genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8764944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   

This is table  16  of  52  ( 6211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2454889--2454986	20	4.9	20	82	8	128	37	14	15	32	1.87
2454889--2454986	40	2.5	40	100	0	196	37	14	15	32	1.87
2456149--2456513	166	2.2	164	81	3	403	47	7	11	32	1.69
2461703--2462386	155	4.4	154	86	2	870	39	19	16	24	1.91
2461703--2462391	309	2.2	310	86	1	943	39	19	16	24	1.91
2462784--2463151	128	2.9	125	85	4	488	41	13	11	33	1.80
2465062--2465100	18	2.1	18	85	9	51	69	7	5	17	1.32
2464738--2465237	166	3.0	165	84	4	612	52	9	11	27	1.66
2471088--2471402	156	2.0	156	79	6	343	30	11	7	50	1.66
2474347--2474380	16	2.1	17	88	5	52	50	0	2	47	1.16
2475618--2475677	19	3.0	20	81	9	70	41	13	13	31	1.83
2475646--2475940	32	9.2	32	98	0	563	31	11	21	34	1.90
2476048--2476085	20	1.9	20	100	0	76	31	13	15	39	1.86
2487204--2487241	20	1.9	20	94	0	67	42	13	7	36	1.73
2487358--2487382	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2488926--2488999	36	2.1	36	94	0	130	33	4	35	27	1.76
2489701--2489779	33	2.5	32	81	6	90	41	3	24	30	1.72
2490759--2491043	143	2.0	143	91	1	464	36	15	16	31	1.90
2494506--2494539	3	11.3	3	87	0	50	26	32	0	41	1.56
2497103--2497127	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2497082--2497145	33	2.0	32	87	9	94	29	15	15	39	1.89
2497214--2497275	32	1.9	32	93	0	106	30	20	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2497703--2497805	34	2.9	35	79	4	118	34	10	26	28	1.90
2497701--2497815	34	3.4	34	78	13	105	33	11	25	30	1.91
2497772--2497831	31	2.0	31	93	3	104	30	15	25	30	1.95
2499420--2499477	21	2.7	22	80	15	68	51	1	25	20	1.57
2503160--2503184	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2503776--2503907	34	4.0	31	78	13	122	33	13	24	28	1.93
2503848--2503907	31	2.0	31	93	3	104	31	15	23	30	1.95
2504269--2504324	20	2.7	21	86	5	78	32	17	10	39	1.84
2504266--2504342	21	3.8	20	76	10	75	31	19	10	38	1.85
2508266--2508338	15	4.8	15	72	9	67	50	2	2	43	1.30
2508601--2508639	20	2.0	20	94	0	69	30	0	0	69	0.89
2508631--2508690	24	2.3	27	77	11	72	48	1	0	50	1.11
2508645--2508773	35	3.6	36	77	13	133	44	0	1	54	1.09
2511985--2512029	2	22.5	2	90	0	72	0	4	48	46	1.22
2513442--2513550	2	54.0	2	78	1	101	42	2	5	49	1.40
2517603--2517652	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
2525068--2525140	32	2.3	32	90	0	110	30	15	16	38	1.89
2526239--2526309	32	2.2	32	87	0	106	35	9	16	38	1.82
2526354--2526378	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2526387--2526514	52	2.5	52	93	1	222	35	17	18	28	1.94
2538518--2538638	1	121.0	1	70	0	62	83	10	4	1	0.85
2538533--2538644	16	7.1	16	81	14	126	83	10	4	1	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2538533--2538644	32	3.5	30	88	10	145	83	10	4	1	0.87
2538516--2538647	48	2.7	48	82	12	153	81	12	3	2	0.91
2540087--2540148	29	2.2	29	85	2	81	33	29	17	19	1.95
2540112--2540192	28	2.8	28	80	12	85	35	24	18	20	1.95
2540199--2541403	101	11.9	101	84	4	1362	23	25	17	34	1.96
2540199--2541347	150	7.6	150	84	5	1309	23	25	17	33	1.96
2540199--2541403	49	23.8	49	82	4	1269	23	25	17	34	1.96
2548696--2548722	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2548677--2548741	33	2.0	32	87	3	94	30	15	13	40	1.86
2548707--2548763	19	2.9	19	85	10	80	35	17	14	33	1.90
2548791--2548857	20	3.8	18	74	25	63	34	14	16	34	1.90
2548792--2548856	33	2.0	33	93	0	112	35	15	16	32	1.91
2548812--2548836	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2550436--2550468	15	2.4	14	85	14	50	51	0	24	24	1.48
2551545--2551626	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
2551609--2551943	51	6.4	51	71	12	205	31	11	26	30	1.92
2551762--2551834	27	2.6	28	81	14	89	20	20	34	24	1.97
2554300--2554325	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2554279--2554345	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2554365--2554432	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2554387--2554411	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2554368--2554430	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2554488--2554607	21	5.7	21	100	0	240	37	22	10	30	1.87
2554468--2554609	63	2.2	64	90	3	234	35	20	12	31	1.90
2554611--2554638	14	2.0	14	100	0	56	14	0	0	85	0.59
2555235--2556407	55	21.3	53	92	4	1691	20	20	30	28	1.98
2555501--2555590	26	3.3	26	68	14	74	20	17	33	28	1.95
2555723--2555810	26	3.3	26	66	20	72	20	18	32	28	1.96
2555890--2555975	26	3.2	26	65	20	68	18	18	33	29	1.95
2556190--2556275	27	3.1	27	62	15	68	27	19	24	27	1.99
2557368--2557414	16	3.1	15	87	6	60	0	2	8	89	0.57
2557378--2557415	11	3.5	11	100	0	76	0	0	10	89	0.49
2569281--2569362	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
2569345--2569515	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
2569498--2569573	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
2572036--2572061	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2572015--2572081	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2572101--2572168	19	3.9	18	75	23	74	38	13	11	36	1.81
2572123--2572147	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2572104--2572166	32	2.0	32	93	0	108	36	14	12	36	1.84
2572224--2572280	21	2.7	21	100	0	114	36	21	10	31	1.87
2572288--2572319	11	2.9	11	90	0	55	9	0	0	90	0.45
2578599--2578645	24	1.9	24	83	12	60	23	12	4	59	1.51
2579355--2579446	20	4.8	20	76	11	68	32	15	16	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2579475--2579499	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2579906--2579970	32	2.0	33	90	3	105	32	10	16	40	1.84
2580013--2580141	52	2.5	52	96	0	231	35	16	17	30	1.92
2585068--2585124	21	2.7	21	91	0	96	29	17	21	31	1.96
2588541--2588707	81	2.0	82	84	2	219	35	11	20	31	1.89
2589283--2589330	23	2.1	24	88	7	73	54	2	8	35	1.42
2594970--2595027	13	4.0	13	74	23	53	34	15	15	34	1.89
2600001--2600136	35	3.9	35	85	7	181	27	27	11	33	1.90
2600001--2600136	71	2.0	67	85	8	184	27	27	11	33	1.90
2600699--2600723	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2604212--2604265	19	2.8	20	91	2	83	29	16	16	37	1.91
2607874--2607926	19	2.7	20	85	8	72	43	15	13	28	1.84
2611970--2612008	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
2614078--2614115	13	2.9	13	92	0	58	36	18	13	31	1.89
2614557--2614599	20	2.1	20	82	4	50	20	44	25	9	1.81
2615736--2615778	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
2616654--2616679	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2616636--2616700	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
2620307--2620333	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2622206--2622249	22	2.0	21	91	4	70	36	4	25	34	1.76
2623162--2623217	20	2.8	20	86	5	78	32	12	16	39	1.85
2626051--2626208	65	2.4	63	86	11	212	29	24	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2626051--2626208	31	4.8	32	83	9	187	29	24	12	32	1.92
2626739--2626789	20	2.6	19	78	9	57	35	11	13	39	1.82
2632589--2632649	29	2.1	30	81	3	70	37	4	14	42	1.68
2633022--2633075	27	2.0	27	100	0	108	51	11	18	18	1.74
2633777--2633842	34	1.9	33	84	6	87	39	0	0	60	0.97
2636407--2636453	12	3.5	13	88	11	69	42	0	0	57	0.98
2636407--2636447	13	3.2	12	93	6	64	39	0	0	60	0.96
2636407--2636457	25	2.0	24	85	14	68	41	0	0	58	0.98
2636456--2636530	33	2.3	33	86	2	98	53	5	1	40	1.32
2641270--2641312	22	2.0	22	86	9	61	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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