genome.fa.s129.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold129
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3652842

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

This is table  1  of  23  ( 2702 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116--163	1	48.0	1	78	0	51	0	2	8	89	0.56
116--164	9	5.7	9	78	9	57	0	2	10	87	0.62
126--164	17	2.3	17	95	0	69	0	0	10	89	0.48
116--163	22	2.3	20	89	7	69	0	2	8	89	0.56
12743--12915	52	3.4	51	77	4	177	32	12	27	27	1.93
12980--13056	27	2.8	27	88	2	109	25	19	31	23	1.98
13056--13153	51	1.9	51	82	12	121	36	9	21	32	1.85
15246--15271	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
15295--15378	13	5.5	13	68	28	51	36	15	13	34	1.86
15303--15399	19	5.7	19	70	26	92	38	14	12	35	1.84
15295--15397	32	3.2	32	95	0	188	36	15	12	34	1.86
15435--15477	21	2.0	21	95	0	77	32	9	16	41	1.80
16864--16917	21	2.6	21	94	5	92	25	0	25	48	1.52
19687--19712	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
19669--19732	33	2.0	32	87	9	94	37	20	14	28	1.91
25856--25887	13	2.5	13	94	0	55	40	18	9	31	1.83
26020--26060	22	2.0	20	86	13	57	36	24	0	39	1.56
28300--28338	20	2.0	19	90	5	60	38	23	7	30	1.83
28461--28486	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
28443--28506	33	2.0	32	87	9	94	37	20	14	28	1.91
39975--40022	17	2.8	18	75	12	55	41	12	10	35	1.77
41476--41519	20	2.1	21	91	4	72	34	13	15	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43638--43687	21	2.4	21	76	6	57	62	4	10	24	1.44
46689--46713	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
46703--46753	20	2.5	20	100	0	102	31	19	15	33	1.93
46743--46767	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
46882--46924	20	2.2	20	86	0	68	37	11	13	37	1.82
47189--47403	103	2.1	103	90	0	331	24	8	22	44	1.81
47393--47461	34	2.0	34	85	2	93	31	11	28	27	1.92
49393--49417	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
49405--49457	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
49501--49562	33	1.9	32	90	3	97	41	20	9	27	1.84
55119--55216	47	2.0	50	82	9	123	37	17	16	28	1.91
55204--55241	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
57037--57129	22	4.0	22	73	17	82	38	0	30	31	1.58
57676--57700	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
57688--57740	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
61807--61857	27	1.9	27	84	4	68	27	19	33	19	1.96
64171--64218	20	2.4	20	78	0	51	41	14	12	31	1.83
64141--64218	40	2.0	39	84	2	102	41	12	12	33	1.82
64731--67033	229	10.0	226	87	3	3105	21	17	32	28	1.96
64743--67032	28	79.9	29	88	3	3142	21	17	32	28	1.96
68249--68312	1	64.0	1	80	0	74	0	1	7	90	0.51
68239--68313	23	3.3	23	83	14	93	1	2	9	86	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68249--68313	32	2.0	32	90	3	103	0	1	9	89	0.56
70547--70576	15	1.9	16	93	6	53	26	33	30	10	1.89
81374--81430	23	2.5	23	100	0	114	63	8	10	17	1.51
83409--83458	20	2.5	21	75	15	52	42	4	20	34	1.70
84357--84412	20	2.8	20	86	0	85	50	12	12	25	1.75
86759--86806	21	2.3	20	82	10	62	37	0	25	37	1.56
94785--94812	9	3.1	9	100	0	56	21	46	10	21	1.81
94822--96520	27	62.8	26	80	7	1614	27	13	32	26	1.93
97920--97961	21	2.1	19	86	8	57	11	11	2	73	1.18
102693--102928	97	2.4	97	88	1	346	30	11	30	27	1.92
105086--105280	20	8.7	20	67	24	79	42	11	15	29	1.83
105086--105279	90	2.1	91	91	0	309	42	11	15	29	1.83
115924--115973	20	2.6	19	84	6	66	26	14	18	42	1.87
118754--118780	8	3.4	8	100	0	54	22	11	0	66	1.22
119906--120494	79	7.5	79	76	5	537	34	13	23	28	1.92
119926--120495	158	3.6	156	80	4	610	35	12	23	28	1.92
119906--120494	237	2.5	234	81	3	662	34	13	23	28	1.92
122840--122961	51	2.4	51	84	4	149	45	14	13	26	1.83
132564--132901	105	3.2	104	77	8	251	42	6	16	35	1.73
132663--133017	105	3.4	103	79	4	331	43	7	14	34	1.73
139937--140065	52	2.5	52	92	0	222	27	17	17	37	1.92
140074--140111	13	2.9	13	96	0	67	39	15	15	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140168--140230	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
140162--140245	32	2.6	32	96	0	159	38	16	11	33	1.86
140187--140243	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
141289--141791	168	3.0	168	83	4	631	51	8	11	28	1.68
142992--143626	131	4.8	132	79	5	599	39	13	23	23	1.90
143224--143965	219	3.4	218	81	5	841	40	14	23	21	1.91
142978--143626	263	2.5	264	81	5	758	39	13	23	23	1.90
143305--143714	131	3.1	132	80	6	365	38	14	24	22	1.91
143465--143757	131	2.2	132	82	1	338	37	13	25	23	1.91
143693--143962	131	2.1	132	84	3	348	41	16	23	19	1.90
142946--143962	44	23.2	44	71	6	540	39	14	23	22	1.91
144794--145365	79	7.3	79	80	3	600	29	23	10	36	1.88
144794--145365	236	2.4	236	80	2	684	29	23	10	36	1.88
144794--145365	158	3.7	155	84	3	693	29	23	10	36	1.88
145496--145534	21	1.9	21	94	5	71	30	25	10	33	1.89
145882--145919	20	1.9	20	94	0	67	76	0	10	13	1.02
147387--147605	60	3.6	61	73	11	184	40	8	25	26	1.84
147595--148270	35	19.9	35	72	12	326	39	11	23	24	1.88
147872--148041	60	2.8	60	80	6	177	36	12	24	25	1.92
147910--148005	30	3.2	30	72	11	106	38	10	23	27	1.87
147403--148326	436	2.1	438	86	1	1291	40	11	23	24	1.87
148289--148346	30	1.9	30	82	6	73	44	15	20	18	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148903--148948	23	2.0	23	83	8	58	36	21	6	34	1.80
149355--149402	20	2.4	20	85	0	60	35	16	10	37	1.83
156760--156944	51	3.6	50	81	3	208	30	24	11	33	1.91
156929--156998	27	2.5	28	86	6	90	27	34	17	21	1.95
156876--157078	107	1.9	108	81	5	250	28	27	14	29	1.95
156952--157248	79	3.7	79	91	0	477	24	27	16	30	1.97
156952--157271	159	2.0	159	88	1	473	25	27	15	30	1.96
169652--169739	9	9.3	9	76	14	79	86	9	4	0	0.70
169649--169739	12	7.2	12	81	17	89	86	8	4	0	0.68
169649--169727	36	2.3	33	86	6	104	88	8	2	0	0.60
169649--169727	1	79.0	1	78	0	77	88	8	2	0	0.60
169650--169727	30	2.7	27	84	11	93	88	8	2	0	0.60
169649--169739	18	5.1	16	81	17	92	86	8	4	0	0.68
170701--171121	55	7.3	55	87	5	529	28	26	20	24	1.99
170779--170919	27	5.1	27	61	6	77	27	24	21	26	1.99
171009--171429	154	2.7	154	91	1	657	24	28	20	26	1.99
171298--171551	122	2.1	115	87	5	346	25	25	23	25	2.00
171323--171552	61	3.8	61	83	5	295	25	26	23	25	2.00
171535--171669	42	3.1	42	82	9	148	17	26	14	42	1.87
172417--172523	20	5.7	19	77	20	102	28	15	14	42	1.86
172435--172503	33	2.1	33	100	0	138	27	17	14	40	1.88
172417--172523	53	2.0	53	85	10	148	28	15	14	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172454--172484	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
176745--178113	55	23.9	55	82	9	1379	26	28	20	24	1.99
176743--178121	110	12.0	110	81	11	1551	26	28	20	24	1.99
177227--177314	28	3.2	28	66	15	74	23	29	19	27	1.98
176706--178121	455	3.1	455	88	4	2007	26	28	20	25	1.99
179438--179507	32	2.2	32	89	0	104	34	14	17	34	1.90
179531--179556	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
181582--181607	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
181690--181745	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
181733--181763	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23