genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8764944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   

This is table  6  of  52  ( 6211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755846--755919	20	3.7	20	80	3	94	32	20	12	35	1.89
755826--755919	41	2.3	41	98	0	179	30	19	11	38	1.87
758382--758446	13	5.0	13	94	0	112	35	15	18	30	1.92
758382--758445	26	2.5	26	100	0	128	34	15	18	31	1.93
758432--758510	20	3.7	20	73	20	70	45	13	15	25	1.83
762338--762382	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
764651--764726	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
764671--764744	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
764651--764744	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
769051--769111	19	3.1	19	73	13	52	40	14	14	29	1.86
769058--769143	19	4.8	18	73	21	74	34	12	16	36	1.87
769099--769125	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
769079--769151	32	2.3	32	92	0	128	32	12	17	36	1.87
771572--771959	51	7.4	52	70	9	252	29	26	11	32	1.92
771970--772205	79	3.0	77	78	6	249	26	25	14	33	1.94
776896--776976	20	4.0	20	78	10	65	40	11	13	34	1.80
779671--780477	85	9.5	85	73	7	457	18	25	18	38	1.93
779671--780453	42	18.5	43	70	8	392	18	25	18	38	1.92
779966--780453	128	3.8	128	79	5	400	17	23	17	40	1.91
781537--781968	167	2.6	163	78	9	440	32	9	7	49	1.65
783319--783926	162	3.7	164	85	5	734	36	10	11	41	1.76
785761--785785	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787176--787361	92	2.0	91	93	1	318	47	15	11	25	1.79
788847--788890	16	2.8	16	78	0	52	27	29	2	40	1.68
792315--792371	30	1.9	29	89	10	89	49	1	0	49	1.11
792566--792612	14	3.3	14	82	11	60	53	4	0	42	1.20
792638--792669	8	4.2	8	88	11	50	37	0	0	62	0.95
792638--792669	15	2.1	15	94	0	55	37	0	0	62	0.95
792709--792763	20	2.7	20	88	5	74	56	0	0	43	0.99
793679--793713	16	2.2	16	100	0	70	40	22	5	31	1.78
803089--803137	26	1.9	25	84	12	64	59	0	0	40	0.98
808411--808791	133	2.9	132	79	3	386	41	21	12	25	1.87
808450--808867	133	3.1	133	79	2	340	39	22	11	26	1.88
809900--810088	59	3.3	58	75	8	154	48	17	13	20	1.80
809808--810047	119	2.0	118	81	7	281	47	20	13	18	1.81
810002--810111	56	2.0	56	85	0	148	47	16	15	20	1.83
814022--814088	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
814042--814066	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
814129--814153	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
814162--814281	52	2.3	52	92	0	204	33	18	18	30	1.95
818661--818714	20	2.6	21	82	2	65	33	14	9	42	1.78
828023--828075	20	2.7	19	82	5	61	33	20	9	35	1.85
831566--831601	17	2.1	17	100	0	72	38	11	5	44	1.63
841695--841770	14	5.5	14	75	19	79	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841679--841723	17	2.8	17	77	19	51	53	0	0	46	1.00
841688--841770	28	3.0	28	78	16	93	56	0	0	43	0.99
841691--841783	30	3.5	26	69	16	73	59	0	0	40	0.98
841781--841841	11	5.4	12	77	13	67	65	0	1	32	1.02
841820--841895	27	2.9	26	81	11	75	61	3	3	30	1.32
842808--842878	17	4.0	18	77	14	76	63	1	2	32	1.18
846846--846920	37	2.0	37	100	0	150	33	13	26	26	1.93
848303--848597	152	1.9	153	97	0	556	35	13	24	26	1.93
850494--850537	16	2.8	15	79	6	52	29	0	2	68	1.02
857690--857714	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
862150--862223	20	3.7	20	80	7	96	40	10	16	32	1.83
867072--867735	155	4.3	154	77	6	556	39	18	16	26	1.91
869896--870294	166	2.4	166	80	8	436	47	8	12	31	1.71
869811--870358	165	3.3	165	77	9	465	47	10	11	30	1.73
876751--876806	16	3.4	17	78	11	62	42	0	7	50	1.30
876844--876881	19	2.1	19	85	9	53	55	15	5	23	1.61
877806--877887	33	2.5	32	78	2	83	35	8	15	40	1.78
879941--879980	19	2.1	19	100	0	80	30	20	15	35	1.93
884474--884500	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
886948--887004	19	2.9	19	86	2	78	31	19	15	33	1.93
887171--887277	52	2.0	53	89	1	162	42	24	13	19	1.86
897025--897075	17	2.8	18	79	11	59	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897875--897920	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
899954--899990	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
903137--903177	21	2.0	21	86	9	59	41	9	7	41	1.66
908164--908282	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
908197--908272	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
908188--908273	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
908179--908249	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
909966--909990	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
910028--910130	52	2.0	52	86	3	145	33	15	12	38	1.85
914565--914605	20	2.0	21	95	4	75	51	9	0	39	1.35
915174--915412	90	2.7	89	78	1	244	34	21	9	34	1.86
921214--921729	79	6.5	79	80	2	475	36	13	22	27	1.91
921205--921593	159	2.5	158	81	5	428	36	13	23	26	1.92
921664--921763	51	2.0	51	87	0	146	35	8	25	32	1.85
921668--921780	51	2.2	51	82	3	138	34	9	23	32	1.87
924202--924368	50	3.3	49	87	4	217	44	13	15	26	1.84
926087--926134	20	2.6	18	80	9	51	33	2	4	60	1.27
926786--927306	152	3.4	153	78	6	425	40	18	14	26	1.89
927506--927535	13	2.3	13	94	0	51	40	3	0	56	1.16
935113--935163	21	2.3	23	87	12	72	7	43	0	49	1.32
935129--935248	42	2.8	42	81	12	129	12	39	0	48	1.41
935997--936044	25	1.9	25	82	0	60	4	14	4	77	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
936200--937562	682	2.0	682	92	0	2294	35	21	14	29	1.93
939371--939451	28	2.9	28	75	12	78	61	6	19	12	1.51
950028--950103	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
950027--950112	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
950018--950136	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
955178--955206	12	2.4	12	100	0	58	37	0	24	37	1.56
956284--956365	28	3.0	27	71	18	69	59	8	17	14	1.59
969358--969399	8	4.9	9	85	5	52	38	21	2	38	1.67
977774--977806	13	2.5	13	90	0	57	84	0	9	6	0.76
979636--979689	20	2.7	20	91	0	81	35	16	14	33	1.90
979722--979770	19	2.5	19	83	3	62	36	14	16	32	1.89
986707--986782	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
986706--986791	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
986697--986815	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
992203--992256	19	2.8	19	82	2	63	35	14	18	31	1.91
996781--996820	16	2.4	16	91	4	62	85	2	5	7	0.83
996781--996833	19	3.0	18	84	10	65	81	3	5	9	0.98
996782--996859	28	2.7	27	76	7	75	79	3	6	10	1.04
997694--997754	28	2.2	28	87	0	86	29	34	16	19	1.94
998090--998154	14	4.9	13	76	16	62	41	13	13	30	1.84
998095--998176	12	6.3	12	79	14	67	39	13	14	32	1.85
998115--998176	12	4.9	12	81	15	72	37	14	14	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1005338--1005492	82	1.9	80	84	10	208	43	18	7	30	1.77
1065907--1065953	18	2.6	18	83	6	51	10	46	0	42	1.38
1065938--1066019	9	9.8	9	69	15	50	12	36	3	47	1.59
1065910--1066019	42	2.6	42	82	0	157	11	40	2	45	1.55
1072834--1073126	157	1.9	157	81	3	356	37	14	17	30	1.90
1072842--1073192	157	2.2	157	78	3	339	36	15	17	30	1.91
1073523--1073560	20	1.9	20	88	0	58	28	15	13	42	1.85
1074347--1075062	159	4.5	159	74	5	462	37	13	16	32	1.87
1074776--1075146	160	2.4	157	82	5	444	37	12	15	34	1.85
1085673--1085752	42	1.9	42	92	0	133	10	46	2	41	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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