genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8764944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   

This is table  47  of  52  ( 6211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7593447--7593499	21	2.5	21	88	8	81	62	0	0	37	0.96
7593539--7593593	20	2.8	20	85	0	74	49	0	1	49	1.11
7593545--7593613	23	3.0	24	76	16	67	50	0	2	46	1.16
7593669--7593707	19	2.0	20	85	5	53	51	5	2	41	1.38
7596240--7596268	6	4.8	6	100	0	58	68	0	0	31	0.89
7598120--7598160	17	2.4	17	91	0	64	56	2	0	41	1.13
7598131--7598173	6	7.2	6	79	10	52	60	4	0	34	1.17
7598131--7598173	13	3.6	12	78	9	52	60	4	0	34	1.17
7601330--7601360	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
7603044--7603115	14	4.9	14	76	18	56	30	2	20	45	1.65
7608321--7608367	17	2.6	18	76	6	51	21	2	4	72	1.12
7608484--7608653	75	2.3	75	85	2	225	30	9	21	39	1.85
7613243--7613277	7	5.0	7	85	0	52	57	0	0	42	0.99
7613580--7613605	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7613605--7613633	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
7614115--7614284	6	28.7	6	68	18	54	60	0	1	38	1.09
7614103--7614174	17	4.1	17	73	10	56	66	1	0	31	1.00
7617289--7617338	26	2.0	25	92	4	82	68	0	0	32	0.90
7625281--7625314	1	34.0	1	87	0	50	94	5	0	0	0.32
7629708--7629739	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
7629839--7629868	13	2.3	13	94	0	51	83	0	13	3	0.77
7630386--7630486	35	2.9	35	73	11	93	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7630882--7630937	19	3.0	19	76	5	60	44	0	0	55	0.99
7633196--7633242	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
7633423--7633447	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7633712--7633750	2	21.5	2	80	19	50	51	0	0	48	1.00
7633712--7633750	9	4.3	10	78	21	50	51	0	0	48	1.00
7633712--7633763	15	3.2	17	81	15	65	51	1	1	44	1.23
7634350--7634397	24	2.0	24	83	4	60	60	0	0	39	0.97
7634855--7634893	2	19.5	2	94	0	69	53	0	0	46	1.00
7635776--7635814	2	19.5	2	89	0	60	48	0	2	48	1.15
7637164--7637203	17	2.4	17	87	4	55	50	2	0	47	1.14
7638401--7638454	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
7638741--7638770	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
7640176--7640206	16	1.9	16	93	0	53	58	3	6	32	1.40
7640497--7640521	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
7640542--7640630	12	6.9	14	70	24	56	65	0	0	34	0.93
7640540--7640602	23	2.6	25	82	12	85	68	0	0	31	0.90
7640556--7640596	11	3.6	11	90	3	64	68	0	0	31	0.90
7640556--7640643	27	3.4	28	77	14	82	61	0	0	38	0.96
7640558--7640643	18	4.7	19	73	13	67	60	0	0	39	0.97
7640562--7640627	10	6.9	10	75	14	50	63	0	0	36	0.95
7641688--7641737	2	25.0	2	95	0	91	48	0	0	52	1.00
7642526--7642570	21	2.1	21	100	0	90	40	4	0	55	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7644373--7644400	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7644840--7644897	26	2.3	25	79	8	64	53	0	1	44	1.10
7644898--7644936	17	2.2	19	86	9	55	69	0	2	28	1.02
7644893--7644944	23	2.4	22	79	17	56	65	0	1	32	1.04
7645723--7645765	16	2.7	16	85	7	52	20	32	2	44	1.65
7655811--7655967	78	2.0	78	98	0	305	42	15	8	33	1.78
7658332--7658373	12	3.5	12	75	12	50	42	0	0	57	0.99
7658445--7658487	14	2.9	15	82	10	52	55	0	0	44	0.99
7659116--7659153	14	2.6	14	88	12	51	55	2	2	39	1.28
7659158--7659222	10	6.2	10	72	15	51	56	1	1	40	1.18
7659147--7659227	42	1.9	43	85	12	114	55	2	1	40	1.21
7659189--7659222	11	3.2	11	87	8	52	64	0	0	35	0.94
7668349--7668385	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
7668719--7668762	22	1.9	22	86	9	61	29	2	0	68	1.02
7668728--7668772	23	2.0	22	86	4	63	31	0	2	66	1.04
7669386--7669983	209	2.8	210	78	7	556	40	11	15	32	1.83
7670341--7670410	21	3.2	22	75	15	65	38	0	1	60	1.06
7670353--7670410	22	2.7	21	78	13	64	39	0	1	58	1.08
7671419--7671451	17	1.9	17	93	0	57	51	0	3	45	1.16
7677450--7677481	6	5.3	6	92	0	55	56	0	0	43	0.99
7678654--7678680	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
7684237--7684309	25	2.8	26	79	8	69	56	0	2	41	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7684912--7684963	14	3.9	14	76	14	56	59	1	0	38	1.08
7684911--7684969	27	2.2	27	81	6	75	61	1	0	37	1.07
7685269--7685324	18	2.9	18	76	12	58	53	5	1	39	1.34
7685320--7685359	17	2.3	17	86	4	53	67	2	0	30	1.04
7685497--7685535	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
7686394--7686422	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
7691983--7692025	18	2.4	18	84	0	50	0	25	46	27	1.53
7691983--7692011	6	4.8	6	100	0	58	0	17	51	31	1.45
7697587--7697621	18	1.9	19	88	11	56	54	0	0	45	0.99
7697618--7697668	13	3.9	13	74	7	50	45	1	1	50	1.24
7697931--7697977	20	2.4	19	80	16	51	59	2	2	36	1.21
7697960--7698005	16	2.8	16	86	3	56	63	0	2	34	1.07
7697970--7698005	17	2.2	16	90	5	54	66	0	0	33	0.92
7698461--7698785	164	2.0	164	97	0	614	34	13	30	21	1.92
7698931--7698975	13	3.4	13	81	3	54	35	0	2	62	1.08
7699098--7699136	17	2.2	18	86	4	53	48	0	5	46	1.24
7699614--7699727	32	3.6	32	74	11	83	31	0	6	62	1.20
7699669--7699715	14	3.1	16	76	20	55	27	0	6	65	1.16
7699677--7699711	13	2.7	13	91	8	54	25	0	5	68	1.11
7699646--7699717	29	2.5	28	81	14	85	27	0	6	65	1.18
7699677--7699733	24	2.4	24	85	11	73	26	0	3	70	1.03
7699903--7699979	26	3.0	25	77	20	79	40	1	1	57	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7700263--7700392	25	5.0	25	71	17	79	57	1	0	40	1.08
7700270--7700329	30	2.0	30	84	12	79	61	1	0	36	1.06
7700332--7700397	16	3.9	18	72	23	54	54	1	0	43	1.09
7700732--7700775	22	2.1	20	83	8	52	50	2	0	47	1.13
7701193--7701226	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
7701486--7701541	22	2.5	22	83	11	78	48	0	0	51	1.00
7703427--7703478	24	2.3	22	90	6	77	67	0	0	32	0.91
7703762--7703812	21	2.3	23	80	10	61	66	0	0	33	0.92
7704057--7704150	19	4.8	19	77	10	84	30	1	1	67	1.05
7704075--7704110	11	3.5	11	82	17	51	30	0	0	69	0.89
7704091--7704138	26	1.9	24	83	8	60	27	0	2	70	0.98
7704083--7704150	21	3.3	21	74	14	70	27	1	1	69	1.06
7704377--7704432	29	1.9	29	85	7	78	58	0	1	39	1.08
7704377--7704429	14	3.7	14	76	14	54	58	0	1	39	1.09
7704552--7704810	136	1.9	137	86	3	369	41	4	9	44	1.57
7706044--7706100	25	2.2	27	84	6	73	38	1	5	54	1.33
7706009--7706097	37	2.4	37	78	14	94	38	3	5	52	1.42
7706083--7706126	22	2.0	22	86	0	61	59	0	2	38	1.10
7706091--7706146	21	2.6	21	83	8	60	60	0	0	39	0.97
7717728--7717766	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
7723777--7723879	36	2.9	36	97	0	188	33	17	14	34	1.90
7724335--7724403	34	2.0	34	97	0	129	47	15	5	30	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7729069--7729109	19	2.2	19	90	0	64	56	2	0	41	1.13
7729229--7729304	14	5.2	14	69	12	55	57	1	2	38	1.21
7729648--7729689	20	2.2	20	86	4	59	54	2	2	40	1.26
7736881--7736927	2	23.5	2	95	0	85	0	51	0	48	1.00
7748554--7748671	48	2.4	47	76	19	116	42	0	3	53	1.23
7750139--7750214	27	2.8	26	79	11	73	57	3	3	34	1.35
7750633--7750695	32	1.9	34	90	6	103	42	4	1	50	1.32
7750703--7750790	30	2.9	31	80	9	92	32	3	1	62	1.19
7750746--7750822	18	4.1	19	74	11	70	28	1	2	67	1.12
7750751--7750796	10	4.6	10	79	15	51	28	0	2	69	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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