1.93
5949912--5949982	28	2.5	28	83	0	97	21	29	21	28	1.98
5949967--5950141	78	2.2	76	79	10	183	26	25	14	33	1.95
5950093--5950169	28	2.8	27	82	11	86	22	31	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5950154--5950313	51	3.2	51	77	7	184	31	23	10	35	1.88
5956108--5956222	51	2.2	52	86	4	153	35	13	22	28	1.92
5956154--5956424	79	3.4	79	89	0	425	32	15	25	27	1.95
5957636--5957802	35	4.9	35	85	5	243	18	29	5	46	1.71
5957636--5957802	67	2.4	69	90	3	259	18	29	5	46	1.71
5962611--5962649	10	3.7	10	90	10	60	87	10	2	0	0.65
5962611--5962649	11	3.6	11	86	3	53	87	10	2	0	0.65
5962611--5962649	16	2.5	15	84	12	51	87	10	2	0	0.65
5963617--5964155	55	9.5	55	84	7	618	27	27	20	25	1.99
5965020--5965082	19	3.7	18	74	24	64	31	12	17	38	1.87
5965094--5965135	21	2.0	21	90	0	66	42	9	19	28	1.82
5967469--5967650	51	3.6	51	87	1	249	31	23	10	34	1.89
5968987--5969055	16	4.3	16	74	5	59	49	18	8	23	1.75
5969491--5969529	8	5.1	8	81	12	55	76	2	0	20	0.90
5969491--5969529	14	2.6	15	80	12	53	76	2	0	20	0.90
5969482--5969530	24	2.0	25	84	11	66	75	2	2	20	1.00
5969481--5969525	8	5.5	8	89	2	54	80	2	2	15	0.92
5972564--5972598	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
5973151--5973177	11	2.5	11	100	0	54	48	0	0	51	1.00
5973237--5973278	22	1.9	22	90	0	66	61	2	2	33	1.21
5973765--5973807	21	2.0	21	86	8	61	51	0	2	46	1.13
5973767--5973810	24	1.9	22	81	9	52	54	0	2	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5974983--5975022	18	2.3	18	86	4	55	42	0	0	57	0.98
5977689--5977717	12	2.4	12	100	0	58	41	0	6	51	1.28
5979230--5979254	12	2.1	12	100	0	50	24	16	8	52	1.70
5983522--5984589	27	39.0	27	92	2	1677	23	34	14	27	1.93
5983522--5984589	82	13.0	81	91	2	1677	23	34	14	27	1.93
5983522--5984589	109	9.8	108	91	2	1677	23	34	14	27	1.93
5984597--5985084	32	15.3	32	91	0	753	30	32	18	18	1.95
5985645--5985719	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
5985645--5985722	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
5989828--5989889	18	3.3	18	77	16	54	41	3	0	54	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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