genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8764944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   

This is table  14  of  52  ( 6211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2209669--2209730	28	2.2	29	82	8	83	50	3	1	45	1.27
2209662--2209771	36	3.3	35	74	20	117	49	1	1	47	1.23
2209641--2209766	64	2.0	64	88	3	191	50	3	2	44	1.31
2209681--2209740	28	2.1	28	87	0	84	51	3	0	45	1.17
2209703--2209772	20	3.7	20	67	21	60	52	1	1	44	1.18
2209950--2209989	18	2.2	18	90	0	62	60	0	2	37	1.11
2210394--2210432	13	2.9	13	88	11	53	58	2	0	38	1.12
2211605--2211642	17	2.2	17	86	9	51	0	21	0	78	0.74
2215805--2216015	114	1.8	115	83	5	284	43	10	6	38	1.66
2215824--2216220	205	1.9	206	84	4	525	42	11	7	39	1.69
2219357--2219387	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
2219337--2219403	33	2.0	33	86	11	93	32	19	11	35	1.88
2219472--2219497	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2220059--2220106	15	3.1	15	87	6	60	43	20	6	29	1.76
2226124--2226154	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
2226104--2226170	33	2.0	33	86	11	93	32	19	11	35	1.88
2226199--2226252	19	2.8	20	91	2	83	37	18	14	29	1.91
2226219--2226270	19	2.7	19	87	3	59	40	19	15	25	1.90
2229773--2230163	197	2.0	194	87	1	566	43	10	10	35	1.74
2235271--2235346	21	3.7	21	87	1	109	38	15	13	32	1.86
2235383--2235453	19	4.1	18	77	22	89	36	11	14	38	1.81
2235384--2235446	32	2.0	32	100	0	126	36	12	15	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2235403--2235427	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2235498--2235523	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2235478--2235544	34	2.0	33	91	2	107	25	16	13	44	1.84
2237891--2237988	51	1.9	51	88	12	148	32	20	10	36	1.86
2238131--2238298	52	3.3	51	80	4	194	30	27	10	32	1.89
2243941--2244005	28	2.3	28	94	0	112	36	18	7	36	1.80
2245008--2245112	45	2.2	45	83	12	124	51	1	0	46	1.12
2245017--2245117	27	3.8	26	71	20	75	52	1	0	45	1.12
2245410--2245459	23	2.2	22	89	10	75	54	2	0	44	1.11
2245557--2245671	53	2.1	55	87	7	173	41	18	4	35	1.70
2246534--2246560	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2246669--2246708	13	2.9	14	81	7	55	52	10	0	37	1.35
2246667--2246711	14	3.3	14	81	6	65	53	8	0	37	1.32
2246845--2246898	20	2.8	20	78	16	60	61	0	1	37	1.07
2247070--2247128	21	2.6	24	78	13	70	32	1	1	64	1.13
2247072--2247142	21	3.5	21	72	14	69	35	1	1	61	1.13
2251351--2251397	22	2.1	22	100	0	94	17	17	23	42	1.88
2253691--2253720	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2253722--2253750	6	4.8	6	100	0	58	17	0	17	65	1.27
2253916--2253960	3	15.0	3	86	13	58	28	2	0	68	1.01
2253916--2253961	10	5.0	10	75	20	55	28	2	0	69	1.00
2253916--2253960	13	3.5	13	90	0	72	28	2	0	68	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2256604--2256645	18	2.4	16	88	11	57	38	0	0	61	0.96
2258692--2258784	46	2.0	46	83	6	116	58	2	0	39	1.10
2258721--2258773	19	2.9	18	81	13	56	60	0	0	39	0.97
2259795--2259834	17	2.4	16	87	4	53	40	2	0	57	1.12
2268721--2268788	17	3.9	17	74	12	50	30	5	1	61	1.28
2268732--2268778	17	2.7	17	80	12	51	31	6	2	59	1.34
2273451--2273521	20	3.5	20	78	0	70	38	11	14	36	1.81
2274719--2274829	31	3.7	30	78	7	118	26	18	27	27	1.98
2274720--2274859	28	4.9	28	77	7	120	25	17	27	29	1.98
2274721--2274857	56	2.4	59	81	7	147	24	18	27	29	1.98
2280754--2280808	20	2.8	20	97	0	101	25	16	14	43	1.86
2283368--2283440	28	2.6	28	88	0	101	27	27	16	28	1.97
2283263--2283544	135	2.1	135	91	1	449	27	25	15	31	1.96
2283365--2283625	107	2.4	106	77	8	278	28	26	14	31	1.95
2283475--2283544	28	2.5	28	78	2	68	27	28	18	25	1.98
2283504--2283672	78	2.2	79	85	3	225	30	24	13	31	1.93
2283606--2283726	51	2.4	51	83	6	156	30	27	11	30	1.92
2283660--2283805	79	1.8	79	83	2	195	28	26	13	31	1.94
2283741--2283856	51	2.3	51	85	5	155	30	25	11	33	1.90
2283532--2283932	130	3.1	128	81	7	434	29	23	12	34	1.92
2286568--2286657	43	2.1	43	93	4	137	22	5	45	26	1.74
2286579--2286648	21	3.3	21	64	18	54	22	5	42	28	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2294710--2294736	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
2294741--2294797	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2294853--2294920	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2294874--2294898	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2294855--2294917	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2294960--2294985	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2294940--2295006	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2297458--2297530	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
2297513--2297785	52	5.2	52	78	4	239	29	24	11	34	1.91
2297349--2297786	51	8.4	51	72	11	296	29	25	11	32	1.92
2297349--2297787	104	4.2	104	75	7	429	29	25	11	32	1.92
2297770--2297846	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
2297404--2297925	104	4.9	107	76	11	305	27	27	14	31	1.95
2297800--2298001	78	2.6	79	80	2	219	23	30	17	28	1.97
2303527--2303551	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
2304632--2304689	25	2.4	25	85	2	73	87	10	1	0	0.60
2304632--2304673	19	2.3	19	95	4	77	92	7	0	0	0.37
2304632--2304674	1	43.0	1	85	0	59	93	6	0	0	0.37
2304928--2304971	15	3.0	15	83	3	54	84	9	6	0	0.79
2305998--2306399	63	6.4	62	75	12	311	22	31	14	32	1.93
2306055--2306822	34	24.0	34	75	15	531	20	33	13	33	1.91
2305962--2306465	252	2.0	252	98	0	963	22	31	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2306067--2306817	95	7.9	97	76	13	577	20	33	13	32	1.91
2306063--2306822	61	11.9	67	80	11	680	20	33	13	33	1.91
2306833--2307022	32	5.9	32	91	4	287	29	37	18	14	1.90
2306833--2307019	95	2.0	96	91	3	306	29	37	18	13	1.89
2306832--2307030	63	3.1	62	89	6	285	29	37	18	14	1.90
2307072--2307537	43	10.0	43	77	12	365	24	26	18	30	1.98
2307021--2307547	92	5.6	92	87	3	685	24	25	17	31	1.97
2307389--2307538	52	2.9	52	93	0	264	22	25	18	34	1.96
2308388--2308471	19	4.7	19	81	18	108	33	11	17	36	1.87
2308428--2308452	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2308409--2308473	32	2.0	32	96	0	121	33	12	16	36	1.87
2308514--2308538	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2308547--2308622	32	2.4	32	97	0	143	31	19	21	27	1.97
2342324--2342790	164	2.8	165	84	7	606	27	12	7	52	1.66
2344400--2344697	160	1.9	162	87	4	453	36	12	11	40	1.78
2345333--2346079	156	4.8	154	77	4	651	21	17	22	38	1.94
2347093--2347144	19	2.6	21	90	6	81	38	13	15	32	1.86
2347197--2347222	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2349585--2349876	51	5.6	51	71	6	219	28	25	13	33	1.93
2349698--2349771	28	2.7	26	84	14	87	21	28	20	29	1.98
2355219--2355396	90	2.0	91	87	3	261	27	29	15	28	1.96
2355685--2355761	36	2.2	35	85	2	100	18	24	12	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2355652--2355761	35	3.1	36	81	5	109	19	27	13	40	1.89
2355994--2356697	43	16.3	43	79	7	554	17	26	18	37	1.92
2355995--2356676	87	7.9	85	78	6	561	17	26	18	37	1.93
2355995--2356676	174	3.9	170	80	3	659	17	26	18	37	1.93
2356472--2356725	86	3.0	85	82	2	222	17	30	18	33	1.94
2356489--2356725	129	1.8	129	83	7	311	17	30	18	32	1.94
2356489--2356770	129	2.2	129	80	8	306	17	30	19	32	1.95
2356714--2357491	42	18.3	42	68	5	121	19	27	19	34	1.95
2357098--2357701	85	7.1	85	78	4	421	20	28	18	32	1.96
2357088--2357700	255	2.4	254	80	4	630	20	28	18	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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