genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8764944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1677107--1677219	52	2.2	52	85	3	149	33	8	23	33	1.86
1677190--1677509	109	2.9	109	84	4	414	35	15	23	25	1.94
1677314--1677386	28	2.6	27	89	8	103	26	17	31	24	1.97
1677426--1677496	28	2.5	28	86	4	90	30	23	25	19	1.98
1677481--1677652	51	3.4	50	76	7	141	30	16	26	26	1.96
1679971--1680040	33	2.1	33	97	0	131	40	12	18	28	1.88
1679951--1680057	53	2.0	53	83	7	137	42	13	15	28	1.85
1679990--1680020	13	2.4	13	94	0	53	38	12	16	32	1.86
1679971--1680106	49	2.7	51	81	11	145	41	15	16	26	1.87
1679951--1680127	20	8.8	20	68	21	102	41	15	16	26	1.88
1680917--1681155	61	3.9	61	82	6	295	27	21	27	24	1.99
1680922--1681149	122	1.9	123	88	2	352	26	21	27	24	1.99
1681183--1681370	61	3.1	60	80	6	209	27	18	29	25	1.98
1681194--1681395	60	3.5	60	78	11	206	25	19	28	26	1.99
1680977--1681498	215	2.4	217	84	5	700	27	19	28	24	1.99
1682483--1682553	14	5.0	14	75	10	63	1	2	12	83	0.83
1682483--1682550	9	7.4	9	81	12	50	1	2	11	83	0.82
1682494--1682551	9	6.2	9	82	7	71	1	1	12	84	0.78
1682483--1682553	29	2.5	28	82	8	81	1	2	12	83	0.83
1689217--1689342	52	2.4	52	89	0	207	26	19	18	35	1.94
1689420--1689471	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
1689428--1689492	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1689420--1689490	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
1690125--1690178	20	2.7	20	88	0	81	42	12	14	29	1.83
1690211--1690262	20	2.7	20	93	3	88	40	19	11	28	1.86
1696297--1696339	20	2.1	20	86	4	59	32	13	11	41	1.81
1696354--1696378	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1698875--1698928	20	2.7	20	88	0	81	42	12	14	29	1.83
1698960--1699026	33	2.1	33	91	2	109	37	19	10	32	1.86
1698993--1699046	20	2.7	20	94	0	90	40	18	9	31	1.82
1702470--1702598	52	2.5	52	97	0	249	27	18	18	34	1.95
1702684--1702754	19	3.7	19	96	0	124	39	18	11	30	1.86
1711870--1711984	52	2.3	51	83	7	144	33	11	23	32	1.90
1711976--1712043	28	2.5	28	83	13	88	32	20	25	22	1.98
1711953--1712233	108	2.6	108	82	3	332	32	14	25	27	1.95
1712217--1712384	51	3.3	50	77	4	149	31	14	26	27	1.95
1714601--1714656	20	2.8	20	86	5	78	41	12	16	30	1.85
1714642--1714733	29	3.5	29	65	25	85	42	17	16	23	1.88
1714622--1714753	49	2.7	49	96	0	237	42	15	16	25	1.88
1714720--1714774	20	2.8	20	91	0	83	47	14	14	23	1.81
1716160--1716184	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1716138--1716204	33	2.1	33	88	2	100	32	13	17	35	1.89
1716275--1716299	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1718393--1718466	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1718411--1718486	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
1718393--1718486	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
1718525--1718550	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1719008--1719074	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1720591--1720764	84	2.1	84	80	6	192	54	3	17	24	1.59
1724061--1724134	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
1724079--1724154	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
1724061--1724154	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
1724193--1724218	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1724676--1724742	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1726655--1726793	51	2.7	52	86	1	181	30	15	13	40	1.86
1730005--1730058	20	2.6	21	82	2	65	33	14	9	42	1.78
1731759--1731868	56	2.0	56	94	0	193	30	20	13	35	1.92
1735712--1735945	97	2.4	97	84	1	290	28	24	11	35	1.91
1737230--1737428	79	2.5	79	81	3	222	30	15	27	26	1.96
1737333--1737619	51	5.5	51	68	14	181	33	12	25	28	1.92
1737442--1737616	52	3.4	51	78	6	174	34	10	24	30	1.89
1739985--1740010	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1740034--1740106	32	2.3	32	92	0	119	36	16	10	35	1.84
1740042--1740104	19	3.6	19	66	24	57	38	15	11	34	1.83
1740073--1740134	19	3.2	19	71	13	54	27	14	14	43	1.84
1741083--1741751	61	11.4	61	82	11	711	25	19	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1741338--1741427	29	3.2	29	64	24	75	23	21	28	26	1.99
1740916--1741751	293	2.9	291	87	5	1185	25	19	27	27	1.99
1741516--1741606	29	3.2	29	62	14	73	23	17	30	28	1.97
1740919--1741753	116	7.2	114	82	8	894	24	19	28	27	1.99
1741670--1741851	100	1.8	100	91	0	301	28	18	26	25	1.98
1742823--1742894	1	72.0	1	74	0	54	1	4	8	86	0.76
1742823--1742893	15	5.3	14	73	23	64	1	4	8	85	0.77
1742830--1742894	30	2.3	30	86	7	91	1	3	9	86	0.75
1755261--1755493	79	2.9	78	79	6	220	32	12	27	28	1.93
1755449--1755525	28	2.8	28	82	7	77	24	18	33	23	1.96
1755370--1755571	107	1.9	108	82	5	257	30	12	28	28	1.93
1755513--1755692	51	3.5	51	80	2	207	35	11	22	30	1.89
1755513--1755685	52	3.4	51	80	5	195	35	10	23	30	1.89
1758058--1758083	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1758070--1758112	21	2.0	22	95	4	79	30	18	9	41	1.82
1758139--1758186	19	2.5	19	96	0	87	39	18	10	31	1.85
1759323--1759493	46	3.7	46	78	6	166	35	21	12	30	1.91
1759322--1759528	46	4.5	46	78	6	159	35	20	13	30	1.91
1760299--1760352	20	2.7	20	82	5	65	35	12	20	31	1.90
1762379--1762450	15	4.8	15	98	0	135	52	5	6	34	1.52
1766327--1766352	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1766633--1766767	50	2.7	49	87	4	173	29	15	13	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1768165--1768189	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1768145--1768212	33	2.1	33	91	2	111	35	16	14	33	1.89
1772228--1772258	15	2.1	15	93	0	53	41	16	22	19	1.89
1774106--1774137	8	4.0	8	91	0	55	15	0	25	59	1.36
1774163--1774202	22	1.9	22	85	10	57	12	0	17	70	1.18
1776154--1776237	35	2.4	35	95	0	150	42	2	30	23	1.67
1776895--1776962	33	2.1	33	88	2	102	36	16	13	33	1.87
1779084--1779154	28	2.5	28	83	0	88	25	26	15	32	1.95
1779110--1779284	79	2.2	78	81	5	226	29	24	13	33	1.93
1779020--1779227	107	1.9	107	83	3	267	27	21	14	36	1.93
1779219--1779385	51	3.3	50	82	5	201	30	24	9	35	1.87
1779321--1779665	79	4.4	79	80	5	340	29	22	11	36	1.89
1779137--1779465	181	1.8	181	80	2	401	30	22	11	35	1.90
1779318--1779665	158	2.2	157	82	6	402	29	21	12	36	1.90
1780591--1780879	131	2.2	130	79	8	311	34	9	25	30	1.88
1780699--1780817	51	2.3	52	83	1	150	29	9	29	31	1.88
1780624--1780947	130	2.5	130	81	4	359	32	10	26	30	1.90
1780751--1780897	79	1.9	78	82	1	186	31	11	25	31	1.91
1780837--1781133	51	5.7	51	71	10	201	32	11	25	30	1.90
1780701--1781030	181	1.8	182	90	3	531	31	10	26	31	1.90
1780985--1781054	28	2.5	28	88	11	108	28	20	28	22	1.98
1780880--1781184	157	1.9	158	85	4	420	31	13	26	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1781046--1781156	51	2.2	51	88	1	161	33	12	25	28	1.92
1781096--1781314	79	2.8	78	81	5	251	31	15	25	27	1.96
1783430--1783755	42	7.6	43	72	12	195	42	13	24	20	1.88
1783432--1783794	86	4.3	84	79	6	342	41	13	24	20	1.89
1783759--1784346	55	10.0	62	80	6	537	28	19	25	27	1.98
1783770--1784346	122	4.9	122	82	7	616	27	19	25	27	1.99
1784307--1784461	76	2.0	76	94	0	274	29	15	30	24	1.96
1785517--1785577	17	3.6	16	80	10	68	0	1	13	85	0.68
1785517--1785575	8	6.9	8	83	11	64	0	1	13	84	0.69
1785517--1785577	27	2.3	27	85	0	86	0	1	13	85	0.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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