genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8764944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   

This is table  50  of  52  ( 6211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8061434--8061546	57	2.0	56	81	6	129	46	4	0	49	1.22
8061501--8061546	21	2.2	21	88	0	65	50	0	0	50	1.00
8061484--8061553	26	2.6	27	86	2	97	48	2	0	48	1.16
8063434--8063509	34	2.2	34	92	0	125	40	1	13	44	1.51
8064807--8064843	2	20.0	2	84	15	53	51	0	0	48	1.00
8064807--8064841	7	4.9	7	89	6	52	51	0	0	48	1.00
8065497--8065556	26	2.3	27	82	2	68	61	1	0	36	1.06
8065789--8065822	16	2.1	16	88	0	50	35	0	0	64	0.94
8072159--8072355	92	2.1	88	81	10	243	55	2	1	41	1.18
8072289--8072348	28	2.1	28	84	9	77	58	0	1	40	1.08
8072309--8072376	34	2.0	34	82	5	84	54	0	1	44	1.09
8072329--8072375	18	2.8	17	87	6	69	55	0	2	42	1.12
8072329--8072389	18	3.3	18	77	11	54	54	1	3	40	1.27
8079619--8079748	65	2.0	65	89	3	199	32	16	17	33	1.93
8083638--8083666	14	2.1	14	100	0	58	51	20	13	13	1.75
8084809--8084943	19	7.2	18	67	24	75	53	0	2	43	1.18
8084816--8084943	8	14.9	8	71	20	66	53	0	1	44	1.15
8086039--8086078	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
8086172--8086211	20	2.0	20	95	0	71	42	25	10	22	1.84
8086280--8086311	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
8088438--8088498	30	2.0	30	83	0	77	55	1	1	40	1.19
8088588--8088641	26	2.0	27	86	10	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8088644--8088678	16	2.2	16	90	5	54	40	0	0	60	0.97
8089069--8089131	23	2.6	25	76	16	71	66	1	3	28	1.16
8089085--8089133	11	4.2	12	75	17	50	69	0	2	28	1.00
8089396--8089469	11	6.8	11	72	17	66	67	1	1	29	1.07
8089391--8089469	16	4.9	16	71	18	65	67	2	1	29	1.12
8089360--8089444	11	7.3	12	71	23	67	65	3	0	30	1.09
8089396--8089471	32	2.3	32	84	6	91	67	1	1	30	1.07
8089507--8089573	23	2.9	23	77	8	73	67	1	1	29	1.09
8089527--8089585	14	4.5	13	73	16	50	69	1	1	27	1.07
8089548--8089587	22	1.9	21	85	10	55	75	2	2	20	1.04
8089522--8089625	54	1.9	52	81	14	122	66	1	0	30	1.09
8089641--8089691	18	2.7	19	84	6	68	0	21	0	78	0.75
8089762--8089899	69	2.0	69	100	0	276	36	24	11	27	1.90
8090869--8090902	14	2.5	14	90	4	52	38	0	0	61	0.96
8090953--8091000	19	2.6	17	81	18	60	47	2	0	50	1.12
8090967--8091010	19	2.3	19	84	7	54	47	0	0	52	1.00
8099761--8099792	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8099792--8099820	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
8101053--8101126	36	2.1	36	89	0	112	51	4	13	31	1.60
8102057--8102115	20	3.3	20	65	30	60	38	0	1	59	1.08
8102058--8102123	33	2.0	33	100	0	132	39	0	3	57	1.14
8102058--8102115	10	5.5	11	71	20	52	39	0	1	58	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8102068--8102143	33	2.2	33	81	9	80	44	1	2	51	1.23
8103064--8103099	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8103455--8103497	21	2.1	20	82	4	50	39	0	0	60	0.97
8122462--8122500	19	2.1	19	85	9	53	43	0	2	53	1.14
8122850--8122894	19	2.2	19	84	11	54	60	0	0	40	0.97
8131191--8131311	45	2.7	45	89	0	188	37	23	9	29	1.86
8133965--8134019	13	4.2	13	77	17	51	43	0	0	56	0.99
8134114--8134157	7	6.0	7	79	10	52	31	0	0	68	0.90
8134110--8134148	8	5.0	8	84	6	53	30	0	0	69	0.89
8134114--8134158	22	2.0	23	86	4	65	31	0	0	68	0.89
8136307--8136338	2	16.0	2	93	0	55	50	0	46	3	1.17
8137649--8138138	246	2.0	246	97	0	917	30	23	28	16	1.97
8140246--8140283	20	1.9	20	100	0	76	34	18	5	42	1.73
8140384--8140538	78	2.0	78	87	2	222	36	18	10	34	1.86
8145970--8146018	17	3.1	17	80	11	59	51	0	0	48	1.00
8146773--8146805	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
8149676--8149787	17	6.3	18	73	19	76	62	1	0	35	1.06
8149682--8149730	19	2.3	22	70	29	52	61	0	0	38	0.96
8151372--8151399	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8161819--8161852	8	4.0	8	88	11	50	52	0	0	47	1.00
8162436--8162462	5	5.4	5	100	0	54	0	37	22	40	1.54
8164142--8164228	16	5.4	16	67	16	56	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8164147--8164216	27	2.6	26	78	17	81	57	0	0	42	0.99
8164147--8164224	26	2.8	29	73	26	80	57	0	0	42	0.98
8165956--8166009	21	2.5	20	80	11	63	55	1	3	38	1.28
8165967--8166011	21	2.1	22	87	4	65	57	0	2	40	1.11
8165974--8166017	21	2.1	21	82	0	52	63	0	2	34	1.07
8166854--8166941	43	2.0	43	91	0	140	46	10	5	37	1.62
8167325--8167354	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8170915--8170940	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
8170970--8171229	23	11.4	23	65	26	85	59	0	0	40	1.00
8170970--8171139	10	17.0	10	69	19	63	59	0	0	40	1.02
8170955--8171016	28	2.2	26	83	16	72	64	0	0	35	0.94
8171061--8171234	27	6.7	27	68	25	81	58	0	0	40	1.02
8171053--8171167	37	3.2	35	83	12	128	56	0	0	42	1.05
8180135--8180171	2	18.5	2	88	0	56	54	0	0	45	1.00
8181023--8181064	4	10.2	4	82	14	50	76	2	2	19	1.01
8183589--8183631	18	2.2	20	84	8	54	76	2	2	18	1.00
8183933--8183967	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
8184107--8184131	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
8184332--8184373	18	2.4	18	80	11	52	57	0	0	42	0.99
8185119--8185170	23	2.2	24	83	10	63	53	1	0	44	1.11
8186537--8186573	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
8189601--8189840	126	1.9	127	82	4	306	28	16	20	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8190833--8190865	17	1.9	17	93	0	57	33	3	0	63	1.10
8190888--8190938	16	3.1	18	71	28	58	47	0	0	52	1.00
8194404--8194446	5	8.4	5	80	14	52	62	0	34	2	1.08
8198499--8198533	14	2.3	16	90	9	56	28	0	0	71	0.86
8199604--8199640	19	1.9	19	89	10	58	37	10	0	51	1.37
8199626--8199683	25	2.1	29	87	12	88	37	0	0	62	0.96
8202136--8202233	44	2.2	44	85	0	124	36	4	2	57	1.30
8202211--8202247	14	2.6	14	86	0	56	51	0	0	48	1.00
8203446--8203523	35	2.3	35	77	20	85	46	0	1	52	1.08
8205292--8205322	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
8205434--8205467	3	11.3	3	87	0	50	29	0	67	2	1.05
8207316--8207345	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8211170--8211207	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
8211477--8211539	32	2.0	32	84	6	83	39	1	0	58	1.07
8211518--8211558	21	2.0	21	90	9	68	31	0	0	68	0.90
8211521--8211573	21	2.7	19	78	13	54	35	1	0	62	1.06
8211529--8211562	18	2.0	18	88	11	54	35	0	0	64	0.94
8214156--8214185	14	2.1	15	93	6	53	36	6	0	56	1.26
8215449--8215514	22	2.8	23	77	13	64	46	0	0	53	1.00
8215461--8215524	22	2.9	22	81	6	67	42	0	0	57	0.98
8217728--8217752	13	1.9	13	100	0	50	32	4	16	48	1.64
8218395--8218420	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8218928--8218989	31	1.9	33	83	6	83	50	1	1	46	1.20
8223842--8223885	23	2.0	22	81	4	52	43	4	6	45	1.51
8224494--8224529	18	1.9	19	88	5	56	80	0	2	16	0.83
8227387--8227460	35	2.1	35	85	9	98	47	0	1	51	1.09
8228600--8228626	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
8229612--8229686	20	3.5	20	76	16	71	53	1	0	45	1.08
8231783--8231838	28	2.0	26	83	13	67	53	0	1	44	1.11
8235997--8236036	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
8241584--8241608	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8249630--8249670	21	2.0	20	90	4	64	39	4	0	56	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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