genome.fa.s129.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold129
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3652842

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793331--793497	20	7.8	20	72	19	124	41	11	16	29	1.84
793283--793507	91	2.5	91	88	2	328	41	12	16	30	1.84
803887--804079	42	4.6	42	81	2	181	22	28	16	33	1.95
803996--804172	42	4.2	42	77	5	151	20	31	15	33	1.93
804055--804225	84	2.0	83	81	1	198	19	28	15	37	1.92
804234--804417	84	2.2	85	81	6	205	22	25	14	37	1.92
804266--804508	127	1.9	127	85	1	335	18	25	17	37	1.93
804442--804576	42	3.2	41	78	8	146	18	27	19	34	1.95
803970--804601	42	15.1	41	68	13	145	20	27	15	36	1.93
804395--804681	84	3.4	83	83	3	326	19	26	17	36	1.94
804717--804870	42	3.7	43	71	11	122	24	26	14	34	1.94
804682--804876	85	2.3	84	81	6	225	22	28	14	34	1.93
804842--804964	41	3.0	41	79	4	140	21	30	13	34	1.92
805097--805428	84	3.9	84	81	2	281	19	25	18	37	1.94
804841--805392	42	13.2	42	67	13	185	20	26	15	37	1.92
805053--805295	127	1.9	127	83	3	319	18	25	16	38	1.92
805182--805468	84	3.4	83	83	3	317	19	26	16	36	1.93
804051--805653	787	2.0	787	99	0	3170	20	27	15	36	1.93
805469--805691	85	2.6	84	79	9	229	20	28	15	35	1.93
805469--805874	42	9.6	42	68	8	167	19	26	17	36	1.94
806389--806442	25	2.1	26	86	3	74	62	3	5	27	1.34
806652--806807	25	6.2	25	93	0	258	27	21	7	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807138--807210	33	2.2	33	87	0	101	49	12	20	17	1.79
807329--807372	24	1.9	23	86	9	63	63	13	15	6	1.49
807446--807564	64	1.9	63	85	1	166	57	9	25	7	1.56
809527--809567	20	2.0	21	90	4	66	36	12	17	34	1.87
814228--814254	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
816099--816140	22	1.9	22	90	0	66	38	7	33	21	1.81
816832--816881	20	2.5	20	87	6	66	36	16	18	30	1.92
821899--821924	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
821963--822038	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
821984--822056	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
821963--822056	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
822679--822750	36	2.0	36	97	0	135	40	23	2	33	1.69
824533--824571	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
824557--824635	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
826647--826677	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
830738--830763	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
830802--830877	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
830823--830895	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
830802--830895	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
833117--833562	61	7.3	61	80	5	447	27	26	17	28	1.98
833117--833580	120	3.8	121	79	8	458	26	26	17	29	1.97
836324--836376	19	2.7	20	85	8	72	28	13	15	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836673--836718	22	2.1	22	84	8	58	34	10	8	45	1.70
837124--837183	29	2.1	29	96	0	111	38	18	5	38	1.73
837153--837260	45	2.4	45	96	0	198	37	17	5	38	1.73
838549--838591	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
839023--839060	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
841108--841138	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
845206--845231	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
846580--846939	80	4.5	80	81	4	379	28	25	12	33	1.93
846546--846939	160	2.5	158	81	7	472	28	24	12	34	1.91
846899--846968	28	2.5	29	86	6	99	28	30	14	27	1.95
846818--847046	107	2.1	107	84	4	293	28	26	12	31	1.93
846925--847301	79	4.8	79	79	2	382	28	27	12	30	1.94
846739--847125	186	2.1	187	84	4	505	28	26	12	32	1.92
846926--847284	158	2.3	158	82	4	429	28	28	13	30	1.94
848240--848372	50	2.7	50	91	0	212	25	18	15	41	1.89
850711--851152	79	5.6	78	80	4	442	28	23	13	34	1.92
851028--851282	130	2.0	130	82	4	318	30	23	12	34	1.91
851108--851203	50	1.9	51	85	6	133	33	22	10	33	1.88
850939--851320	209	1.8	208	82	3	491	29	24	12	33	1.91
851141--851310	79	2.2	78	80	8	184	30	25	11	32	1.91
858052--858103	27	1.9	27	88	0	77	32	19	28	19	1.96
861185--861431	128	1.9	128	82	5	304	41	12	11	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861733--861790	24	2.4	23	78	21	66	5	24	0	70	1.07
862249--863008	165	4.7	161	78	11	667	50	7	12	30	1.66
862432--863008	154	3.7	154	78	9	564	50	6	12	30	1.65
863955--864410	42	10.9	42	67	9	144	35	18	28	17	1.93
864059--864336	84	3.3	84	76	5	197	37	18	26	17	1.93
864543--864619	41	1.9	40	83	2	100	44	19	20	15	1.87
864605--864705	43	2.4	42	78	4	96	36	20	25	16	1.94
864689--864824	42	3.2	42	77	4	130	37	15	27	19	1.92
865290--865660	78	4.8	77	78	8	299	28	14	26	29	1.95
865385--865655	77	3.5	74	79	10	197	28	15	26	29	1.96
874393--874466	20	3.7	20	89	7	107	25	16	16	41	1.88
876766--876934	51	3.3	51	84	1	205	27	25	14	32	1.94
876870--877164	79	3.8	80	80	4	323	28	26	13	31	1.94
877208--877283	28	2.7	28	89	6	118	21	31	21	26	1.98
883362--884297	60	15.3	61	69	17	477	24	27	18	29	1.98
883506--883984	180	2.7	180	92	0	766	25	28	16	30	1.96
883871--884298	63	6.8	62	78	8	411	24	26	20	29	1.99
883871--884296	124	3.4	124	87	3	586	24	26	20	29	1.99
884281--884578	88	3.4	86	83	7	370	20	26	12	39	1.88
884280--884605	43	7.4	43	79	9	329	20	26	13	39	1.90
884281--884605	132	2.5	131	84	4	422	20	26	13	39	1.90
884612--884710	40	2.4	41	85	6	121	18	26	12	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885315--885442	20	6.8	20	74	13	101	27	17	15	39	1.90
885353--885422	33	2.1	33	91	0	113	25	18	18	37	1.94
887759--887902	51	2.8	51	85	4	184	31	23	9	34	1.87
887967--888042	28	2.7	28	81	0	89	22	31	22	23	1.98
888026--888144	51	2.3	51	85	0	166	29	27	10	31	1.91
888076--888372	79	3.8	78	78	5	292	27	24	14	33	1.94
888416--888491	28	2.7	29	85	6	102	21	28	22	27	1.99
889384--889409	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
889448--889523	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
889469--889541	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
889448--889541	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
890166--890237	36	2.0	36	97	0	135	40	23	2	33	1.69
892020--892058	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
894141--894171	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
898233--898258	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
898297--898372	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
898318--898390	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
898297--898390	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
902342--902461	52	2.3	52	94	0	204	29	17	19	34	1.94
902342--902481	52	2.7	52	85	4	176	30	17	20	32	1.95
902470--902494	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
902557--902581	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902539--902601	33	1.9	33	86	0	90	41	14	11	33	1.81
903220--903275	19	2.9	19	83	2	76	32	17	12	37	1.88
910495--910522	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
910538--910632	20	4.8	19	82	7	109	28	17	13	40	1.88
913092--913209	51	2.3	51	84	4	157	30	25	10	33	1.89
913142--913445	79	3.9	79	78	0	331	26	26	14	31	1.94
913142--913440	157	1.9	158	83	2	386	27	26	14	32	1.94
917931--917983	19	2.7	20	79	2	63	39	13	16	30	1.87
919652--919777	62	2.0	62	92	3	209	32	16	25	25	1.96
923712--923899	20	8.9	20	70	14	92	41	13	14	29	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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