genome.fa.s129.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold129
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3652842

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1926305--1926390	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
1926296--1926366	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
1936247--1936310	12	5.8	12	75	25	61	9	50	0	40	1.35
1936210--1936309	42	2.3	43	88	10	143	10	48	0	42	1.37
1936244--1936306	31	2.0	31	96	0	117	7	50	0	41	1.31
1937028--1937133	44	2.4	44	92	3	178	44	15	10	30	1.79
1937146--1937211	9	7.0	9	71	21	55	1	13	3	81	0.87
1937147--1937212	19	3.3	20	80	12	73	1	12	3	83	0.83
1942297--1942372	12	6.9	11	81	15	79	39	0	47	13	1.42
1942317--1942377	9	7.1	9	74	10	65	42	0	44	13	1.43
1942287--1942405	42	2.8	42	92	0	184	43	0	44	10	1.45
1942299--1942386	12	7.9	12	77	15	59	42	0	44	13	1.44
1942362--1942411	18	2.7	19	79	11	52	46	2	44	8	1.44
1949458--1949533	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1949457--1949542	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1949448--1949566	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
1960286--1960322	19	2.0	19	89	5	58	51	8	0	40	1.32
1960290--1960337	18	2.8	17	82	17	55	52	10	0	37	1.36
1970731--1970769	20	1.9	20	89	5	60	30	12	17	38	1.88
1976769--1976876	42	2.6	42	91	5	182	9	48	2	39	1.50
1976793--1976872	24	3.6	24	70	19	82	11	46	2	40	1.53
1976797--1976863	21	3.2	21	70	29	70	10	46	2	40	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1979881--1980050	91	1.9	91	82	4	218	30	24	11	33	1.90
1982488--1982573	24	3.8	24	72	17	85	40	2	46	10	1.51
1982488--1982597	42	2.6	42	90	5	177	40	3	47	9	1.53
1982503--1982569	21	3.2	21	70	29	70	40	2	46	10	1.53
1989290--1989362	12	6.6	12	75	20	54	41	0	43	15	1.46
1989311--1989342	9	3.6	9	91	0	55	43	0	43	12	1.42
1989314--1989375	18	3.6	18	73	20	60	43	0	43	12	1.43
1989281--1989362	42	2.0	42	92	0	137	43	0	42	13	1.43
1989320--1989387	33	2.1	33	91	0	109	41	1	45	11	1.50
2003038--2003130	24	4.2	23	70	18	72	45	2	43	9	1.49
2003038--2003147	42	2.6	42	84	5	159	43	1	45	9	1.46
2007894--2008293	202	2.0	202	86	2	561	22	21	13	43	1.87
2009273--2009824	29	19.7	29	78	9	411	25	32	13	27	1.94
2009283--2009824	112	4.8	112	80	9	480	26	32	14	26	1.94
2009745--2009996	32	8.2	31	77	8	214	31	31	16	20	1.95
2009816--2009994	95	1.9	94	87	4	261	32	31	17	18	1.94
2009995--2010131	59	2.3	59	84	2	186	26	30	10	32	1.91
2020395--2020444	19	2.5	20	90	3	75	32	16	16	36	1.90
2022091--2022118	3	9.3	3	100	0	56	35	0	32	32	1.58
2024570--2024662	20	4.6	19	72	15	71	34	11	20	33	1.89
2024569--2024621	20	2.7	20	82	2	72	37	15	16	30	1.90
2024569--2024629	19	3.2	19	75	11	70	36	14	18	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2025476--2025542	33	2.0	33	85	5	91	34	17	11	35	1.87
2025593--2025617	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2030602--2030683	43	1.9	43	90	5	130	43	4	26	24	1.74
2033339--2033387	23	2.2	22	81	3	53	65	16	4	14	1.42
2033586--2034037	78	5.7	78	81	4	453	37	11	22	28	1.89
2033588--2034037	158	2.8	156	79	7	489	37	11	22	28	1.89
2033589--2034040	79	5.7	79	82	5	441	37	11	22	28	1.89
2036429--2036562	51	2.6	51	85	2	171	41	14	16	26	1.87
2040218--2040293	12	6.9	11	80	15	70	40	0	46	13	1.43
2040238--2040298	9	6.1	9	75	20	59	44	0	42	13	1.43
2040241--2040311	18	3.6	18	72	20	61	45	0	42	12	1.42
2040208--2040326	42	2.8	42	90	0	184	43	0	44	10	1.45
2040220--2040307	12	7.9	12	77	15	59	43	0	43	13	1.44
2042890--2042959	12	6.5	11	80	16	69	40	0	45	14	1.45
2042910--2042941	9	3.6	9	91	0	55	43	0	43	12	1.42
2042878--2042968	42	2.2	41	84	5	128	47	0	40	12	1.41
2042907--2042987	31	2.6	31	86	5	103	41	1	45	11	1.47
2047859--2047893	15	2.2	17	90	10	56	11	25	5	57	1.56
2047872--2047915	23	2.0	22	95	4	79	9	18	4	68	1.34
2047859--2047894	16	2.2	18	85	14	51	11	25	5	58	1.54
2049971--2050537	159	3.6	156	79	4	527	38	12	17	30	1.87
2049813--2050578	318	2.4	314	77	7	705	39	12	17	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2050809--2051516	158	4.4	160	74	11	380	37	14	18	29	1.90
2051423--2051751	159	2.1	158	79	4	349	37	13	18	30	1.88
2052060--2052145	44	2.0	43	90	2	136	36	10	17	36	1.84
2054116--2054234	42	2.8	42	90	0	184	42	2	47	8	1.47
2059213--2059266	23	2.3	23	90	0	90	77	3	14	3	1.04
2059203--2059269	23	2.6	26	79	18	86	79	2	14	2	0.98
2065832--2065907	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2065831--2065916	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2065822--2065940	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2073190--2073280	12	7.9	11	81	17	105	13	48	0	38	1.42
2073175--2073278	24	4.4	24	79	16	103	13	46	0	40	1.43
2073185--2073278	33	2.7	34	85	12	72	13	46	0	39	1.44
2073425--2073639	113	1.9	113	80	3	254	37	13	19	30	1.89
2075500--2075541	20	2.1	20	86	0	57	69	7	16	7	1.34
2079794--2079871	29	2.7	29	91	0	129	57	10	10	21	1.61
2080290--2080364	36	2.1	37	94	2	134	28	17	5	49	1.68
2080385--2080829	159	2.8	158	79	5	405	28	17	15	38	1.90
2086230--2086344	58	2.0	58	87	0	167	29	21	20	28	1.98
2088096--2088214	42	2.8	42	89	0	175	42	2	46	9	1.49
2093794--2093909	57	2.0	58	88	1	171	30	19	21	28	1.98
2094524--2094554	10	3.0	10	95	4	53	87	3	9	0	0.66
2094663--2094730	28	2.4	28	82	4	75	13	20	4	61	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2099739--2099814	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2099738--2099823	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2099729--2099847	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2111339--2111457	42	2.8	42	90	0	184	8	47	2	42	1.47
2111363--2111441	21	3.5	24	68	19	71	11	46	2	39	1.53
2111363--2111448	24	3.8	24	72	17	76	10	46	2	40	1.51
2113208--2113324	58	2.0	58	91	0	189	29	18	22	29	1.97
2116689--2116803	58	2.0	58	87	0	167	28	20	21	29	1.98
2121693--2122425	159	4.6	155	74	9	498	39	13	17	29	1.88
2122387--2122461	36	2.1	37	92	2	125	49	5	16	29	1.67
2122880--2122957	29	2.7	29	94	4	131	21	10	10	57	1.61
2127074--2127128	19	2.8	20	83	2	76	29	18	14	38	1.90
2134662--2134719	22	2.7	20	78	21	64	77	6	5	10	1.11
2134707--2134760	7	8.0	7	79	8	67	83	1	0	14	0.73
2134708--2134760	13	4.0	13	77	20	56	83	1	0	15	0.74
2134660--2134760	20	5.1	19	73	12	87	78	4	2	13	1.04
2136009--2136522	52	9.8	52	76	5	343	23	24	18	34	1.96
2135995--2136383	156	2.5	156	79	4	401	23	24	17	34	1.96
2136281--2136479	109	1.8	109	81	6	251	25	23	16	35	1.95
2137661--2138187	102	5.1	102	88	2	743	27	25	13	33	1.93
2138096--2138259	77	2.2	76	89	2	249	28	19	12	40	1.87
2139255--2139355	40	2.5	40	98	0	193	33	12	14	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2139340--2139368	15	1.9	15	100	0	58	27	17	6	48	1.72
2139255--2139355	20	5.1	20	77	0	121	33	12	14	38	1.85
2152362--2152417	20	2.8	21	91	5	89	41	12	14	32	1.83
2155715--2155802	14	6.6	14	71	7	58	34	10	19	36	1.85
2155847--2156628	28	27.0	28	73	12	519	27	29	17	25	1.97
2155847--2156628	57	13.5	56	73	11	535	27	29	17	25	1.97
2156057--2156409	29	11.8	32	66	15	127	26	28	18	26	1.98
2155874--2156387	180	2.9	181	82	7	540	27	29	17	26	1.97
2156630--2156721	31	2.8	34	83	6	118	27	30	19	22	1.98
2157852--2157899	20	2.4	20	82	0	60	35	10	14	39	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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