genome.fa.s129.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold129
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3652842

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2332282--2333865	49	31.8	48	73	11	895	23	25	16	33	1.96
2332370--2333971	403	4.0	403	94	0	2738	23	25	16	34	1.95
2332370--2333971	805	2.0	806	94	0	2792	23	25	16	34	1.95
2337506--2337559	20	2.7	20	100	0	108	46	18	11	24	1.81
2337640--2337665	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2339881--2339925	20	2.1	21	84	8	56	51	4	20	24	1.66
2341729--2341759	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2343758--2343783	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2343904--2343949	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2346245--2346270	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2346246--2346323	33	2.4	33	93	0	138	44	14	11	29	1.80
2346259--2346323	20	3.6	20	65	26	63	46	13	10	29	1.77
2349005--2349139	51	2.6	52	85	1	191	42	14	14	28	1.84
2349221--2349277	20	2.8	20	83	2	69	31	17	12	38	1.87
2350515--2350597	40	2.1	40	95	0	148	39	24	6	30	1.79
2351395--2351420	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2351479--2351534	20	2.8	20	89	5	78	30	16	14	39	1.88
2353801--2353847	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
2353968--2354006	13	3.0	13	96	0	69	41	15	12	30	1.85
2356081--2356111	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2357915--2357959	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2360238--2360310	20	3.6	20	81	9	76	30	16	13	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2360258--2360313	20	2.8	20	89	5	78	30	16	14	39	1.88
2363090--2363134	20	2.2	21	84	7	58	48	0	4	46	1.22
2368245--2368364	42	2.9	42	84	2	134	11	42	0	45	1.46
2368279--2368355	12	6.9	12	66	26	53	14	42	0	42	1.45
2368265--2368355	33	2.7	33	78	13	96	14	40	0	45	1.45
2377408--2377520	56	2.0	56	87	0	163	35	13	14	37	1.85
2381722--2381755	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2384344--2384403	13	5.1	13	70	29	62	38	15	18	28	1.91
2384340--2384421	33	2.5	33	86	7	116	39	14	19	26	1.90
2384922--2385002	16	5.1	16	83	0	90	40	30	18	9	1.83
2384922--2385002	32	2.5	32	84	4	101	40	30	18	9	1.83
2384977--2385007	16	1.9	16	100	0	62	45	22	19	12	1.84
2385022--2385077	16	3.5	16	82	4	69	39	26	19	14	1.90
2389608--2389657	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2391449--2391479	15	2.1	15	93	0	53	48	16	19	16	1.81
2393550--2393575	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2396124--2396149	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2397174--2397764	152	3.9	149	80	7	576	34	7	8	50	1.61
2399707--2400151	156	2.9	154	81	5	520	27	11	20	41	1.86
2406293--2406318	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2407038--2407081	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2408834--2408871	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2410951--2410981	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2415046--2415072	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2415027--2415090	32	2.0	33	87	3	94	28	14	14	43	1.83
2416073--2416122	21	2.5	19	81	18	57	22	8	2	68	1.26
2416079--2416122	19	2.3	20	84	7	56	22	6	2	68	1.25
2416749--2416805	9	6.0	10	78	13	50	75	0	22	1	0.90
2416767--2416804	17	2.3	16	90	4	58	81	0	15	2	0.80
2421078--2421268	37	5.2	37	89	3	278	20	21	26	30	1.98
2421291--2421596	130	2.4	130	84	3	384	19	24	27	28	1.98
2421310--2421657	31	10.8	31	68	9	124	18	24	28	28	1.98
2421438--2421559	62	2.0	62	81	3	147	15	26	31	26	1.96
2421463--2421653	99	1.9	99	80	0	220	16	24	30	28	1.97
2421240--2421657	130	3.2	130	79	2	374	18	23	28	28	1.98
2421783--2421852	31	2.3	30	80	11	79	14	21	34	30	1.93
2421880--2421958	34	2.3	34	84	8	97	36	12	29	21	1.90
2421938--2422166	122	1.9	123	81	3	282	41	12	26	18	1.86
2422065--2422289	43	5.3	43	82	6	228	41	13	26	18	1.87
2422056--2422286	86	2.7	84	80	6	268	40	14	25	19	1.89
2423447--2423506	7	8.4	7	75	21	54	6	0	8	85	0.76
2423447--2423478	13	2.6	12	90	9	55	0	0	9	90	0.45
2423466--2423506	16	2.6	16	96	3	75	9	0	7	82	0.83
2423447--2423506	22	2.8	21	80	7	75	6	0	8	85	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2430750--2430800	25	2.0	25	100	0	102	35	3	27	33	1.75
2431425--2431478	20	2.5	22	85	5	76	38	16	16	27	1.90
2431519--2431586	33	2.1	32	86	8	93	35	16	13	35	1.87
2433810--2433850	13	3.0	13	86	13	64	17	14	7	60	1.55
2433816--2433846	15	2.1	15	100	0	62	19	12	6	61	1.53
2437303--2437328	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
2437531--2437555	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2437989--2438040	20	2.4	21	87	9	70	23	50	23	3	1.66
2439414--2439454	22	1.9	22	95	5	75	34	0	31	34	1.58
2440011--2440035	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2440023--2440075	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
2440111--2440147	19	1.9	19	88	0	56	43	18	8	29	1.79
2440136--2440161	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2440183--2440217	10	3.5	10	92	0	52	25	17	31	25	1.97
2448392--2449003	42	14.5	42	76	6	474	18	27	20	33	1.96
2448388--2448996	168	3.6	167	82	4	658	18	28	19	33	1.95
2449529--2449582	28	2.0	27	76	20	51	79	0	0	20	0.73
2449527--2449580	16	3.2	17	82	10	67	81	0	0	18	0.69
2449484--2449581	19	5.1	19	73	15	76	77	3	0	19	0.90
2449800--2449849	19	2.7	18	87	6	73	20	20	12	48	1.80
2451595--2451623	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
2451888--2451916	13	2.1	14	93	6	51	79	0	0	20	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2454409--2454506	51	1.9	51	89	8	155	32	17	6	43	1.73
2457194--2457245	20	2.6	21	81	9	72	40	11	17	30	1.85
2459660--2459879	79	2.8	80	79	9	229	30	23	10	36	1.87
2459773--2459996	109	2.1	107	82	3	261	25	21	15	36	1.93
2459853--2459934	28	2.9	28	85	1	101	19	20	20	39	1.93
2459880--2460129	79	3.2	79	79	7	269	25	21	16	36	1.94
2460065--2460180	51	2.3	51	89	1	171	27	22	12	37	1.91
2459908--2460331	207	2.0	208	83	7	533	28	22	13	35	1.92
2460116--2460331	79	2.7	76	85	6	281	30	23	12	34	1.91
2466870--2466937	20	3.4	20	81	0	91	32	14	11	41	1.82
2471911--2472341	228	1.9	228	87	1	632	33	18	18	30	1.95
2476461--2476514	23	2.3	23	90	0	81	11	20	11	57	1.63
2477442--2477708	104	2.6	103	83	5	308	34	10	24	30	1.89
2477665--2477733	26	2.6	26	83	2	84	21	14	33	30	1.93
2477754--2477786	17	1.9	17	100	0	66	60	6	9	24	1.49
2477757--2477796	17	2.2	17	86	8	53	60	5	10	25	1.49
2480568--2480609	17	2.5	17	84	0	57	21	23	19	35	1.96
2481105--2481567	73	6.4	71	74	11	276	27	14	27	29	1.96
2481117--2481567	146	3.1	144	77	7	412	27	14	27	30	1.95
2481171--2481585	73	5.7	74	74	8	287	28	14	27	29	1.95
2483433--2483458	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2483414--2483478	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2487486--2487515	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
2487475--2487515	15	2.7	16	81	11	50	46	17	19	17	1.85
2494181--2494299	42	2.8	42	91	2	195	8	45	1	44	1.44
2496294--2496332	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2501250--2501393	20	6.8	20	75	17	123	26	15	15	42	1.87
2507196--2507279	1	84.0	1	73	0	60	85	9	3	1	0.76
2507197--2507278	14	5.7	14	80	17	73	85	9	3	1	0.77
2507198--2507277	27	3.0	27	77	17	94	85	10	3	1	0.79
2507194--2507279	44	2.0	43	82	8	104	83	10	3	2	0.85
2507198--2507279	10	7.7	10	78	15	76	85	9	3	1	0.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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