genome.fa.s129.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold129
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3652842

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1472011--1472125	48	2.4	48	97	0	212	34	20	17	26	1.95
1473261--1473536	80	3.4	79	74	9	245	31	25	9	33	1.88
1473317--1473468	81	1.9	81	80	5	182	30	28	9	30	1.88
1473248--1473604	161	2.2	161	82	3	423	29	26	10	33	1.90
1475002--1475074	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1475020--1475095	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1475002--1475095	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
1475134--1475159	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1477376--1477420	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1479224--1479254	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1481268--1481347	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
1481333--1481371	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1483799--1483871	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1483817--1483892	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1483799--1483892	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
1483931--1483956	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1487422--1487463	20	2.1	20	86	8	59	57	0	0	42	0.99
1490396--1490421	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1490378--1490441	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
1496598--1496633	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
1499146--1499207	32	1.9	33	90	3	99	41	12	14	30	1.83
1500183--1500225	21	2.0	22	95	4	79	41	9	0	48	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1500316--1500357	15	2.8	15	82	10	50	47	0	2	50	1.14
1500809--1501164	189	1.9	189	92	0	604	31	17	14	35	1.91
1502812--1502984	32	5.4	32	75	4	125	30	20	19	29	1.97
1502832--1503016	16	11.6	16	67	2	102	28	20	21	30	1.98
1502821--1502989	48	3.5	48	79	3	180	29	20	20	28	1.98
1506116--1506252	67	2.0	67	80	0	148	29	21	10	38	1.87
1507814--1507850	16	2.3	16	90	0	56	29	27	21	21	1.99
1508033--1508087	16	3.4	16	75	9	58	30	27	18	23	1.97
1508033--1508102	32	2.2	32	86	0	95	32	24	17	25	1.96
1508048--1508101	16	3.4	16	75	10	56	31	22	16	29	1.96
1508043--1508116	32	2.3	32	83	0	94	31	21	18	28	1.97
1508127--1508166	16	2.5	16	84	8	55	35	17	17	30	1.93
1508195--1508225	16	1.9	16	93	0	53	38	19	19	22	1.93
1510040--1510082	17	2.6	16	82	10	50	55	4	0	39	1.20
1511435--1511815	166	2.4	158	80	8	396	29	10	10	49	1.71
1512009--1512057	14	3.1	15	81	16	55	32	2	0	65	1.04
1512199--1512237	18	2.2	18	85	0	51	76	0	7	15	0.99
1513587--1513932	156	2.2	155	82	6	416	24	16	19	38	1.93
1515406--1515436	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1516556--1516601	16	2.7	18	86	10	69	36	2	6	54	1.39
1516790--1516839	18	2.6	20	78	18	61	32	0	6	62	1.20
1523534--1523814	61	4.8	61	76	8	249	35	12	25	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1523647--1524052	52	7.7	52	79	6	339	36	13	23	25	1.92
1523604--1524050	104	4.1	113	80	5	421	36	13	24	25	1.92
1523972--1524073	52	2.0	51	82	1	123	41	11	23	23	1.87
1524151--1524671	32	16.2	32	73	10	215	22	16	29	32	1.95
1524142--1525667	64	23.5	64	73	11	624	21	17	30	30	1.96
1524834--1525685	32	26.7	33	78	10	689	19	17	31	30	1.95
1524845--1525692	64	13.3	65	80	6	844	20	16	31	30	1.95
1524834--1525694	191	4.5	194	83	5	955	20	17	31	30	1.95
1525675--1525906	64	3.7	60	80	13	236	38	10	28	22	1.87
1525702--1525907	32	6.5	33	79	13	238	40	11	27	20	1.87
1525722--1525942	91	2.4	90	85	5	293	39	11	28	20	1.87
1525925--1526063	33	4.3	32	74	7	122	42	13	20	23	1.88
1533505--1533621	20	5.7	20	78	6	117	39	13	13	33	1.84
1534398--1534507	45	2.3	49	86	6	147	31	19	28	20	1.97
1534480--1534609	53	2.6	49	86	4	170	33	20	23	23	1.97
1534473--1534817	49	6.7	49	72	14	253	34	16	25	24	1.95
1534787--1535233	43	9.8	43	70	15	279	31	17	26	25	1.97
1534789--1534856	21	3.2	21	67	19	59	26	14	30	27	1.95
1534745--1535233	138	3.5	137	88	2	726	31	17	25	25	1.97
1535254--1535520	33	8.4	33	74	10	232	22	19	29	28	1.98
1535238--1535502	63	4.2	63	86	3	363	22	17	31	27	1.97
1535281--1535542	96	2.8	94	78	11	236	23	18	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1535509--1535646	28	4.9	28	81	5	125	24	18	26	30	1.98
1535527--1535665	29	5.0	27	77	11	120	25	17	25	31	1.97
1536060--1536236	60	3.0	60	82	1	214	32	12	29	24	1.93
1536098--1536204	26	3.8	26	69	17	79	29	14	29	25	1.95
1536180--1536274	32	2.9	33	78	6	106	33	10	32	23	1.89
1536180--1536319	62	2.2	62	84	6	174	32	12	32	22	1.91
1535818--1536319	34	16.3	31	71	16	228	34	12	30	22	1.92
1542746--1543435	155	4.4	156	79	5	662	37	20	16	25	1.93
1542746--1543514	155	4.9	152	77	7	563	37	20	16	25	1.93
1542903--1543512	311	2.0	309	82	3	751	38	20	16	24	1.93
1543086--1543540	156	2.9	156	80	5	440	38	20	16	23	1.92
1545540--1546070	166	3.2	162	79	6	530	49	9	11	30	1.69
1545980--1546161	91	2.0	91	92	0	301	47	6	12	33	1.66
1546071--1546467	167	2.4	166	89	2	575	50	7	11	30	1.66
1545853--1546335	258	1.9	259	83	5	638	50	7	11	30	1.67
1547823--1547932	42	2.6	42	77	0	112	46	16	22	14	1.83
1547934--1548185	42	6.0	41	78	3	209	38	17	28	16	1.91
1547875--1548156	126	2.2	127	77	7	272	41	16	25	16	1.89
1548001--1548199	84	2.4	84	82	3	247	38	18	28	15	1.91
1547955--1548183	126	1.8	126	81	5	284	39	17	28	14	1.89
1549105--1549144	18	2.2	19	86	4	55	42	5	2	50	1.37
1549021--1549599	166	3.5	163	82	6	598	29	10	8	50	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1549788--1549819	14	2.2	15	94	5	57	34	0	0	65	0.93
1550908--1550944	18	2.1	18	89	0	56	18	2	16	62	1.45
1552036--1552111	35	2.2	35	81	11	86	19	15	11	52	1.73
1558485--1558554	31	2.2	32	87	5	97	25	11	10	52	1.68
1559181--1559226	19	2.5	19	82	3	58	45	8	6	39	1.61
1560542--1560827	156	1.8	156	82	3	371	23	17	20	38	1.93
1564259--1564302	12	3.8	12	79	8	56	84	2	4	9	0.85
1566596--1566929	48	7.0	48	81	1	337	19	20	18	40	1.91
1566584--1566929	96	3.6	96	84	0	440	20	20	18	40	1.92
1566943--1567143	44	4.6	44	78	8	203	17	20	17	43	1.88
1566991--1567187	88	2.2	88	85	5	265	18	25	16	39	1.91
1567268--1567563	42	7.0	41	75	7	247	15	31	18	34	1.93
1567268--1567565	126	2.4	125	78	9	309	15	30	18	34	1.92
1567625--1567716	42	2.2	40	79	9	96	22	25	14	38	1.92
1567721--1567856	42	3.3	41	74	8	125	18	27	13	39	1.89
1567740--1567884	42	3.5	41	73	8	132	20	29	13	36	1.91
1567749--1567900	82	1.8	83	88	1	234	18	27	13	40	1.89
1567791--1568148	84	4.3	82	76	6	290	18	29	14	37	1.91
1567862--1568190	84	3.9	82	76	7	286	19	29	14	36	1.92
1567858--1568264	168	2.4	168	80	6	446	19	29	13	36	1.91
1568268--1568608	83	4.1	83	83	3	355	19	22	13	43	1.87
1568381--1568503	41	3.0	42	68	15	110	18	20	16	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1568274--1568496	42	5.4	41	66	16	127	17	21	15	44	1.86
1568273--1568581	166	1.9	166	83	1	404	19	22	14	44	1.86
1571230--1571255	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1571293--1571350	13	4.0	13	74	23	53	32	18	15	32	1.93
1571308--1571388	19	4.6	19	80	17	111	35	22	12	29	1.91
1571299--1571369	32	2.2	32	100	0	142	35	22	12	29	1.91
1572138--1572936	49	16.9	49	73	13	591	29	18	26	25	1.98
1572138--1572844	101	7.4	96	80	10	648	29	17	26	25	1.98
1572446--1572781	87	3.8	88	89	1	505	28	19	26	26	1.99
1572577--1572654	39	2.0	39	87	0	111	24	19	25	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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