genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8764944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   

This is table  5  of  52  ( 6211 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
650063--650340	102	2.7	102	84	4	348	34	11	25	28	1.91
650063--650340	153	1.8	153	90	3	452	34	11	25	28	1.91
650065--650340	50	5.4	49	85	5	329	34	11	25	28	1.91
652684--652739	21	2.7	21	94	2	96	48	12	17	21	1.80
652813--652870	21	2.7	22	81	7	75	32	15	15	36	1.89
653314--653597	31	9.0	32	72	6	181	23	19	30	27	1.98
653382--653500	64	1.9	63	84	8	161	23	19	29	27	1.98
653567--654114	58	9.1	59	77	7	467	29	18	22	30	1.97
653569--654112	123	4.5	120	78	10	486	29	18	21	30	1.97
654194--654243	26	1.9	26	95	0	91	38	16	14	32	1.88
668152--668176	9	2.8	9	100	0	50	20	8	0	72	1.10
668759--668802	3	13.3	3	90	9	52	0	38	0	61	0.96
668759--668802	6	6.6	7	87	12	58	0	38	0	61	0.96
669214--669257	20	2.2	20	91	0	70	20	15	0	63	1.31
669386--669419	17	2.0	17	88	0	50	11	5	0	82	0.83
672212--672441	97	2.4	97	83	1	282	28	25	11	34	1.91
674533--674670	68	2.0	68	91	0	222	43	4	6	45	1.49
679257--679397	63	2.2	64	94	2	248	48	10	18	21	1.78
680914--681411	250	2.0	250	92	0	825	40	11	17	31	1.85
683396--683452	21	2.8	19	78	17	53	35	5	21	38	1.76
683404--683452	21	2.3	21	85	0	62	38	4	22	34	1.73
684878--684918	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685238--685267	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
688758--688797	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
688758--688802	11	4.2	11	83	11	58	37	0	0	62	0.96
688970--689042	29	2.5	28	80	6	74	45	4	1	49	1.29
689631--689658	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
691515--691580	32	2.1	32	91	0	105	40	22	4	31	1.74
692714--692764	20	2.5	20	93	3	84	39	11	19	29	1.87
692714--692788	21	3.7	20	85	3	87	37	10	18	33	1.86
692845--693046	52	4.0	51	83	3	228	32	13	11	42	1.81
693289--693388	52	1.9	53	83	2	130	72	6	8	14	1.27
693360--693404	13	3.4	13	81	3	54	80	0	17	2	0.82
694885--694984	29	3.4	29	78	9	96	30	32	10	28	1.89
694909--694984	29	2.6	29	85	0	98	28	34	7	28	1.85
694952--695106	33	4.8	32	81	6	161	29	31	15	23	1.95
694961--695094	33	4.2	33	85	5	170	29	29	17	23	1.97
695257--695452	52	3.8	52	78	0	185	29	19	10	41	1.84
695257--695452	104	1.9	104	80	2	232	29	19	10	41	1.84
695514--695698	52	3.6	51	78	2	181	27	22	14	35	1.93
696604--696656	14	4.0	14	75	18	51	73	3	0	22	0.99
696556--696651	39	2.6	36	75	15	92	71	4	0	23	1.03
696893--696974	32	2.5	32	82	11	87	54	17	14	13	1.70
697505--697534	14	2.1	14	93	0	51	76	0	13	10	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
705308--706345	85	12.2	85	81	3	955	17	28	19	35	1.94
705353--706303	127	7.5	126	76	7	771	17	28	19	34	1.94
705438--706303	212	4.1	212	78	6	817	17	28	19	34	1.94
706806--706941	12	10.8	13	67	20	51	73	2	0	24	0.94
706809--706888	23	3.2	23	70	15	61	67	2	0	30	1.04
706895--706938	10	4.3	10	94	2	70	84	0	0	15	0.63
706893--706945	27	2.0	27	92	7	90	84	0	0	15	0.61
706874--706947	17	4.4	17	81	10	80	81	1	0	17	0.77
706883--706954	6	12.3	6	73	20	64	81	1	1	15	0.82
706893--706955	17	3.8	16	83	8	81	84	0	1	14	0.71
707123--707188	17	3.8	17	83	4	87	18	22	12	46	1.81
707790--707822	14	2.3	15	89	5	50	69	15	9	6	1.34
709349--709399	25	2.0	25	100	0	102	37	19	7	35	1.81
715623--716672	85	12.4	85	81	4	703	17	28	19	35	1.94
715668--716701	127	8.1	127	75	7	664	17	28	18	35	1.94
715711--716650	212	4.4	211	75	8	748	17	28	19	34	1.94
715634--716291	254	2.6	254	82	3	756	17	27	18	35	1.94
715711--716662	42	22.5	41	73	6	259	17	28	19	34	1.94
717204--717235	16	1.9	17	93	6	57	65	0	0	34	0.93
717212--717293	7	11.0	7	73	21	69	78	1	0	20	0.83
717229--717286	28	2.1	27	87	9	82	81	1	0	17	0.78
717251--717289	20	2.0	20	90	10	62	82	0	0	17	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
717228--717294	17	3.9	17	81	9	75	80	1	0	17	0.79
717246--717293	10	4.7	10	80	10	53	85	0	0	14	0.60
718117--718198	21	4.1	20	85	6	112	37	17	12	32	1.86
718117--718198	41	2.0	40	88	6	121	37	17	12	32	1.86
718234--718301	19	3.9	19	78	21	76	36	11	14	36	1.83
718236--718298	32	2.0	32	93	0	108	36	12	15	34	1.86
718255--718279	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
718341--718366	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
718321--718387	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
720843--720959	52	2.3	49	85	11	146	32	26	11	29	1.91
720943--721019	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
720718--721026	160	1.9	161	86	7	444	29	28	13	28	1.94
721053--721106	28	1.9	28	88	7	83	24	27	16	31	1.96
720973--721174	76	2.6	78	81	5	223	25	30	16	27	1.96
722259--722290	16	2.0	16	100	0	64	50	18	12	18	1.78
724800--724851	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
724800--724872	32	2.3	32	92	0	119	36	19	10	32	1.86
724929--724967	21	1.9	20	94	5	69	30	12	20	35	1.90
725728--725793	17	3.8	17	83	4	87	18	22	12	46	1.81
726395--726427	14	2.3	15	89	5	50	69	15	9	6	1.34
729018--729156	51	2.7	52	82	1	154	29	17	12	40	1.86
729309--729392	42	2.0	41	90	2	132	32	22	13	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
730155--730201	20	2.3	21	92	3	78	40	8	19	31	1.81
730532--730586	20	2.7	20	88	2	74	40	10	14	34	1.81
739153--739230	28	2.8	28	82	0	84	30	19	17	32	1.95
739301--739507	88	2.3	90	83	4	262	24	27	12	36	1.91
739444--739507	32	2.0	31	81	3	74	23	26	9	40	1.85
739514--739687	30	5.9	29	70	12	122	24	26	14	34	1.94
739148--739655	120	4.3	118	76	10	422	24	25	13	36	1.92
739585--740117	62	8.9	59	76	15	334	22	27	12	37	1.90
739181--739762	120	4.9	120	75	9	402	24	25	12	36	1.91
739713--740023	34	9.9	34	75	14	210	21	28	11	38	1.89
739683--740096	56	6.9	61	80	13	403	21	27	12	37	1.90
739745--740092	28	11.7	28	79	12	251	21	28	12	37	1.90
739889--740071	34	5.8	34	87	5	221	20	30	13	36	1.90
739610--740092	184	2.7	177	83	7	555	22	28	12	37	1.90
740110--740348	32	7.5	31	81	6	221	31	31	17	18	1.95
740150--740348	65	3.1	63	84	5	240	31	33	17	17	1.94
742609--742791	43	3.8	48	80	10	205	25	24	18	32	1.97
742703--742854	55	2.9	52	79	5	178	25	23	15	36	1.94
742703--742838	52	2.6	52	83	3	164	25	23	16	35	1.95
742869--742991	49	2.5	49	97	0	228	22	27	16	33	1.95
742750--742973	116	1.9	118	85	5	308	23	25	15	35	1.94
743706--743806	32	3.1	32	94	1	166	35	11	15	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743823--743847	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
747839--747955	51	2.3	50	91	1	180	29	15	13	41	1.86
748368--748697	160	2.1	160	95	1	590	34	34	4	26	1.76
751015--751587	289	2.0	287	94	0	1002	34	18	17	30	1.94
753069--753126	26	2.2	26	75	0	62	58	3	0	37	1.15
754139--754168	15	2.0	15	93	0	51	46	3	0	50	1.18
754368--754402	18	1.9	17	88	11	52	57	0	5	37	1.23
754692--754729	20	1.9	20	84	10	51	52	5	0	42	1.24
755762--755787	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
755826--755901	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52